ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49279

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 5, 1, 2, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.005, 0.008, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.003, 0.007, 0.011, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.001, 0.008, 0.015, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.008 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.001, 0.009, 0.018, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.009 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.002, 0.011, 0.019, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.003, 0.012, 0.020, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.003, 0.012, 0.020, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.012 std_dev=0.009
N4 A 0, 0.010, 0.032, 0.055, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.032 std_dev=0.023
O2 A 0, 0.009, 0.033, 0.056, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.033 std_dev=0.024
OP2 B 0, 0.120, 0.210, 0.301, 0.321 max_d=0.321 avg_d=0.210 std_dev=0.091
P B 0, 0.146, 0.276, 0.406, 0.555 max_d=0.555 avg_d=0.276 std_dev=0.130
O4' A 0, -0.053, 0.163, 0.378, 0.806 max_d=0.806 avg_d=0.163 std_dev=0.216
O5' B 0, 0.112, 0.355, 0.597, 0.795 max_d=0.795 avg_d=0.355 std_dev=0.242
C3' A 0, -0.026, 0.217, 0.459, 0.839 max_d=0.839 avg_d=0.217 std_dev=0.243
O5' A 0, 0.136, 0.414, 0.692, 0.988 max_d=0.988 avg_d=0.414 std_dev=0.278
C2' A 0, -0.062, 0.232, 0.526, 0.991 max_d=0.991 avg_d=0.232 std_dev=0.294
C4' A 0, -0.072, 0.233, 0.537, 1.147 max_d=1.147 avg_d=0.233 std_dev=0.304
P A 0, 0.121, 0.427, 0.733, 1.178 max_d=1.178 avg_d=0.427 std_dev=0.306
C4' B 0, 0.118, 0.460, 0.802, 1.340 max_d=1.340 avg_d=0.460 std_dev=0.342
C3' B 0, 0.142, 0.495, 0.849, 1.251 max_d=1.251 avg_d=0.495 std_dev=0.354
C5' B 0, 0.130, 0.520, 0.909, 1.278 max_d=1.278 avg_d=0.520 std_dev=0.390
O4' B 0, 0.039, 0.433, 0.828, 1.512 max_d=1.512 avg_d=0.433 std_dev=0.395
OP2 A 0, 0.135, 0.545, 0.954, 1.346 max_d=1.346 avg_d=0.545 std_dev=0.409
C2' B 0, 0.084, 0.497, 0.911, 1.328 max_d=1.328 avg_d=0.497 std_dev=0.414
OP1 B 0, 0.099, 0.524, 0.948, 1.627 max_d=1.627 avg_d=0.524 std_dev=0.425
C1' B 0, 0.026, 0.454, 0.882, 1.641 max_d=1.641 avg_d=0.454 std_dev=0.428
O3' A 0, -0.046, 0.427, 0.901, 1.621 max_d=1.621 avg_d=0.427 std_dev=0.474
N1 B 0, 0.091, 0.567, 1.044, 1.709 max_d=1.709 avg_d=0.567 std_dev=0.477
O2' B 0, 0.167, 0.667, 1.167, 1.553 max_d=1.553 avg_d=0.667 std_dev=0.500
C5' A 0, -0.105, 0.419, 0.943, 1.970 max_d=1.970 avg_d=0.419 std_dev=0.524
O2' A 0, -0.045, 0.493, 1.031, 1.787 max_d=1.787 avg_d=0.493 std_dev=0.538
C2 B 0, 0.253, 0.826, 1.399, 1.770 max_d=1.770 avg_d=0.826 std_dev=0.573
OP1 A 0, 0.165, 0.753, 1.342, 1.900 max_d=1.900 avg_d=0.753 std_dev=0.589
C6 B 0, 0.045, 0.671, 1.296, 1.788 max_d=1.788 avg_d=0.671 std_dev=0.625
O3' B 0, 0.121, 0.749, 1.378, 1.827 max_d=1.827 avg_d=0.749 std_dev=0.628
N3 B 0, 0.368, 1.004, 1.640, 2.046 max_d=2.046 avg_d=1.004 std_dev=0.636
C4 B 0, 0.285, 0.949, 1.613, 2.291 max_d=2.291 avg_d=0.949 std_dev=0.664
C5 B 0, 0.102, 0.814, 1.525, 1.914 max_d=1.914 avg_d=0.814 std_dev=0.712
O2 B 0, 0.140, 0.946, 1.751, 2.975 max_d=2.975 avg_d=0.946 std_dev=0.806
O4 B 0, 0.422, 1.233, 2.045, 2.928 max_d=2.928 avg_d=1.233 std_dev=0.811

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.25 0.00 0.23 0.17 0.29 0.15
C2 0.01 0.00 0.10 0.05 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.12 0.28 0.07 0.30 0.21 0.31 0.21
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.03 0.04 0.10 0.07 0.13 0.02 0.07 0.03 0.19 0.00 0.07 0.03 0.42 0.49 0.50 0.35
C3' 0.02 0.05 0.00 0.00 0.04 0.00 0.07 0.02 0.08 0.02 0.04 0.05 0.09 0.02 0.00 0.01 0.23 0.48 0.37 0.25
C4 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.04 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.09 0.21 0.03 0.33 0.31 0.33 0.25
C4' 0.01 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.02 0.02 0.04 0.04 0.03 0.05 0.00 0.01 0.18 0.21 0.08
C5 0.01 0.00 0.10 0.07 0.00 0.05 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.18 0.17 0.04 0.33 0.33 0.32 0.26
C5' 0.02 0.07 0.07 0.02 0.11 0.00 0.12 0.00 0.11 0.07 0.09 0.12 0.05 0.05 0.05 0.01 0.01 0.28 0.24 0.02
C6 0.01 0.00 0.13 0.08 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.18 0.16 0.06 0.33 0.27 0.28 0.22
N1 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.22 0.02 0.29 0.20 0.28 0.19
N3 0.01 0.00 0.07 0.04 0.00 0.02 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.26 0.06 0.32 0.26 0.32 0.23
N4 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.04 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.10 0.20 0.04 0.34 0.36 0.35 0.27
O2 0.02 0.00 0.19 0.09 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.29 0.34 0.10 0.27 0.19 0.32 0.19
O2' 0.03 0.12 0.00 0.02 0.09 0.03 0.18 0.05 0.18 0.05 0.09 0.10 0.29 0.00 0.10 0.05 0.42 0.56 0.63 0.40
O3' 0.25 0.28 0.07 0.00 0.21 0.05 0.17 0.05 0.16 0.22 0.26 0.20 0.34 0.10 0.00 0.18 0.12 0.46 0.38 0.22
O4' 0.00 0.07 0.03 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.06 0.02 0.06 0.04 0.10 0.05 0.18 0.00 0.04 0.19 0.17 0.18
O5' 0.23 0.30 0.42 0.23 0.33 0.01 0.33 0.01 0.33 0.29 0.32 0.34 0.27 0.42 0.12 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.17 0.21 0.49 0.48 0.31 0.18 0.33 0.28 0.27 0.20 0.26 0.36 0.19 0.56 0.46 0.19 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.29 0.31 0.50 0.37 0.33 0.21 0.32 0.24 0.28 0.28 0.32 0.35 0.32 0.63 0.38 0.17 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.15 0.21 0.35 0.25 0.25 0.08 0.26 0.02 0.22 0.19 0.23 0.27 0.19 0.40 0.22 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.22 0.43 0.25 0.18 0.40 0.23 0.39 0.36 0.35 0.29 0.44 0.58 0.29 0.52 0.44 0.21 0.25 0.13 0.06 0.07
C2 0.19 0.45 0.22 0.18 0.36 0.19 0.36 0.30 0.32 0.26 0.46 0.64 0.30 0.65 0.40 0.17 0.24 0.10 0.08 0.11
C2' 0.30 0.35 0.32 0.29 0.39 0.34 0.43 0.46 0.42 0.33 0.37 0.41 0.32 0.28 0.41 0.30 0.36 0.27 0.12 0.16
C3' 0.25 0.36 0.31 0.24 0.41 0.22 0.42 0.36 0.38 0.31 0.39 0.40 0.34 0.19 0.44 0.19 0.28 0.21 0.11 0.12
C4 0.21 0.48 0.27 0.26 0.38 0.18 0.34 0.24 0.31 0.28 0.49 0.65 0.35 0.69 0.41 0.15 0.22 0.11 0.09 0.13
C4' 0.22 0.37 0.28 0.23 0.43 0.24 0.43 0.37 0.37 0.31 0.41 0.42 0.29 0.28 0.48 0.20 0.23 0.17 0.09 0.09
C5 0.24 0.47 0.30 0.27 0.39 0.19 0.36 0.27 0.32 0.31 0.47 0.60 0.35 0.69 0.42 0.18 0.24 0.12 0.06 0.09
C5' 0.28 0.41 0.39 0.30 0.48 0.23 0.46 0.34 0.41 0.37 0.46 0.40 0.43 0.16 0.51 0.17 0.26 0.24 0.16 0.16
C6 0.24 0.45 0.28 0.22 0.38 0.21 0.36 0.33 0.33 0.31 0.45 0.58 0.35 0.68 0.41 0.20 0.25 0.14 0.06 0.08
N1 0.21 0.44 0.24 0.18 0.38 0.21 0.37 0.33 0.33 0.28 0.45 0.60 0.31 0.63 0.41 0.19 0.24 0.11 0.06 0.08
N3 0.19 0.47 0.24 0.22 0.36 0.18 0.35 0.26 0.31 0.26 0.48 0.66 0.32 0.68 0.40 0.15 0.22 0.12 0.10 0.13
N4 0.22 0.50 0.30 0.29 0.39 0.17 0.34 0.19 0.30 0.29 0.51 0.66 0.36 0.66 0.43 0.13 0.19 0.15 0.13 0.16
O2 0.17 0.45 0.19 0.16 0.36 0.19 0.37 0.31 0.33 0.24 0.45 0.65 0.27 0.62 0.41 0.16 0.24 0.10 0.09 0.11
O2' 0.31 0.37 0.30 0.32 0.38 0.42 0.42 0.55 0.42 0.33 0.38 0.46 0.30 0.29 0.40 0.37 0.41 0.33 0.20 0.21
O3' 0.22 0.35 0.30 0.23 0.43 0.23 0.45 0.40 0.40 0.31 0.40 0.40 0.31 0.19 0.47 0.17 0.32 0.25 0.15 0.17
O4' 0.24 0.43 0.25 0.25 0.43 0.30 0.42 0.41 0.36 0.31 0.45 0.57 0.27 0.52 0.47 0.27 0.22 0.14 0.09 0.09
O5' 0.29 0.39 0.38 0.33 0.40 0.27 0.39 0.43 0.36 0.34 0.40 0.42 0.42 0.01 0.42 0.20 0.41 0.43 0.34 0.35
OP1 0.65 0.65 0.60 0.32 0.65 0.39 0.65 0.31 0.64 0.66 0.65 0.62 0.77 0.05 0.65 0.61 0.42 0.40 0.45 0.43
OP2 0.21 0.18 0.08 0.17 0.20 0.34 0.22 0.48 0.22 0.20 0.18 0.19 0.19 0.05 0.20 0.33 0.43 0.60 0.49 0.47
P 0.19 0.21 0.17 0.01 0.17 0.16 0.15 0.21 0.15 0.18 0.20 0.23 0.34 0.00 0.17 0.21 0.24 0.31 0.30 0.24

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.25 0.01 0.00 0.21 0.27 0.17 0.17
C2 0.02 0.00 0.17 0.11 0.01 0.06 0.01 0.20 0.01 0.01 0.00 0.00 0.14 0.27 0.01 0.11 0.44 0.46 0.43 0.44
C2' 0.00 0.17 0.00 0.00 0.04 0.03 0.14 0.02 0.18 0.03 0.12 0.31 0.00 0.08 0.04 0.03 0.37 0.37 0.27 0.30
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.06 0.01 0.05 0.02 0.06 0.04 0.10 0.16 0.01 0.01 0.07 0.01 0.28 0.30 0.27 0.24
C4 0.01 0.01 0.04 0.06 0.00 0.10 0.00 0.25 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.19 0.00 0.04 0.43 0.53 0.42 0.42
C4' 0.01 0.06 0.03 0.01 0.10 0.00 0.14 0.01 0.13 0.05 0.07 0.10 0.02 0.07 0.11 0.00 0.01 0.24 0.14 0.02
C5 0.01 0.01 0.14 0.05 0.00 0.14 0.00 0.24 0.00 0.01 0.01 0.01 0.25 0.16 0.01 0.12 0.34 0.42 0.36 0.35
C5' 0.05 0.20 0.02 0.02 0.25 0.01 0.24 0.00 0.20 0.16 0.24 0.21 0.01 0.07 0.27 0.01 0.00 0.27 0.13 0.01
C6 0.01 0.01 0.18 0.06 0.01 0.13 0.00 0.20 0.00 0.00 0.01 0.01 0.26 0.16 0.01 0.15 0.30 0.36 0.29 0.32
N1 0.00 0.01 0.03 0.04 0.01 0.05 0.01 0.16 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.22 0.01 0.01 0.33 0.34 0.27 0.28
N3 0.01 0.00 0.12 0.10 0.01 0.07 0.01 0.24 0.01 0.01 0.00 0.01 0.10 0.24 0.01 0.07 0.48 0.55 0.47 0.49
O2 0.03 0.00 0.31 0.16 0.01 0.10 0.01 0.21 0.01 0.01 0.01 0.00 0.32 0.32 0.01 0.21 0.47 0.48 0.51 0.51
O2' 0.02 0.14 0.00 0.01 0.15 0.02 0.25 0.01 0.26 0.08 0.10 0.32 0.00 0.10 0.15 0.04 0.38 0.38 0.31 0.33
O3' 0.25 0.27 0.08 0.01 0.19 0.07 0.16 0.07 0.16 0.22 0.24 0.32 0.10 0.00 0.19 0.17 0.28 0.27 0.48 0.33
O4 0.01 0.01 0.04 0.07 0.00 0.11 0.01 0.27 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.19 0.00 0.06 0.45 0.59 0.46 0.46
O4' 0.00 0.11 0.03 0.01 0.04 0.00 0.12 0.01 0.15 0.01 0.07 0.21 0.04 0.17 0.06 0.00 0.10 0.31 0.12 0.15
O5' 0.21 0.44 0.37 0.28 0.43 0.01 0.34 0.00 0.30 0.33 0.48 0.47 0.38 0.28 0.45 0.10 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.27 0.46 0.37 0.30 0.53 0.24 0.42 0.27 0.36 0.34 0.55 0.48 0.38 0.27 0.59 0.31 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.17 0.43 0.27 0.27 0.42 0.14 0.36 0.13 0.29 0.27 0.47 0.51 0.31 0.48 0.46 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.17 0.44 0.30 0.24 0.42 0.02 0.35 0.01 0.32 0.28 0.49 0.51 0.33 0.33 0.46 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00