ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49300

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.000, 0.009, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.000, 0.013, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.000, 0.013, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.000, 0.016, 0.032, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.016
C8 A 0, 0.000, 0.016, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.016 std_dev=0.016
O4' A 0, 0.000, 0.018, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.018 std_dev=0.018
N1 A 0, 0.000, 0.019, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.019 std_dev=0.019
N7 A 0, 0.000, 0.025, 0.049, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.025 std_dev=0.025
C2' A 0, 0.000, 0.031, 0.063, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.031 std_dev=0.031
C3' A 0, 0.000, 0.034, 0.069, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.034 std_dev=0.034
C4' A 0, 0.000, 0.035, 0.069, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.035 std_dev=0.035
N6 A 0, 0.000, 0.038, 0.076, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.038 std_dev=0.038
O3' A 0, 0.000, 0.040, 0.079, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.040 std_dev=0.040
C5' A 0, 0.000, 0.045, 0.089, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.045 std_dev=0.045
O2' A 0, 0.000, 0.063, 0.125, 0.125 max_d=0.125 avg_d=0.063 std_dev=0.063
O5' A 0, 0.000, 0.203, 0.406, 0.406 max_d=0.406 avg_d=0.203 std_dev=0.203
O2 B 0, 0.000, 0.284, 0.569, 0.569 max_d=0.569 avg_d=0.284 std_dev=0.284
O2' B 0, 0.000, 0.290, 0.579, 0.579 max_d=0.579 avg_d=0.290 std_dev=0.290
N3 B 0, 0.000, 0.299, 0.598, 0.598 max_d=0.598 avg_d=0.299 std_dev=0.299
C4 B 0, 0.000, 0.304, 0.608, 0.608 max_d=0.608 avg_d=0.304 std_dev=0.304
C2 B 0, 0.000, 0.311, 0.621, 0.621 max_d=0.621 avg_d=0.311 std_dev=0.311
N4 B 0, 0.000, 0.341, 0.683, 0.683 max_d=0.683 avg_d=0.341 std_dev=0.341
N1 B 0, 0.000, 0.355, 0.710, 0.710 max_d=0.710 avg_d=0.355 std_dev=0.355
C5 B 0, 0.000, 0.356, 0.713, 0.713 max_d=0.713 avg_d=0.356 std_dev=0.356
C6 B 0, 0.000, 0.383, 0.765, 0.765 max_d=0.765 avg_d=0.383 std_dev=0.383
P A 0, 0.000, 0.391, 0.782, 0.782 max_d=0.782 avg_d=0.391 std_dev=0.391
O5' B 0, 0.000, 0.427, 0.854, 0.854 max_d=0.854 avg_d=0.427 std_dev=0.427
OP2 A 0, 0.000, 0.429, 0.858, 0.858 max_d=0.858 avg_d=0.429 std_dev=0.429
C2' B 0, 0.000, 0.429, 0.859, 0.859 max_d=0.859 avg_d=0.429 std_dev=0.429
C1' B 0, 0.000, 0.441, 0.882, 0.882 max_d=0.882 avg_d=0.441 std_dev=0.441
O3' B 0, 0.000, 0.550, 1.099, 1.099 max_d=1.099 avg_d=0.550 std_dev=0.550
C3' B 0, 0.000, 0.587, 1.173, 1.173 max_d=1.173 avg_d=0.587 std_dev=0.587
OP1 A 0, 0.000, 0.598, 1.196, 1.196 max_d=1.196 avg_d=0.598 std_dev=0.598
O4' B 0, 0.000, 0.650, 1.300, 1.300 max_d=1.300 avg_d=0.650 std_dev=0.650
P B 0, 0.000, 0.651, 1.302, 1.302 max_d=1.302 avg_d=0.651 std_dev=0.651
C4' B 0, 0.000, 0.699, 1.398, 1.398 max_d=1.398 avg_d=0.699 std_dev=0.699
OP2 B 0, 0.000, 0.791, 1.582, 1.582 max_d=1.582 avg_d=0.791 std_dev=0.791
C5' B 0, 0.000, 0.836, 1.673, 1.673 max_d=1.673 avg_d=0.836 std_dev=0.836
OP1 B 0, 0.000, 1.023, 2.047, 2.047 max_d=2.047 avg_d=1.023 std_dev=1.023

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.10 0.15 0.08
C2 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.14 0.18 0.11
C2' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.16 0.18 0.12
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.12 0.11 0.09
C4 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.04 0.13 0.20 0.11
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02
C5 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.13 0.20 0.11
C5' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.13 0.19 0.10
C8 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.11 0.19 0.09
N1 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.12 0.17 0.10
N3 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.15 0.20 0.13
N6 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.00 0.02 0.12 0.19 0.10
N7 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.12 0.20 0.10
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.11 0.18 0.10
O2' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.04 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.06 0.18 0.19 0.14
O3' 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.09 0.09 0.07
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.10 0.03
O5' 0.03 0.03 0.06 0.05 0.04 0.00 0.03 0.00 0.02 0.03 0.02 0.05 0.02 0.03 0.03 0.06 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01
OP1 0.10 0.14 0.16 0.12 0.13 0.02 0.13 0.01 0.13 0.11 0.12 0.15 0.12 0.12 0.11 0.18 0.09 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01
OP2 0.15 0.18 0.18 0.11 0.20 0.05 0.20 0.01 0.19 0.19 0.17 0.20 0.19 0.20 0.18 0.19 0.09 0.10 0.01 0.00 0.00 0.01
P 0.08 0.11 0.12 0.09 0.11 0.02 0.11 0.00 0.10 0.09 0.10 0.13 0.10 0.10 0.10 0.14 0.07 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.12 0.08 0.04 0.05 0.05 0.11 0.03 0.17 0.03 0.09 0.01 0.16 0.11 0.00 0.05 0.14 0.08 0.26 0.02 0.07
C2 0.10 0.11 0.04 0.05 0.01 0.10 0.03 0.17 0.02 0.09 0.08 0.09 0.12 0.01 0.05 0.10 0.14 0.21 0.07 0.06
C2' 0.13 0.09 0.05 0.06 0.04 0.13 0.02 0.18 0.04 0.09 0.02 0.14 0.11 0.00 0.06 0.16 0.08 0.28 0.01 0.07
C3' 0.12 0.07 0.03 0.03 0.06 0.10 0.03 0.15 0.03 0.08 0.00 0.16 0.09 0.02 0.04 0.14 0.08 0.24 0.05 0.05
C4 0.12 0.12 0.06 0.07 0.01 0.12 0.02 0.20 0.03 0.10 0.08 0.11 0.13 0.02 0.06 0.13 0.11 0.26 0.06 0.09
C4' 0.09 0.05 0.00 0.01 0.07 0.06 0.06 0.10 0.00 0.06 0.01 0.17 0.07 0.04 0.00 0.10 0.09 0.19 0.07 0.01
C5 0.12 0.13 0.07 0.08 0.00 0.13 0.01 0.21 0.03 0.10 0.10 0.09 0.14 0.03 0.07 0.12 0.12 0.28 0.10 0.11
C5' 0.08 0.05 0.01 0.02 0.07 0.04 0.06 0.09 0.00 0.05 0.00 0.15 0.07 0.04 0.01 0.08 0.11 0.16 0.07 0.00
C6 0.10 0.12 0.06 0.07 0.01 0.12 0.02 0.20 0.02 0.09 0.11 0.06 0.13 0.03 0.06 0.10 0.14 0.24 0.12 0.09
C8 0.14 0.13 0.08 0.09 0.03 0.15 0.01 0.22 0.05 0.11 0.07 0.14 0.15 0.04 0.08 0.15 0.08 0.32 0.06 0.12
N1 0.10 0.12 0.05 0.06 0.01 0.11 0.02 0.18 0.02 0.09 0.10 0.06 0.13 0.02 0.06 0.10 0.15 0.21 0.10 0.07
N3 0.12 0.11 0.05 0.05 0.01 0.11 0.02 0.18 0.03 0.09 0.07 0.10 0.13 0.01 0.05 0.12 0.11 0.23 0.05 0.07
N6 0.07 0.10 0.05 0.06 0.01 0.10 0.04 0.19 0.00 0.06 0.10 0.03 0.10 0.01 0.05 0.06 0.17 0.23 0.15 0.09
N7 0.13 0.14 0.09 0.10 0.00 0.15 0.01 0.23 0.05 0.11 0.12 0.11 0.15 0.05 0.09 0.14 0.10 0.32 0.11 0.13
N9 0.13 0.11 0.06 0.07 0.04 0.12 0.02 0.19 0.03 0.10 0.05 0.14 0.13 0.02 0.06 0.14 0.09 0.28 0.03 0.08
O2' 0.15 0.09 0.06 0.08 0.04 0.16 0.01 0.21 0.05 0.10 0.02 0.14 0.11 0.00 0.08 0.19 0.07 0.32 0.01 0.09
O3' 0.12 0.06 0.03 0.04 0.06 0.11 0.03 0.15 0.03 0.08 0.02 0.16 0.08 0.01 0.04 0.16 0.05 0.26 0.07 0.05
O4' 0.09 0.06 0.01 0.01 0.08 0.06 0.06 0.11 0.00 0.06 0.01 0.17 0.08 0.02 0.01 0.10 0.09 0.20 0.05 0.03
O5' 0.09 0.06 0.01 0.01 0.08 0.06 0.06 0.11 0.00 0.06 0.01 0.17 0.08 0.01 0.01 0.10 0.08 0.17 0.05 0.02
OP1 0.06 0.02 0.00 0.00 0.13 0.04 0.12 0.09 0.05 0.02 0.05 0.24 0.05 0.01 0.01 0.06 0.10 0.14 0.04 0.01
OP2 0.04 0.07 0.11 0.11 0.22 0.06 0.21 0.00 0.15 0.08 0.13 0.31 0.04 0.13 0.10 0.04 0.25 0.05 0.13 0.10
P 0.05 0.02 0.01 0.02 0.13 0.03 0.12 0.08 0.05 0.01 0.05 0.23 0.05 0.03 0.01 0.05 0.13 0.13 0.05 0.01

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.05 0.03 0.01 0.01 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00 0.11 0.23 0.19 0.00
C2 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.02 0.00 0.11 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.05 0.02 0.14 0.29 0.08 0.05
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.04 0.05 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.06 0.22 0.18 0.04
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.09 0.02 0.02 0.05 0.04 0.01 0.00 0.01 0.16 0.20 0.24 0.03
C4 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.11 0.01 0.22 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.05 0.02 0.06 0.16 0.37 0.08 0.12
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.11 0.00 0.13 0.00 0.12 0.05 0.05 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.20 0.26 0.01
C5 0.03 0.00 0.04 0.08 0.01 0.13 0.00 0.25 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.06 0.06 0.18 0.38 0.08 0.12
C5' 0.05 0.11 0.04 0.00 0.22 0.00 0.25 0.00 0.22 0.12 0.15 0.25 0.07 0.03 0.01 0.00 0.00 0.22 0.26 0.00
C6 0.03 0.00 0.05 0.09 0.02 0.12 0.01 0.22 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.07 0.05 0.18 0.34 0.00 0.08
N1 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.05 0.01 0.12 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.02 0.16 0.29 0.09 0.04
N3 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.05 0.00 0.15 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.10 0.04 0.03 0.15 0.32 0.01 0.08
N4 0.04 0.00 0.01 0.05 0.01 0.13 0.03 0.25 0.03 0.03 0.00 0.00 0.03 0.06 0.02 0.08 0.14 0.40 0.15 0.15
O2 0.02 0.01 0.04 0.04 0.02 0.01 0.00 0.07 0.01 0.02 0.03 0.03 0.00 0.10 0.06 0.04 0.09 0.26 0.12 0.04
O2' 0.00 0.09 0.00 0.01 0.05 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.10 0.06 0.10 0.00 0.02 0.00 0.10 0.21 0.15 0.06
O3' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01 0.06 0.01 0.07 0.00 0.04 0.02 0.06 0.02 0.00 0.04 0.15 0.20 0.25 0.03
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.06 0.01 0.06 0.00 0.05 0.02 0.03 0.08 0.04 0.00 0.04 0.00 0.21 0.17 0.27 0.08
O5' 0.11 0.14 0.06 0.16 0.16 0.00 0.18 0.00 0.18 0.16 0.15 0.14 0.09 0.10 0.15 0.21 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.23 0.29 0.22 0.20 0.37 0.20 0.38 0.22 0.34 0.29 0.32 0.40 0.26 0.21 0.20 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.19 0.08 0.18 0.24 0.08 0.26 0.08 0.26 0.00 0.09 0.01 0.15 0.12 0.15 0.25 0.27 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.00 0.05 0.04 0.03 0.12 0.01 0.12 0.00 0.08 0.04 0.08 0.15 0.04 0.06 0.03 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00