ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49285

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.000, 0.009, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.000, 0.017, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C6 A 0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C2 A 0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.000, 0.018, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.018 std_dev=0.018
O2 A 0, 0.000, 0.022, 0.044, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.022 std_dev=0.022
N1 A 0, 0.000, 0.030, 0.061, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.030 std_dev=0.030
N4 A 0, 0.000, 0.034, 0.068, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.034 std_dev=0.034
O4' A 0, 0.000, 0.066, 0.131, 0.131 max_d=0.131 avg_d=0.066 std_dev=0.066
C2' A 0, 0.000, 0.121, 0.242, 0.242 max_d=0.242 avg_d=0.121 std_dev=0.121
C4' A 0, 0.000, 0.178, 0.356, 0.356 max_d=0.356 avg_d=0.178 std_dev=0.178
OP2 B 0, 0.000, 0.245, 0.491, 0.491 max_d=0.491 avg_d=0.245 std_dev=0.245
O2' A 0, 0.000, 0.258, 0.517, 0.517 max_d=0.517 avg_d=0.258 std_dev=0.258
C3' A 0, 0.000, 0.267, 0.534, 0.534 max_d=0.534 avg_d=0.267 std_dev=0.267
P B 0, 0.000, 0.309, 0.617, 0.617 max_d=0.617 avg_d=0.309 std_dev=0.309
OP1 B 0, 0.000, 0.334, 0.668, 0.668 max_d=0.668 avg_d=0.334 std_dev=0.334
C5' A 0, 0.000, 0.349, 0.698, 0.698 max_d=0.698 avg_d=0.349 std_dev=0.349
O3' A 0, 0.000, 0.459, 0.919, 0.919 max_d=0.919 avg_d=0.459 std_dev=0.459
O5' A 0, 0.000, 0.745, 1.490, 1.490 max_d=1.490 avg_d=0.745 std_dev=0.745
P A 0, 0.000, 1.388, 2.775, 2.775 max_d=2.775 avg_d=1.388 std_dev=1.388
O5' B 0, 0.000, 1.481, 2.961, 2.961 max_d=2.961 avg_d=1.481 std_dev=1.481
OP2 A 0, 0.000, 1.657, 3.314, 3.314 max_d=3.314 avg_d=1.657 std_dev=1.657
C5' B 0, 0.000, 1.917, 3.833, 3.833 max_d=3.833 avg_d=1.917 std_dev=1.917
OP1 A 0, 0.000, 1.995, 3.990, 3.990 max_d=3.990 avg_d=1.995 std_dev=1.995
O4' B 0, 0.000, 3.016, 6.032, 6.032 max_d=6.032 avg_d=3.016 std_dev=3.016
C4' B 0, 0.000, 3.109, 6.217, 6.217 max_d=6.217 avg_d=3.109 std_dev=3.109
C6 B 0, 0.000, 4.085, 8.169, 8.169 max_d=8.169 avg_d=4.085 std_dev=4.085
C3' B 0, 0.000, 4.145, 8.291, 8.291 max_d=8.291 avg_d=4.145 std_dev=4.145
C1' B 0, 0.000, 4.280, 8.560, 8.560 max_d=8.560 avg_d=4.280 std_dev=4.280
N1 B 0, 0.000, 4.611, 9.221, 9.221 max_d=9.221 avg_d=4.611 std_dev=4.611
C2' B 0, 0.000, 4.839, 9.678, 9.678 max_d=9.678 avg_d=4.839 std_dev=4.839
C5 B 0, 0.000, 4.993, 9.986, 9.986 max_d=9.986 avg_d=4.993 std_dev=4.993
O3' B 0, 0.000, 5.250, 10.500, 10.500 max_d=10.500 avg_d=5.250 std_dev=5.250
C2 B 0, 0.000, 5.810, 11.620, 11.620 max_d=11.620 avg_d=5.810 std_dev=5.810
O2' B 0, 0.000, 5.948, 11.895, 11.895 max_d=11.895 avg_d=5.948 std_dev=5.948
C4 B 0, 0.000, 6.226, 12.451, 12.451 max_d=12.451 avg_d=6.226 std_dev=6.226
O2 B 0, 0.000, 6.430, 12.861, 12.861 max_d=12.861 avg_d=6.430 std_dev=6.430
N3 B 0, 0.000, 6.454, 12.907, 12.907 max_d=12.907 avg_d=6.454 std_dev=6.454
O4 B 0, 0.000, 7.205, 14.411, 14.411 max_d=14.411 avg_d=7.205 std_dev=7.205

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.29 0.25 0.18 0.17
C2 0.01 0.00 0.01 0.07 0.00 0.04 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.08 0.01 0.41 0.57 0.02 0.42
C2' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.02 0.05 0.02 0.00 0.01 0.02 0.19 0.32 0.11 0.13
C3' 0.02 0.07 0.00 0.00 0.14 0.00 0.15 0.00 0.13 0.08 0.10 0.15 0.02 0.01 0.00 0.01 0.12 0.28 0.03 0.13
C4 0.00 0.00 0.04 0.14 0.00 0.08 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.18 0.01 0.49 0.73 0.23 0.62
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.08 0.00 0.09 0.00 0.08 0.05 0.06 0.09 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.07 0.24 0.08
C5 0.02 0.00 0.04 0.15 0.00 0.09 0.00 0.19 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.18 0.03 0.49 0.63 0.23 0.61
C5' 0.03 0.11 0.01 0.00 0.17 0.00 0.19 0.00 0.17 0.12 0.13 0.18 0.07 0.03 0.02 0.01 0.00 0.18 0.02 0.00
C6 0.02 0.00 0.03 0.13 0.00 0.08 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.15 0.03 0.46 0.48 0.10 0.48
N1 0.00 0.00 0.01 0.08 0.00 0.05 0.01 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.00 0.40 0.45 0.02 0.37
N3 0.01 0.00 0.02 0.10 0.00 0.06 0.01 0.13 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.12 0.00 0.47 0.70 0.14 0.54
N4 0.01 0.01 0.05 0.15 0.00 0.09 0.00 0.18 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.20 0.02 0.51 0.82 0.31 0.69
O2 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.08 0.01 0.02 0.37 0.53 0.05 0.34
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.08 0.00 0.01 0.06 0.01 0.08 0.38 0.13
O3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.18 0.00 0.18 0.02 0.15 0.08 0.12 0.20 0.01 0.01 0.00 0.01 0.12 0.16 0.01 0.05
O4' 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.02 0.06 0.01 0.00 0.23 0.05 0.27 0.07
O5' 0.29 0.41 0.19 0.12 0.49 0.00 0.49 0.00 0.46 0.40 0.47 0.51 0.37 0.01 0.12 0.23 0.00 0.00 0.03 0.00
OP1 0.25 0.57 0.32 0.28 0.73 0.07 0.63 0.18 0.48 0.45 0.70 0.82 0.53 0.08 0.16 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01
OP2 0.18 0.02 0.11 0.03 0.23 0.24 0.23 0.02 0.10 0.02 0.14 0.31 0.05 0.38 0.01 0.27 0.03 0.02 0.00 0.02
P 0.17 0.42 0.13 0.13 0.62 0.08 0.61 0.00 0.48 0.37 0.54 0.69 0.34 0.13 0.05 0.07 0.00 0.01 0.02 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.95 1.86 2.63 2.16 1.05 1.40 0.78 0.73 1.07 1.64 1.57 2.23 3.26 2.30 0.82 1.31 0.74 0.05 0.02 0.01
C2 1.41 1.35 1.99 1.48 0.81 0.88 0.61 0.37 0.81 1.20 1.16 1.58 2.44 1.37 0.65 0.86 0.50 0.09 0.03 0.03
C2' 1.69 1.43 2.37 2.02 0.49 1.32 0.27 0.68 0.65 1.26 1.05 1.85 3.01 2.25 0.20 1.13 0.59 0.15 0.13 0.09
C3' 1.62 1.24 2.32 2.10 0.17 1.39 0.05 0.72 0.42 1.09 0.79 1.71 2.97 2.48 0.18 1.10 0.53 0.26 0.24 0.20
C4 1.03 1.00 1.53 1.01 0.68 0.54 0.55 0.15 0.67 0.91 0.89 1.12 1.77 0.74 0.57 0.58 0.38 0.08 0.00 0.02
C4' 2.04 1.78 2.75 2.44 0.71 1.64 0.43 0.88 0.85 1.55 1.35 2.27 3.45 2.87 0.39 1.40 0.72 0.15 0.13 0.09
C5 1.36 1.28 1.96 1.46 0.83 0.87 0.68 0.40 0.87 1.19 1.12 1.44 2.20 1.27 0.68 0.85 0.61 0.04 0.02 0.01
C5' 2.04 1.72 2.74 2.53 0.58 1.71 0.30 0.91 0.75 1.50 1.25 2.24 3.40 3.09 0.25 1.42 0.69 0.23 0.18 0.15
C6 1.72 1.60 2.40 1.91 0.97 1.21 0.76 0.61 1.02 1.46 1.37 1.85 2.80 1.86 0.78 1.13 0.72 0.04 0.01 0.03
N1 1.70 1.61 2.35 1.86 0.95 1.17 0.72 0.57 0.97 1.44 1.37 1.89 2.85 1.85 0.75 1.10 0.66 0.06 0.01 0.00
N3 1.10 1.07 1.62 1.09 0.69 0.59 0.54 0.18 0.68 0.96 0.95 1.23 1.95 0.86 0.57 0.63 0.37 0.10 0.02 0.04
N4 0.64 0.67 1.02 0.49 0.53 0.15 0.45 0.12 0.49 0.61 0.64 0.71 1.16 0.11 0.47 0.27 0.18 0.08 0.03 0.03
O2 1.42 1.37 1.99 1.48 0.80 0.88 0.59 0.36 0.79 1.20 1.17 1.63 2.49 1.40 0.63 0.87 0.47 0.11 0.04 0.05
O2' 1.80 1.59 2.47 2.09 0.62 1.37 0.36 0.70 0.75 1.37 1.21 2.04 3.17 2.37 0.32 1.20 0.61 0.13 0.14 0.09
O3' 1.44 0.96 2.13 1.99 0.24 1.32 0.42 0.66 0.12 0.82 0.44 1.48 2.81 2.47 0.64 0.97 0.39 0.35 0.37 0.31
O4' 2.25 2.16 2.96 2.49 1.26 1.67 0.95 0.92 1.27 1.90 1.83 2.58 3.64 2.74 1.01 1.55 0.89 0.01 0.04 0.08
O5' 2.32 1.77 3.08 3.06 0.60 2.26 0.44 1.56 0.98 1.68 1.24 2.24 3.59 3.60 0.21 1.84 1.31 0.47 0.47 0.52
OP1 2.14 1.43 2.83 3.14 0.35 2.54 0.30 2.02 0.85 1.46 0.90 1.84 3.03 3.68 0.04 1.89 1.68 0.91 1.19 1.05
OP2 2.79 2.29 3.36 3.44 1.04 2.77 0.83 1.97 1.36 2.13 1.73 2.84 3.79 4.24 0.65 2.35 1.58 0.55 0.80 0.75
P 2.69 2.05 3.36 3.53 0.85 2.82 0.72 2.10 1.28 2.00 1.49 2.53 3.72 4.24 0.43 2.30 1.75 0.83 0.96 0.95

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.22 0.02 0.00 0.01 0.13 0.15 0.04
C2 0.01 0.00 0.09 0.16 0.02 0.05 0.02 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.17 0.12 0.01 0.02 0.18 0.09 0.66 0.28
C2' 0.00 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.11 0.08 0.01 0.07 0.18 0.00 0.02 0.02 0.01 0.23 0.39 0.21 0.26
C3' 0.00 0.16 0.01 0.00 0.28 0.00 0.28 0.01 0.24 0.17 0.22 0.11 0.02 0.00 0.30 0.02 0.01 0.04 0.18 0.03
C4 0.02 0.02 0.01 0.28 0.00 0.13 0.01 0.18 0.01 0.01 0.00 0.02 0.28 0.10 0.00 0.03 0.34 0.04 1.18 0.51
C4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.13 0.00 0.16 0.00 0.16 0.08 0.08 0.02 0.23 0.01 0.15 0.01 0.01 0.16 0.18 0.02
C5 0.01 0.02 0.05 0.28 0.01 0.16 0.00 0.21 0.00 0.01 0.00 0.03 0.28 0.16 0.02 0.06 0.35 0.04 1.19 0.52
C5' 0.01 0.07 0.11 0.01 0.18 0.00 0.21 0.00 0.18 0.08 0.11 0.04 0.10 0.15 0.21 0.01 0.00 0.27 0.25 0.01
C6 0.01 0.01 0.08 0.24 0.01 0.16 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.03 0.22 0.12 0.01 0.07 0.28 0.07 0.88 0.39
N1 0.00 0.01 0.01 0.17 0.01 0.08 0.01 0.08 0.00 0.00 0.00 0.03 0.16 0.05 0.02 0.01 0.16 0.10 0.58 0.24
N3 0.01 0.01 0.07 0.22 0.00 0.08 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.24 0.03 0.00 0.01 0.26 0.07 0.93 0.39
O2 0.03 0.01 0.18 0.11 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.03 0.01 0.00 0.06 0.24 0.01 0.03 0.13 0.08 0.50 0.21
O2' 0.02 0.17 0.00 0.02 0.28 0.23 0.28 0.10 0.22 0.16 0.24 0.06 0.00 0.01 0.30 0.17 0.15 0.35 0.27 0.22
O3' 0.22 0.12 0.02 0.00 0.10 0.01 0.16 0.15 0.12 0.05 0.03 0.24 0.01 0.00 0.13 0.13 0.18 0.40 0.11 0.17
O4 0.02 0.01 0.02 0.30 0.00 0.15 0.02 0.21 0.01 0.02 0.00 0.01 0.30 0.13 0.00 0.03 0.39 0.00 1.35 0.59
O4' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.06 0.01 0.07 0.01 0.01 0.03 0.17 0.13 0.03 0.00 0.05 0.05 0.12 0.11
O5' 0.01 0.18 0.23 0.01 0.34 0.01 0.35 0.00 0.28 0.16 0.26 0.13 0.15 0.18 0.39 0.05 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.13 0.09 0.39 0.04 0.04 0.16 0.04 0.27 0.07 0.10 0.07 0.08 0.35 0.40 0.00 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.15 0.66 0.21 0.18 1.18 0.18 1.19 0.25 0.88 0.58 0.93 0.50 0.27 0.11 1.35 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.28 0.26 0.03 0.51 0.02 0.52 0.01 0.39 0.24 0.39 0.21 0.22 0.17 0.59 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00