ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49281

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C4 A 0, 0.003, 0.010, 0.016, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.003, 0.010, 0.017, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.000, 0.007, 0.015, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.007 std_dev=0.008
N4 A 0, 0.006, 0.015, 0.023, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.015 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.003, 0.015, 0.028, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.015 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.002, 0.017, 0.032, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.017 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.002, 0.023, 0.045, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.023 std_dev=0.022
O2 A 0, 0.003, 0.038, 0.073, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.038 std_dev=0.035
P B 0, 0.200, 0.530, 0.859, 0.957 max_d=0.957 avg_d=0.530 std_dev=0.329
O4' A 0, 0.144, 0.561, 0.978, 1.041 max_d=1.041 avg_d=0.561 std_dev=0.417
C2' A 0, 0.143, 0.602, 1.062, 1.110 max_d=1.110 avg_d=0.602 std_dev=0.460
OP1 B 0, 0.321, 0.827, 1.334, 1.313 max_d=1.313 avg_d=0.827 std_dev=0.506
O5' A 0, 0.210, 0.810, 1.409, 1.687 max_d=1.687 avg_d=0.810 std_dev=0.599
O5' B 0, 0.331, 0.970, 1.609, 1.696 max_d=1.696 avg_d=0.970 std_dev=0.639
C4' A 0, 0.189, 0.855, 1.520, 1.692 max_d=1.692 avg_d=0.855 std_dev=0.665
C3' A 0, 0.207, 0.943, 1.678, 1.772 max_d=1.772 avg_d=0.943 std_dev=0.735
C5' A 0, 0.229, 1.030, 1.830, 2.128 max_d=2.128 avg_d=1.030 std_dev=0.800
OP2 B 0, 0.149, 0.950, 1.751, 1.974 max_d=1.974 avg_d=0.950 std_dev=0.801
O2' A 0, 0.266, 1.075, 1.885, 1.902 max_d=1.902 avg_d=1.075 std_dev=0.809
P A 0, 0.278, 1.189, 2.100, 2.170 max_d=2.170 avg_d=1.189 std_dev=0.911
OP1 A 0, 0.334, 1.321, 2.308, 2.352 max_d=2.352 avg_d=1.321 std_dev=0.987
OP2 A 0, 0.340, 1.336, 2.332, 2.284 max_d=2.284 avg_d=1.336 std_dev=0.996
O3' B 0, 0.339, 1.412, 2.486, 2.497 max_d=2.497 avg_d=1.412 std_dev=1.073
C5' B 0, 0.434, 1.536, 2.639, 2.807 max_d=2.807 avg_d=1.536 std_dev=1.103
O2' B 0, 0.345, 1.492, 2.639, 2.782 max_d=2.782 avg_d=1.492 std_dev=1.147
C3' B 0, 0.403, 1.586, 2.768, 2.726 max_d=2.726 avg_d=1.586 std_dev=1.183
O3' A 0, 0.292, 1.506, 2.720, 2.729 max_d=2.729 avg_d=1.506 std_dev=1.214
C2' B 0, 0.450, 1.786, 3.121, 3.278 max_d=3.278 avg_d=1.786 std_dev=1.336
C4' B 0, 0.519, 2.065, 3.612, 3.735 max_d=3.735 avg_d=2.065 std_dev=1.547
O4' B 0, 0.647, 2.657, 4.668, 4.905 max_d=4.905 avg_d=2.657 std_dev=2.010
C1' B 0, 0.632, 2.744, 4.857, 5.149 max_d=5.149 avg_d=2.744 std_dev=2.113
C6 B 0, 0.655, 2.957, 5.259, 5.700 max_d=5.700 avg_d=2.957 std_dev=2.302
N1 B 0, 0.688, 3.265, 5.842, 6.197 max_d=6.197 avg_d=3.265 std_dev=2.577
C5 B 0, 0.833, 3.773, 6.713, 7.070 max_d=7.070 avg_d=3.773 std_dev=2.940
C2 B 0, 0.906, 4.319, 7.731, 7.961 max_d=7.961 avg_d=4.319 std_dev=3.413
O2 B 0, 1.077, 4.723, 8.370, 8.453 max_d=8.453 avg_d=4.723 std_dev=3.647
C4 B 0, 0.970, 4.871, 8.772, 9.039 max_d=9.039 avg_d=4.871 std_dev=3.901
N3 B 0, 0.994, 5.020, 9.046, 9.271 max_d=9.271 avg_d=5.020 std_dev=4.026
O4 B 0, 1.140, 5.728, 10.317, 10.507 max_d=10.507 avg_d=5.728 std_dev=4.588

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.10 0.02 0.02 0.03 0.02 0.05 0.01 0.23 0.00 0.22 0.20 0.33 0.25
C2 0.04 0.00 0.12 0.22 0.00 0.03 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.17 0.09 0.12 0.24 0.28 0.43 0.33
C2' 0.01 0.12 0.00 0.01 0.05 0.02 0.16 0.20 0.19 0.04 0.07 0.05 0.24 0.00 0.02 0.01 0.41 0.41 0.49 0.44
C3' 0.02 0.22 0.01 0.00 0.28 0.01 0.25 0.03 0.19 0.17 0.27 0.31 0.18 0.02 0.01 0.02 0.07 0.09 0.19 0.10
C4 0.02 0.00 0.05 0.28 0.00 0.06 0.01 0.15 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.33 0.14 0.03 0.22 0.36 0.51 0.38
C4' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.06 0.00 0.07 0.01 0.07 0.04 0.04 0.07 0.05 0.29 0.02 0.01 0.02 0.09 0.05 0.03
C5 0.02 0.01 0.16 0.25 0.01 0.07 0.00 0.13 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.36 0.16 0.06 0.20 0.37 0.55 0.39
C5' 0.10 0.15 0.20 0.03 0.15 0.01 0.13 0.00 0.12 0.13 0.16 0.16 0.15 0.09 0.24 0.02 0.01 0.11 0.03 0.02
C6 0.02 0.01 0.19 0.19 0.00 0.07 0.00 0.12 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.32 0.09 0.09 0.23 0.34 0.50 0.37
N1 0.02 0.01 0.04 0.17 0.00 0.04 0.01 0.13 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.20 0.05 0.03 0.24 0.28 0.42 0.32
N3 0.03 0.00 0.07 0.27 0.00 0.04 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.25 0.09 0.10 0.24 0.33 0.47 0.36
N4 0.02 0.01 0.05 0.31 0.01 0.07 0.01 0.16 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.36 0.18 0.03 0.22 0.38 0.52 0.39
O2 0.05 0.00 0.24 0.18 0.00 0.05 0.01 0.15 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.11 0.20 0.19 0.24 0.25 0.39 0.31
O2' 0.01 0.17 0.00 0.02 0.33 0.29 0.36 0.09 0.32 0.20 0.25 0.36 0.11 0.00 0.05 0.21 0.30 0.28 0.54 0.36
O3' 0.23 0.09 0.02 0.01 0.14 0.02 0.16 0.24 0.09 0.05 0.09 0.18 0.20 0.05 0.00 0.19 0.28 0.49 0.51 0.40
O4' 0.00 0.12 0.01 0.02 0.03 0.01 0.06 0.02 0.09 0.03 0.10 0.03 0.19 0.21 0.19 0.00 0.06 0.08 0.12 0.07
O5' 0.22 0.24 0.41 0.07 0.22 0.02 0.20 0.01 0.23 0.24 0.24 0.22 0.24 0.30 0.28 0.06 0.00 0.03 0.01 0.01
OP1 0.20 0.28 0.41 0.09 0.36 0.09 0.37 0.11 0.34 0.28 0.33 0.38 0.25 0.28 0.49 0.08 0.03 0.00 0.03 0.00
OP2 0.33 0.43 0.49 0.19 0.51 0.05 0.55 0.03 0.50 0.42 0.47 0.52 0.39 0.54 0.51 0.12 0.01 0.03 0.00 0.00
P 0.25 0.33 0.44 0.10 0.38 0.03 0.39 0.02 0.37 0.32 0.36 0.39 0.31 0.36 0.40 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.69 1.44 0.49 0.28 1.70 0.26 1.41 0.27 1.13 1.14 1.70 1.41 0.66 0.22 1.83 0.50 0.23 0.49 0.23 0.11
C2 0.88 1.77 0.54 0.37 2.21 0.34 1.87 0.24 1.47 1.42 2.13 1.69 0.67 0.32 2.42 0.69 0.30 0.55 0.38 0.08
C2' 0.68 1.36 0.56 0.41 1.63 0.38 1.39 0.41 1.13 1.09 1.60 1.31 0.57 0.38 1.77 0.52 0.40 0.46 0.35 0.25
C3' 0.38 1.05 0.36 0.06 1.26 0.18 1.01 0.35 0.76 0.77 1.27 1.05 0.50 0.04 1.40 0.13 0.13 0.58 0.28 0.24
C4 0.69 1.38 0.44 0.32 1.84 0.26 1.68 0.16 1.30 1.16 1.69 1.26 0.67 0.35 2.00 0.58 0.29 0.57 0.48 0.08
C4' 0.55 1.15 0.52 0.22 1.28 0.21 1.05 0.24 0.86 0.89 1.32 1.16 0.46 0.09 1.37 0.36 0.16 0.38 0.18 0.10
C5 0.50 1.01 0.44 0.25 1.33 0.16 1.23 0.18 0.98 0.86 1.23 0.91 0.72 0.32 1.42 0.39 0.22 0.52 0.34 0.06
C5' 0.39 0.78 0.48 0.24 0.91 0.22 0.79 0.25 0.67 0.65 0.90 0.75 0.33 0.12 0.96 0.28 0.22 0.20 0.20 0.13
C6 0.54 1.08 0.44 0.23 1.34 0.17 1.20 0.21 0.97 0.91 1.29 1.00 0.77 0.28 1.43 0.38 0.19 0.48 0.26 0.08
N1 0.72 1.47 0.49 0.30 1.78 0.27 1.52 0.24 1.22 1.19 1.74 1.39 0.71 0.28 1.91 0.54 0.25 0.51 0.29 0.08
N3 0.86 1.72 0.50 0.36 2.25 0.33 1.96 0.20 1.50 1.40 2.11 1.61 0.66 0.35 2.48 0.70 0.32 0.57 0.47 0.09
N4 0.63 1.28 0.41 0.31 1.79 0.24 1.65 0.12 1.24 1.08 1.60 1.16 0.62 0.36 1.98 0.56 0.30 0.58 0.59 0.11
O2 0.97 1.98 0.60 0.40 2.45 0.39 2.00 0.26 1.56 1.55 2.39 1.92 0.63 0.32 2.71 0.77 0.32 0.56 0.39 0.09
O2' 0.62 1.33 0.47 0.33 1.71 0.32 1.47 0.40 1.16 1.07 1.63 1.24 0.65 0.26 1.90 0.47 0.48 0.49 0.53 0.40
O3' 0.39 1.19 0.38 0.08 1.47 0.24 1.16 0.40 0.85 0.85 1.48 1.19 0.44 0.22 1.66 0.10 0.14 0.61 0.27 0.24
O4' 0.65 1.35 0.48 0.23 1.49 0.23 1.22 0.25 1.00 1.05 1.54 1.35 0.60 0.10 1.58 0.45 0.17 0.48 0.12 0.13
O5' 0.13 0.51 0.19 0.10 0.73 0.19 0.68 0.24 0.53 0.42 0.66 0.42 0.33 0.04 0.80 0.10 0.17 0.17 0.23 0.10
OP1 0.26 0.26 0.14 0.03 0.27 0.07 0.32 0.21 0.23 0.15 0.25 0.40 0.17 0.04 0.31 0.18 0.29 0.43 0.41 0.36
OP2 0.13 0.21 0.06 0.05 0.61 0.31 0.69 0.25 0.53 0.25 0.39 0.10 0.19 0.01 0.69 0.27 0.39 0.42 0.61 0.44
P 0.13 0.15 0.11 0.01 0.41 0.15 0.46 0.18 0.35 0.15 0.27 0.14 0.19 0.00 0.46 0.15 0.27 0.28 0.38 0.29

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.05 0.04 0.03 0.03 0.05 0.01 0.23 0.05 0.01 0.13 0.14 0.16 0.13
C2 0.03 0.00 0.11 0.17 0.01 0.05 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.19 0.15 0.01 0.08 0.21 0.24 0.36 0.29
C2' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.06 0.01 0.15 0.16 0.18 0.03 0.05 0.23 0.00 0.04 0.07 0.02 0.37 0.40 0.54 0.41
C3' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.28 0.01 0.30 0.01 0.26 0.18 0.22 0.11 0.03 0.01 0.29 0.02 0.06 0.14 0.17 0.10
C4 0.04 0.01 0.06 0.28 0.00 0.20 0.01 0.30 0.01 0.02 0.00 0.01 0.43 0.09 0.01 0.13 0.41 0.53 0.68 0.55
C4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.20 0.00 0.27 0.00 0.26 0.11 0.10 0.08 0.27 0.03 0.21 0.00 0.02 0.06 0.03 0.02
C5 0.04 0.01 0.15 0.30 0.01 0.27 0.00 0.37 0.01 0.02 0.01 0.01 0.48 0.16 0.02 0.20 0.46 0.58 0.67 0.59
C5' 0.05 0.11 0.16 0.01 0.30 0.00 0.37 0.00 0.33 0.15 0.18 0.10 0.11 0.18 0.33 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02
C6 0.04 0.00 0.18 0.26 0.01 0.26 0.01 0.33 0.00 0.01 0.00 0.02 0.42 0.12 0.02 0.21 0.38 0.43 0.46 0.44
N1 0.03 0.01 0.03 0.18 0.02 0.11 0.02 0.15 0.01 0.00 0.00 0.02 0.24 0.08 0.02 0.09 0.21 0.24 0.30 0.27
N3 0.03 0.00 0.05 0.22 0.00 0.10 0.01 0.18 0.00 0.00 0.00 0.01 0.31 0.09 0.00 0.08 0.30 0.37 0.52 0.41
O2 0.05 0.01 0.23 0.11 0.01 0.08 0.01 0.10 0.02 0.02 0.01 0.00 0.14 0.27 0.02 0.14 0.16 0.17 0.29 0.22
O2' 0.01 0.19 0.00 0.03 0.43 0.27 0.48 0.11 0.42 0.24 0.31 0.14 0.00 0.06 0.46 0.19 0.26 0.30 0.61 0.34
O3' 0.23 0.15 0.04 0.01 0.09 0.03 0.16 0.18 0.12 0.08 0.09 0.27 0.06 0.00 0.10 0.13 0.16 0.23 0.21 0.19
O4 0.05 0.01 0.07 0.29 0.01 0.21 0.02 0.33 0.02 0.02 0.00 0.02 0.46 0.10 0.00 0.14 0.46 0.62 0.79 0.64
O4' 0.01 0.08 0.02 0.02 0.13 0.00 0.20 0.01 0.21 0.09 0.08 0.14 0.19 0.13 0.14 0.00 0.05 0.04 0.09 0.08
O5' 0.13 0.21 0.37 0.06 0.41 0.02 0.46 0.01 0.38 0.21 0.30 0.16 0.26 0.16 0.46 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.14 0.24 0.40 0.14 0.53 0.06 0.58 0.04 0.43 0.24 0.37 0.17 0.30 0.23 0.62 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.16 0.36 0.54 0.17 0.68 0.03 0.67 0.01 0.46 0.30 0.52 0.29 0.61 0.21 0.79 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.13 0.29 0.41 0.10 0.55 0.02 0.59 0.02 0.44 0.27 0.41 0.22 0.34 0.19 0.64 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00