ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49303

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 11, 8, 20, 10, 11, 16, 3, 5, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.014, 0.021, 0.029, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.021 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.008, 0.021, 0.035, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.021 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.017, 0.031, 0.046, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.031 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.015, 0.030, 0.046, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.030 std_dev=0.016
C5 A 0, 0.011, 0.027, 0.042, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.027 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.021, 0.038, 0.056, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.038 std_dev=0.018
N9 A 0, 0.019, 0.040, 0.060, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.040 std_dev=0.020
C4 A 0, 0.015, 0.036, 0.057, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.036 std_dev=0.021
N7 A 0, 0.021, 0.051, 0.081, 0.156 max_d=0.156 avg_d=0.051 std_dev=0.030
N6 A 0, 0.034, 0.066, 0.097, 0.169 max_d=0.169 avg_d=0.066 std_dev=0.031
C8 A 0, 0.028, 0.063, 0.099, 0.180 max_d=0.180 avg_d=0.063 std_dev=0.036
C2 B 0, 0.208, 0.399, 0.590, 0.823 max_d=0.823 avg_d=0.399 std_dev=0.191
N1 B 0, 0.197, 0.391, 0.585, 0.984 max_d=0.984 avg_d=0.391 std_dev=0.194
O2 B 0, 0.229, 0.437, 0.646, 1.050 max_d=1.050 avg_d=0.437 std_dev=0.209
C6 B 0, 0.201, 0.419, 0.636, 0.962 max_d=0.962 avg_d=0.419 std_dev=0.217
C1' B 0, 0.231, 0.460, 0.689, 1.174 max_d=1.174 avg_d=0.460 std_dev=0.229
N3 B 0, 0.222, 0.452, 0.683, 1.169 max_d=1.169 avg_d=0.452 std_dev=0.230
C5 B 0, 0.200, 0.486, 0.772, 1.241 max_d=1.241 avg_d=0.486 std_dev=0.286
C4 B 0, 0.207, 0.512, 0.817, 1.431 max_d=1.431 avg_d=0.512 std_dev=0.305
O4 B 0, 0.195, 0.620, 1.045, 1.965 max_d=1.965 avg_d=0.620 std_dev=0.425
C2' B 0, 0.545, 1.055, 1.566, 1.772 max_d=1.772 avg_d=1.055 std_dev=0.510
O4' B 0, 0.414, 1.054, 1.694, 2.117 max_d=2.117 avg_d=1.054 std_dev=0.640
O4' A 0, 0.245, 0.957, 1.669, 2.632 max_d=2.632 avg_d=0.957 std_dev=0.712
C3' B 0, 0.631, 1.386, 2.141, 2.647 max_d=2.647 avg_d=1.386 std_dev=0.755
C2' A 0, 0.312, 1.093, 1.873, 2.729 max_d=2.729 avg_d=1.093 std_dev=0.781
C4' B 0, 0.573, 1.447, 2.322, 2.910 max_d=2.910 avg_d=1.447 std_dev=0.875
O3' B 0, 0.863, 1.753, 2.644, 3.573 max_d=3.573 avg_d=1.753 std_dev=0.891
O2' B 0, 0.701, 1.646, 2.590, 3.064 max_d=3.064 avg_d=1.646 std_dev=0.945
O2' A 0, 0.466, 1.558, 2.650, 4.655 max_d=4.655 avg_d=1.558 std_dev=1.092
C3' A 0, 0.392, 1.491, 2.589, 2.708 max_d=2.708 avg_d=1.491 std_dev=1.098
C4' A 0, 0.386, 1.541, 2.697, 2.812 max_d=2.812 avg_d=1.541 std_dev=1.156
O3' A 0, 0.437, 1.767, 3.097, 3.327 max_d=3.327 avg_d=1.767 std_dev=1.330
C5' B 0, 0.634, 1.986, 3.337, 4.199 max_d=4.199 avg_d=1.986 std_dev=1.351
O5' B 0, 0.446, 1.872, 3.297, 5.423 max_d=5.423 avg_d=1.872 std_dev=1.426
C5' A 0, 0.632, 2.456, 4.281, 5.588 max_d=5.588 avg_d=2.456 std_dev=1.824
O5' A 0, 0.548, 2.397, 4.247, 6.868 max_d=6.868 avg_d=2.397 std_dev=1.850
P B 0, 0.540, 2.477, 4.413, 6.575 max_d=6.575 avg_d=2.477 std_dev=1.936
OP2 B 0, 0.605, 2.917, 5.230, 6.881 max_d=6.881 avg_d=2.917 std_dev=2.312
P A 0, 0.633, 3.199, 5.766, 9.380 max_d=9.380 avg_d=3.199 std_dev=2.566
OP1 B 0, 0.646, 3.432, 6.219, 7.335 max_d=7.335 avg_d=3.432 std_dev=2.787
OP1 A 0, 1.000, 4.118, 7.235, 10.796 max_d=10.796 avg_d=4.118 std_dev=3.117
OP2 A 0, 1.157, 4.600, 8.043, 9.105 max_d=9.105 avg_d=4.600 std_dev=3.443

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.06 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.24 0.01 0.15 0.30 0.19 0.14
C2 0.03 0.00 0.52 0.45 0.01 0.15 0.01 0.31 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.30 0.29 0.30 0.35 0.58 0.77 0.46
C2' 0.01 0.52 0.00 0.01 0.28 0.04 0.17 0.13 0.28 0.23 0.43 0.50 0.22 0.11 0.04 0.00 0.04 0.03 0.39 0.41 0.39 0.42
C3' 0.02 0.45 0.01 0.00 0.39 0.01 0.47 0.02 0.53 0.34 0.51 0.37 0.57 0.44 0.28 0.02 0.01 0.03 0.29 0.42 0.28 0.27
C4 0.02 0.01 0.28 0.39 0.00 0.07 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.11 0.22 0.17 0.31 0.46 0.71 0.32
C4' 0.02 0.15 0.04 0.01 0.07 0.00 0.14 0.01 0.12 0.28 0.10 0.16 0.17 0.26 0.11 0.33 0.04 0.00 0.02 0.18 0.31 0.03
C5 0.01 0.01 0.17 0.47 0.00 0.14 0.00 0.21 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.26 0.34 0.07 0.46 0.50 1.07 0.46
C5' 0.06 0.31 0.13 0.02 0.15 0.01 0.21 0.00 0.20 0.38 0.23 0.30 0.25 0.37 0.14 0.22 0.18 0.01 0.01 0.27 0.46 0.02
C6 0.02 0.01 0.28 0.53 0.01 0.12 0.01 0.20 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.19 0.41 0.14 0.47 0.54 1.16 0.50
C8 0.01 0.01 0.23 0.34 0.01 0.28 0.01 0.38 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.51 0.22 0.18 0.54 0.51 1.02 0.52
N1 0.03 0.00 0.43 0.51 0.01 0.10 0.01 0.23 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.17 0.38 0.24 0.40 0.57 0.98 0.47
N3 0.03 0.00 0.50 0.37 0.01 0.16 0.01 0.30 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.32 0.21 0.30 0.30 0.53 0.62 0.39
N6 0.02 0.01 0.22 0.57 0.01 0.17 0.01 0.25 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.28 0.49 0.10 0.56 0.57 1.41 0.61
N7 0.01 0.01 0.11 0.44 0.01 0.26 0.00 0.37 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.48 0.34 0.09 0.60 0.55 1.29 0.62
N9 0.00 0.01 0.04 0.28 0.00 0.11 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.23 0.12 0.01 0.30 0.40 0.59 0.26
O2' 0.02 0.30 0.00 0.02 0.11 0.33 0.26 0.22 0.19 0.51 0.17 0.32 0.28 0.48 0.23 0.00 0.08 0.21 0.17 0.19 0.39 0.25
O3' 0.24 0.29 0.04 0.01 0.22 0.04 0.34 0.18 0.41 0.22 0.38 0.21 0.49 0.34 0.12 0.08 0.00 0.13 0.30 0.81 0.30 0.35
O4' 0.01 0.30 0.03 0.03 0.17 0.00 0.07 0.01 0.14 0.18 0.24 0.30 0.10 0.09 0.01 0.21 0.13 0.00 0.14 0.29 0.15 0.13
O5' 0.15 0.35 0.39 0.29 0.31 0.02 0.46 0.01 0.47 0.54 0.40 0.30 0.56 0.60 0.30 0.17 0.30 0.14 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.30 0.58 0.41 0.42 0.46 0.18 0.50 0.27 0.54 0.51 0.57 0.53 0.57 0.55 0.40 0.19 0.81 0.29 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.19 0.77 0.39 0.28 0.71 0.31 1.07 0.46 1.16 1.02 0.98 0.62 1.41 1.29 0.59 0.39 0.30 0.15 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.14 0.46 0.42 0.27 0.32 0.03 0.46 0.02 0.50 0.52 0.47 0.39 0.61 0.62 0.26 0.25 0.35 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.16 0.13 0.66 0.40 0.10 0.23 0.11 0.32 0.12 0.14 0.11 0.16 0.55 0.19 0.11 0.50 0.35 1.17 0.54 0.56
C2 0.14 0.15 0.50 0.59 0.10 0.10 0.10 0.18 0.11 0.13 0.13 0.18 0.25 0.29 0.11 0.32 0.57 1.36 0.94 0.76
C2' 0.37 0.25 1.05 0.84 0.11 0.39 0.14 0.30 0.21 0.27 0.15 0.32 0.89 0.50 0.14 0.26 0.52 0.88 0.83 0.53
C3' 0.56 0.59 0.46 0.42 0.66 0.60 0.67 0.65 0.65 0.61 0.62 0.54 0.31 0.64 0.66 0.83 0.71 1.26 0.66 0.87
C4 0.15 0.15 0.56 0.50 0.10 0.13 0.10 0.24 0.11 0.13 0.12 0.18 0.34 0.18 0.11 0.40 0.46 1.30 0.73 0.67
C4' 0.75 0.62 0.55 0.66 0.45 0.95 0.53 0.98 0.62 0.67 0.49 0.66 0.56 1.09 0.35 1.10 0.88 1.49 0.68 1.02
C5 0.14 0.14 0.50 0.52 0.10 0.11 0.09 0.21 0.10 0.13 0.12 0.18 0.27 0.20 0.11 0.35 0.52 1.35 0.77 0.72
C5' 1.16 0.90 0.94 1.24 0.63 1.45 0.77 1.46 0.93 1.00 0.69 0.97 0.97 1.77 0.47 1.49 1.35 1.85 1.11 1.44
C6 0.13 0.14 0.43 0.59 0.10 0.11 0.10 0.17 0.10 0.12 0.13 0.18 0.21 0.31 0.11 0.27 0.62 1.40 0.94 0.80
C8 0.16 0.14 0.59 0.40 0.10 0.21 0.11 0.32 0.12 0.14 0.11 0.18 0.45 0.16 0.11 0.47 0.40 1.26 0.53 0.63
N1 0.13 0.14 0.45 0.62 0.10 0.12 0.10 0.17 0.11 0.12 0.13 0.18 0.22 0.34 0.11 0.27 0.63 1.40 1.01 0.82
N3 0.15 0.15 0.56 0.54 0.10 0.12 0.10 0.22 0.11 0.13 0.13 0.18 0.32 0.22 0.11 0.39 0.48 1.31 0.82 0.69
N6 0.13 0.14 0.36 0.61 0.11 0.16 0.11 0.18 0.11 0.13 0.13 0.17 0.24 0.37 0.13 0.20 0.70 1.44 1.02 0.88
N7 0.15 0.14 0.52 0.46 0.10 0.14 0.10 0.26 0.11 0.13 0.11 0.18 0.31 0.14 0.12 0.39 0.47 1.33 0.63 0.69
N9 0.16 0.14 0.61 0.43 0.10 0.20 0.11 0.30 0.12 0.14 0.11 0.18 0.45 0.16 0.11 0.47 0.39 1.25 0.59 0.61
O2' 0.84 0.69 1.60 1.43 0.55 0.93 0.63 0.88 0.72 0.75 0.58 0.72 1.41 1.15 0.45 0.61 1.03 1.02 1.40 0.95
O3' 0.69 0.66 0.45 0.51 0.69 0.69 0.74 0.73 0.74 0.71 0.66 0.62 0.41 0.78 0.67 0.92 0.77 1.22 0.68 0.91
O4' 0.55 0.41 0.48 0.42 0.21 0.77 0.27 0.83 0.38 0.45 0.27 0.50 0.52 0.81 0.13 0.94 0.67 1.47 0.47 0.86
O5' 1.26 1.08 0.84 1.25 0.91 1.49 1.01 1.48 1.11 1.16 0.93 1.12 0.83 1.83 0.80 1.58 1.43 1.91 1.12 1.51
OP1 1.20 0.88 1.01 1.57 0.77 1.57 0.84 1.48 0.94 0.99 0.77 0.91 1.06 2.37 0.76 1.44 1.46 1.74 1.16 1.42
OP2 2.84 2.40 2.55 3.05 2.14 3.08 2.40 3.06 2.61 2.64 2.11 2.36 2.51 3.65 1.91 3.04 3.09 3.36 2.87 3.13
P 1.66 1.31 1.35 1.90 1.07 2.00 1.24 1.96 1.41 1.47 1.08 1.35 1.32 2.57 0.90 1.96 1.93 2.27 1.67 1.96

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.12 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.36 0.03 0.01 0.38 0.71 0.16 0.44
C2 0.02 0.00 0.30 0.32 0.01 0.05 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.13 0.02 0.21 0.50 1.12 0.46 0.64
C2' 0.00 0.30 0.00 0.00 0.07 0.01 0.17 0.26 0.24 0.04 0.23 0.50 0.01 0.03 0.09 0.02 0.56 0.56 0.44 0.59
C3' 0.01 0.32 0.00 0.00 0.45 0.01 0.41 0.02 0.33 0.26 0.41 0.27 0.02 0.01 0.49 0.03 0.08 0.20 0.14 0.08
C4 0.02 0.01 0.07 0.45 0.00 0.15 0.01 0.17 0.01 0.02 0.01 0.02 0.36 0.19 0.01 0.03 0.74 1.38 0.90 0.91
C4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.15 0.00 0.24 0.01 0.24 0.09 0.06 0.14 0.34 0.03 0.16 0.00 0.02 0.20 0.17 0.03
C5 0.02 0.01 0.17 0.41 0.01 0.24 0.00 0.23 0.00 0.01 0.01 0.01 0.53 0.22 0.01 0.16 0.82 1.31 0.92 0.96
C5' 0.12 0.16 0.26 0.02 0.17 0.01 0.23 0.00 0.21 0.11 0.15 0.23 0.10 0.26 0.18 0.02 0.01 0.27 0.33 0.02
C6 0.02 0.01 0.24 0.33 0.01 0.24 0.00 0.21 0.00 0.01 0.01 0.01 0.51 0.14 0.02 0.22 0.74 1.12 0.65 0.83
N1 0.01 0.01 0.04 0.26 0.02 0.09 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.22 0.10 0.02 0.02 0.54 1.01 0.40 0.64
N3 0.02 0.01 0.23 0.41 0.01 0.06 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01 0.16 0.09 0.01 0.15 0.61 1.30 0.69 0.77
O2 0.03 0.01 0.50 0.27 0.02 0.14 0.01 0.23 0.01 0.01 0.01 0.00 0.36 0.27 0.02 0.34 0.38 1.04 0.32 0.54
O2' 0.02 0.10 0.01 0.02 0.36 0.34 0.53 0.10 0.51 0.22 0.16 0.36 0.00 0.06 0.38 0.23 0.44 0.36 0.44 0.49
O3' 0.36 0.13 0.03 0.01 0.19 0.03 0.22 0.26 0.14 0.10 0.09 0.27 0.06 0.00 0.24 0.25 0.27 0.66 0.40 0.40
O4 0.03 0.02 0.09 0.49 0.01 0.16 0.01 0.18 0.02 0.02 0.01 0.02 0.38 0.24 0.00 0.04 0.78 1.47 1.03 0.98
O4' 0.01 0.21 0.02 0.03 0.03 0.00 0.16 0.02 0.22 0.02 0.15 0.34 0.23 0.25 0.04 0.00 0.26 0.64 0.16 0.29
O5' 0.38 0.50 0.56 0.08 0.74 0.02 0.82 0.01 0.74 0.54 0.61 0.38 0.44 0.27 0.78 0.26 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.71 1.12 0.56 0.20 1.38 0.20 1.31 0.27 1.12 1.01 1.30 1.04 0.36 0.66 1.47 0.64 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.16 0.46 0.44 0.14 0.90 0.17 0.92 0.33 0.65 0.40 0.69 0.32 0.44 0.40 1.03 0.16 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.44 0.64 0.59 0.08 0.91 0.03 0.96 0.02 0.83 0.64 0.77 0.54 0.49 0.40 0.98 0.29 0.01 0.01 0.01 0.00