ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49304

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 3, 12, 23, 23, 12, 3, 4, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.012, 0.021, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.004, 0.021, 0.037, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.021 std_dev=0.016
N1 A 0, 0.002, 0.021, 0.040, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.021 std_dev=0.019
C2 A 0, -0.004, 0.018, 0.041, 0.130 max_d=0.130 avg_d=0.018 std_dev=0.022
C4 A 0, 0.004, 0.026, 0.048, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.026 std_dev=0.022
N3 A 0, 0.002, 0.026, 0.049, 0.117 max_d=0.117 avg_d=0.026 std_dev=0.023
N9 A 0, 0.004, 0.030, 0.055, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.030 std_dev=0.026
C1' A 0, -0.001, 0.024, 0.050, 0.150 max_d=0.150 avg_d=0.024 std_dev=0.026
N7 A 0, 0.008, 0.038, 0.068, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.038 std_dev=0.030
N6 A 0, 0.009, 0.045, 0.082, 0.166 max_d=0.166 avg_d=0.045 std_dev=0.036
C8 A 0, 0.008, 0.045, 0.081, 0.141 max_d=0.141 avg_d=0.045 std_dev=0.036
N3 B 0, 0.138, 0.288, 0.438, 1.022 max_d=1.022 avg_d=0.288 std_dev=0.150
C2 B 0, 0.174, 0.337, 0.499, 1.036 max_d=1.036 avg_d=0.337 std_dev=0.163
N1 B 0, 0.187, 0.369, 0.550, 1.070 max_d=1.070 avg_d=0.369 std_dev=0.182
C4 B 0, 0.183, 0.367, 0.551, 1.160 max_d=1.160 avg_d=0.367 std_dev=0.184
C6 B 0, 0.298, 0.507, 0.715, 1.019 max_d=1.019 avg_d=0.507 std_dev=0.209
C5 B 0, 0.286, 0.527, 0.767, 1.204 max_d=1.204 avg_d=0.527 std_dev=0.240
O2 B 0, 0.215, 0.468, 0.720, 1.317 max_d=1.317 avg_d=0.468 std_dev=0.253
C1' B 0, 0.160, 0.418, 0.676, 1.267 max_d=1.267 avg_d=0.418 std_dev=0.258
O4 B 0, 0.117, 0.398, 0.679, 1.753 max_d=1.753 avg_d=0.398 std_dev=0.281
O4' B 0, 0.131, 0.505, 0.879, 1.974 max_d=1.974 avg_d=0.505 std_dev=0.374
C2' B 0, 0.142, 0.543, 0.943, 2.237 max_d=2.237 avg_d=0.543 std_dev=0.400
C4' B 0, 0.163, 0.637, 1.111, 2.160 max_d=2.160 avg_d=0.637 std_dev=0.474
C3' B 0, 0.540, 1.095, 1.650, 2.725 max_d=2.725 avg_d=1.095 std_dev=0.555
C5' B 0, 0.192, 0.908, 1.625, 3.753 max_d=3.753 avg_d=0.908 std_dev=0.716
O2' B 0, 0.642, 1.368, 2.094, 3.470 max_d=3.470 avg_d=1.368 std_dev=0.726
O5' B 0, 0.551, 1.541, 2.530, 5.507 max_d=5.507 avg_d=1.541 std_dev=0.989
O4' A 0, -0.277, 0.732, 1.742, 2.685 max_d=2.685 avg_d=0.732 std_dev=1.009
C2' A 0, -0.301, 0.716, 1.733, 2.721 max_d=2.721 avg_d=0.716 std_dev=1.017
O3' B 0, 0.883, 2.098, 3.313, 4.352 max_d=4.352 avg_d=2.098 std_dev=1.215
C3' A 0, -0.325, 0.945, 2.216, 3.492 max_d=3.492 avg_d=0.945 std_dev=1.270
C4' A 0, -0.308, 0.964, 2.236, 3.331 max_d=3.331 avg_d=0.964 std_dev=1.272
O3' A 0, -0.354, 1.020, 2.394, 3.983 max_d=3.983 avg_d=1.020 std_dev=1.374
OP1 B 0, 0.664, 2.163, 3.662, 8.837 max_d=8.837 avg_d=2.163 std_dev=1.499
P B 0, 0.738, 2.243, 3.747, 8.394 max_d=8.394 avg_d=2.243 std_dev=1.505
O2' A 0, -0.415, 1.156, 2.727, 4.590 max_d=4.590 avg_d=1.156 std_dev=1.571
OP2 B 0, 1.193, 3.003, 4.813, 9.368 max_d=9.368 avg_d=3.003 std_dev=1.810
C5' A 0, -0.642, 1.815, 4.272, 6.095 max_d=6.095 avg_d=1.815 std_dev=2.457
O5' A 0, 0.188, 3.002, 5.816, 7.841 max_d=7.841 avg_d=3.002 std_dev=2.814
P A 0, 0.140, 4.105, 8.070, 10.944 max_d=10.944 avg_d=4.105 std_dev=3.965
OP2 A 0, 0.770, 4.953, 9.136, 11.833 max_d=11.833 avg_d=4.953 std_dev=4.183
OP1 A 0, 0.093, 4.559, 9.024, 12.148 max_d=12.148 avg_d=4.559 std_dev=4.466

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.09 0.03 0.02 0.05 0.06 0.02 0.02 0.01 0.02 0.31 0.01 0.32 0.53 0.23 0.26
C2 0.06 0.00 0.23 0.39 0.01 0.72 0.01 1.42 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.28 0.23 0.54 1.34 1.95 2.30 1.83
C2' 0.00 0.23 0.00 0.01 0.12 0.02 0.07 0.21 0.11 0.12 0.18 0.23 0.08 0.08 0.03 0.01 0.04 0.02 0.33 0.41 0.56 0.35
C3' 0.02 0.39 0.01 0.00 0.19 0.01 0.23 0.02 0.23 0.40 0.29 0.39 0.26 0.37 0.18 0.02 0.01 0.02 0.41 0.22 0.65 0.40
C4 0.03 0.01 0.12 0.19 0.00 0.31 0.00 0.65 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.16 0.13 0.29 0.63 1.05 1.08 0.77
C4' 0.01 0.72 0.02 0.01 0.31 0.00 0.13 0.01 0.28 0.38 0.54 0.69 0.19 0.25 0.05 0.26 0.03 0.00 0.02 0.28 0.24 0.07
C5 0.02 0.01 0.07 0.23 0.00 0.13 0.00 0.35 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.22 0.12 0.14 0.64 1.16 1.00 0.73
C5' 0.09 1.42 0.21 0.02 0.65 0.01 0.35 0.00 0.65 0.54 1.13 1.31 0.48 0.33 0.11 0.10 0.22 0.02 0.01 0.47 0.27 0.02
C6 0.03 0.01 0.11 0.23 0.01 0.28 0.01 0.65 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.21 0.14 0.26 0.75 1.34 1.44 1.00
C8 0.02 0.02 0.12 0.40 0.01 0.38 0.01 0.54 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.35 0.20 0.27 1.10 1.46 1.02 1.14
N1 0.05 0.01 0.18 0.29 0.01 0.54 0.01 1.13 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.22 0.18 0.43 1.09 1.71 2.05 1.53
N3 0.06 0.01 0.23 0.39 0.00 0.69 0.01 1.31 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.28 0.23 0.54 1.18 1.61 1.87 1.51
N6 0.02 0.01 0.08 0.26 0.01 0.19 0.01 0.48 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.24 0.17 0.18 0.73 1.40 1.36 0.94
N7 0.02 0.01 0.08 0.37 0.01 0.25 0.00 0.33 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.34 0.19 0.13 0.97 1.48 1.01 1.03
N9 0.01 0.02 0.03 0.18 0.01 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.17 0.16 0.02 0.54 0.86 0.51 0.50
O2' 0.02 0.28 0.01 0.02 0.16 0.26 0.22 0.10 0.21 0.35 0.22 0.28 0.24 0.34 0.17 0.00 0.07 0.18 0.34 0.33 0.64 0.36
O3' 0.31 0.23 0.04 0.01 0.13 0.03 0.12 0.22 0.14 0.20 0.18 0.23 0.17 0.19 0.16 0.07 0.00 0.24 0.41 0.43 0.74 0.50
O4' 0.01 0.54 0.02 0.02 0.29 0.00 0.14 0.02 0.26 0.27 0.43 0.54 0.18 0.13 0.02 0.18 0.24 0.00 0.39 0.52 0.34 0.33
O5' 0.32 1.34 0.33 0.41 0.63 0.02 0.64 0.01 0.75 1.10 1.09 1.18 0.73 0.97 0.54 0.34 0.41 0.39 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.53 1.95 0.41 0.22 1.05 0.28 1.16 0.47 1.34 1.46 1.71 1.61 1.40 1.48 0.86 0.33 0.43 0.52 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.23 2.30 0.56 0.65 1.08 0.24 1.00 0.27 1.44 1.02 2.05 1.87 1.36 1.01 0.51 0.64 0.74 0.34 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.26 1.83 0.35 0.40 0.77 0.07 0.73 0.02 1.00 1.14 1.53 1.51 0.94 1.03 0.50 0.36 0.50 0.33 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.18 0.13 0.33 0.21 0.13 0.21 0.12 0.29 0.11 0.13 0.10 0.21 0.72 0.46 0.20 0.30 0.45 0.83 0.32 0.58
C2 0.17 0.17 0.25 0.22 0.14 0.14 0.14 0.24 0.13 0.16 0.15 0.23 0.73 0.22 0.17 0.23 0.43 1.02 0.61 0.55
C2' 0.33 0.23 0.41 0.39 0.16 0.43 0.18 0.40 0.22 0.26 0.17 0.28 0.65 0.62 0.18 0.43 0.39 0.73 0.33 0.46
C3' 0.85 0.67 0.90 0.91 0.50 0.98 0.59 0.91 0.69 0.74 0.53 0.71 1.01 1.05 0.41 0.94 0.75 0.89 0.66 0.75
C4 0.17 0.15 0.25 0.18 0.12 0.15 0.11 0.24 0.10 0.14 0.11 0.23 0.71 0.29 0.18 0.25 0.41 0.94 0.46 0.52
C4' 1.06 0.77 1.00 0.98 0.40 1.18 0.53 1.07 0.72 0.85 0.51 0.93 1.21 1.09 0.23 1.20 0.83 0.94 0.61 0.83
C5 0.18 0.18 0.24 0.21 0.12 0.14 0.12 0.23 0.12 0.16 0.14 0.24 0.69 0.23 0.17 0.23 0.40 0.96 0.58 0.50
C5' 1.87 1.34 1.86 1.89 0.70 2.07 0.95 1.89 1.29 1.50 0.89 1.56 2.08 2.03 0.37 2.01 1.52 1.50 1.21 1.40
C6 0.19 0.20 0.24 0.27 0.16 0.16 0.15 0.24 0.16 0.18 0.18 0.25 0.69 0.19 0.18 0.22 0.43 1.03 0.74 0.52
C8 0.17 0.13 0.25 0.15 0.13 0.17 0.11 0.25 0.10 0.12 0.10 0.22 0.68 0.36 0.19 0.26 0.39 0.84 0.36 0.49
N1 0.19 0.20 0.25 0.27 0.16 0.16 0.16 0.24 0.16 0.18 0.18 0.24 0.72 0.20 0.18 0.22 0.44 1.05 0.74 0.54
N3 0.17 0.16 0.26 0.18 0.12 0.15 0.12 0.24 0.11 0.14 0.12 0.22 0.73 0.28 0.17 0.25 0.42 0.97 0.49 0.55
N6 0.22 0.23 0.26 0.33 0.20 0.19 0.19 0.26 0.20 0.22 0.22 0.26 0.67 0.21 0.20 0.23 0.46 1.06 0.90 0.54
N7 0.17 0.17 0.23 0.19 0.11 0.14 0.10 0.22 0.10 0.14 0.11 0.24 0.67 0.26 0.18 0.23 0.39 0.90 0.51 0.47
N9 0.17 0.13 0.27 0.16 0.12 0.18 0.11 0.26 0.09 0.12 0.10 0.21 0.71 0.37 0.19 0.27 0.41 0.87 0.35 0.53
O2' 0.56 0.55 0.63 0.58 0.50 0.52 0.51 0.57 0.53 0.54 0.52 0.57 0.78 0.81 0.48 0.54 0.71 0.98 0.61 0.76
O3' 0.51 0.37 0.66 0.64 0.30 0.62 0.37 0.62 0.43 0.44 0.30 0.40 0.83 0.86 0.28 0.57 0.62 0.81 0.50 0.70
O4' 0.69 0.51 0.58 0.50 0.19 0.74 0.26 0.67 0.40 0.53 0.30 0.68 0.92 0.59 0.16 0.83 0.53 0.81 0.35 0.65
O5' 2.50 1.98 2.44 2.45 1.41 2.64 1.66 2.43 1.97 2.16 1.55 2.18 2.52 2.48 1.12 2.61 2.01 1.78 1.82 1.78
OP1 3.64 2.86 3.72 3.81 2.29 3.93 2.66 3.73 3.05 3.21 2.36 2.94 3.81 3.92 1.93 3.78 3.31 3.09 3.05 3.04
OP2 3.52 2.55 3.63 3.68 1.77 3.81 2.18 3.54 2.66 2.92 1.89 2.77 3.83 3.77 1.44 3.64 3.06 2.75 2.86 2.76
P 3.29 2.48 3.34 3.38 1.73 3.54 2.10 3.29 2.55 2.78 1.89 2.69 3.51 3.49 1.33 3.42 2.82 2.56 2.53 2.53

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.11 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.33 0.02 0.01 0.28 0.47 0.20 0.28
C2 0.03 0.00 0.13 0.19 0.02 0.07 0.02 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.39 0.22 0.02 0.11 0.34 0.72 0.43 0.36
C2' 0.00 0.13 0.00 0.01 0.05 0.02 0.08 0.25 0.11 0.03 0.10 0.21 0.01 0.04 0.06 0.02 0.53 0.54 0.52 0.61
C3' 0.01 0.19 0.01 0.00 0.42 0.01 0.50 0.02 0.46 0.26 0.29 0.13 0.02 0.01 0.44 0.02 0.09 0.19 0.23 0.11
C4 0.02 0.02 0.05 0.42 0.00 0.15 0.01 0.18 0.01 0.02 0.01 0.02 0.39 0.22 0.01 0.04 0.48 0.91 0.98 0.49
C4' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.15 0.00 0.22 0.01 0.21 0.09 0.09 0.12 0.35 0.02 0.16 0.01 0.02 0.12 0.24 0.04
C5 0.02 0.02 0.08 0.50 0.01 0.22 0.00 0.23 0.01 0.01 0.01 0.02 0.32 0.35 0.01 0.11 0.56 0.88 1.11 0.55
C5' 0.11 0.12 0.25 0.02 0.18 0.01 0.23 0.00 0.20 0.11 0.14 0.17 0.11 0.24 0.20 0.01 0.01 0.18 0.36 0.02
C6 0.02 0.01 0.11 0.46 0.01 0.21 0.01 0.20 0.00 0.01 0.01 0.02 0.25 0.28 0.01 0.13 0.50 0.75 0.83 0.45
N1 0.01 0.01 0.03 0.26 0.02 0.09 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.22 0.10 0.02 0.02 0.35 0.66 0.45 0.33
N3 0.02 0.01 0.10 0.29 0.01 0.09 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.02 0.43 0.13 0.02 0.07 0.39 0.84 0.68 0.41
O2 0.04 0.01 0.21 0.13 0.02 0.12 0.02 0.17 0.02 0.01 0.02 0.00 0.48 0.46 0.03 0.19 0.32 0.66 0.25 0.37
O2' 0.03 0.39 0.01 0.02 0.39 0.35 0.32 0.11 0.25 0.22 0.43 0.48 0.00 0.04 0.44 0.24 0.40 0.35 0.57 0.53
O3' 0.33 0.22 0.04 0.01 0.22 0.02 0.35 0.24 0.28 0.10 0.13 0.46 0.04 0.00 0.27 0.25 0.25 0.64 0.22 0.29
O4 0.02 0.02 0.06 0.44 0.01 0.16 0.01 0.20 0.01 0.02 0.02 0.03 0.44 0.27 0.00 0.04 0.51 0.97 1.11 0.54
O4' 0.01 0.11 0.02 0.02 0.04 0.01 0.11 0.01 0.13 0.02 0.07 0.19 0.24 0.25 0.04 0.00 0.20 0.33 0.22 0.18
O5' 0.28 0.34 0.53 0.09 0.48 0.02 0.56 0.01 0.50 0.35 0.39 0.32 0.40 0.25 0.51 0.20 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.47 0.72 0.54 0.19 0.91 0.12 0.88 0.18 0.75 0.66 0.84 0.66 0.35 0.64 0.97 0.33 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.20 0.43 0.52 0.23 0.98 0.24 1.11 0.36 0.83 0.45 0.68 0.25 0.57 0.22 1.11 0.22 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.28 0.36 0.61 0.11 0.49 0.04 0.55 0.02 0.45 0.33 0.41 0.37 0.53 0.29 0.54 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00