ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49289

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 3, 3, 2, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.008, 0.013, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.005, 0.013, 0.021, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.011, 0.019, 0.028, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.019 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.010, 0.021, 0.033, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.021 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.008, 0.019, 0.031, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.019 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.011, 0.023, 0.034, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.023 std_dev=0.012
N6 A 0, 0.017, 0.031, 0.044, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.031 std_dev=0.014
N7 A 0, 0.007, 0.021, 0.034, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.021 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.007, 0.022, 0.037, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.022 std_dev=0.015
C8 A 0, 0.010, 0.026, 0.043, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.026 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.007, 0.025, 0.042, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.025 std_dev=0.017
O4' A 0, 0.026, 0.085, 0.145, 0.219 max_d=0.219 avg_d=0.085 std_dev=0.060
C2' A 0, 0.047, 0.115, 0.182, 0.274 max_d=0.274 avg_d=0.115 std_dev=0.067
O2' A 0, 0.068, 0.152, 0.236, 0.273 max_d=0.273 avg_d=0.152 std_dev=0.084
C4' A 0, 0.069, 0.155, 0.241, 0.353 max_d=0.353 avg_d=0.155 std_dev=0.086
C3' A 0, 0.066, 0.166, 0.265, 0.401 max_d=0.401 avg_d=0.166 std_dev=0.100
N1 B 0, 0.195, 0.334, 0.473, 0.506 max_d=0.506 avg_d=0.334 std_dev=0.139
C5' A 0, 0.088, 0.228, 0.367, 0.581 max_d=0.581 avg_d=0.228 std_dev=0.139
OP1 A 0, 0.171, 0.319, 0.467, 0.530 max_d=0.530 avg_d=0.319 std_dev=0.148
C6 B 0, 0.190, 0.345, 0.499, 0.539 max_d=0.539 avg_d=0.345 std_dev=0.154
O5' A 0, 0.115, 0.272, 0.430, 0.671 max_d=0.671 avg_d=0.272 std_dev=0.157
P A 0, 0.102, 0.263, 0.423, 0.629 max_d=0.629 avg_d=0.263 std_dev=0.161
C2 B 0, 0.166, 0.331, 0.495, 0.585 max_d=0.585 avg_d=0.331 std_dev=0.165
O3' A 0, 0.103, 0.271, 0.438, 0.621 max_d=0.621 avg_d=0.271 std_dev=0.167
O6 B 0, 0.186, 0.355, 0.524, 0.623 max_d=0.623 avg_d=0.355 std_dev=0.169
N2 B 0, 0.159, 0.329, 0.500, 0.627 max_d=0.627 avg_d=0.329 std_dev=0.170
C5 B 0, 0.177, 0.354, 0.530, 0.585 max_d=0.585 avg_d=0.354 std_dev=0.176
C4 B 0, 0.149, 0.345, 0.542, 0.676 max_d=0.676 avg_d=0.345 std_dev=0.197
N7 B 0, 0.182, 0.382, 0.582, 0.675 max_d=0.675 avg_d=0.382 std_dev=0.200
N3 B 0, 0.134, 0.336, 0.538, 0.657 max_d=0.657 avg_d=0.336 std_dev=0.202
OP2 A 0, 0.202, 0.416, 0.630, 0.843 max_d=0.843 avg_d=0.416 std_dev=0.214
C8 B 0, 0.155, 0.385, 0.615, 0.807 max_d=0.807 avg_d=0.385 std_dev=0.230
N9 B 0, 0.131, 0.365, 0.599, 0.809 max_d=0.809 avg_d=0.365 std_dev=0.234
C1' B 0, 0.106, 0.377, 0.648, 0.923 max_d=0.923 avg_d=0.377 std_dev=0.271
C2' B 0, 0.146, 0.428, 0.710, 0.981 max_d=0.981 avg_d=0.428 std_dev=0.282
O4' B 0, 0.104, 0.398, 0.692, 1.068 max_d=1.068 avg_d=0.398 std_dev=0.294
O2' B 0, 0.161, 0.457, 0.754, 1.001 max_d=1.001 avg_d=0.457 std_dev=0.297
C4' B 0, 0.135, 0.450, 0.764, 1.196 max_d=1.196 avg_d=0.450 std_dev=0.315
C3' B 0, 0.137, 0.452, 0.767, 1.147 max_d=1.147 avg_d=0.452 std_dev=0.315
OP1 B 0, 0.348, 0.664, 0.979, 1.188 max_d=1.188 avg_d=0.664 std_dev=0.316
O3' B 0, 0.180, 0.499, 0.819, 1.216 max_d=1.216 avg_d=0.499 std_dev=0.320
C5' B 0, 0.264, 0.611, 0.959, 1.388 max_d=1.388 avg_d=0.611 std_dev=0.348
P B 0, 0.236, 0.608, 0.980, 1.343 max_d=1.343 avg_d=0.608 std_dev=0.372
OP2 B 0, 0.356, 0.878, 1.400, 1.931 max_d=1.931 avg_d=0.878 std_dev=0.522
O5' B 0, 0.542, 1.080, 1.618, 1.682 max_d=1.682 avg_d=1.080 std_dev=0.538

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.04 0.09 0.06
C2 0.04 0.00 0.05 0.04 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.05 0.05 0.09 0.04 0.13 0.05
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.05 0.05 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.09 0.06
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.05 0.03 0.03 0.05 0.05 0.03 0.01 0.01 0.01 0.04 0.07 0.08 0.05
C4 0.02 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.03 0.02 0.09 0.04 0.12 0.04
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.04 0.04 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.05 0.05 0.04
C5 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.12 0.06 0.12 0.04
C5' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.05 0.04 0.05 0.04 0.07 0.05 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.02 0.02
C6 0.02 0.01 0.04 0.04 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.05 0.02 0.12 0.06 0.13 0.04
C8 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.05 0.04 0.10 0.05 0.10 0.05
N1 0.03 0.01 0.05 0.03 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.05 0.04 0.11 0.05 0.14 0.04
N3 0.04 0.01 0.05 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.07 0.05 0.05 0.08 0.04 0.12 0.05
N6 0.02 0.01 0.04 0.05 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.06 0.02 0.15 0.09 0.14 0.07
N7 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.06 0.03 0.12 0.07 0.11 0.04
N9 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.08 0.04 0.11 0.05
O2' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.04 0.03 0.03 0.02 0.05 0.02 0.07 0.07 0.04 0.02 0.02 0.00 0.03 0.03 0.02 0.05 0.08 0.05
O3' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.05 0.05 0.05 0.05 0.06 0.06 0.03 0.03 0.00 0.01 0.07 0.12 0.10 0.06
O4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.04 0.05 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.09 0.07 0.08
O5' 0.04 0.09 0.02 0.04 0.09 0.01 0.12 0.01 0.12 0.10 0.11 0.08 0.15 0.12 0.08 0.02 0.07 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.04 0.04 0.05 0.07 0.04 0.05 0.06 0.06 0.06 0.05 0.05 0.04 0.09 0.07 0.04 0.05 0.12 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.09 0.13 0.09 0.08 0.12 0.05 0.12 0.02 0.13 0.10 0.14 0.12 0.14 0.11 0.11 0.08 0.10 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.05 0.06 0.05 0.04 0.04 0.04 0.02 0.04 0.05 0.04 0.05 0.07 0.04 0.05 0.05 0.06 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.06 0.05 0.05 0.09 0.05 0.10 0.06 0.16 0.07 0.09 0.06 0.07 0.04 0.09 0.06 0.05 0.08 0.08 0.50 0.10 0.32 0.35 0.33
C2 0.11 0.09 0.13 0.17 0.09 0.17 0.09 0.22 0.09 0.11 0.08 0.10 0.09 0.11 0.10 0.12 0.16 0.11 0.50 0.10 0.36 0.41 0.35
C2' 0.05 0.05 0.04 0.08 0.04 0.09 0.05 0.15 0.06 0.07 0.06 0.08 0.04 0.08 0.05 0.03 0.06 0.06 0.49 0.08 0.31 0.33 0.32
C3' 0.06 0.05 0.05 0.09 0.05 0.10 0.04 0.16 0.03 0.06 0.05 0.07 0.05 0.05 0.05 0.05 0.07 0.06 0.51 0.05 0.34 0.35 0.35
C4 0.08 0.05 0.08 0.12 0.06 0.13 0.07 0.18 0.07 0.09 0.06 0.07 0.06 0.10 0.07 0.07 0.10 0.09 0.50 0.10 0.34 0.38 0.34
C4' 0.05 0.05 0.04 0.07 0.03 0.09 0.04 0.15 0.06 0.07 0.06 0.07 0.03 0.07 0.04 0.03 0.06 0.06 0.49 0.09 0.32 0.34 0.33
C5 0.08 0.04 0.08 0.13 0.06 0.13 0.07 0.19 0.06 0.09 0.05 0.06 0.05 0.10 0.07 0.07 0.11 0.09 0.50 0.10 0.34 0.39 0.35
C5' 0.07 0.06 0.06 0.09 0.05 0.11 0.05 0.16 0.07 0.07 0.07 0.08 0.06 0.07 0.06 0.06 0.08 0.08 0.48 0.10 0.34 0.34 0.34
C6 0.10 0.06 0.12 0.16 0.08 0.16 0.09 0.21 0.08 0.10 0.06 0.06 0.07 0.10 0.09 0.10 0.15 0.11 0.50 0.10 0.36 0.41 0.35
C8 0.06 0.05 0.05 0.09 0.05 0.10 0.06 0.16 0.06 0.09 0.06 0.07 0.04 0.09 0.06 0.05 0.07 0.08 0.50 0.09 0.33 0.35 0.34
N1 0.12 0.09 0.14 0.18 0.10 0.18 0.10 0.23 0.09 0.11 0.08 0.09 0.10 0.11 0.11 0.13 0.17 0.12 0.50 0.10 0.36 0.42 0.36
N3 0.09 0.07 0.10 0.14 0.08 0.14 0.08 0.20 0.08 0.10 0.07 0.09 0.07 0.10 0.08 0.09 0.13 0.09 0.50 0.10 0.34 0.39 0.35
N6 0.12 0.05 0.13 0.18 0.09 0.17 0.10 0.22 0.08 0.11 0.06 0.05 0.07 0.11 0.10 0.12 0.17 0.12 0.50 0.10 0.36 0.41 0.36
N7 0.07 0.04 0.07 0.10 0.05 0.11 0.06 0.17 0.06 0.09 0.05 0.06 0.04 0.09 0.07 0.06 0.09 0.08 0.51 0.09 0.33 0.37 0.34
N9 0.07 0.05 0.06 0.10 0.05 0.11 0.06 0.17 0.06 0.09 0.06 0.07 0.04 0.09 0.06 0.05 0.08 0.08 0.50 0.10 0.33 0.37 0.34
O2' 0.06 0.06 0.05 0.09 0.05 0.10 0.06 0.15 0.07 0.08 0.07 0.08 0.05 0.09 0.06 0.04 0.07 0.07 0.50 0.09 0.32 0.34 0.33
O3' 0.06 0.06 0.05 0.08 0.05 0.10 0.04 0.16 0.04 0.05 0.06 0.08 0.05 0.05 0.05 0.05 0.07 0.06 0.51 0.05 0.34 0.34 0.35
O4' 0.05 0.06 0.04 0.07 0.05 0.09 0.07 0.14 0.09 0.09 0.08 0.07 0.04 0.10 0.06 0.04 0.07 0.07 0.47 0.13 0.31 0.32 0.31
O5' 0.13 0.14 0.13 0.14 0.13 0.16 0.12 0.20 0.12 0.12 0.13 0.15 0.14 0.11 0.13 0.13 0.12 0.12 0.52 0.12 0.37 0.38 0.38
OP1 0.10 0.09 0.09 0.10 0.09 0.11 0.09 0.15 0.10 0.12 0.09 0.09 0.08 0.11 0.10 0.09 0.12 0.12 0.44 0.12 0.33 0.32 0.33
OP2 0.16 0.13 0.16 0.19 0.15 0.19 0.13 0.24 0.10 0.14 0.11 0.13 0.15 0.13 0.15 0.16 0.17 0.15 0.54 0.10 0.39 0.39 0.41
P 0.08 0.09 0.07 0.08 0.08 0.11 0.08 0.16 0.10 0.09 0.10 0.10 0.08 0.10 0.08 0.07 0.07 0.09 0.48 0.14 0.35 0.34 0.35

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.06 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.18 0.01 0.21 0.31 0.11
C2 0.05 0.00 0.08 0.09 0.01 0.07 0.02 0.09 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.08 0.09 0.04 0.34 0.02 0.26 0.33 0.21
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.06 0.11 0.08 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.10 0.02 0.21 0.31 0.06
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.07 0.06 0.13 0.09 0.06 0.02 0.01 0.01 0.01 0.07 0.03 0.20 0.30 0.03
C4 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.02 0.35 0.01 0.25 0.33 0.20
C4' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.06 0.10 0.07 0.04 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.03 0.21 0.29 0.03
C5 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.41 0.01 0.24 0.32 0.23
C5' 0.02 0.09 0.01 0.01 0.07 0.01 0.06 0.00 0.07 0.07 0.08 0.11 0.09 0.07 0.06 0.03 0.02 0.01 0.01 0.06 0.20 0.27 0.02
C6 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.07 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.42 0.00 0.24 0.31 0.23
C8 0.02 0.01 0.05 0.07 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.08 0.02 0.41 0.02 0.23 0.31 0.22
N1 0.04 0.01 0.06 0.06 0.02 0.06 0.01 0.08 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.06 0.06 0.03 0.39 0.01 0.26 0.33 0.23
N2 0.06 0.01 0.11 0.13 0.02 0.10 0.02 0.11 0.03 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.11 0.14 0.06 0.32 0.03 0.27 0.34 0.21
N3 0.04 0.01 0.08 0.09 0.00 0.07 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.07 0.09 0.04 0.31 0.01 0.26 0.33 0.20
N7 0.01 0.02 0.04 0.06 0.01 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.08 0.02 0.44 0.02 0.23 0.30 0.24
N9 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.06 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.33 0.01 0.24 0.32 0.19
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.06 0.11 0.07 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.04 0.03 0.21 0.30 0.05
O3' 0.01 0.09 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.08 0.06 0.14 0.09 0.08 0.02 0.03 0.00 0.02 0.07 0.05 0.20 0.29 0.04
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.06 0.04 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.15 0.02 0.21 0.30 0.09
O5' 0.18 0.34 0.10 0.07 0.35 0.01 0.41 0.01 0.42 0.41 0.39 0.32 0.31 0.44 0.33 0.04 0.07 0.15 0.00 0.44 0.03 0.02 0.01
O6 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.05 0.02 0.44 0.00 0.22 0.29 0.23
OP1 0.21 0.26 0.21 0.20 0.25 0.21 0.24 0.20 0.24 0.23 0.26 0.27 0.26 0.23 0.24 0.21 0.20 0.21 0.03 0.22 0.00 0.01 0.00
OP2 0.31 0.33 0.31 0.30 0.33 0.29 0.32 0.27 0.31 0.31 0.33 0.34 0.33 0.30 0.32 0.30 0.29 0.30 0.02 0.29 0.01 0.00 0.00
P 0.11 0.21 0.06 0.03 0.20 0.03 0.23 0.02 0.23 0.22 0.23 0.21 0.20 0.24 0.19 0.05 0.04 0.09 0.01 0.23 0.00 0.00 0.00