ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49297

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.002, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C6 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.000, 0.005, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.000, 0.008, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.000, 0.008, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.000, 0.010, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.010
N9 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N7 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C8 A 0, 0.000, 0.016, 0.032, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.016
N6 A 0, 0.000, 0.018, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.018 std_dev=0.018
O4' A 0, 0.000, 0.080, 0.161, 0.161 max_d=0.161 avg_d=0.080 std_dev=0.080
C2' A 0, 0.000, 0.105, 0.210, 0.210 max_d=0.210 avg_d=0.105 std_dev=0.105
C4' A 0, 0.000, 0.125, 0.251, 0.251 max_d=0.251 avg_d=0.125 std_dev=0.125
O2' A 0, 0.000, 0.146, 0.292, 0.292 max_d=0.292 avg_d=0.146 std_dev=0.146
OP2 B 0, 0.000, 0.154, 0.308, 0.308 max_d=0.308 avg_d=0.154 std_dev=0.154
C3' A 0, 0.000, 0.159, 0.318, 0.318 max_d=0.318 avg_d=0.159 std_dev=0.159
C5' A 0, 0.000, 0.198, 0.395, 0.395 max_d=0.395 avg_d=0.198 std_dev=0.198
O5' A 0, 0.000, 0.201, 0.403, 0.403 max_d=0.403 avg_d=0.201 std_dev=0.201
N7 B 0, 0.000, 0.236, 0.471, 0.471 max_d=0.471 avg_d=0.236 std_dev=0.236
C6 B 0, 0.000, 0.255, 0.510, 0.510 max_d=0.510 avg_d=0.255 std_dev=0.255
C5 B 0, 0.000, 0.263, 0.525, 0.525 max_d=0.525 avg_d=0.263 std_dev=0.263
N6 B 0, 0.000, 0.265, 0.531, 0.531 max_d=0.531 avg_d=0.265 std_dev=0.265
N1 B 0, 0.000, 0.296, 0.592, 0.592 max_d=0.592 avg_d=0.296 std_dev=0.296
O3' A 0, 0.000, 0.298, 0.597, 0.597 max_d=0.597 avg_d=0.298 std_dev=0.298
C8 B 0, 0.000, 0.298, 0.597, 0.597 max_d=0.597 avg_d=0.298 std_dev=0.298
P B 0, 0.000, 0.325, 0.650, 0.650 max_d=0.650 avg_d=0.325 std_dev=0.325
C4 B 0, 0.000, 0.351, 0.703, 0.703 max_d=0.703 avg_d=0.351 std_dev=0.351
C2 B 0, 0.000, 0.369, 0.737, 0.737 max_d=0.737 avg_d=0.369 std_dev=0.369
OP1 B 0, 0.000, 0.382, 0.764, 0.764 max_d=0.764 avg_d=0.382 std_dev=0.382
N9 B 0, 0.000, 0.389, 0.777, 0.777 max_d=0.777 avg_d=0.389 std_dev=0.389
N3 B 0, 0.000, 0.415, 0.831, 0.831 max_d=0.831 avg_d=0.415 std_dev=0.415
P A 0, 0.000, 0.433, 0.865, 0.865 max_d=0.865 avg_d=0.433 std_dev=0.433
C1' B 0, 0.000, 0.520, 1.040, 1.040 max_d=1.040 avg_d=0.520 std_dev=0.520
O5' B 0, 0.000, 0.531, 1.063, 1.063 max_d=1.063 avg_d=0.531 std_dev=0.531
OP2 A 0, 0.000, 0.544, 1.089, 1.089 max_d=1.089 avg_d=0.544 std_dev=0.544
OP1 A 0, 0.000, 0.571, 1.142, 1.142 max_d=1.142 avg_d=0.571 std_dev=0.571
O4' B 0, 0.000, 0.582, 1.164, 1.164 max_d=1.164 avg_d=0.582 std_dev=0.582
C2' B 0, 0.000, 0.600, 1.200, 1.200 max_d=1.200 avg_d=0.600 std_dev=0.600
C3' B 0, 0.000, 0.628, 1.256, 1.256 max_d=1.256 avg_d=0.628 std_dev=0.628
C4' B 0, 0.000, 0.655, 1.310, 1.310 max_d=1.310 avg_d=0.655 std_dev=0.655
C5' B 0, 0.000, 0.668, 1.336, 1.336 max_d=1.336 avg_d=0.668 std_dev=0.668
O2' B 0, 0.000, 0.711, 1.422, 1.422 max_d=1.422 avg_d=0.711 std_dev=0.711
O3' B 0, 0.000, 0.766, 1.532, 1.532 max_d=1.532 avg_d=0.766 std_dev=0.766

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.05 0.16 0.10
C2 0.00 0.00 0.02 0.07 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.02 0.12 0.30 0.38 0.28
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.14 0.09
C3' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.04 0.03 0.06 0.06 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.10 0.07
C4 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.06 0.17 0.28 0.20
C4' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.05 0.06 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.05
C5 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.18 0.29 0.19
C5' 0.01 0.10 0.01 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.09 0.09 0.06 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01
C6 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.08 0.25 0.34 0.23
C8 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.00 0.08 0.20 0.12
N1 0.00 0.00 0.02 0.06 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.02 0.11 0.30 0.38 0.27
N3 0.00 0.00 0.02 0.06 0.00 0.06 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.03 0.10 0.23 0.32 0.25
N6 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.08 0.25 0.33 0.22
N7 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.02 0.13 0.24 0.15
N9 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.10 0.21 0.14
O2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.01 0.03 0.00 0.12 0.07
O3' 0.02 0.09 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.04 0.05 0.05 0.08 0.07 0.05 0.03 0.01 0.04 0.00 0.00 0.07 0.02 0.09 0.07
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.12 0.08
O5' 0.02 0.12 0.03 0.04 0.06 0.01 0.05 0.00 0.08 0.00 0.11 0.10 0.08 0.02 0.03 0.03 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.05 0.30 0.03 0.02 0.17 0.01 0.18 0.03 0.25 0.08 0.30 0.23 0.25 0.13 0.10 0.00 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.16 0.38 0.14 0.10 0.28 0.07 0.29 0.02 0.34 0.20 0.38 0.32 0.33 0.24 0.21 0.12 0.09 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.10 0.28 0.09 0.07 0.20 0.05 0.19 0.01 0.23 0.12 0.27 0.25 0.22 0.15 0.14 0.07 0.07 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.11 0.16 0.08 0.10 0.14 0.09 0.15 0.11 0.17 0.13 0.18 0.14 0.18 0.15 0.13 0.02 0.08 0.11 0.13 0.13 0.08 0.09
C2 0.02 0.03 0.04 0.01 0.05 0.01 0.10 0.05 0.12 0.09 0.08 0.02 0.17 0.12 0.05 0.11 0.04 0.04 0.08 0.09 0.06 0.06
C2' 0.12 0.18 0.10 0.11 0.15 0.11 0.16 0.12 0.17 0.14 0.18 0.16 0.17 0.15 0.14 0.05 0.10 0.13 0.14 0.13 0.07 0.08
C3' 0.13 0.18 0.11 0.12 0.16 0.12 0.16 0.14 0.18 0.15 0.19 0.16 0.18 0.16 0.15 0.06 0.11 0.14 0.16 0.13 0.08 0.10
C4 0.06 0.10 0.03 0.05 0.10 0.05 0.13 0.08 0.15 0.11 0.14 0.08 0.18 0.13 0.09 0.04 0.03 0.07 0.11 0.11 0.07 0.07
C4' 0.12 0.16 0.09 0.10 0.14 0.11 0.15 0.13 0.17 0.14 0.17 0.14 0.18 0.15 0.13 0.04 0.09 0.13 0.14 0.13 0.08 0.09
C5 0.05 0.09 0.02 0.05 0.09 0.05 0.13 0.07 0.16 0.11 0.15 0.07 0.18 0.13 0.09 0.05 0.03 0.06 0.11 0.11 0.07 0.07
C5' 0.13 0.16 0.10 0.12 0.15 0.13 0.16 0.15 0.18 0.15 0.18 0.15 0.19 0.16 0.15 0.04 0.10 0.14 0.17 0.14 0.09 0.11
C6 0.01 0.02 0.03 0.00 0.05 0.02 0.10 0.05 0.13 0.09 0.09 0.01 0.18 0.12 0.05 0.10 0.03 0.03 0.08 0.09 0.07 0.06
C8 0.11 0.18 0.10 0.11 0.15 0.10 0.16 0.11 0.18 0.14 0.19 0.15 0.18 0.15 0.13 0.04 0.10 0.11 0.14 0.14 0.08 0.09
N1 0.00 0.00 0.05 0.02 0.04 0.00 0.09 0.04 0.11 0.08 0.06 0.01 0.17 0.11 0.04 0.13 0.06 0.02 0.07 0.08 0.06 0.06
N3 0.04 0.07 0.00 0.02 0.08 0.04 0.12 0.06 0.14 0.10 0.12 0.06 0.17 0.13 0.08 0.07 0.01 0.06 0.09 0.10 0.07 0.07
N6 0.01 0.04 0.05 0.02 0.03 0.00 0.09 0.04 0.12 0.08 0.06 0.03 0.19 0.11 0.03 0.13 0.04 0.01 0.07 0.08 0.06 0.06
N7 0.09 0.16 0.07 0.09 0.13 0.08 0.15 0.10 0.17 0.13 0.19 0.12 0.18 0.15 0.11 0.00 0.08 0.09 0.13 0.13 0.08 0.08
N9 0.09 0.15 0.07 0.09 0.13 0.08 0.15 0.10 0.17 0.13 0.17 0.12 0.18 0.14 0.12 0.01 0.07 0.10 0.13 0.13 0.08 0.08
O2' 0.12 0.17 0.10 0.11 0.15 0.10 0.15 0.11 0.17 0.13 0.18 0.15 0.17 0.14 0.13 0.05 0.10 0.12 0.13 0.12 0.06 0.07
O3' 0.14 0.19 0.11 0.12 0.16 0.13 0.17 0.15 0.19 0.15 0.20 0.17 0.19 0.16 0.15 0.06 0.11 0.15 0.16 0.13 0.08 0.10
O4' 0.10 0.14 0.07 0.09 0.13 0.09 0.14 0.10 0.16 0.12 0.16 0.12 0.17 0.14 0.12 0.01 0.07 0.10 0.13 0.12 0.07 0.08
O5' 0.14 0.17 0.11 0.13 0.16 0.14 0.17 0.17 0.18 0.16 0.18 0.16 0.19 0.17 0.16 0.06 0.11 0.16 0.18 0.16 0.10 0.13
OP1 0.25 0.27 0.22 0.25 0.28 0.26 0.30 0.29 0.31 0.29 0.30 0.26 0.34 0.31 0.27 0.15 0.23 0.27 0.32 0.29 0.25 0.27
OP2 0.31 0.33 0.29 0.31 0.32 0.32 0.33 0.34 0.34 0.32 0.34 0.32 0.34 0.33 0.32 0.24 0.30 0.32 0.35 0.32 0.26 0.29
P 0.24 0.26 0.21 0.23 0.25 0.24 0.27 0.27 0.28 0.26 0.28 0.25 0.29 0.27 0.25 0.15 0.22 0.25 0.28 0.26 0.21 0.23

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.05
C2 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.03 0.00 0.00 0.00 0.07 0.04
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.02 0.01
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.08 0.01 0.02
C4 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.04
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.06 0.03
C5' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.01 0.00 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.03
C8 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.07 0.04
N1 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.03 0.01 0.01 0.00 0.06 0.04
N3 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.03 0.00 0.00 0.00 0.07 0.04
N6 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00 0.03 0.01 0.06 0.03
N7 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.06 0.03
N9 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.04
O2' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.04 0.00 0.06 0.06 0.04 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.09 0.01 0.01
O3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.12 0.04 0.04
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.09 0.07
O5' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.04 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.00 0.00 0.06 0.08 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.09 0.12 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.07 0.07 0.02 0.01 0.07 0.02 0.06 0.00 0.06 0.07 0.06 0.07 0.06 0.06 0.07 0.01 0.04 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.04 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.00 0.03 0.04 0.04 0.04 0.03 0.03 0.04 0.01 0.04 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00