ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49302

back

Distances from reference structure (by RMSD)

4, 12, 12, 3, 3, 1, 6, 14, 21, 13, 7, 6, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.012, 0.020, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.002, 0.011, 0.020, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.011 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.008, 0.018, 0.029, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.018 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.007, 0.018, 0.029, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.018 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.005, 0.017, 0.028, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.017 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.008, 0.020, 0.033, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.020 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.007, 0.022, 0.037, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.022 std_dev=0.015
N9 A 0, 0.008, 0.027, 0.046, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.027 std_dev=0.019
N7 A 0, 0.007, 0.032, 0.056, 0.143 max_d=0.143 avg_d=0.032 std_dev=0.024
N6 A 0, 0.013, 0.042, 0.070, 0.134 max_d=0.134 avg_d=0.042 std_dev=0.029
C8 A 0, 0.009, 0.038, 0.068, 0.171 max_d=0.171 avg_d=0.038 std_dev=0.029
N3 B 0, 0.138, 0.362, 0.585, 1.292 max_d=1.292 avg_d=0.362 std_dev=0.223
C2 B 0, 0.205, 0.512, 0.820, 1.444 max_d=1.444 avg_d=0.512 std_dev=0.308
N1 B 0, 0.213, 0.542, 0.871, 1.276 max_d=1.276 avg_d=0.542 std_dev=0.329
C4 B 0, 0.252, 0.614, 0.977, 1.206 max_d=1.206 avg_d=0.614 std_dev=0.363
O4 B 0, 0.325, 0.737, 1.148, 1.582 max_d=1.582 avg_d=0.737 std_dev=0.411
C1' B 0, 0.286, 0.725, 1.165, 1.717 max_d=1.717 avg_d=0.725 std_dev=0.439
C6 B 0, 0.293, 0.782, 1.271, 1.670 max_d=1.670 avg_d=0.782 std_dev=0.489
C2' B 0, 0.331, 0.844, 1.356, 2.115 max_d=2.115 avg_d=0.844 std_dev=0.512
O2 B 0, 0.317, 0.841, 1.365, 2.217 max_d=2.217 avg_d=0.841 std_dev=0.524
C5 B 0, 0.342, 0.910, 1.478, 1.845 max_d=1.845 avg_d=0.910 std_dev=0.568
C3' B 0, 0.439, 1.154, 1.869, 2.523 max_d=2.523 avg_d=1.154 std_dev=0.715
O4' A 0, -0.307, 0.424, 1.154, 2.657 max_d=2.657 avg_d=0.424 std_dev=0.730
C3' A 0, -0.165, 0.565, 1.296, 3.144 max_d=3.144 avg_d=0.565 std_dev=0.731
C2' A 0, -0.324, 0.447, 1.218, 2.775 max_d=2.775 avg_d=0.447 std_dev=0.771
O4' B 0, 0.422, 1.197, 1.973, 2.720 max_d=2.720 avg_d=1.197 std_dev=0.775
O3' A 0, -0.073, 0.738, 1.549, 2.951 max_d=2.951 avg_d=0.738 std_dev=0.811
O3' B 0, 0.587, 1.468, 2.349, 3.007 max_d=3.007 avg_d=1.468 std_dev=0.881
C4' A 0, -0.310, 0.583, 1.475, 3.377 max_d=3.377 avg_d=0.583 std_dev=0.892
C4' B 0, 0.496, 1.389, 2.283, 3.286 max_d=3.286 avg_d=1.389 std_dev=0.893
O2' B 0, 0.536, 1.582, 2.629, 3.252 max_d=3.252 avg_d=1.582 std_dev=1.046
C5' B 0, 0.600, 1.828, 3.055, 4.658 max_d=4.658 avg_d=1.828 std_dev=1.227
O2' A 0, -0.502, 0.795, 2.092, 4.715 max_d=4.715 avg_d=0.795 std_dev=1.297
C5' A 0, -0.521, 1.094, 2.708, 6.122 max_d=6.122 avg_d=1.094 std_dev=1.614
O5' A 0, -0.461, 1.439, 3.339, 7.550 max_d=7.550 avg_d=1.439 std_dev=1.900
O5' B 0, 1.009, 2.964, 4.920, 6.006 max_d=6.006 avg_d=2.964 std_dev=1.955
P A 0, -0.319, 2.278, 4.876, 9.811 max_d=9.811 avg_d=2.278 std_dev=2.598
OP2 A 0, -0.503, 2.471, 5.446, 11.368 max_d=11.368 avg_d=2.471 std_dev=2.975
OP1 A 0, -0.033, 3.021, 6.075, 11.351 max_d=11.351 avg_d=3.021 std_dev=3.054
P B 0, 1.333, 4.392, 7.451, 8.485 max_d=8.485 avg_d=4.392 std_dev=3.059
OP1 B 0, 1.509, 4.866, 8.224, 9.377 max_d=9.377 avg_d=4.866 std_dev=3.358
OP2 B 0, 1.440, 4.970, 8.499, 9.783 max_d=9.783 avg_d=4.970 std_dev=3.530

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.11 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.24 0.01 0.33 0.56 0.25 0.43
C2 0.03 0.00 0.26 0.36 0.01 0.45 0.01 0.89 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.25 0.22 0.32 0.76 1.29 1.23 0.97
C2' 0.00 0.26 0.00 0.01 0.13 0.02 0.07 0.21 0.12 0.14 0.20 0.26 0.09 0.09 0.02 0.01 0.03 0.02 0.47 0.74 0.54 0.77
C3' 0.02 0.36 0.01 0.00 0.22 0.01 0.22 0.04 0.26 0.22 0.32 0.34 0.26 0.23 0.14 0.02 0.01 0.03 0.28 0.40 0.47 0.43
C4 0.01 0.01 0.13 0.22 0.00 0.21 0.00 0.44 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.18 0.15 0.16 0.39 1.04 0.53 0.55
C4' 0.02 0.45 0.02 0.01 0.21 0.00 0.11 0.01 0.20 0.24 0.35 0.44 0.15 0.16 0.05 0.21 0.02 0.01 0.03 0.39 0.28 0.13
C5 0.01 0.01 0.07 0.22 0.00 0.11 0.00 0.32 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.23 0.13 0.07 0.46 1.29 0.49 0.60
C5' 0.11 0.89 0.21 0.04 0.44 0.01 0.32 0.00 0.46 0.44 0.72 0.83 0.39 0.36 0.21 0.16 0.17 0.02 0.01 0.43 0.40 0.02
C6 0.02 0.01 0.12 0.26 0.01 0.20 0.01 0.46 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.24 0.14 0.14 0.43 1.35 0.64 0.60
C8 0.02 0.01 0.14 0.22 0.01 0.24 0.01 0.44 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.25 0.13 0.19 0.87 1.40 0.79 0.95
N1 0.02 0.01 0.20 0.32 0.01 0.35 0.01 0.72 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.24 0.18 0.25 0.58 1.31 0.99 0.78
N3 0.03 0.01 0.26 0.34 0.00 0.44 0.01 0.83 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.24 0.23 0.32 0.69 1.13 1.04 0.86
N6 0.02 0.01 0.09 0.26 0.01 0.15 0.02 0.39 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.26 0.15 0.10 0.46 1.50 0.63 0.63
N7 0.01 0.01 0.09 0.23 0.01 0.16 0.00 0.36 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.27 0.14 0.11 0.77 1.55 0.75 0.90
N9 0.01 0.01 0.02 0.14 0.01 0.05 0.01 0.21 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.15 0.13 0.02 0.47 0.95 0.34 0.56
O2' 0.02 0.25 0.01 0.02 0.18 0.21 0.23 0.16 0.24 0.25 0.24 0.24 0.26 0.27 0.15 0.00 0.07 0.13 0.46 0.84 0.62 0.84
O3' 0.24 0.22 0.03 0.01 0.15 0.02 0.13 0.17 0.14 0.13 0.18 0.23 0.15 0.14 0.13 0.07 0.00 0.19 0.30 0.57 0.46 0.35
O4' 0.01 0.32 0.02 0.03 0.16 0.01 0.07 0.02 0.14 0.19 0.25 0.32 0.10 0.11 0.02 0.13 0.19 0.00 0.23 0.28 0.26 0.18
O5' 0.33 0.76 0.47 0.28 0.39 0.03 0.46 0.01 0.43 0.87 0.58 0.69 0.46 0.77 0.47 0.46 0.30 0.23 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.56 1.29 0.74 0.40 1.04 0.39 1.29 0.43 1.35 1.40 1.31 1.13 1.50 1.55 0.95 0.84 0.57 0.28 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.25 1.23 0.54 0.47 0.53 0.28 0.49 0.40 0.64 0.79 0.99 1.04 0.63 0.75 0.34 0.62 0.46 0.26 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.43 0.97 0.77 0.43 0.55 0.13 0.60 0.02 0.60 0.95 0.78 0.86 0.63 0.90 0.56 0.84 0.35 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.28 0.22 0.54 0.32 0.20 0.47 0.22 0.55 0.24 0.24 0.19 0.24 0.63 0.57 0.22 0.60 0.44 0.63 0.58 0.44
C2 0.13 0.11 0.32 0.26 0.17 0.29 0.19 0.40 0.15 0.11 0.11 0.16 0.26 0.36 0.23 0.40 0.71 1.01 0.90 0.68
C2' 0.36 0.26 0.63 0.43 0.17 0.45 0.19 0.45 0.25 0.29 0.19 0.33 0.66 0.62 0.19 0.57 0.33 0.50 0.56 0.30
C3' 0.40 0.28 0.67 0.48 0.25 0.61 0.27 0.63 0.31 0.32 0.23 0.31 0.68 0.67 0.28 0.71 0.46 0.49 0.73 0.57
C4 0.16 0.13 0.39 0.26 0.16 0.32 0.17 0.41 0.16 0.14 0.12 0.17 0.35 0.40 0.21 0.45 0.60 0.84 0.74 0.52
C4' 0.75 0.52 0.87 0.82 0.34 1.03 0.45 1.04 0.57 0.62 0.36 0.58 0.90 1.02 0.25 1.06 0.80 0.79 1.13 0.99
C5 0.12 0.11 0.32 0.28 0.15 0.23 0.15 0.32 0.13 0.11 0.10 0.16 0.23 0.32 0.20 0.36 0.72 1.02 0.93 0.71
C5' 1.31 0.96 1.37 1.44 0.65 1.59 0.81 1.55 1.00 1.09 0.70 1.05 1.38 1.64 0.48 1.55 1.33 1.22 1.60 1.47
C6 0.13 0.13 0.26 0.31 0.17 0.21 0.18 0.30 0.15 0.13 0.13 0.17 0.18 0.27 0.23 0.30 0.86 1.23 1.14 0.93
C8 0.19 0.17 0.44 0.29 0.19 0.31 0.19 0.38 0.19 0.18 0.17 0.19 0.40 0.41 0.22 0.46 0.52 0.74 0.65 0.44
N1 0.13 0.12 0.27 0.29 0.18 0.24 0.20 0.34 0.16 0.12 0.12 0.16 0.19 0.29 0.24 0.33 0.83 1.19 1.09 0.87
N3 0.16 0.13 0.38 0.26 0.16 0.34 0.18 0.45 0.16 0.14 0.11 0.18 0.36 0.43 0.21 0.46 0.60 0.85 0.75 0.52
N6 0.19 0.18 0.23 0.36 0.21 0.22 0.22 0.29 0.20 0.18 0.18 0.20 0.25 0.23 0.26 0.27 1.03 1.47 1.41 1.19
N7 0.13 0.12 0.34 0.30 0.16 0.22 0.15 0.29 0.13 0.12 0.11 0.16 0.24 0.31 0.21 0.35 0.69 0.97 0.89 0.68
N9 0.21 0.17 0.46 0.28 0.18 0.38 0.19 0.45 0.20 0.19 0.16 0.20 0.47 0.47 0.21 0.51 0.49 0.70 0.61 0.40
O2' 0.65 0.54 0.80 0.67 0.42 0.67 0.46 0.65 0.52 0.57 0.45 0.61 0.88 0.84 0.38 0.77 0.67 0.94 0.63 0.60
O3' 0.44 0.33 0.68 0.49 0.27 0.63 0.31 0.67 0.36 0.37 0.27 0.36 0.80 0.74 0.26 0.74 0.52 0.77 0.68 0.69
O4' 0.60 0.43 0.72 0.61 0.30 0.86 0.39 0.90 0.47 0.50 0.31 0.49 0.77 0.80 0.24 0.93 0.65 0.62 0.96 0.76
O5' 1.76 1.46 1.85 1.85 1.12 1.90 1.28 1.85 1.47 1.57 1.20 1.56 1.85 1.92 0.92 1.87 1.65 1.33 1.83 1.65
OP1 2.31 2.19 2.37 2.39 2.07 2.32 2.17 2.29 2.24 2.26 2.07 2.19 2.43 2.46 1.97 2.28 2.15 1.84 2.27 2.13
OP2 2.38 1.81 2.75 2.69 1.36 2.58 1.62 2.49 1.92 2.04 1.44 1.92 2.84 2.72 1.08 2.37 2.35 1.91 2.37 2.21
P 2.09 1.69 2.30 2.29 1.32 2.25 1.51 2.17 1.74 1.84 1.40 1.79 2.38 2.34 1.11 2.12 2.02 1.62 2.10 1.93

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.08 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.35 0.03 0.01 0.45 0.58 0.39 0.37
C2 0.02 0.00 0.21 0.25 0.01 0.08 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.20 0.23 0.02 0.16 0.74 0.97 0.87 0.74
C2' 0.01 0.21 0.00 0.00 0.06 0.01 0.15 0.22 0.19 0.03 0.16 0.37 0.01 0.03 0.06 0.03 0.43 0.55 0.51 0.46
C3' 0.02 0.25 0.00 0.00 0.38 0.01 0.38 0.02 0.32 0.23 0.32 0.20 0.02 0.01 0.40 0.02 0.21 0.22 0.24 0.18
C4 0.02 0.01 0.06 0.38 0.00 0.15 0.01 0.19 0.01 0.02 0.01 0.02 0.39 0.15 0.01 0.03 1.10 1.53 1.53 1.32
C4' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.15 0.00 0.22 0.01 0.22 0.09 0.09 0.15 0.31 0.03 0.16 0.00 0.03 0.17 0.28 0.17
C5 0.02 0.01 0.15 0.38 0.01 0.22 0.00 0.26 0.01 0.01 0.01 0.02 0.47 0.20 0.01 0.12 1.19 1.65 1.63 1.47
C5' 0.08 0.13 0.22 0.02 0.19 0.01 0.26 0.00 0.23 0.10 0.14 0.19 0.11 0.24 0.21 0.02 0.01 0.38 0.39 0.02
C6 0.01 0.01 0.19 0.32 0.01 0.22 0.01 0.23 0.00 0.01 0.02 0.02 0.43 0.14 0.02 0.16 1.08 1.39 1.29 1.23
N1 0.01 0.01 0.03 0.23 0.02 0.09 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.02 0.23 0.14 0.02 0.02 0.78 0.99 0.85 0.79
N3 0.02 0.01 0.16 0.32 0.01 0.09 0.01 0.14 0.02 0.01 0.00 0.02 0.28 0.16 0.01 0.12 0.92 1.24 1.19 1.01
O2 0.05 0.01 0.37 0.20 0.02 0.15 0.02 0.19 0.02 0.02 0.02 0.00 0.30 0.40 0.02 0.26 0.58 0.73 0.64 0.49
O2' 0.02 0.20 0.01 0.02 0.39 0.31 0.47 0.11 0.43 0.23 0.28 0.30 0.00 0.06 0.42 0.22 0.39 0.50 0.60 0.45
O3' 0.35 0.23 0.03 0.01 0.15 0.03 0.20 0.24 0.14 0.14 0.16 0.40 0.06 0.00 0.18 0.23 0.25 0.40 0.25 0.32
O4 0.03 0.02 0.06 0.40 0.01 0.16 0.01 0.21 0.02 0.02 0.01 0.02 0.42 0.18 0.00 0.04 1.15 1.66 1.69 1.44
O4' 0.01 0.16 0.03 0.02 0.03 0.00 0.12 0.02 0.16 0.02 0.12 0.26 0.22 0.23 0.04 0.00 0.39 0.49 0.22 0.25
O5' 0.45 0.74 0.43 0.21 1.10 0.03 1.19 0.01 1.08 0.78 0.92 0.58 0.39 0.25 1.15 0.39 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.58 0.97 0.55 0.22 1.53 0.17 1.65 0.38 1.39 0.99 1.24 0.73 0.50 0.40 1.66 0.49 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.39 0.87 0.51 0.24 1.53 0.28 1.63 0.39 1.29 0.85 1.19 0.64 0.60 0.25 1.69 0.22 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.37 0.74 0.46 0.18 1.32 0.17 1.47 0.02 1.23 0.79 1.01 0.49 0.45 0.32 1.44 0.25 0.01 0.01 0.01 0.00