ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49282

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.001, 0.009, 0.017, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.009 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.002, 0.010, 0.019, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.010 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.002, 0.012, 0.021, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C6 A 0, -0.001, 0.010, 0.021, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.010 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.004, 0.020, 0.035, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.020 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.000, 0.015, 0.031, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.015 std_dev=0.016
C2 A 0, 0.003, 0.019, 0.035, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.019 std_dev=0.016
N4 A 0, 0.010, 0.036, 0.061, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.036 std_dev=0.026
O2 A 0, 0.006, 0.034, 0.062, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.034 std_dev=0.028
O4' A 0, 0.035, 0.097, 0.160, 0.174 max_d=0.174 avg_d=0.097 std_dev=0.062
C5' A 0, 0.050, 0.149, 0.248, 0.245 max_d=0.245 avg_d=0.149 std_dev=0.099
C2' A 0, 0.016, 0.154, 0.293, 0.375 max_d=0.375 avg_d=0.154 std_dev=0.139
C4' A 0, -0.012, 0.184, 0.381, 0.515 max_d=0.515 avg_d=0.184 std_dev=0.196
P B 0, 0.068, 0.276, 0.485, 0.483 max_d=0.483 avg_d=0.276 std_dev=0.209
OP1 B 0, 0.081, 0.299, 0.517, 0.538 max_d=0.538 avg_d=0.299 std_dev=0.218
C5' B 0, 0.075, 0.334, 0.593, 0.690 max_d=0.690 avg_d=0.334 std_dev=0.259
C4' B 0, 0.059, 0.326, 0.592, 0.695 max_d=0.695 avg_d=0.326 std_dev=0.266
P A 0, 0.020, 0.361, 0.702, 0.922 max_d=0.922 avg_d=0.361 std_dev=0.341
O5' A 0, -0.009, 0.388, 0.786, 1.053 max_d=1.053 avg_d=0.388 std_dev=0.397
OP2 B 0, 0.017, 0.426, 0.835, 1.061 max_d=1.061 avg_d=0.426 std_dev=0.409
O4' B 0, -0.009, 0.404, 0.817, 1.044 max_d=1.044 avg_d=0.404 std_dev=0.413
O3' B 0, 0.032, 0.447, 0.863, 1.122 max_d=1.122 avg_d=0.447 std_dev=0.415
C3' A 0, -0.049, 0.401, 0.850, 1.158 max_d=1.158 avg_d=0.401 std_dev=0.450
O5' B 0, 0.008, 0.486, 0.963, 1.259 max_d=1.259 avg_d=0.486 std_dev=0.477
C2 B 0, -0.025, 0.474, 0.973, 1.298 max_d=1.298 avg_d=0.474 std_dev=0.499
O2 B 0, -0.056, 0.496, 1.047, 1.426 max_d=1.426 avg_d=0.496 std_dev=0.551
C3' B 0, -0.046, 0.509, 1.063, 1.440 max_d=1.440 avg_d=0.509 std_dev=0.555
O2' A 0, -0.155, 0.514, 1.182, 1.663 max_d=1.663 avg_d=0.514 std_dev=0.669
N3 B 0, -0.103, 0.624, 1.351, 1.848 max_d=1.848 avg_d=0.624 std_dev=0.727
OP1 A 0, -0.095, 0.638, 1.371, 1.882 max_d=1.882 avg_d=0.638 std_dev=0.733
OP2 A 0, -0.109, 0.636, 1.381, 1.903 max_d=1.903 avg_d=0.636 std_dev=0.745
C1' B 0, -0.201, 0.742, 1.685, 2.350 max_d=2.350 avg_d=0.742 std_dev=0.943
O3' A 0, -0.156, 0.867, 1.889, 2.605 max_d=2.605 avg_d=0.867 std_dev=1.022
N1 B 0, -0.277, 0.854, 1.985, 2.791 max_d=2.791 avg_d=0.854 std_dev=1.131
C2' B 0, -0.335, 0.925, 2.184, 3.095 max_d=3.095 avg_d=0.925 std_dev=1.259
C4 B 0, -0.465, 1.172, 2.810, 3.987 max_d=3.987 avg_d=1.172 std_dev=1.638
O4 B 0, -0.528, 1.285, 3.099, 4.404 max_d=4.404 avg_d=1.285 std_dev=1.814
O2' B 0, -0.566, 1.420, 3.405, 4.845 max_d=4.845 avg_d=1.420 std_dev=1.985
C6 B 0, -0.638, 1.413, 3.464, 4.948 max_d=4.948 avg_d=1.413 std_dev=2.051
C5 B 0, -0.744, 1.588, 3.920, 5.609 max_d=5.609 avg_d=1.588 std_dev=2.332

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.28 0.00 0.11 0.08 0.28 0.20
C2 0.02 0.00 0.02 0.09 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.12 0.26 0.02 0.07 0.18 0.40 0.13
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.08 0.01 0.12 0.17 0.12 0.04 0.04 0.09 0.06 0.00 0.03 0.01 0.40 0.37 0.46 0.43
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.23 0.01 0.29 0.01 0.28 0.15 0.15 0.24 0.01 0.02 0.00 0.02 0.05 0.10 0.20 0.03
C4 0.01 0.01 0.08 0.23 0.00 0.08 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.36 0.08 0.03 0.13 0.16 0.61 0.17
C4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.08 0.00 0.13 0.01 0.13 0.06 0.04 0.09 0.04 0.27 0.01 0.00 0.01 0.08 0.21 0.02
C5 0.01 0.01 0.12 0.29 0.00 0.13 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.45 0.18 0.06 0.10 0.06 0.66 0.22
C5' 0.06 0.03 0.17 0.01 0.06 0.01 0.08 0.00 0.06 0.04 0.04 0.07 0.03 0.10 0.21 0.01 0.00 0.07 0.29 0.03
C6 0.02 0.00 0.12 0.28 0.01 0.13 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.40 0.15 0.06 0.06 0.03 0.57 0.24
N1 0.00 0.00 0.04 0.15 0.01 0.06 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.19 0.13 0.02 0.03 0.06 0.42 0.19
N3 0.01 0.00 0.04 0.15 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.22 0.18 0.02 0.12 0.21 0.50 0.13
N4 0.01 0.01 0.09 0.24 0.00 0.09 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.40 0.09 0.03 0.15 0.19 0.66 0.17
O2 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.43 0.04 0.07 0.23 0.30 0.10
O2' 0.02 0.12 0.00 0.02 0.36 0.27 0.45 0.10 0.40 0.19 0.22 0.40 0.07 0.00 0.03 0.18 0.29 0.23 0.42 0.34
O3' 0.28 0.26 0.03 0.00 0.08 0.01 0.18 0.21 0.15 0.13 0.18 0.09 0.43 0.03 0.00 0.19 0.18 0.18 0.71 0.36
O4' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.06 0.01 0.06 0.02 0.02 0.03 0.04 0.18 0.19 0.00 0.06 0.16 0.03 0.05
O5' 0.11 0.07 0.40 0.05 0.13 0.01 0.10 0.00 0.06 0.03 0.12 0.15 0.07 0.29 0.18 0.06 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.08 0.18 0.37 0.10 0.16 0.08 0.06 0.07 0.03 0.06 0.21 0.19 0.23 0.23 0.18 0.16 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.28 0.40 0.46 0.20 0.61 0.21 0.66 0.29 0.57 0.42 0.50 0.66 0.30 0.42 0.71 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01
P 0.20 0.13 0.43 0.03 0.17 0.02 0.22 0.03 0.24 0.19 0.13 0.17 0.10 0.34 0.36 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.86 0.33 1.11 0.62 0.89 0.31 1.36 0.09 1.39 0.88 0.43 0.23 1.60 0.38 0.85 0.42 0.44 0.21 0.20 0.12
C2 0.97 0.41 1.32 0.60 1.20 0.27 1.79 0.14 1.78 1.08 0.58 0.31 1.85 0.37 1.17 0.42 0.54 0.13 0.18 0.16
C2' 0.89 0.39 1.09 0.75 0.89 0.47 1.32 0.13 1.36 0.89 0.47 0.11 1.41 0.46 0.85 0.54 0.48 0.12 0.29 0.17
C3' 0.39 0.03 0.51 0.21 0.40 0.07 0.72 0.40 0.74 0.39 0.09 0.36 0.85 0.06 0.38 0.07 0.11 0.57 0.21 0.35
C4 0.85 0.31 1.25 0.55 1.20 0.24 1.86 0.14 1.84 1.03 0.52 0.46 1.50 0.25 1.18 0.35 0.57 0.11 0.15 0.18
C4' 0.60 0.19 0.64 0.33 0.51 0.13 0.81 0.23 0.85 0.55 0.23 0.15 1.12 0.23 0.47 0.26 0.16 0.37 0.07 0.13
C5 0.74 0.22 1.12 0.58 0.97 0.24 1.55 0.09 1.56 0.87 0.39 0.45 1.25 0.20 0.95 0.32 0.47 0.22 0.15 0.11
C5' 0.50 0.11 0.40 0.26 0.27 0.18 0.50 0.13 0.57 0.39 0.10 0.11 0.77 0.27 0.22 0.29 0.18 0.31 0.20 0.05
C6 0.77 0.24 1.12 0.63 0.90 0.27 1.41 0.08 1.44 0.84 0.38 0.37 1.33 0.24 0.87 0.36 0.42 0.24 0.16 0.10
N1 0.89 0.34 1.23 0.64 1.01 0.29 1.54 0.10 1.56 0.96 0.48 0.30 1.65 0.35 0.98 0.41 0.48 0.20 0.18 0.12
N3 0.95 0.40 1.33 0.57 1.31 0.25 1.97 0.15 1.92 1.13 0.61 0.39 1.77 0.33 1.29 0.39 0.58 0.08 0.17 0.19
N4 0.77 0.29 1.15 0.47 1.27 0.20 1.98 0.15 1.91 1.02 0.53 0.51 1.35 0.22 1.27 0.30 0.57 0.03 0.14 0.23
O2 1.01 0.47 1.31 0.58 1.25 0.28 1.83 0.14 1.79 1.12 0.63 0.24 1.98 0.42 1.23 0.44 0.55 0.10 0.19 0.17
O2' 0.92 0.38 1.10 0.79 0.94 0.59 1.43 0.36 1.46 0.93 0.46 0.16 1.37 0.42 0.90 0.64 0.77 0.27 0.64 0.53
O3' 0.30 0.07 0.40 0.09 0.46 0.22 0.74 0.50 0.71 0.37 0.16 0.31 0.71 0.26 0.48 0.08 0.20 0.52 0.32 0.40
O4' 0.78 0.29 0.93 0.46 0.72 0.22 1.11 0.20 1.15 0.76 0.35 0.19 1.53 0.35 0.68 0.35 0.33 0.30 0.18 0.10
O5' 0.14 0.27 0.07 0.03 0.08 0.02 0.16 0.24 0.24 0.03 0.27 0.51 0.26 0.03 0.13 0.03 0.04 0.45 0.12 0.15
OP1 0.32 0.67 0.77 0.36 0.80 0.05 0.71 0.11 0.59 0.56 0.78 0.62 0.78 0.03 0.86 0.11 0.04 0.44 0.28 0.09
OP2 0.32 0.08 0.03 0.38 0.13 0.67 0.25 0.74 0.31 0.23 0.07 0.05 0.44 0.02 0.10 0.59 0.66 0.43 1.02 0.70
P 0.08 0.22 0.22 0.02 0.19 0.19 0.06 0.09 0.03 0.06 0.26 0.30 0.32 0.01 0.24 0.18 0.17 0.17 0.42 0.12

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.06 0.04 0.00 0.02 0.07 0.02 0.24 0.02 0.00 0.29 0.16 0.34 0.26
C2 0.03 0.00 0.16 0.30 0.00 0.20 0.01 0.25 0.01 0.01 0.00 0.00 0.22 0.09 0.00 0.12 0.15 0.06 0.24 0.10
C2' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.04 0.01 0.14 0.16 0.19 0.03 0.11 0.29 0.00 0.02 0.04 0.02 0.57 0.43 0.58 0.53
C3' 0.02 0.30 0.00 0.00 0.07 0.01 0.14 0.01 0.20 0.03 0.25 0.53 0.01 0.00 0.09 0.02 0.26 0.06 0.38 0.19
C4 0.01 0.00 0.04 0.07 0.00 0.03 0.00 0.20 0.01 0.01 0.00 0.00 0.19 0.15 0.00 0.04 0.70 0.88 0.79 0.81
C4' 0.02 0.20 0.01 0.01 0.03 0.00 0.19 0.01 0.23 0.02 0.13 0.40 0.20 0.02 0.02 0.01 0.03 0.26 0.26 0.03
C5 0.03 0.01 0.14 0.14 0.00 0.19 0.00 0.53 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.22 0.01 0.14 1.04 1.45 1.12 1.24
C5' 0.06 0.25 0.16 0.01 0.20 0.01 0.53 0.00 0.57 0.15 0.12 0.63 0.06 0.21 0.19 0.01 0.00 0.35 0.40 0.01
C6 0.04 0.01 0.19 0.20 0.01 0.23 0.01 0.57 0.00 0.00 0.01 0.02 0.06 0.24 0.02 0.17 1.04 1.31 1.05 1.17
N1 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.15 0.00 0.00 0.01 0.02 0.12 0.19 0.01 0.04 0.53 0.49 0.57 0.54
N3 0.02 0.00 0.11 0.25 0.00 0.13 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.24 0.09 0.00 0.07 0.33 0.24 0.41 0.32
O2 0.07 0.00 0.29 0.53 0.00 0.40 0.01 0.63 0.02 0.02 0.01 0.00 0.25 0.01 0.01 0.24 0.27 0.69 0.15 0.41
O2' 0.02 0.22 0.00 0.01 0.19 0.20 0.11 0.06 0.06 0.12 0.24 0.25 0.00 0.03 0.21 0.09 0.31 0.36 0.29 0.33
O3' 0.24 0.09 0.02 0.00 0.15 0.02 0.22 0.21 0.24 0.19 0.09 0.01 0.03 0.00 0.13 0.15 0.08 0.31 0.09 0.15
O4 0.02 0.00 0.04 0.09 0.00 0.02 0.01 0.19 0.02 0.01 0.00 0.01 0.21 0.13 0.00 0.04 0.71 0.94 0.83 0.84
O4' 0.00 0.12 0.02 0.02 0.04 0.01 0.14 0.01 0.17 0.04 0.07 0.24 0.09 0.15 0.04 0.00 0.06 0.17 0.26 0.04
O5' 0.29 0.15 0.57 0.26 0.70 0.03 1.04 0.00 1.04 0.53 0.33 0.27 0.31 0.08 0.71 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.16 0.06 0.43 0.06 0.88 0.26 1.45 0.35 1.31 0.49 0.24 0.69 0.36 0.31 0.94 0.17 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.34 0.24 0.58 0.38 0.79 0.26 1.12 0.40 1.05 0.57 0.41 0.15 0.29 0.09 0.83 0.26 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.26 0.10 0.53 0.19 0.81 0.03 1.24 0.01 1.17 0.54 0.32 0.41 0.33 0.15 0.84 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00