ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49296

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.003, 0.012, 0.021, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.012 std_dev=0.009
N9 A 0, 0.002, 0.012, 0.021, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.004, 0.013, 0.023, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.013 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.004, 0.015, 0.025, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.015 std_dev=0.011
N7 A 0, 0.005, 0.018, 0.030, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.018 std_dev=0.013
C8 A 0, 0.005, 0.018, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.018 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.005, 0.025, 0.044, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.025 std_dev=0.020
N1 A 0, 0.004, 0.025, 0.046, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.025 std_dev=0.021
N3 A 0, 0.007, 0.030, 0.052, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.030 std_dev=0.022
C2 A 0, 0.008, 0.031, 0.055, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.031 std_dev=0.024
N6 A 0, 0.011, 0.046, 0.080, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.046 std_dev=0.035
C2 B 0, 0.054, 0.184, 0.314, 0.284 max_d=0.284 avg_d=0.184 std_dev=0.130
N1 B 0, 0.061, 0.268, 0.475, 0.504 max_d=0.504 avg_d=0.268 std_dev=0.207
N3 B 0, 0.063, 0.285, 0.507, 0.540 max_d=0.540 avg_d=0.285 std_dev=0.222
C6 B 0, 0.125, 0.427, 0.729, 0.649 max_d=0.649 avg_d=0.427 std_dev=0.302
N6 B 0, 0.152, 0.521, 0.890, 0.813 max_d=0.813 avg_d=0.521 std_dev=0.369
C4 B 0, 0.126, 0.506, 0.887, 0.918 max_d=0.918 avg_d=0.506 std_dev=0.381
C5 B 0, 0.150, 0.572, 0.994, 1.004 max_d=1.004 avg_d=0.572 std_dev=0.422
N9 B 0, 0.198, 0.757, 1.317, 1.333 max_d=1.333 avg_d=0.757 std_dev=0.559
N7 B 0, 0.218, 0.838, 1.459, 1.483 max_d=1.483 avg_d=0.838 std_dev=0.621
C1' B 0, 0.229, 0.872, 1.514, 1.528 max_d=1.528 avg_d=0.872 std_dev=0.642
C8 B 0, 0.240, 0.936, 1.633, 1.671 max_d=1.671 avg_d=0.936 std_dev=0.697
O4' A 0, -0.081, 1.044, 2.169, 2.606 max_d=2.606 avg_d=1.044 std_dev=1.125
C2' A 0, -0.068, 1.140, 2.348, 2.812 max_d=2.812 avg_d=1.140 std_dev=1.208
C2' B 0, 0.280, 1.543, 2.806, 3.093 max_d=3.093 avg_d=1.543 std_dev=1.263
O4' B 0, 0.313, 1.671, 3.029, 3.327 max_d=3.327 avg_d=1.671 std_dev=1.358
O2' A 0, -0.102, 1.290, 2.681, 3.222 max_d=3.222 avg_d=1.290 std_dev=1.392
O3' B 0, 0.351, 1.962, 3.573, 3.947 max_d=3.947 avg_d=1.962 std_dev=1.611
C3' B 0, 0.272, 1.946, 3.620, 4.086 max_d=4.086 avg_d=1.946 std_dev=1.674
C4' A 0, -0.103, 1.605, 3.313, 3.970 max_d=3.970 avg_d=1.605 std_dev=1.708
O2' B 0, 0.260, 1.968, 3.677, 4.165 max_d=4.165 avg_d=1.968 std_dev=1.708
C4' B 0, 0.310, 2.031, 3.753, 4.210 max_d=4.210 avg_d=2.031 std_dev=1.722
C3' A 0, -0.115, 1.767, 3.650, 4.376 max_d=4.376 avg_d=1.767 std_dev=1.883
O3' A 0, -0.187, 2.496, 5.179, 6.219 max_d=6.219 avg_d=2.496 std_dev=2.683
C5' A 0, -0.161, 2.768, 5.697, 6.821 max_d=6.821 avg_d=2.768 std_dev=2.929
C5' B 0, 0.074, 3.098, 6.122, 7.200 max_d=7.200 avg_d=3.098 std_dev=3.024
O5' B 0, 0.033, 3.579, 7.126, 8.411 max_d=8.411 avg_d=3.579 std_dev=3.546
O5' A 0, -0.283, 3.338, 6.959, 8.370 max_d=8.370 avg_d=3.338 std_dev=3.621
P B 0, -0.249, 4.468, 9.185, 10.992 max_d=10.992 avg_d=4.468 std_dev=4.717
P A 0, -0.699, 4.094, 8.888, 10.821 max_d=10.821 avg_d=4.094 std_dev=4.793
OP1 B 0, -0.207, 4.772, 9.751, 11.642 max_d=11.642 avg_d=4.772 std_dev=4.979
OP2 A 0, -0.704, 4.393, 9.490, 11.539 max_d=11.539 avg_d=4.393 std_dev=5.097
OP1 A 0, -0.792, 4.460, 9.713, 11.835 max_d=11.835 avg_d=4.460 std_dev=5.252
OP2 B 0, -0.547, 5.104, 10.755, 12.982 max_d=12.982 avg_d=5.104 std_dev=5.651

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.16 0.34 0.87 0.31
C2 0.03 0.00 0.11 0.68 0.01 0.94 0.00 1.65 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.40 0.64 0.63 1.45 2.66 0.65 1.56
C2' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.05 0.01 0.03 0.01 0.05 0.06 0.09 0.11 0.03 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.31 0.10 1.02 0.47
C3' 0.01 0.68 0.00 0.00 0.34 0.00 0.17 0.01 0.32 0.31 0.54 0.64 0.23 0.16 0.03 0.01 0.00 0.01 0.42 0.18 0.97 0.52
C4 0.01 0.01 0.05 0.34 0.00 0.45 0.00 0.75 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.19 0.30 0.32 0.41 1.15 0.67 0.24
C4' 0.01 0.94 0.01 0.00 0.45 0.00 0.22 0.00 0.43 0.39 0.73 0.90 0.32 0.20 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.30 0.41 0.09
C5 0.02 0.00 0.03 0.17 0.00 0.22 0.00 0.43 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.11 0.15 0.13 0.17 0.66 1.27 0.29
C5' 0.02 1.65 0.01 0.01 0.75 0.00 0.43 0.00 0.80 0.53 1.32 1.49 0.62 0.25 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.37 0.24 0.01
C6 0.02 0.01 0.05 0.32 0.00 0.43 0.01 0.80 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.20 0.30 0.27 0.39 1.24 0.81 0.22
C8 0.01 0.00 0.06 0.31 0.01 0.39 0.00 0.53 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.15 0.26 0.33 1.09 0.66 2.33 1.46
N1 0.03 0.00 0.09 0.54 0.02 0.73 0.01 1.32 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.33 0.51 0.47 1.03 2.15 0.17 1.05
N3 0.03 0.00 0.11 0.64 0.01 0.90 0.01 1.49 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.37 0.57 0.65 1.27 2.24 0.45 1.27
N6 0.02 0.03 0.03 0.23 0.01 0.32 0.01 0.62 0.01 0.02 0.03 0.03 0.00 0.03 0.02 0.15 0.22 0.18 0.19 0.91 1.16 0.10
N7 0.01 0.00 0.03 0.16 0.00 0.20 0.00 0.25 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.07 0.14 0.18 0.86 0.42 2.25 1.26
N9 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.09 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.31 0.29 1.30 0.52
O2' 0.01 0.40 0.00 0.01 0.19 0.01 0.11 0.01 0.20 0.15 0.33 0.37 0.15 0.07 0.02 0.00 0.01 0.04 0.11 0.13 0.65 0.25
O3' 0.01 0.64 0.00 0.00 0.30 0.00 0.15 0.01 0.30 0.26 0.51 0.57 0.22 0.14 0.02 0.01 0.00 0.01 0.39 0.34 0.76 0.45
O4' 0.00 0.63 0.00 0.01 0.32 0.00 0.13 0.00 0.27 0.33 0.47 0.65 0.18 0.18 0.01 0.04 0.01 0.00 0.06 0.52 0.53 0.10
O5' 0.16 1.45 0.31 0.42 0.41 0.00 0.17 0.00 0.39 1.09 1.03 1.27 0.19 0.86 0.31 0.11 0.39 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.34 2.66 0.10 0.18 1.15 0.30 0.66 0.37 1.24 0.66 2.15 2.24 0.91 0.42 0.29 0.13 0.34 0.52 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.87 0.65 1.02 0.97 0.67 0.41 1.27 0.24 0.81 2.33 0.17 0.45 1.16 2.25 1.30 0.65 0.76 0.53 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.31 1.56 0.47 0.52 0.24 0.09 0.29 0.01 0.22 1.46 1.05 1.27 0.10 1.26 0.52 0.25 0.45 0.10 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.06 0.07 0.98 1.29 0.05 0.49 0.14 0.78 0.23 0.07 0.20 0.04 0.33 0.15 0.02 0.73 1.10 0.08 0.37 0.36 0.87 0.74
C2 0.18 0.14 0.55 0.76 0.22 0.05 0.32 0.08 0.37 0.30 0.27 0.12 0.49 0.37 0.23 0.36 0.61 0.39 0.59 0.81 0.39 0.34
C2' 0.20 0.25 0.71 1.01 0.22 0.23 0.25 0.56 0.29 0.21 0.28 0.22 0.32 0.24 0.19 0.48 0.79 0.32 0.25 0.37 0.82 0.67
C3' 0.40 0.16 1.30 1.70 0.21 0.88 0.02 1.21 0.13 0.16 0.09 0.30 0.31 0.02 0.28 1.11 1.57 0.31 0.87 0.91 1.36 1.23
C4 0.09 0.12 0.72 0.97 0.15 0.21 0.25 0.35 0.31 0.20 0.25 0.08 0.41 0.26 0.14 0.48 0.77 0.25 0.17 0.26 0.21 0.18
C4' 0.82 0.40 1.81 2.25 0.49 1.39 0.21 1.68 0.03 0.43 0.05 0.63 0.30 0.20 0.61 1.64 2.20 0.73 1.27 1.18 1.66 1.55
C5 0.15 0.13 0.59 0.83 0.18 0.15 0.27 0.25 0.32 0.23 0.26 0.11 0.40 0.29 0.18 0.34 0.61 0.28 0.29 0.39 0.09 0.09
C5' 1.38 0.71 2.39 2.93 0.85 2.06 0.43 2.31 0.08 0.75 0.18 1.06 0.35 0.41 1.03 2.27 3.00 1.31 1.85 1.63 2.12 2.03
C6 0.23 0.14 0.42 0.63 0.24 0.09 0.33 0.11 0.37 0.32 0.26 0.15 0.46 0.37 0.25 0.19 0.43 0.38 0.62 0.80 0.36 0.32
C8 0.01 0.08 0.84 1.15 0.06 0.43 0.15 0.71 0.22 0.09 0.20 0.02 0.29 0.15 0.04 0.54 0.88 0.07 0.30 0.30 0.82 0.69
N1 0.24 0.14 0.41 0.60 0.25 0.12 0.35 0.18 0.38 0.35 0.26 0.15 0.50 0.40 0.27 0.22 0.45 0.43 0.75 1.00 0.57 0.50
N3 0.12 0.13 0.68 0.92 0.18 0.14 0.29 0.22 0.35 0.25 0.27 0.10 0.46 0.32 0.17 0.48 0.77 0.31 0.32 0.48 0.06 0.07
N6 0.28 0.12 0.26 0.44 0.27 0.16 0.35 0.22 0.37 0.36 0.22 0.16 0.47 0.40 0.30 0.04 0.25 0.42 0.79 1.00 0.56 0.50
N7 0.10 0.11 0.67 0.95 0.13 0.28 0.20 0.48 0.25 0.16 0.22 0.07 0.30 0.20 0.12 0.37 0.66 0.17 0.07 0.05 0.48 0.40
N9 0.01 0.08 0.86 1.16 0.08 0.39 0.17 0.63 0.25 0.11 0.21 0.03 0.34 0.18 0.05 0.61 0.94 0.12 0.19 0.15 0.65 0.55
O2' 0.43 0.39 0.48 0.75 0.38 0.07 0.36 0.34 0.35 0.36 0.36 0.41 0.33 0.35 0.38 0.24 0.50 0.56 0.09 0.25 0.71 0.53
O3' 0.34 0.12 1.22 1.62 0.16 0.81 0.01 1.18 0.15 0.12 0.12 0.24 0.30 0.02 0.23 1.05 1.50 0.26 0.91 1.04 1.45 1.30
O4' 0.70 0.37 1.69 2.08 0.43 1.23 0.19 1.49 0.02 0.37 0.05 0.56 0.27 0.17 0.52 1.48 1.98 0.60 1.03 0.90 1.42 1.31
O5' 2.29 1.51 3.25 3.86 1.71 3.07 1.24 3.39 0.83 1.61 0.93 1.91 0.38 1.23 1.91 3.06 3.88 2.31 2.94 2.75 3.28 3.16
OP1 2.83 1.59 3.71 4.52 1.93 3.88 1.24 4.27 0.65 1.81 0.78 2.20 0.15 1.24 2.25 3.49 4.61 3.02 3.75 3.43 4.07 3.92
OP2 4.01 3.27 4.90 5.48 3.45 4.74 2.91 4.99 2.44 3.30 2.58 3.71 1.82 2.87 3.64 4.61 5.37 4.06 4.45 4.16 4.67 4.65
P 3.23 2.26 4.18 4.85 2.51 4.07 1.91 4.35 1.40 2.38 1.53 2.77 0.78 1.89 2.76 3.97 4.88 3.28 3.83 3.51 4.04 3.97

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.09 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.30 0.00 0.36 0.32 0.17 0.13
C2 0.03 0.00 0.62 0.76 0.01 0.18 0.00 0.25 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.34 0.41 0.15 0.20 0.23 0.17 0.17
C2' 0.01 0.62 0.00 0.00 0.30 0.01 0.11 0.21 0.25 0.35 0.47 0.62 0.15 0.20 0.02 0.00 0.03 0.02 0.73 0.99 0.47 0.65
C3' 0.03 0.76 0.00 0.00 0.37 0.01 0.21 0.02 0.37 0.24 0.61 0.72 0.28 0.10 0.05 0.02 0.01 0.01 0.38 0.58 0.11 0.36
C4 0.03 0.01 0.30 0.37 0.00 0.06 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.07 0.07 0.10 0.48 0.52 0.23 0.16
C4' 0.02 0.18 0.01 0.01 0.06 0.00 0.03 0.00 0.04 0.14 0.12 0.19 0.04 0.12 0.02 0.20 0.04 0.00 0.01 0.03 0.04 0.06
C5 0.02 0.00 0.11 0.21 0.01 0.03 0.00 0.18 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.10 0.07 0.08 0.70 0.82 0.50 0.40
C5' 0.09 0.25 0.21 0.02 0.03 0.00 0.18 0.00 0.10 0.40 0.11 0.24 0.19 0.38 0.17 0.01 0.16 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01
C6 0.03 0.01 0.25 0.37 0.01 0.04 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.11 0.63 0.75 0.40 0.30
C8 0.01 0.01 0.35 0.24 0.01 0.14 0.01 0.40 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.44 0.39 0.04 0.92 1.06 0.74 0.67
N1 0.03 0.00 0.47 0.61 0.01 0.12 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.20 0.31 0.13 0.40 0.46 0.12 0.05
N3 0.03 0.00 0.62 0.72 0.00 0.19 0.00 0.24 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.34 0.34 0.15 0.18 0.19 0.17 0.18
N6 0.03 0.02 0.15 0.28 0.02 0.04 0.01 0.19 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.10 0.06 0.10 0.75 0.95 0.58 0.45
N7 0.02 0.00 0.20 0.10 0.00 0.12 0.00 0.38 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.36 0.28 0.04 0.94 1.15 0.80 0.69
N9 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.02 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.14 0.21 0.02 0.60 0.62 0.37 0.31
O2' 0.00 0.34 0.00 0.02 0.07 0.20 0.10 0.01 0.01 0.44 0.20 0.34 0.10 0.36 0.14 0.00 0.04 0.09 0.46 0.85 0.32 0.49
O3' 0.30 0.41 0.03 0.01 0.07 0.04 0.07 0.16 0.11 0.39 0.31 0.34 0.06 0.28 0.21 0.04 0.00 0.22 0.04 0.26 0.17 0.09
O4' 0.00 0.15 0.02 0.01 0.10 0.00 0.08 0.01 0.11 0.04 0.13 0.15 0.10 0.04 0.02 0.09 0.22 0.00 0.07 0.14 0.07 0.22
O5' 0.36 0.20 0.73 0.38 0.48 0.01 0.70 0.00 0.63 0.92 0.40 0.18 0.75 0.94 0.60 0.46 0.04 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01
OP1 0.32 0.23 0.99 0.58 0.52 0.03 0.82 0.02 0.75 1.06 0.46 0.19 0.95 1.15 0.62 0.85 0.26 0.14 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.17 0.17 0.47 0.11 0.23 0.04 0.50 0.03 0.40 0.74 0.12 0.17 0.58 0.80 0.37 0.32 0.17 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01
P 0.13 0.17 0.65 0.36 0.16 0.06 0.40 0.01 0.30 0.67 0.05 0.18 0.45 0.69 0.31 0.49 0.09 0.22 0.01 0.00 0.01 0.00