ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49301

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 0, 1, 2, 19, 10, 10, 17, 14, 8, 15, 16, 18, 6, 1, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.013, 0.023, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.007, 0.022, 0.037, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.022 std_dev=0.015
N3 A 0, 0.008, 0.026, 0.043, 0.140 max_d=0.140 avg_d=0.026 std_dev=0.017
C2 A 0, 0.000, 0.018, 0.035, 0.143 max_d=0.143 avg_d=0.018 std_dev=0.018
N1 A 0, 0.006, 0.024, 0.041, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.024 std_dev=0.018
C4 A 0, 0.008, 0.028, 0.048, 0.125 max_d=0.125 avg_d=0.028 std_dev=0.020
C1' A 0, 0.004, 0.026, 0.047, 0.172 max_d=0.172 avg_d=0.026 std_dev=0.021
N9 A 0, 0.011, 0.035, 0.059, 0.139 max_d=0.139 avg_d=0.035 std_dev=0.024
N7 A 0, 0.014, 0.044, 0.074, 0.180 max_d=0.180 avg_d=0.044 std_dev=0.030
N6 A 0, 0.011, 0.043, 0.075, 0.177 max_d=0.177 avg_d=0.043 std_dev=0.032
C8 A 0, 0.016, 0.054, 0.092, 0.240 max_d=0.240 avg_d=0.054 std_dev=0.038
N3 B 0, 0.515, 0.752, 0.990, 1.667 max_d=1.667 avg_d=0.752 std_dev=0.237
C2 B 0, 0.517, 0.771, 1.025, 1.575 max_d=1.575 avg_d=0.771 std_dev=0.254
O2 B 0, 0.536, 0.802, 1.068, 1.671 max_d=1.671 avg_d=0.802 std_dev=0.266
O4 B 0, 0.677, 0.981, 1.286, 1.900 max_d=1.900 avg_d=0.981 std_dev=0.305
C4 B 0, 0.637, 0.949, 1.260, 1.701 max_d=1.701 avg_d=0.949 std_dev=0.311
N1 B 0, 0.672, 1.009, 1.345, 1.595 max_d=1.595 avg_d=1.009 std_dev=0.337
C1' B 0, 0.701, 1.082, 1.463, 1.694 max_d=1.694 avg_d=1.082 std_dev=0.381
C5 B 0, 0.777, 1.268, 1.758, 1.973 max_d=1.973 avg_d=1.268 std_dev=0.491
C6 B 0, 0.787, 1.290, 1.793, 2.060 max_d=2.060 avg_d=1.290 std_dev=0.503
O4' B 0, 1.514, 2.087, 2.661, 3.601 max_d=3.601 avg_d=2.087 std_dev=0.574
O4' A 0, -0.073, 0.546, 1.165, 2.572 max_d=2.572 avg_d=0.546 std_dev=0.619
C2' A 0, -0.002, 0.638, 1.279, 2.752 max_d=2.752 avg_d=0.638 std_dev=0.640
C4' A 0, 0.007, 0.852, 1.697, 3.537 max_d=3.537 avg_d=0.852 std_dev=0.845
C3' A 0, 0.023, 0.932, 1.841, 4.171 max_d=4.171 avg_d=0.932 std_dev=0.909
C4' B 0, 1.833, 2.773, 3.712, 4.986 max_d=4.986 avg_d=2.773 std_dev=0.939
C2' B 0, 1.354, 2.333, 3.312, 3.569 max_d=3.569 avg_d=2.333 std_dev=0.979
O2' A 0, 0.029, 1.010, 1.991, 3.630 max_d=3.630 avg_d=1.010 std_dev=0.981
O3' B 0, 1.421, 2.410, 3.398, 4.974 max_d=4.974 avg_d=2.410 std_dev=0.988
C3' B 0, 1.414, 2.485, 3.556, 4.602 max_d=4.602 avg_d=2.485 std_dev=1.071
O2' B 0, 1.940, 3.078, 4.215, 4.876 max_d=4.876 avg_d=3.078 std_dev=1.137
O3' A 0, 0.200, 1.345, 2.491, 5.869 max_d=5.869 avg_d=1.345 std_dev=1.146
C5' B 0, 2.723, 4.122, 5.521, 6.782 max_d=6.782 avg_d=4.122 std_dev=1.399
C5' A 0, -0.181, 1.374, 2.929, 6.278 max_d=6.278 avg_d=1.374 std_dev=1.555
O5' B 0, 4.457, 6.100, 7.743, 8.571 max_d=8.571 avg_d=6.100 std_dev=1.643
O5' A 0, 0.662, 2.494, 4.327, 7.785 max_d=7.785 avg_d=2.494 std_dev=1.833
P B 0, 5.615, 7.701, 9.787, 10.650 max_d=10.650 avg_d=7.701 std_dev=2.086
OP1 B 0, 5.956, 8.150, 10.344, 11.361 max_d=11.361 avg_d=8.150 std_dev=2.194
OP2 B 0, 5.830, 8.172, 10.514, 12.031 max_d=12.031 avg_d=8.172 std_dev=2.342
P A 0, 0.758, 3.194, 5.629, 10.533 max_d=10.533 avg_d=3.194 std_dev=2.435
OP1 A 0, 1.883, 4.383, 6.882, 12.002 max_d=12.002 avg_d=4.383 std_dev=2.500
OP2 A 0, 1.307, 3.894, 6.481, 11.386 max_d=11.386 avg_d=3.894 std_dev=2.587

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.08 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.03 0.26 0.01 0.27 0.53 0.44 0.29
C2 0.04 0.00 0.26 0.40 0.01 0.46 0.01 0.88 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.34 0.31 0.33 0.93 1.41 1.31 1.10
C2' 0.00 0.26 0.00 0.01 0.13 0.02 0.08 0.19 0.12 0.16 0.20 0.27 0.10 0.12 0.04 0.01 0.03 0.02 0.35 0.67 0.39 0.38
C3' 0.02 0.40 0.01 0.00 0.26 0.01 0.30 0.04 0.32 0.36 0.35 0.38 0.34 0.36 0.21 0.02 0.01 0.03 0.42 0.54 0.37 0.34
C4 0.02 0.01 0.13 0.26 0.00 0.21 0.01 0.42 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.28 0.15 0.17 0.63 1.12 0.88 0.70
C4' 0.02 0.46 0.02 0.01 0.21 0.00 0.14 0.01 0.21 0.28 0.36 0.44 0.18 0.21 0.08 0.30 0.03 0.01 0.02 0.30 0.26 0.09
C5 0.02 0.01 0.08 0.30 0.01 0.14 0.00 0.30 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.35 0.13 0.08 0.73 1.42 1.00 0.83
C5' 0.08 0.88 0.19 0.04 0.42 0.01 0.30 0.00 0.45 0.42 0.71 0.81 0.38 0.34 0.16 0.14 0.20 0.02 0.02 0.42 0.38 0.03
C6 0.03 0.01 0.12 0.32 0.01 0.21 0.01 0.45 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.38 0.17 0.16 0.79 1.54 1.12 0.93
C8 0.02 0.01 0.16 0.36 0.01 0.28 0.01 0.42 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.34 0.19 0.18 0.86 1.41 1.07 0.96
N1 0.04 0.00 0.20 0.35 0.02 0.36 0.01 0.71 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.37 0.24 0.26 0.88 1.51 1.26 1.04
N3 0.04 0.01 0.27 0.38 0.00 0.44 0.01 0.81 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.30 0.31 0.33 0.81 1.18 1.12 0.93
N6 0.03 0.01 0.10 0.34 0.02 0.18 0.02 0.38 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.42 0.20 0.11 0.84 1.72 1.20 1.01
N7 0.02 0.01 0.12 0.36 0.01 0.21 0.00 0.34 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.38 0.20 0.10 0.87 1.62 1.17 1.03
N9 0.01 0.01 0.04 0.21 0.01 0.08 0.01 0.16 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.22 0.08 0.01 0.54 0.96 0.72 0.57
O2' 0.03 0.34 0.01 0.02 0.28 0.30 0.35 0.14 0.38 0.34 0.37 0.30 0.42 0.38 0.22 0.00 0.06 0.21 0.27 0.34 0.38 0.20
O3' 0.26 0.31 0.03 0.01 0.15 0.03 0.13 0.20 0.17 0.19 0.24 0.31 0.20 0.20 0.08 0.06 0.00 0.18 0.39 0.45 0.62 0.39
O4' 0.01 0.33 0.02 0.03 0.17 0.01 0.08 0.02 0.16 0.18 0.26 0.33 0.11 0.10 0.01 0.21 0.18 0.00 0.19 0.36 0.40 0.21
O5' 0.27 0.93 0.35 0.42 0.63 0.02 0.73 0.02 0.79 0.86 0.88 0.81 0.84 0.87 0.54 0.27 0.39 0.19 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.53 1.41 0.67 0.54 1.12 0.30 1.42 0.42 1.54 1.41 1.51 1.18 1.72 1.62 0.96 0.34 0.45 0.36 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.44 1.31 0.39 0.37 0.88 0.26 1.00 0.38 1.12 1.07 1.26 1.12 1.20 1.17 0.72 0.38 0.62 0.40 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.29 1.10 0.38 0.34 0.70 0.09 0.83 0.03 0.93 0.96 1.04 0.93 1.01 1.03 0.57 0.20 0.39 0.21 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.34 0.24 0.72 0.52 0.17 0.38 0.19 0.44 0.23 0.27 0.18 0.30 0.67 0.32 0.20 0.40 0.50 0.60 0.79 0.60
C2 0.15 0.15 0.43 0.43 0.16 0.19 0.15 0.29 0.11 0.12 0.13 0.22 0.34 0.22 0.22 0.25 0.38 0.66 0.88 0.53
C2' 0.31 0.23 0.73 0.57 0.19 0.35 0.19 0.37 0.21 0.24 0.19 0.28 0.67 0.37 0.24 0.35 0.41 0.51 0.81 0.47
C3' 0.73 0.59 1.19 1.04 0.54 0.81 0.62 0.80 0.68 0.67 0.52 0.57 1.02 0.78 0.49 0.68 0.86 0.64 1.25 0.90
C4 0.20 0.17 0.52 0.45 0.14 0.23 0.13 0.32 0.12 0.16 0.13 0.23 0.42 0.22 0.20 0.27 0.40 0.60 0.83 0.53
C4' 0.80 0.57 1.19 0.98 0.38 0.86 0.49 0.82 0.61 0.66 0.41 0.63 1.15 0.79 0.29 0.78 0.79 0.62 1.03 0.80
C5 0.16 0.15 0.42 0.42 0.14 0.19 0.12 0.28 0.11 0.13 0.12 0.21 0.32 0.20 0.20 0.23 0.38 0.61 0.85 0.52
C5' 1.27 0.91 1.65 1.48 0.60 1.38 0.77 1.29 0.96 1.05 0.65 1.00 1.65 1.41 0.43 1.24 1.17 0.93 1.30 1.10
C6 0.14 0.15 0.33 0.41 0.17 0.18 0.16 0.27 0.14 0.13 0.14 0.20 0.28 0.22 0.22 0.22 0.37 0.67 0.91 0.53
C8 0.26 0.21 0.59 0.46 0.18 0.29 0.18 0.35 0.20 0.22 0.17 0.25 0.47 0.23 0.20 0.31 0.42 0.55 0.78 0.53
N1 0.14 0.15 0.35 0.42 0.18 0.18 0.18 0.28 0.14 0.13 0.14 0.21 0.28 0.23 0.24 0.24 0.38 0.69 0.91 0.53
N3 0.19 0.16 0.51 0.45 0.14 0.23 0.13 0.32 0.11 0.15 0.12 0.23 0.42 0.22 0.21 0.27 0.40 0.62 0.84 0.54
N6 0.18 0.19 0.26 0.41 0.21 0.21 0.22 0.28 0.20 0.18 0.18 0.21 0.31 0.26 0.25 0.25 0.40 0.74 0.97 0.57
N7 0.17 0.16 0.45 0.42 0.15 0.21 0.14 0.28 0.14 0.15 0.13 0.21 0.32 0.19 0.20 0.24 0.38 0.57 0.82 0.51
N9 0.27 0.21 0.62 0.47 0.16 0.30 0.16 0.37 0.19 0.22 0.16 0.26 0.53 0.25 0.20 0.33 0.44 0.58 0.79 0.55
O2' 0.52 0.46 0.80 0.68 0.47 0.56 0.45 0.58 0.45 0.47 0.45 0.50 0.82 0.61 0.52 0.58 0.58 0.82 0.76 0.62
O3' 0.73 0.53 1.27 1.13 0.48 0.83 0.59 0.85 0.66 0.65 0.45 0.51 1.12 0.91 0.42 0.65 0.95 0.79 1.31 1.00
O4' 0.60 0.43 0.92 0.69 0.24 0.64 0.31 0.63 0.41 0.48 0.28 0.51 0.91 0.51 0.20 0.63 0.62 0.60 0.84 0.68
O5' 1.58 1.33 1.83 1.73 1.17 1.66 1.30 1.58 1.42 1.45 1.16 1.35 1.76 1.68 1.06 1.58 1.48 1.28 1.55 1.40
OP1 2.53 2.31 2.76 2.84 2.35 2.67 2.55 2.63 2.62 2.52 2.22 2.14 2.52 2.84 2.24 2.52 2.63 2.46 2.75 2.56
OP2 2.54 2.07 2.73 2.69 1.74 2.68 1.96 2.57 2.19 2.28 1.77 2.11 2.74 2.71 1.54 2.58 2.37 2.16 2.30 2.24
P 2.16 1.78 2.42 2.40 1.56 2.32 1.78 2.23 1.95 1.98 1.54 1.77 2.35 2.44 1.40 2.18 2.09 1.88 2.10 1.98

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.08 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.32 0.02 0.01 0.19 0.36 0.22 0.21
C2 0.02 0.00 0.18 0.22 0.01 0.08 0.02 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.22 0.21 0.02 0.14 0.26 0.51 0.58 0.36
C2' 0.01 0.18 0.00 0.01 0.05 0.02 0.13 0.20 0.17 0.03 0.14 0.30 0.00 0.03 0.07 0.02 0.42 0.59 0.32 0.45
C3' 0.02 0.22 0.01 0.00 0.37 0.01 0.40 0.03 0.35 0.22 0.30 0.16 0.02 0.01 0.39 0.02 0.18 0.15 0.18 0.15
C4 0.02 0.01 0.05 0.37 0.00 0.14 0.01 0.20 0.01 0.01 0.01 0.02 0.37 0.15 0.01 0.04 0.50 0.72 1.07 0.69
C4' 0.01 0.08 0.02 0.01 0.14 0.00 0.21 0.01 0.22 0.08 0.08 0.15 0.32 0.03 0.14 0.01 0.02 0.21 0.19 0.04
C5 0.02 0.02 0.13 0.40 0.01 0.21 0.00 0.26 0.01 0.01 0.01 0.02 0.43 0.24 0.01 0.12 0.61 0.79 1.15 0.80
C5' 0.08 0.15 0.20 0.03 0.20 0.01 0.26 0.00 0.23 0.12 0.16 0.21 0.13 0.23 0.21 0.02 0.01 0.32 0.38 0.02
C6 0.02 0.01 0.17 0.35 0.01 0.22 0.01 0.23 0.00 0.01 0.01 0.02 0.39 0.18 0.01 0.16 0.55 0.68 0.88 0.67
N1 0.01 0.01 0.03 0.22 0.01 0.08 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.22 0.10 0.02 0.02 0.32 0.50 0.55 0.40
N3 0.02 0.01 0.14 0.30 0.01 0.08 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.01 0.29 0.12 0.02 0.10 0.35 0.60 0.82 0.50
O2 0.04 0.01 0.30 0.16 0.02 0.15 0.02 0.21 0.02 0.01 0.01 0.00 0.29 0.40 0.03 0.25 0.20 0.48 0.43 0.27
O2' 0.03 0.22 0.00 0.02 0.37 0.32 0.43 0.13 0.39 0.22 0.29 0.29 0.00 0.06 0.39 0.22 0.34 0.50 0.34 0.39
O3' 0.32 0.21 0.03 0.01 0.15 0.03 0.24 0.23 0.18 0.10 0.12 0.40 0.06 0.00 0.18 0.22 0.27 0.46 0.29 0.26
O4 0.02 0.02 0.07 0.39 0.01 0.14 0.01 0.21 0.01 0.02 0.02 0.03 0.39 0.18 0.00 0.04 0.52 0.77 1.19 0.75
O4' 0.01 0.14 0.02 0.02 0.04 0.01 0.12 0.02 0.16 0.02 0.10 0.25 0.22 0.22 0.04 0.00 0.15 0.26 0.19 0.21
O5' 0.19 0.26 0.42 0.18 0.50 0.02 0.61 0.01 0.55 0.32 0.35 0.20 0.34 0.27 0.52 0.15 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.36 0.51 0.59 0.15 0.72 0.21 0.79 0.32 0.68 0.50 0.60 0.48 0.50 0.46 0.77 0.26 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.22 0.58 0.32 0.18 1.07 0.19 1.15 0.38 0.88 0.55 0.82 0.43 0.34 0.29 1.19 0.19 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.21 0.36 0.45 0.15 0.69 0.04 0.80 0.02 0.67 0.40 0.50 0.27 0.39 0.26 0.75 0.21 0.01 0.01 0.01 0.00