ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49288

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 0, 2, 3, 1, 11, 21, 12, 7, 6, 5, 2, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.011, 0.016, 0.021, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.016 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.004, 0.012, 0.020, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.012 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.013, 0.023, 0.034, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.023 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.009, 0.020, 0.030, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.020 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.012, 0.024, 0.035, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.024 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.008, 0.020, 0.033, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.020 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.008, 0.021, 0.034, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.021 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.015, 0.028, 0.041, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.028 std_dev=0.013
N7 A 0, 0.006, 0.022, 0.038, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.022 std_dev=0.016
N6 A 0, 0.019, 0.038, 0.057, 0.120 max_d=0.120 avg_d=0.038 std_dev=0.019
C8 A 0, 0.005, 0.026, 0.048, 0.134 max_d=0.134 avg_d=0.026 std_dev=0.021
N1 B 0, 0.379, 0.582, 0.784, 1.139 max_d=1.139 avg_d=0.582 std_dev=0.202
C6 B 0, 0.532, 0.826, 1.120, 1.449 max_d=1.449 avg_d=0.826 std_dev=0.294
N3 B 0, 0.327, 0.638, 0.949, 1.556 max_d=1.556 avg_d=0.638 std_dev=0.311
C2 B 0, 0.534, 0.848, 1.162, 1.740 max_d=1.740 avg_d=0.848 std_dev=0.314
C4 B 0, 0.281, 0.608, 0.935, 1.417 max_d=1.417 avg_d=0.608 std_dev=0.327
C5 B 0, 0.643, 1.051, 1.459, 1.742 max_d=1.742 avg_d=1.051 std_dev=0.408
C1' B 0, 0.341, 0.760, 1.179, 1.819 max_d=1.819 avg_d=0.760 std_dev=0.419
N9 B 0, 0.552, 0.985, 1.418, 1.769 max_d=1.769 avg_d=0.985 std_dev=0.433
O6 B 0, 0.712, 1.151, 1.591, 1.931 max_d=1.931 avg_d=1.151 std_dev=0.439
C2' B 0, 0.693, 1.212, 1.731, 2.172 max_d=2.172 avg_d=1.212 std_dev=0.519
O2' B 0, 0.820, 1.373, 1.927, 2.439 max_d=2.439 avg_d=1.373 std_dev=0.553
O4' B 0, 0.832, 1.402, 1.972, 2.388 max_d=2.388 avg_d=1.402 std_dev=0.570
N2 B 0, 0.964, 1.543, 2.123, 2.718 max_d=2.718 avg_d=1.543 std_dev=0.580
O4' A 0, 0.474, 1.141, 1.809, 1.744 max_d=1.744 avg_d=1.141 std_dev=0.667
C4' B 0, 1.045, 1.757, 2.470, 2.951 max_d=2.951 avg_d=1.757 std_dev=0.713
C8 B 0, 0.989, 1.705, 2.420, 2.739 max_d=2.739 avg_d=1.705 std_dev=0.716
C2' A 0, 0.503, 1.254, 2.006, 1.978 max_d=1.978 avg_d=1.254 std_dev=0.751
N7 B 0, 1.014, 1.766, 2.518, 2.713 max_d=2.713 avg_d=1.766 std_dev=0.752
C3' B 0, 1.088, 1.908, 2.729, 3.225 max_d=3.225 avg_d=1.908 std_dev=0.820
C4' A 0, 0.709, 1.608, 2.507, 2.439 max_d=2.439 avg_d=1.608 std_dev=0.899
C3' A 0, 0.711, 1.642, 2.572, 2.498 max_d=2.498 avg_d=1.642 std_dev=0.931
C5' B 0, 1.646, 2.701, 3.757, 4.259 max_d=4.259 avg_d=2.701 std_dev=1.055
O3' A 0, 0.872, 1.958, 3.045, 2.928 max_d=2.928 avg_d=1.958 std_dev=1.087
O3' B 0, 1.410, 2.499, 3.589, 4.133 max_d=4.133 avg_d=2.499 std_dev=1.090
O2' A 0, 0.699, 1.790, 2.881, 2.883 max_d=2.883 avg_d=1.790 std_dev=1.091
C5' A 0, 1.267, 2.538, 3.808, 3.737 max_d=3.737 avg_d=2.538 std_dev=1.271
O5' A 0, 1.413, 2.727, 4.040, 4.414 max_d=4.414 avg_d=2.727 std_dev=1.314
O5' B 0, 1.876, 3.230, 4.585, 5.096 max_d=5.096 avg_d=3.230 std_dev=1.354
P B 0, 2.364, 4.117, 5.869, 6.232 max_d=6.232 avg_d=4.117 std_dev=1.752
OP1 B 0, 2.457, 4.244, 6.031, 7.354 max_d=7.354 avg_d=4.244 std_dev=1.787
OP2 B 0, 2.606, 4.673, 6.740, 6.686 max_d=6.686 avg_d=4.673 std_dev=2.067
OP1 A 0, 1.872, 4.021, 6.169, 5.999 max_d=5.999 avg_d=4.021 std_dev=2.149
P A 0, 1.854, 4.033, 6.211, 5.988 max_d=5.988 avg_d=4.033 std_dev=2.179
OP2 A 0, 2.196, 4.570, 6.943, 6.761 max_d=6.761 avg_d=4.570 std_dev=2.373

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.18 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.25 0.01 0.50 0.40 0.73 0.54
C2 0.03 0.00 0.47 0.27 0.01 0.32 0.01 0.70 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.51 0.14 0.50 0.93 0.96 1.44 1.25
C2' 0.01 0.47 0.00 0.01 0.23 0.02 0.09 0.28 0.19 0.29 0.36 0.47 0.12 0.17 0.03 0.01 0.03 0.02 0.62 0.58 0.89 0.65
C3' 0.02 0.27 0.01 0.00 0.22 0.01 0.25 0.04 0.28 0.17 0.29 0.24 0.29 0.22 0.16 0.03 0.01 0.02 0.09 0.21 0.26 0.12
C4 0.02 0.01 0.23 0.22 0.00 0.18 0.00 0.53 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.15 0.07 0.27 0.86 0.77 1.40 1.11
C4' 0.01 0.32 0.02 0.01 0.18 0.00 0.13 0.01 0.19 0.12 0.27 0.29 0.16 0.07 0.05 0.31 0.02 0.01 0.02 0.20 0.27 0.04
C5 0.01 0.01 0.09 0.25 0.00 0.13 0.00 0.51 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.11 0.09 0.12 0.89 0.84 1.71 1.26
C5' 0.18 0.70 0.28 0.04 0.53 0.01 0.51 0.00 0.61 0.23 0.69 0.62 0.59 0.35 0.34 0.06 0.25 0.02 0.02 0.23 0.36 0.03
C6 0.02 0.01 0.19 0.28 0.01 0.19 0.01 0.61 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.12 0.23 0.95 0.97 1.81 1.37
C8 0.01 0.01 0.29 0.17 0.00 0.12 0.00 0.23 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.52 0.08 0.27 0.70 0.58 1.52 0.96
N1 0.02 0.00 0.36 0.29 0.01 0.27 0.01 0.69 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.32 0.14 0.39 0.97 1.02 1.67 1.36
N3 0.03 0.00 0.47 0.24 0.00 0.29 0.00 0.62 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.52 0.14 0.50 0.86 0.83 1.26 1.10
N6 0.02 0.01 0.12 0.29 0.01 0.16 0.01 0.59 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.11 0.15 0.15 0.94 1.00 1.97 1.44
N7 0.01 0.01 0.17 0.22 0.01 0.07 0.00 0.35 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.43 0.10 0.14 0.79 0.73 1.80 1.18
N9 0.01 0.01 0.03 0.16 0.00 0.05 0.01 0.34 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.15 0.07 0.01 0.73 0.58 1.22 0.89
O2' 0.03 0.51 0.01 0.03 0.15 0.31 0.11 0.06 0.08 0.52 0.32 0.52 0.11 0.43 0.15 0.00 0.06 0.19 0.42 0.43 0.79 0.51
O3' 0.25 0.14 0.03 0.01 0.07 0.02 0.09 0.25 0.12 0.08 0.14 0.14 0.15 0.10 0.07 0.06 0.00 0.26 0.40 0.33 0.78 0.56
O4' 0.01 0.50 0.02 0.02 0.27 0.01 0.12 0.02 0.23 0.27 0.39 0.50 0.15 0.14 0.01 0.19 0.26 0.00 0.23 0.34 0.24 0.22
O5' 0.50 0.93 0.62 0.09 0.86 0.02 0.89 0.02 0.95 0.70 0.97 0.86 0.94 0.79 0.73 0.42 0.40 0.23 0.00 0.03 0.03 0.01
OP1 0.40 0.96 0.58 0.21 0.77 0.20 0.84 0.23 0.97 0.58 1.02 0.83 1.00 0.73 0.58 0.43 0.33 0.34 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.73 1.44 0.89 0.26 1.40 0.27 1.71 0.36 1.81 1.52 1.67 1.26 1.97 1.80 1.22 0.79 0.78 0.24 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.54 1.25 0.65 0.12 1.11 0.04 1.26 0.03 1.37 0.96 1.36 1.10 1.44 1.18 0.89 0.51 0.56 0.22 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.26 0.22 0.37 0.51 0.21 0.34 0.19 0.45 0.16 0.22 0.16 0.29 0.24 0.21 0.23 0.31 0.66 0.27 0.66 0.20 0.85 1.03 0.78
C2 0.18 0.28 0.18 0.21 0.19 0.19 0.18 0.30 0.18 0.19 0.23 0.36 0.25 0.20 0.18 0.20 0.22 0.17 0.46 0.22 0.84 0.89 0.68
C2' 0.62 0.43 0.86 1.02 0.52 0.82 0.48 0.93 0.40 0.56 0.36 0.40 0.51 0.51 0.58 0.79 1.19 0.62 1.10 0.37 1.33 1.44 1.21
C3' 0.22 0.29 0.27 0.40 0.21 0.20 0.19 0.29 0.23 0.17 0.26 0.38 0.27 0.18 0.20 0.25 0.57 0.22 0.47 0.26 0.86 0.91 0.65
C4 0.20 0.26 0.22 0.28 0.19 0.22 0.17 0.32 0.17 0.18 0.20 0.34 0.25 0.18 0.19 0.21 0.33 0.20 0.51 0.20 0.77 0.90 0.66
C4' 0.35 0.30 0.18 0.22 0.28 0.22 0.21 0.21 0.18 0.25 0.20 0.36 0.34 0.21 0.30 0.24 0.35 0.40 0.35 0.19 0.58 0.70 0.45
C5 0.19 0.27 0.18 0.21 0.19 0.19 0.17 0.28 0.17 0.17 0.22 0.35 0.25 0.18 0.18 0.20 0.22 0.18 0.45 0.20 0.72 0.81 0.60
C5' 0.42 0.29 0.28 0.30 0.32 0.35 0.28 0.36 0.28 0.32 0.26 0.31 0.35 0.29 0.35 0.31 0.34 0.48 0.44 0.34 0.49 0.69 0.48
C6 0.18 0.28 0.19 0.20 0.19 0.19 0.18 0.27 0.19 0.18 0.25 0.36 0.25 0.20 0.18 0.22 0.21 0.17 0.39 0.22 0.77 0.79 0.60
C8 0.24 0.24 0.31 0.41 0.21 0.29 0.18 0.38 0.17 0.21 0.17 0.31 0.25 0.20 0.22 0.27 0.50 0.25 0.57 0.20 0.72 0.89 0.66
N1 0.18 0.29 0.20 0.22 0.20 0.20 0.19 0.29 0.19 0.20 0.25 0.37 0.25 0.21 0.18 0.23 0.24 0.18 0.41 0.22 0.83 0.84 0.65
N3 0.20 0.27 0.20 0.26 0.19 0.21 0.18 0.32 0.17 0.18 0.21 0.35 0.25 0.19 0.18 0.20 0.30 0.19 0.51 0.21 0.82 0.92 0.69
N6 0.19 0.29 0.25 0.27 0.20 0.22 0.20 0.28 0.20 0.21 0.26 0.35 0.25 0.23 0.19 0.26 0.33 0.19 0.35 0.24 0.80 0.76 0.59
N7 0.21 0.26 0.22 0.27 0.20 0.21 0.17 0.30 0.16 0.18 0.19 0.33 0.25 0.17 0.19 0.21 0.31 0.21 0.47 0.20 0.67 0.79 0.58
N9 0.23 0.24 0.30 0.40 0.20 0.28 0.18 0.38 0.16 0.20 0.17 0.32 0.24 0.19 0.21 0.26 0.50 0.24 0.58 0.20 0.78 0.95 0.70
O2' 1.17 0.82 1.47 1.70 1.02 1.47 0.96 1.61 0.82 1.12 0.74 0.71 0.96 1.04 1.11 1.37 1.92 1.20 1.78 0.74 2.00 2.12 1.89
O3' 0.26 0.34 0.29 0.42 0.23 0.22 0.18 0.32 0.20 0.17 0.26 0.48 0.33 0.17 0.21 0.30 0.60 0.24 0.52 0.24 0.98 1.03 0.74
O4' 0.51 0.47 0.27 0.18 0.44 0.34 0.35 0.27 0.30 0.40 0.36 0.54 0.51 0.34 0.45 0.38 0.21 0.55 0.32 0.24 0.51 0.64 0.42
O5' 0.53 0.52 0.41 0.45 0.54 0.48 0.59 0.52 0.64 0.57 0.60 0.47 0.51 0.60 0.54 0.37 0.44 0.57 0.72 0.71 0.65 0.97 0.75
OP1 0.91 0.68 0.62 0.60 0.81 0.86 0.79 0.87 0.74 0.87 0.69 0.57 0.77 0.83 0.87 0.64 0.45 1.01 0.86 0.75 0.64 0.80 0.84
OP2 1.75 1.96 1.70 1.74 1.92 1.71 1.99 1.79 2.03 1.92 2.03 1.94 1.87 1.98 1.87 1.49 1.64 1.75 2.02 2.03 1.74 2.16 1.97
P 0.83 0.93 0.65 0.66 0.92 0.76 1.00 0.81 1.08 0.94 1.06 0.87 0.87 1.00 0.89 0.57 0.53 0.88 0.99 1.16 0.69 1.11 0.95

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.09 0.02 0.24 0.19 0.10
C2 0.03 0.00 0.14 0.17 0.01 0.08 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.22 0.03 0.26 0.01 0.52 0.49 0.33
C2' 0.01 0.14 0.00 0.01 0.07 0.02 0.06 0.02 0.08 0.07 0.11 0.16 0.13 0.06 0.03 0.02 0.03 0.02 0.13 0.08 0.36 0.31 0.17
C3' 0.02 0.17 0.01 0.00 0.08 0.01 0.07 0.03 0.10 0.10 0.14 0.21 0.15 0.08 0.03 0.04 0.02 0.03 0.15 0.09 0.40 0.33 0.20
C4 0.02 0.01 0.07 0.08 0.00 0.05 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.07 0.10 0.02 0.23 0.01 0.42 0.39 0.28
C4' 0.01 0.08 0.02 0.01 0.05 0.00 0.06 0.01 0.07 0.07 0.08 0.10 0.07 0.06 0.03 0.04 0.02 0.02 0.03 0.07 0.17 0.22 0.08
C5 0.02 0.01 0.06 0.07 0.00 0.06 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.07 0.09 0.02 0.26 0.01 0.46 0.47 0.34
C5' 0.04 0.13 0.02 0.03 0.12 0.01 0.14 0.00 0.15 0.15 0.15 0.14 0.11 0.16 0.10 0.04 0.05 0.03 0.01 0.16 0.12 0.11 0.02
C6 0.02 0.01 0.08 0.10 0.01 0.07 0.01 0.15 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.09 0.13 0.02 0.28 0.01 0.52 0.55 0.39
C8 0.01 0.01 0.07 0.10 0.01 0.07 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.05 0.12 0.03 0.22 0.02 0.31 0.35 0.25
N1 0.03 0.01 0.11 0.14 0.01 0.08 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.12 0.19 0.03 0.28 0.01 0.55 0.54 0.38
N2 0.03 0.01 0.16 0.21 0.02 0.10 0.02 0.14 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.16 0.27 0.03 0.26 0.02 0.54 0.50 0.34
N3 0.03 0.01 0.13 0.15 0.01 0.07 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.19 0.03 0.23 0.01 0.46 0.41 0.28
N7 0.01 0.01 0.06 0.08 0.00 0.06 0.00 0.16 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.10 0.03 0.26 0.02 0.39 0.46 0.33
N9 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.03 0.01 0.10 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.04 0.02 0.19 0.01 0.33 0.28 0.20
O2' 0.03 0.13 0.02 0.04 0.07 0.04 0.07 0.04 0.09 0.05 0.12 0.16 0.12 0.05 0.04 0.00 0.08 0.04 0.07 0.09 0.30 0.34 0.14
O3' 0.02 0.22 0.03 0.02 0.10 0.02 0.09 0.05 0.13 0.12 0.19 0.27 0.19 0.10 0.04 0.08 0.00 0.03 0.15 0.13 0.45 0.42 0.23
O4' 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.04 0.03 0.00 0.08 0.02 0.15 0.19 0.13
O5' 0.09 0.26 0.13 0.15 0.23 0.03 0.26 0.01 0.28 0.22 0.28 0.26 0.23 0.26 0.19 0.07 0.15 0.08 0.00 0.29 0.02 0.05 0.01
O6 0.02 0.01 0.08 0.09 0.01 0.07 0.01 0.16 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.09 0.13 0.02 0.29 0.00 0.54 0.59 0.43
OP1 0.24 0.52 0.36 0.40 0.42 0.17 0.46 0.12 0.52 0.31 0.55 0.54 0.46 0.39 0.33 0.30 0.45 0.15 0.02 0.54 0.00 0.02 0.01
OP2 0.19 0.49 0.31 0.33 0.39 0.22 0.47 0.11 0.55 0.35 0.54 0.50 0.41 0.46 0.28 0.34 0.42 0.19 0.05 0.59 0.02 0.00 0.02
P 0.10 0.33 0.17 0.20 0.28 0.08 0.34 0.02 0.39 0.25 0.38 0.34 0.28 0.33 0.20 0.14 0.23 0.13 0.01 0.43 0.01 0.02 0.00