ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49290

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.005, 0.014, 0.023, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.014 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.006, 0.016, 0.026, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.004, 0.015, 0.026, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.007, 0.020, 0.033, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.020 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.005, 0.019, 0.032, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.019 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.011, 0.026, 0.040, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.026 std_dev=0.015
N3 A 0, 0.012, 0.028, 0.044, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.028 std_dev=0.016
N7 A 0, 0.011, 0.027, 0.043, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.027 std_dev=0.016
C8 A 0, 0.018, 0.035, 0.053, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.035 std_dev=0.018
N9 A 0, 0.011, 0.032, 0.052, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.032 std_dev=0.021
N6 A 0, 0.009, 0.048, 0.086, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.048 std_dev=0.039
C4 B 0, 0.297, 0.606, 0.916, 0.945 max_d=0.945 avg_d=0.606 std_dev=0.310
C5 B 0, 0.208, 0.542, 0.877, 0.949 max_d=0.949 avg_d=0.542 std_dev=0.335
C6 B 0, 0.283, 0.739, 1.195, 1.358 max_d=1.358 avg_d=0.739 std_dev=0.456
N9 B 0, 0.325, 0.820, 1.315, 1.366 max_d=1.366 avg_d=0.820 std_dev=0.495
N3 B 0, 0.559, 1.060, 1.562, 1.486 max_d=1.486 avg_d=1.060 std_dev=0.501
C8 B 0, 0.513, 1.049, 1.585, 1.741 max_d=1.741 avg_d=1.049 std_dev=0.536
N1 B 0, 0.392, 0.941, 1.489, 1.576 max_d=1.576 avg_d=0.941 std_dev=0.549
N7 B 0, 0.419, 0.989, 1.558, 1.768 max_d=1.768 avg_d=0.989 std_dev=0.570
C2 B 0, 0.578, 1.168, 1.759, 1.766 max_d=1.766 avg_d=1.168 std_dev=0.591
O6 B 0, 0.537, 1.161, 1.785, 1.958 max_d=1.958 avg_d=1.161 std_dev=0.624
O4' A 0, 0.642, 1.276, 1.910, 1.874 max_d=1.874 avg_d=1.276 std_dev=0.634
C2' A 0, 0.674, 1.332, 1.991, 1.938 max_d=1.938 avg_d=1.332 std_dev=0.658
C1' B 0, 0.653, 1.365, 2.077, 2.180 max_d=2.180 avg_d=1.365 std_dev=0.712
N2 B 0, 0.915, 1.747, 2.579, 2.604 max_d=2.604 avg_d=1.747 std_dev=0.832
C2' B 0, 0.831, 1.679, 2.527, 2.634 max_d=2.634 avg_d=1.679 std_dev=0.848
O2' A 0, 0.985, 1.841, 2.697, 2.430 max_d=2.430 avg_d=1.841 std_dev=0.856
O4' B 0, 0.808, 1.687, 2.566, 2.793 max_d=2.793 avg_d=1.687 std_dev=0.879
C3' A 0, 0.923, 1.846, 2.769, 2.778 max_d=2.778 avg_d=1.846 std_dev=0.923
C4' A 0, 0.830, 1.759, 2.687, 2.748 max_d=2.748 avg_d=1.759 std_dev=0.928
C3' B 0, 0.934, 1.994, 3.053, 3.407 max_d=3.407 avg_d=1.994 std_dev=1.059
C4' B 0, 1.167, 2.227, 3.286, 3.240 max_d=3.240 avg_d=2.227 std_dev=1.060
O2' B 0, 1.245, 2.373, 3.500, 3.462 max_d=3.462 avg_d=2.373 std_dev=1.128
C5' B 0, 1.383, 2.614, 3.844, 3.818 max_d=3.818 avg_d=2.614 std_dev=1.231
O3' A 0, 1.535, 2.862, 4.189, 4.030 max_d=4.030 avg_d=2.862 std_dev=1.327
C5' A 0, 1.503, 2.860, 4.218, 4.075 max_d=4.075 avg_d=2.860 std_dev=1.358
O3' B 0, 1.107, 2.481, 3.855, 4.348 max_d=4.348 avg_d=2.481 std_dev=1.374
O5' A 0, 1.542, 2.932, 4.321, 4.038 max_d=4.038 avg_d=2.932 std_dev=1.390
P B 0, 1.596, 3.044, 4.492, 4.498 max_d=4.498 avg_d=3.044 std_dev=1.448
OP2 B 0, 1.665, 3.164, 4.664, 4.604 max_d=4.604 avg_d=3.164 std_dev=1.499
O5' B 0, 1.552, 3.052, 4.551, 4.840 max_d=4.840 avg_d=3.052 std_dev=1.500
OP1 B 0, 2.069, 4.014, 5.959, 6.375 max_d=6.375 avg_d=4.014 std_dev=1.945
P A 0, 2.527, 4.721, 6.914, 6.273 max_d=6.273 avg_d=4.721 std_dev=2.194
OP1 A 0, 2.997, 5.424, 7.850, 6.643 max_d=6.643 avg_d=5.424 std_dev=2.426
OP2 A 0, 2.569, 5.056, 7.543, 7.051 max_d=7.051 avg_d=5.056 std_dev=2.487

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.09 0.03 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.00 0.02 0.34 0.00 0.26 0.27 0.35 0.30
C2 0.03 0.00 0.20 0.08 0.01 0.16 0.01 0.29 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.19 0.49 0.22 0.37 0.45 0.75 0.55
C2' 0.01 0.20 0.00 0.00 0.11 0.03 0.08 0.21 0.13 0.09 0.18 0.19 0.11 0.05 0.01 0.00 0.04 0.02 0.43 0.60 0.42 0.42
C3' 0.02 0.08 0.00 0.00 0.16 0.01 0.28 0.03 0.27 0.36 0.17 0.05 0.34 0.38 0.20 0.03 0.01 0.04 0.09 0.26 0.38 0.19
C4 0.02 0.01 0.11 0.16 0.00 0.07 0.01 0.19 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.20 0.28 0.11 0.30 0.33 0.74 0.47
C4' 0.01 0.16 0.03 0.01 0.07 0.00 0.09 0.00 0.09 0.18 0.12 0.15 0.12 0.16 0.07 0.33 0.03 0.00 0.02 0.21 0.38 0.05
C5 0.02 0.01 0.08 0.28 0.01 0.09 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.30 0.14 0.05 0.26 0.36 0.91 0.48
C5' 0.09 0.29 0.21 0.03 0.19 0.00 0.16 0.00 0.21 0.07 0.26 0.26 0.20 0.10 0.10 0.15 0.21 0.01 0.01 0.24 0.43 0.02
C6 0.03 0.02 0.13 0.27 0.02 0.09 0.01 0.21 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.29 0.19 0.09 0.30 0.44 0.96 0.54
C8 0.02 0.01 0.09 0.36 0.01 0.18 0.01 0.07 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.38 0.18 0.13 0.15 0.20 0.84 0.33
N1 0.02 0.01 0.18 0.17 0.01 0.12 0.01 0.26 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.22 0.34 0.16 0.34 0.47 0.89 0.57
N3 0.03 0.00 0.19 0.05 0.00 0.15 0.02 0.26 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.17 0.51 0.22 0.35 0.40 0.65 0.50
N6 0.03 0.02 0.11 0.34 0.02 0.12 0.02 0.20 0.01 0.04 0.02 0.03 0.00 0.03 0.03 0.34 0.14 0.06 0.28 0.50 1.06 0.54
N7 0.02 0.01 0.05 0.38 0.01 0.16 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.40 0.18 0.07 0.19 0.32 0.99 0.40
N9 0.00 0.01 0.01 0.20 0.00 0.07 0.01 0.10 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.22 0.16 0.01 0.25 0.22 0.65 0.37
O2' 0.02 0.19 0.00 0.03 0.20 0.33 0.30 0.15 0.29 0.38 0.22 0.17 0.34 0.40 0.22 0.00 0.07 0.19 0.26 0.50 0.24 0.25
O3' 0.34 0.49 0.04 0.01 0.28 0.03 0.14 0.21 0.19 0.18 0.34 0.51 0.14 0.18 0.16 0.07 0.00 0.21 0.38 0.20 1.08 0.67
O4' 0.00 0.22 0.02 0.04 0.11 0.00 0.05 0.01 0.09 0.13 0.16 0.22 0.06 0.07 0.01 0.19 0.21 0.00 0.11 0.14 0.08 0.15
O5' 0.26 0.37 0.43 0.09 0.30 0.02 0.26 0.01 0.30 0.15 0.34 0.35 0.28 0.19 0.25 0.26 0.38 0.11 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.27 0.45 0.60 0.26 0.33 0.21 0.36 0.24 0.44 0.20 0.47 0.40 0.50 0.32 0.22 0.50 0.20 0.14 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.35 0.75 0.42 0.38 0.74 0.38 0.91 0.43 0.96 0.84 0.89 0.65 1.06 0.99 0.65 0.24 1.08 0.08 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.30 0.55 0.42 0.19 0.47 0.05 0.48 0.02 0.54 0.33 0.57 0.50 0.54 0.40 0.37 0.25 0.67 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.26 0.40 0.25 0.24 0.26 0.24 0.23 0.30 0.28 0.19 0.35 0.54 0.35 0.22 0.22 0.33 0.25 0.24 0.22 0.33 0.87 0.87 0.56
C2 0.15 0.24 0.16 0.19 0.13 0.17 0.10 0.28 0.11 0.09 0.17 0.33 0.21 0.13 0.10 0.22 0.21 0.12 0.32 0.17 0.96 1.31 0.76
C2' 0.32 0.45 0.37 0.38 0.29 0.36 0.25 0.42 0.29 0.27 0.40 0.63 0.39 0.27 0.28 0.47 0.42 0.32 0.40 0.34 0.95 0.88 0.63
C3' 0.75 0.96 0.68 0.60 0.73 0.65 0.62 0.62 0.66 0.52 0.84 1.15 0.89 0.49 0.66 0.76 0.56 0.70 0.34 0.59 1.02 0.72 0.60
C4 0.20 0.30 0.18 0.18 0.18 0.19 0.16 0.28 0.20 0.14 0.25 0.41 0.26 0.18 0.16 0.25 0.18 0.17 0.24 0.27 0.91 1.08 0.64
C4' 0.50 0.61 0.41 0.36 0.47 0.41 0.40 0.42 0.42 0.34 0.52 0.75 0.57 0.33 0.43 0.47 0.31 0.48 0.19 0.41 0.86 0.64 0.47
C5 0.17 0.29 0.17 0.18 0.16 0.18 0.14 0.28 0.17 0.12 0.24 0.40 0.24 0.16 0.13 0.23 0.18 0.15 0.25 0.26 0.92 1.11 0.66
C5' 0.48 0.54 0.35 0.30 0.43 0.37 0.37 0.38 0.38 0.33 0.45 0.67 0.52 0.32 0.41 0.42 0.25 0.46 0.13 0.37 0.79 0.50 0.40
C6 0.14 0.26 0.17 0.21 0.13 0.18 0.08 0.29 0.10 0.08 0.21 0.35 0.21 0.12 0.10 0.21 0.25 0.11 0.33 0.16 0.97 1.29 0.75
C8 0.24 0.42 0.23 0.22 0.25 0.23 0.23 0.30 0.29 0.19 0.38 0.57 0.34 0.23 0.21 0.29 0.22 0.22 0.20 0.35 0.86 0.84 0.54
N1 0.14 0.24 0.17 0.22 0.12 0.18 0.08 0.30 0.10 0.08 0.19 0.33 0.20 0.11 0.09 0.21 0.27 0.11 0.36 0.13 0.99 1.38 0.80
N3 0.18 0.27 0.18 0.18 0.16 0.19 0.14 0.28 0.17 0.13 0.21 0.36 0.24 0.16 0.14 0.25 0.18 0.16 0.27 0.23 0.93 1.18 0.69
N6 0.15 0.28 0.21 0.28 0.15 0.22 0.10 0.33 0.13 0.09 0.26 0.35 0.23 0.11 0.11 0.22 0.34 0.12 0.38 0.13 1.00 1.36 0.79
N7 0.20 0.36 0.19 0.18 0.20 0.20 0.19 0.29 0.25 0.16 0.32 0.49 0.29 0.20 0.17 0.25 0.18 0.18 0.21 0.33 0.89 0.95 0.58
N9 0.24 0.37 0.22 0.21 0.23 0.22 0.22 0.30 0.27 0.18 0.33 0.50 0.32 0.22 0.20 0.29 0.21 0.22 0.21 0.33 0.87 0.92 0.57
O2' 0.54 0.33 0.67 0.76 0.44 0.71 0.50 0.79 0.41 0.67 0.28 0.49 0.38 0.67 0.55 0.70 0.83 0.59 0.96 0.49 1.28 1.34 1.11
O3' 0.85 0.96 0.85 0.76 0.74 0.78 0.54 0.71 0.54 0.48 0.75 1.19 0.94 0.40 0.69 1.00 0.80 0.78 0.39 0.43 1.10 0.72 0.64
O4' 0.34 0.42 0.24 0.23 0.32 0.27 0.29 0.32 0.32 0.25 0.36 0.52 0.39 0.27 0.29 0.29 0.19 0.33 0.18 0.36 0.79 0.72 0.46
O5' 0.49 0.60 0.37 0.30 0.45 0.37 0.36 0.36 0.38 0.32 0.48 0.79 0.57 0.31 0.41 0.45 0.25 0.47 0.14 0.36 0.80 0.47 0.40
OP1 1.05 1.04 0.83 0.71 0.95 0.86 0.81 0.81 0.76 0.82 0.87 1.20 1.07 0.75 0.94 0.91 0.59 1.04 0.56 0.66 0.97 0.72 0.69
OP2 1.13 0.95 1.23 1.34 1.14 1.25 1.19 1.31 1.12 1.29 0.98 0.79 1.02 1.29 1.19 1.15 1.38 1.16 1.49 1.12 1.56 1.47 1.48
P 0.38 0.46 0.28 0.29 0.37 0.30 0.36 0.33 0.37 0.34 0.40 0.60 0.44 0.36 0.35 0.33 0.29 0.39 0.30 0.40 0.81 0.50 0.47

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.08 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.06 0.11 0.07 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.12 0.02 0.46 0.32 0.17
C2 0.08 0.00 0.18 0.26 0.03 0.15 0.01 0.22 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.11 0.31 0.07 0.27 0.02 0.87 0.66 0.51
C2' 0.01 0.18 0.00 0.00 0.09 0.01 0.07 0.01 0.09 0.07 0.14 0.21 0.17 0.06 0.03 0.00 0.03 0.01 0.19 0.09 0.66 0.35 0.25
C3' 0.01 0.26 0.00 0.00 0.16 0.00 0.16 0.02 0.19 0.14 0.24 0.30 0.23 0.15 0.09 0.01 0.00 0.01 0.28 0.18 0.80 0.32 0.33
C4 0.03 0.03 0.09 0.16 0.00 0.10 0.00 0.16 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.05 0.18 0.03 0.28 0.01 0.78 0.67 0.49
C4' 0.01 0.15 0.01 0.00 0.10 0.00 0.10 0.01 0.12 0.09 0.15 0.17 0.13 0.10 0.06 0.04 0.01 0.00 0.01 0.12 0.30 0.55 0.16
C5 0.02 0.01 0.07 0.16 0.00 0.10 0.00 0.18 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.04 0.18 0.02 0.36 0.01 0.86 1.01 0.66
C5' 0.03 0.22 0.01 0.02 0.16 0.01 0.18 0.00 0.21 0.13 0.23 0.24 0.19 0.17 0.11 0.04 0.05 0.01 0.01 0.21 0.33 0.34 0.02
C6 0.03 0.01 0.09 0.19 0.01 0.12 0.01 0.21 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.06 0.22 0.02 0.36 0.01 0.93 1.10 0.71
C8 0.01 0.02 0.07 0.14 0.01 0.09 0.01 0.13 0.01 0.00 0.02 0.04 0.02 0.00 0.00 0.03 0.16 0.04 0.37 0.02 0.68 0.91 0.60
N1 0.06 0.01 0.14 0.24 0.02 0.15 0.02 0.23 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.09 0.28 0.05 0.32 0.02 0.93 0.90 0.62
N2 0.11 0.01 0.21 0.30 0.04 0.17 0.02 0.24 0.02 0.04 0.03 0.00 0.03 0.02 0.06 0.14 0.37 0.10 0.25 0.04 0.88 0.58 0.48
N3 0.07 0.01 0.17 0.23 0.01 0.13 0.00 0.19 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.10 0.27 0.06 0.24 0.02 0.79 0.52 0.42
N7 0.02 0.01 0.06 0.15 0.00 0.10 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.17 0.03 0.41 0.02 0.81 1.19 0.74
N9 0.01 0.04 0.03 0.09 0.01 0.06 0.01 0.11 0.01 0.00 0.03 0.06 0.03 0.01 0.00 0.01 0.10 0.02 0.26 0.01 0.65 0.55 0.41
O2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.05 0.04 0.04 0.04 0.06 0.03 0.09 0.14 0.10 0.04 0.01 0.00 0.05 0.03 0.05 0.06 0.51 0.66 0.23
O3' 0.02 0.31 0.03 0.00 0.18 0.01 0.18 0.05 0.22 0.16 0.28 0.37 0.27 0.17 0.10 0.05 0.00 0.01 0.28 0.23 0.90 0.47 0.29
O4' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.05 0.10 0.06 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.11 0.02 0.29 0.40 0.17
O5' 0.12 0.27 0.19 0.28 0.28 0.01 0.36 0.01 0.36 0.37 0.32 0.25 0.24 0.41 0.26 0.05 0.28 0.11 0.00 0.40 0.01 0.02 0.01
O6 0.02 0.02 0.09 0.18 0.01 0.12 0.01 0.21 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.06 0.23 0.02 0.40 0.00 0.98 1.31 0.82
OP1 0.46 0.87 0.66 0.80 0.78 0.30 0.86 0.33 0.93 0.68 0.93 0.88 0.79 0.81 0.65 0.51 0.90 0.29 0.01 0.98 0.00 0.02 0.01
OP2 0.32 0.66 0.35 0.32 0.67 0.55 1.01 0.34 1.10 0.91 0.90 0.58 0.52 1.19 0.55 0.66 0.47 0.40 0.02 1.31 0.02 0.00 0.01
P 0.17 0.51 0.25 0.33 0.49 0.16 0.66 0.02 0.71 0.60 0.62 0.48 0.42 0.74 0.41 0.23 0.29 0.17 0.01 0.82 0.01 0.01 0.00