ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49283

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C1' A 0, 0.002, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.003, 0.007, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.007 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.002, 0.007, 0.011, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.002, 0.008, 0.013, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.001, 0.007, 0.012, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.007 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.000, 0.009, 0.019, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.001, 0.011, 0.021, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.011 std_dev=0.010
O2 A 0, 0.007, 0.017, 0.027, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.017 std_dev=0.010
N4 A 0, 0.001, 0.024, 0.047, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.024 std_dev=0.023
O2' A 0, 0.014, 0.191, 0.368, 0.478 max_d=0.478 avg_d=0.191 std_dev=0.177
C2' A 0, 0.010, 0.265, 0.520, 0.672 max_d=0.672 avg_d=0.265 std_dev=0.255
OP2 B 0, 0.199, 0.475, 0.751, 0.674 max_d=0.674 avg_d=0.475 std_dev=0.276
O4' A 0, 0.026, 0.320, 0.614, 0.775 max_d=0.775 avg_d=0.320 std_dev=0.294
C3' B 0, 0.140, 0.464, 0.789, 0.800 max_d=0.800 avg_d=0.464 std_dev=0.325
P B 0, 0.228, 0.559, 0.889, 0.858 max_d=0.858 avg_d=0.559 std_dev=0.330
OP1 B 0, 0.256, 0.628, 1.000, 0.955 max_d=0.955 avg_d=0.628 std_dev=0.372
O5' A 0, 0.113, 0.489, 0.865, 0.914 max_d=0.914 avg_d=0.489 std_dev=0.376
O5' B 0, 0.249, 0.647, 1.044, 1.084 max_d=1.084 avg_d=0.647 std_dev=0.397
C3' A 0, 0.042, 0.503, 0.963, 1.220 max_d=1.220 avg_d=0.503 std_dev=0.461
C4' B 0, 0.191, 0.653, 1.114, 1.303 max_d=1.303 avg_d=0.653 std_dev=0.461
C4' A 0, 0.044, 0.516, 0.988, 1.245 max_d=1.245 avg_d=0.516 std_dev=0.472
C5' B 0, 0.281, 0.845, 1.409, 1.577 max_d=1.577 avg_d=0.845 std_dev=0.564
O3' A 0, 0.066, 0.669, 1.273, 1.609 max_d=1.609 avg_d=0.669 std_dev=0.603
P A 0, -0.055, 0.559, 1.173, 1.573 max_d=1.573 avg_d=0.559 std_dev=0.614
O4' B 0, 0.165, 0.852, 1.539, 1.893 max_d=1.893 avg_d=0.852 std_dev=0.687
O3' B 0, 0.088, 0.835, 1.581, 1.874 max_d=1.874 avg_d=0.835 std_dev=0.746
C4 B 0, 0.506, 1.261, 2.016, 2.002 max_d=2.002 avg_d=1.261 std_dev=0.755
N1 B 0, 0.254, 1.017, 1.780, 2.151 max_d=2.151 avg_d=1.017 std_dev=0.763
OP2 A 0, -0.093, 0.673, 1.440, 1.976 max_d=1.976 avg_d=0.673 std_dev=0.766
O4 B 0, 0.589, 1.402, 2.215, 1.988 max_d=1.988 avg_d=1.402 std_dev=0.813
C5' A 0, 0.052, 0.868, 1.683, 2.153 max_d=2.153 avg_d=0.868 std_dev=0.815
C1' B 0, 0.117, 0.948, 1.780, 2.286 max_d=2.286 avg_d=0.948 std_dev=0.832
C6 B 0, 0.059, 0.892, 1.724, 1.780 max_d=1.780 avg_d=0.892 std_dev=0.832
C5 B 0, 0.129, 0.994, 1.859, 1.981 max_d=1.981 avg_d=0.994 std_dev=0.865
C2' B 0, 0.067, 0.981, 1.895, 2.422 max_d=2.422 avg_d=0.981 std_dev=0.914
OP1 A 0, 0.028, 1.033, 2.038, 2.568 max_d=2.568 avg_d=1.033 std_dev=1.005
N3 B 0, 0.379, 1.394, 2.409, 2.371 max_d=2.371 avg_d=1.394 std_dev=1.015
C2 B 0, 0.233, 1.287, 2.342, 2.458 max_d=2.458 avg_d=1.287 std_dev=1.055
O2 B 0, 0.099, 1.522, 2.945, 3.074 max_d=3.074 avg_d=1.522 std_dev=1.423
O2' B 0, 0.040, 1.662, 3.283, 4.237 max_d=4.237 avg_d=1.662 std_dev=1.621

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.16 0.18 0.25 0.16
C2 0.01 0.00 0.08 0.17 0.02 0.09 0.01 0.16 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.17 0.01 0.32 0.31 0.46 0.24
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.03 0.08 0.01 0.06 0.02 0.17 0.00 0.02 0.01 0.26 0.47 0.24 0.17
C3' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.10 0.01 0.02 0.04 0.04 0.06 0.16 0.11 0.23 0.01 0.01 0.01 0.35 0.70 0.21 0.30
C4 0.01 0.02 0.01 0.10 0.00 0.10 0.00 0.19 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.12 0.05 0.44 0.35 0.57 0.29
C4' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.10 0.00 0.07 0.00 0.06 0.06 0.10 0.10 0.10 0.02 0.02 0.00 0.02 0.28 0.22 0.08
C5 0.01 0.01 0.05 0.02 0.00 0.07 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.03 0.06 0.46 0.31 0.51 0.26
C5' 0.03 0.16 0.03 0.04 0.19 0.00 0.15 0.00 0.12 0.11 0.19 0.20 0.17 0.03 0.07 0.02 0.01 0.38 0.39 0.02
C6 0.01 0.00 0.08 0.04 0.00 0.06 0.00 0.12 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.02 0.06 0.40 0.25 0.40 0.22
N1 0.00 0.00 0.01 0.06 0.01 0.06 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.03 0.31 0.25 0.37 0.20
N3 0.00 0.01 0.06 0.16 0.01 0.10 0.00 0.19 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.18 0.02 0.39 0.35 0.54 0.28
N4 0.01 0.03 0.02 0.11 0.00 0.10 0.00 0.20 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.14 0.05 0.47 0.37 0.62 0.31
O2 0.01 0.00 0.17 0.23 0.01 0.10 0.01 0.17 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.23 0.01 0.25 0.32 0.43 0.23
O2' 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.05 0.03 0.05 0.02 0.01 0.03 0.04 0.00 0.05 0.03 0.07 0.37 0.14 0.07
O3' 0.01 0.17 0.02 0.01 0.12 0.02 0.03 0.07 0.02 0.06 0.18 0.14 0.23 0.05 0.00 0.01 0.25 0.88 0.20 0.36
O4' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.06 0.02 0.06 0.03 0.02 0.05 0.01 0.03 0.01 0.00 0.10 0.16 0.32 0.29
O5' 0.16 0.32 0.26 0.35 0.44 0.02 0.46 0.01 0.40 0.31 0.39 0.47 0.25 0.07 0.25 0.10 0.00 0.03 0.03 0.00
OP1 0.18 0.31 0.47 0.70 0.35 0.28 0.31 0.38 0.25 0.25 0.35 0.37 0.32 0.37 0.88 0.16 0.03 0.00 0.03 0.01
OP2 0.25 0.46 0.24 0.21 0.57 0.22 0.51 0.39 0.40 0.37 0.54 0.62 0.43 0.14 0.20 0.32 0.03 0.03 0.00 0.00
P 0.16 0.24 0.17 0.30 0.29 0.08 0.26 0.02 0.22 0.20 0.28 0.31 0.23 0.07 0.36 0.29 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.43 0.31 0.62 0.33 0.18 0.23 0.36 0.09 0.37 0.26 0.22 0.52 1.13 0.70 0.24 0.18 0.32 0.32 0.07 0.20
C2 0.43 0.29 0.74 0.36 0.18 0.18 0.37 0.14 0.40 0.31 0.20 0.44 1.17 0.73 0.19 0.14 0.39 0.45 0.06 0.28
C2' 0.42 0.22 0.56 0.27 0.23 0.15 0.41 0.22 0.43 0.28 0.16 0.37 0.99 0.44 0.27 0.19 0.46 0.43 0.05 0.31
C3' 0.43 0.23 0.50 0.29 0.35 0.14 0.47 0.23 0.47 0.34 0.24 0.25 0.84 0.22 0.38 0.23 0.45 0.30 0.08 0.26
C4 0.40 0.28 0.76 0.34 0.17 0.16 0.29 0.19 0.33 0.30 0.19 0.35 1.06 0.67 0.15 0.18 0.42 0.48 0.11 0.32
C4' 0.33 0.23 0.36 0.12 0.37 0.15 0.47 0.16 0.43 0.26 0.27 0.32 0.83 0.40 0.43 0.12 0.29 0.20 0.18 0.18
C5 0.39 0.23 0.74 0.34 0.14 0.17 0.27 0.16 0.29 0.27 0.13 0.31 1.03 0.67 0.15 0.16 0.39 0.35 0.04 0.24
C5' 0.35 0.35 0.33 0.16 0.51 0.13 0.54 0.25 0.48 0.37 0.43 0.32 0.66 0.16 0.56 0.10 0.28 0.32 0.30 0.25
C6 0.40 0.21 0.70 0.36 0.15 0.20 0.30 0.11 0.31 0.24 0.11 0.34 1.08 0.74 0.19 0.14 0.35 0.29 0.08 0.20
N1 0.43 0.27 0.70 0.36 0.16 0.20 0.34 0.12 0.37 0.28 0.17 0.43 1.15 0.74 0.20 0.15 0.36 0.36 0.05 0.23
N3 0.42 0.29 0.76 0.35 0.19 0.16 0.35 0.18 0.38 0.32 0.20 0.39 1.14 0.71 0.17 0.16 0.41 0.50 0.11 0.32
N4 0.39 0.33 0.75 0.31 0.20 0.16 0.25 0.24 0.30 0.32 0.26 0.39 1.00 0.61 0.16 0.23 0.42 0.52 0.21 0.36
O2 0.44 0.33 0.73 0.36 0.19 0.18 0.39 0.14 0.42 0.32 0.23 0.50 1.19 0.73 0.20 0.15 0.39 0.47 0.07 0.29
O2' 0.38 0.30 0.51 0.24 0.20 0.16 0.37 0.15 0.37 0.23 0.24 0.53 0.96 0.50 0.27 0.16 0.40 0.42 0.05 0.28
O3' 0.40 0.24 0.42 0.30 0.36 0.14 0.46 0.23 0.45 0.34 0.26 0.24 0.69 0.09 0.39 0.22 0.43 0.26 0.09 0.24
O4' 0.40 0.27 0.53 0.30 0.28 0.30 0.42 0.16 0.39 0.23 0.23 0.48 1.08 0.72 0.36 0.21 0.23 0.19 0.16 0.15
O5' 0.26 0.21 0.26 0.32 0.48 0.11 0.59 0.35 0.52 0.30 0.32 0.18 0.53 0.02 0.53 0.14 0.63 0.52 0.43 0.55
OP1 0.78 0.80 0.72 0.34 0.63 0.62 0.53 0.55 0.55 0.70 0.74 0.93 0.96 0.05 0.62 0.75 0.45 0.57 0.60 0.51
OP2 0.07 0.07 0.03 0.17 0.30 0.19 0.43 0.53 0.37 0.14 0.13 0.20 0.22 0.05 0.34 0.15 0.63 0.71 0.64 0.67
P 0.23 0.21 0.20 0.01 0.16 0.24 0.20 0.37 0.15 0.14 0.17 0.32 0.40 0.01 0.19 0.21 0.38 0.46 0.44 0.41

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.27 0.01 0.00 0.14 0.15 0.11 0.12
C2 0.01 0.00 0.19 0.14 0.01 0.15 0.01 0.26 0.00 0.00 0.00 0.00 0.18 0.14 0.00 0.26 0.24 0.23 0.19 0.26
C2' 0.01 0.19 0.00 0.00 0.03 0.02 0.20 0.23 0.26 0.02 0.13 0.36 0.00 0.04 0.03 0.03 0.44 0.46 0.46 0.45
C3' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.22 0.01 0.24 0.04 0.20 0.14 0.19 0.09 0.04 0.00 0.24 0.01 0.05 0.20 0.34 0.15
C4 0.00 0.01 0.03 0.22 0.00 0.06 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.27 0.03 0.01 0.01 0.17 0.12 0.07 0.15
C4' 0.01 0.15 0.02 0.01 0.06 0.00 0.22 0.00 0.26 0.04 0.09 0.31 0.19 0.01 0.06 0.00 0.02 0.15 0.14 0.03
C5 0.01 0.01 0.20 0.24 0.00 0.22 0.00 0.26 0.00 0.00 0.00 0.01 0.53 0.06 0.00 0.20 0.31 0.26 0.23 0.31
C5' 0.07 0.26 0.23 0.04 0.11 0.00 0.26 0.00 0.29 0.08 0.22 0.44 0.05 0.17 0.11 0.02 0.01 0.14 0.06 0.01
C6 0.00 0.00 0.26 0.20 0.00 0.26 0.00 0.29 0.00 0.00 0.01 0.00 0.56 0.03 0.01 0.27 0.31 0.25 0.22 0.30
N1 0.00 0.00 0.02 0.14 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.16 0.12 0.01 0.00 0.13 0.13 0.09 0.11
N3 0.01 0.00 0.13 0.19 0.01 0.09 0.00 0.22 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.07 0.00 0.18 0.20 0.20 0.16 0.22
O2 0.01 0.00 0.36 0.09 0.01 0.31 0.01 0.44 0.00 0.01 0.00 0.00 0.53 0.22 0.00 0.46 0.36 0.36 0.29 0.40
O2' 0.01 0.18 0.00 0.04 0.27 0.19 0.53 0.05 0.56 0.16 0.06 0.53 0.00 0.11 0.27 0.13 0.39 0.46 0.55 0.44
O3' 0.27 0.14 0.04 0.00 0.03 0.01 0.06 0.17 0.03 0.12 0.07 0.22 0.11 0.00 0.05 0.19 0.14 0.45 0.59 0.35
O4 0.01 0.00 0.03 0.24 0.01 0.06 0.00 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00 0.27 0.05 0.00 0.01 0.17 0.12 0.05 0.16
O4' 0.00 0.26 0.03 0.01 0.01 0.00 0.20 0.02 0.27 0.00 0.18 0.46 0.13 0.19 0.01 0.00 0.07 0.12 0.12 0.09
O5' 0.14 0.24 0.44 0.05 0.17 0.02 0.31 0.01 0.31 0.13 0.20 0.36 0.39 0.14 0.17 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.15 0.23 0.46 0.20 0.12 0.15 0.26 0.14 0.25 0.13 0.20 0.36 0.46 0.45 0.12 0.12 0.01 0.00 0.04 0.00
OP2 0.11 0.19 0.46 0.34 0.07 0.14 0.23 0.06 0.22 0.09 0.16 0.29 0.55 0.59 0.05 0.12 0.01 0.04 0.00 0.01
P 0.12 0.26 0.45 0.15 0.15 0.03 0.31 0.01 0.30 0.11 0.22 0.40 0.44 0.35 0.16 0.09 0.00 0.00 0.01 0.00