ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49299

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.014, 0.024, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.014 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.006, 0.016, 0.026, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.016 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.005, 0.018, 0.030, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.018 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.007, 0.019, 0.032, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.019 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.001, 0.014, 0.027, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.014 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.008, 0.021, 0.035, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.021 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.002, 0.021, 0.040, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.021 std_dev=0.019
N9 A 0, 0.006, 0.027, 0.048, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.027 std_dev=0.021
N7 A 0, -0.003, 0.024, 0.052, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.024 std_dev=0.027
N6 A 0, 0.016, 0.047, 0.079, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.047 std_dev=0.032
C8 A 0, -0.002, 0.031, 0.064, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.031 std_dev=0.033
C2' A 0, 0.024, 0.082, 0.140, 0.152 max_d=0.152 avg_d=0.082 std_dev=0.058
O2' A 0, 0.024, 0.095, 0.166, 0.201 max_d=0.201 avg_d=0.095 std_dev=0.071
O4' A 0, 0.015, 0.108, 0.200, 0.254 max_d=0.254 avg_d=0.108 std_dev=0.093
C3' A 0, 0.035, 0.161, 0.287, 0.347 max_d=0.347 avg_d=0.161 std_dev=0.126
C4' A 0, 0.038, 0.187, 0.335, 0.393 max_d=0.393 avg_d=0.187 std_dev=0.149
O3' A 0, 0.074, 0.250, 0.426, 0.497 max_d=0.497 avg_d=0.250 std_dev=0.176
C5' A 0, 0.051, 0.299, 0.548, 0.569 max_d=0.569 avg_d=0.299 std_dev=0.248
C2 B 0, 0.254, 0.717, 1.181, 1.273 max_d=1.273 avg_d=0.717 std_dev=0.463
N1 B 0, 0.288, 0.772, 1.255, 1.324 max_d=1.324 avg_d=0.772 std_dev=0.484
N3 B 0, 0.284, 0.859, 1.435, 1.619 max_d=1.619 avg_d=0.859 std_dev=0.575
C6 B 0, 0.375, 1.009, 1.642, 1.688 max_d=1.688 avg_d=1.009 std_dev=0.633
C4 B 0, 0.431, 1.070, 1.710, 1.692 max_d=1.692 avg_d=1.070 std_dev=0.640
C5 B 0, 0.489, 1.166, 1.843, 1.669 max_d=1.669 avg_d=1.166 std_dev=0.677
O2 B 0, 0.366, 1.047, 1.728, 1.908 max_d=1.908 avg_d=1.047 std_dev=0.681
C1' B 0, 0.481, 1.203, 1.924, 1.923 max_d=1.923 avg_d=1.203 std_dev=0.721
O5' A 0, 0.536, 1.356, 2.177, 2.183 max_d=2.183 avg_d=1.356 std_dev=0.821
N4 B 0, 0.598, 1.531, 2.465, 2.484 max_d=2.484 avg_d=1.531 std_dev=0.933
O4' B 0, 0.633, 1.616, 2.600, 2.634 max_d=2.634 avg_d=1.616 std_dev=0.984
C2' B 0, 0.760, 1.831, 2.903, 2.595 max_d=2.595 avg_d=1.831 std_dev=1.072
P A 0, 0.883, 2.117, 3.351, 2.991 max_d=2.991 avg_d=2.117 std_dev=1.234
OP2 A 0, 1.018, 2.438, 3.857, 3.544 max_d=3.544 avg_d=2.438 std_dev=1.419
OP1 A 0, 1.052, 2.529, 4.006, 3.626 max_d=3.626 avg_d=2.529 std_dev=1.477
C4' B 0, 1.087, 2.589, 4.092, 3.698 max_d=3.698 avg_d=2.589 std_dev=1.503
O2' B 0, 1.125, 2.716, 4.307, 3.975 max_d=3.975 avg_d=2.716 std_dev=1.591
C3' B 0, 1.177, 2.795, 4.414, 3.842 max_d=3.842 avg_d=2.795 std_dev=1.619
OP2 B 0, 1.036, 2.683, 4.329, 4.322 max_d=4.322 avg_d=2.683 std_dev=1.647
O5' B 0, 1.198, 2.891, 4.584, 4.268 max_d=4.268 avg_d=2.891 std_dev=1.693
C5' B 0, 1.460, 3.470, 5.480, 4.878 max_d=4.878 avg_d=3.470 std_dev=2.010
P B 0, 1.432, 3.610, 5.788, 5.514 max_d=5.514 avg_d=3.610 std_dev=2.178
O3' B 0, 1.637, 3.908, 6.178, 5.619 max_d=5.619 avg_d=3.908 std_dev=2.271
OP1 B 0, 1.893, 4.970, 8.048, 7.673 max_d=7.673 avg_d=4.970 std_dev=3.077

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.10 0.17 0.18 0.08
C2 0.03 0.00 0.02 0.06 0.01 0.03 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.04 0.06 0.03 0.22 0.25 0.41 0.25
C2' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.12 0.21 0.21 0.12
C3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.04 0.01 0.07 0.00 0.08 0.06 0.08 0.04 0.09 0.07 0.03 0.02 0.01 0.02 0.17 0.25 0.20 0.16
C4 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.23 0.25 0.37 0.24
C4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.07 0.01 0.08 0.08 0.06 0.02 0.10 0.09 0.04 0.05 0.01 0.00 0.01 0.17 0.13 0.03
C5 0.02 0.01 0.02 0.07 0.00 0.07 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.03 0.29 0.32 0.46 0.32
C5' 0.02 0.09 0.00 0.00 0.10 0.01 0.15 0.00 0.17 0.15 0.14 0.06 0.20 0.17 0.09 0.06 0.03 0.00 0.01 0.16 0.19 0.01
C6 0.02 0.01 0.02 0.08 0.00 0.08 0.01 0.17 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.08 0.03 0.30 0.34 0.50 0.35
C8 0.02 0.01 0.03 0.06 0.00 0.08 0.01 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.07 0.03 0.29 0.28 0.37 0.28
N1 0.03 0.00 0.03 0.08 0.02 0.06 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.08 0.03 0.26 0.31 0.48 0.31
N3 0.03 0.00 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.04 0.04 0.19 0.22 0.35 0.21
N6 0.02 0.03 0.03 0.09 0.01 0.10 0.01 0.20 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.09 0.04 0.32 0.39 0.56 0.40
N7 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.09 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.07 0.03 0.32 0.34 0.47 0.35
N9 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.09 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.22 0.22 0.30 0.20
O2' 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.06 0.02 0.03 0.02 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.07 0.15 0.17 0.04
O3' 0.02 0.06 0.02 0.01 0.04 0.01 0.07 0.03 0.08 0.07 0.08 0.04 0.09 0.07 0.04 0.03 0.00 0.02 0.13 0.25 0.17 0.13
O4' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.03 0.04 0.04 0.03 0.01 0.04 0.02 0.00 0.08 0.16 0.13 0.07
O5' 0.10 0.22 0.12 0.17 0.23 0.01 0.29 0.01 0.30 0.29 0.26 0.19 0.32 0.32 0.22 0.07 0.13 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.17 0.25 0.21 0.25 0.25 0.17 0.32 0.16 0.34 0.28 0.31 0.22 0.39 0.34 0.22 0.15 0.25 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.18 0.41 0.21 0.20 0.37 0.13 0.46 0.19 0.50 0.37 0.48 0.35 0.56 0.47 0.30 0.17 0.17 0.13 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.08 0.25 0.12 0.16 0.24 0.03 0.32 0.01 0.35 0.28 0.31 0.21 0.40 0.35 0.20 0.04 0.13 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.29 0.16 0.52 0.64 0.42 0.56 0.33 0.53 0.21 0.16 0.35 0.58 0.09 0.80 0.97 0.32 0.49 0.43 0.39 0.35
C2 0.27 0.10 0.45 0.40 0.36 0.35 0.30 0.20 0.11 0.08 0.20 0.57 0.28 0.77 0.65 0.20 0.26 0.46 0.57 0.05
C2' 0.30 0.15 0.53 0.63 0.41 0.55 0.33 0.51 0.20 0.16 0.33 0.59 0.10 0.81 0.94 0.33 0.48 0.35 0.41 0.32
C3' 0.32 0.22 0.53 0.67 0.45 0.59 0.36 0.58 0.25 0.22 0.39 0.61 0.15 0.78 0.97 0.38 0.54 0.40 0.40 0.41
C4 0.28 0.09 0.50 0.52 0.41 0.46 0.32 0.37 0.17 0.11 0.30 0.59 0.14 0.81 0.81 0.26 0.38 0.35 0.46 0.18
C4' 0.34 0.29 0.52 0.71 0.49 0.64 0.40 0.66 0.31 0.27 0.45 0.63 0.22 0.75 1.03 0.41 0.60 0.58 0.37 0.52
C5 0.28 0.09 0.49 0.48 0.42 0.43 0.33 0.34 0.18 0.11 0.32 0.60 0.16 0.80 0.74 0.26 0.37 0.34 0.47 0.16
C5' 0.45 0.45 0.56 0.78 0.59 0.72 0.51 0.78 0.45 0.42 0.57 0.70 0.40 0.73 1.08 0.52 0.71 0.77 0.39 0.68
C6 0.27 0.08 0.44 0.37 0.39 0.34 0.31 0.20 0.13 0.08 0.24 0.60 0.29 0.75 0.59 0.21 0.28 0.43 0.54 0.06
C8 0.31 0.22 0.53 0.63 0.45 0.56 0.35 0.53 0.25 0.20 0.41 0.59 0.12 0.81 0.94 0.35 0.50 0.44 0.39 0.37
N1 0.27 0.13 0.43 0.34 0.35 0.30 0.30 0.15 0.11 0.10 0.19 0.57 0.33 0.74 0.56 0.19 0.23 0.52 0.60 0.10
N3 0.27 0.06 0.48 0.48 0.38 0.42 0.31 0.31 0.14 0.08 0.25 0.58 0.20 0.80 0.76 0.23 0.33 0.37 0.50 0.10
N6 0.27 0.11 0.40 0.30 0.40 0.28 0.31 0.13 0.12 0.09 0.22 0.61 0.37 0.68 0.47 0.19 0.24 0.50 0.58 0.10
N7 0.30 0.19 0.51 0.57 0.45 0.50 0.35 0.45 0.23 0.18 0.40 0.58 0.09 0.82 0.83 0.32 0.45 0.36 0.41 0.28
N9 0.29 0.15 0.52 0.60 0.43 0.53 0.33 0.48 0.20 0.15 0.35 0.59 0.08 0.82 0.91 0.31 0.46 0.39 0.41 0.30
O2' 0.29 0.14 0.52 0.63 0.41 0.55 0.32 0.51 0.19 0.14 0.32 0.59 0.10 0.80 0.95 0.31 0.47 0.36 0.41 0.31
O3' 0.31 0.20 0.52 0.65 0.43 0.58 0.34 0.57 0.23 0.20 0.36 0.59 0.14 0.76 0.94 0.37 0.54 0.35 0.41 0.39
O4' 0.30 0.24 0.51 0.69 0.45 0.62 0.36 0.62 0.25 0.21 0.41 0.60 0.15 0.76 1.03 0.37 0.56 0.56 0.37 0.47
O5' 0.67 0.56 0.82 1.04 0.62 0.95 0.61 1.01 0.61 0.59 0.60 0.67 0.52 0.96 1.32 0.74 0.91 0.94 0.58 0.86
OP1 0.76 0.58 0.96 1.25 0.61 1.12 0.66 1.23 0.70 0.67 0.58 0.63 0.53 0.99 1.51 0.86 1.10 1.10 0.77 1.03
OP2 0.79 0.64 0.97 1.20 0.65 1.07 0.70 1.15 0.75 0.73 0.62 0.62 0.59 0.99 1.40 0.87 1.04 0.98 0.75 0.96
P 0.74 0.56 0.94 1.21 0.58 1.08 0.63 1.17 0.67 0.65 0.55 0.59 0.52 0.99 1.48 0.83 1.05 1.05 0.72 0.98

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.05 0.02 0.06 0.02 0.02 0.04 0.03 0.02 0.04 0.01 0.09 0.50 0.44 0.11
C2 0.01 0.00 0.03 0.10 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.07 0.02 0.10 0.65 0.53 0.22
C2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.05 0.02 0.07 0.01 0.07 0.03 0.02 0.05 0.08 0.00 0.01 0.01 0.03 0.37 0.33 0.09
C3' 0.02 0.10 0.01 0.00 0.20 0.01 0.23 0.01 0.21 0.12 0.14 0.21 0.07 0.02 0.01 0.02 0.01 0.21 0.23 0.06
C4 0.04 0.01 0.05 0.20 0.00 0.12 0.00 0.22 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.09 0.18 0.09 0.14 0.92 0.63 0.38
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.12 0.00 0.15 0.00 0.13 0.06 0.07 0.13 0.04 0.10 0.02 0.00 0.00 0.24 0.21 0.05
C5 0.05 0.01 0.07 0.23 0.00 0.15 0.00 0.25 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.22 0.11 0.16 1.00 0.63 0.43
C5' 0.02 0.10 0.01 0.01 0.22 0.00 0.25 0.00 0.21 0.12 0.15 0.24 0.04 0.10 0.05 0.02 0.01 0.11 0.09 0.03
C6 0.06 0.01 0.07 0.21 0.01 0.13 0.00 0.21 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.19 0.10 0.13 0.85 0.58 0.35
N1 0.02 0.01 0.03 0.12 0.02 0.06 0.01 0.12 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.05 0.08 0.03 0.10 0.64 0.52 0.22
N3 0.02 0.00 0.02 0.14 0.01 0.07 0.01 0.15 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.13 0.10 0.05 0.12 0.78 0.59 0.30
N4 0.04 0.01 0.05 0.21 0.00 0.13 0.02 0.24 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.10 0.20 0.10 0.16 0.99 0.65 0.42
O2 0.03 0.01 0.08 0.07 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.21 0.12 0.02 0.10 0.57 0.47 0.15
O2' 0.02 0.13 0.00 0.02 0.09 0.10 0.04 0.10 0.05 0.05 0.13 0.10 0.21 0.00 0.05 0.09 0.12 0.46 0.40 0.17
O3' 0.04 0.07 0.01 0.01 0.18 0.02 0.22 0.05 0.19 0.08 0.10 0.20 0.12 0.05 0.00 0.03 0.07 0.07 0.13 0.03
O4' 0.01 0.02 0.01 0.02 0.09 0.00 0.11 0.02 0.10 0.03 0.05 0.10 0.02 0.09 0.03 0.00 0.09 0.49 0.41 0.12
O5' 0.09 0.10 0.03 0.01 0.14 0.00 0.16 0.01 0.13 0.10 0.12 0.16 0.10 0.12 0.07 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.50 0.65 0.37 0.21 0.92 0.24 1.00 0.11 0.85 0.64 0.78 0.99 0.57 0.46 0.07 0.49 0.01 0.00 0.04 0.01
OP2 0.44 0.53 0.33 0.23 0.63 0.21 0.63 0.09 0.58 0.52 0.59 0.65 0.47 0.40 0.13 0.41 0.01 0.04 0.00 0.03
P 0.11 0.22 0.09 0.06 0.38 0.05 0.43 0.03 0.35 0.22 0.30 0.42 0.15 0.17 0.03 0.12 0.01 0.01 0.03 0.00