ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49305

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 6, 2, 7, 6, 8, 5, 1, 3, 3, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.008, 0.016, 0.023, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.016 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.016, 0.028, 0.040, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.028 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.015, 0.027, 0.039, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.027 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.008, 0.023, 0.037, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.023 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.015, 0.030, 0.045, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.030 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.014, 0.031, 0.048, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.031 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.017, 0.034, 0.051, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.034 std_dev=0.017
N9 A 0, 0.024, 0.047, 0.070, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.047 std_dev=0.023
N7 A 0, 0.030, 0.055, 0.080, 0.121 max_d=0.121 avg_d=0.055 std_dev=0.025
N6 A 0, 0.027, 0.053, 0.080, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.053 std_dev=0.027
C8 A 0, 0.030, 0.062, 0.095, 0.147 max_d=0.147 avg_d=0.062 std_dev=0.032
N3 B 0, 0.428, 0.636, 0.844, 1.088 max_d=1.088 avg_d=0.636 std_dev=0.208
C5 B 0, 0.449, 0.683, 0.918, 1.171 max_d=1.171 avg_d=0.683 std_dev=0.235
C6 B 0, 0.391, 0.635, 0.879, 1.177 max_d=1.177 avg_d=0.635 std_dev=0.244
C4 B 0, 0.450, 0.718, 0.987, 1.276 max_d=1.276 avg_d=0.718 std_dev=0.268
C2 B 0, 0.388, 0.685, 0.982, 1.837 max_d=1.837 avg_d=0.685 std_dev=0.297
O4 B 0, 0.557, 0.918, 1.279, 1.684 max_d=1.684 avg_d=0.918 std_dev=0.361
N1 B 0, 0.342, 0.707, 1.073, 1.776 max_d=1.776 avg_d=0.707 std_dev=0.366
O2 B 0, 0.391, 0.818, 1.246, 2.530 max_d=2.530 avg_d=0.818 std_dev=0.428
O4' B 0, 0.397, 0.995, 1.593, 2.388 max_d=2.388 avg_d=0.995 std_dev=0.598
C3' B 0, 0.656, 1.269, 1.881, 2.541 max_d=2.541 avg_d=1.269 std_dev=0.612
C1' B 0, 0.378, 0.992, 1.606, 2.642 max_d=2.642 avg_d=0.992 std_dev=0.614
C4' B 0, 0.519, 1.170, 1.821, 2.631 max_d=2.631 avg_d=1.170 std_dev=0.651
O5' B 0, 0.467, 1.161, 1.855, 3.003 max_d=3.003 avg_d=1.161 std_dev=0.694
C5' B 0, 0.527, 1.230, 1.932, 2.793 max_d=2.793 avg_d=1.230 std_dev=0.702
C2' B 0, 0.593, 1.374, 2.154, 3.602 max_d=3.602 avg_d=1.374 std_dev=0.781
O3' B 0, 0.853, 1.635, 2.418, 3.155 max_d=3.155 avg_d=1.635 std_dev=0.783
O3' A 0, 0.474, 1.372, 2.269, 3.416 max_d=3.416 avg_d=1.372 std_dev=0.897
OP1 B 0, 0.822, 1.756, 2.690, 3.938 max_d=3.938 avg_d=1.756 std_dev=0.934
C3' A 0, 0.476, 1.432, 2.389, 3.059 max_d=3.059 avg_d=1.432 std_dev=0.957
C2' A 0, 0.371, 1.396, 2.420, 2.740 max_d=2.740 avg_d=1.396 std_dev=1.025
O4' A 0, 0.336, 1.381, 2.426, 2.719 max_d=2.719 avg_d=1.381 std_dev=1.045
P B 0, 0.498, 1.563, 2.628, 4.335 max_d=4.335 avg_d=1.563 std_dev=1.065
C4' A 0, 0.471, 1.695, 2.920, 3.462 max_d=3.462 avg_d=1.695 std_dev=1.225
O2' B 0, 0.710, 1.960, 3.210, 5.380 max_d=5.380 avg_d=1.960 std_dev=1.250
OP2 B 0, 0.553, 1.889, 3.225, 5.273 max_d=5.273 avg_d=1.889 std_dev=1.336
O2' A 0, 0.610, 2.310, 4.010, 4.663 max_d=4.663 avg_d=2.310 std_dev=1.700
C5' A 0, 0.862, 3.216, 5.570, 6.202 max_d=6.202 avg_d=3.216 std_dev=2.354
O5' A 0, 0.887, 3.790, 6.693, 7.509 max_d=7.509 avg_d=3.790 std_dev=2.903
P A 0, 1.259, 5.394, 9.529, 10.498 max_d=10.498 avg_d=5.394 std_dev=4.135
OP2 A 0, 1.649, 6.004, 10.360, 11.725 max_d=11.725 avg_d=6.004 std_dev=4.356
OP1 A 0, 1.703, 6.090, 10.477, 11.502 max_d=11.502 avg_d=6.090 std_dev=4.387

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.08 0.03 0.02 0.04 0.05 0.03 0.01 0.01 0.02 0.31 0.01 0.36 0.42 0.40 0.30
C2 0.05 0.00 0.50 0.66 0.02 0.74 0.01 1.47 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.57 0.47 0.54 1.56 1.97 2.39 1.99
C2' 0.01 0.50 0.00 0.01 0.26 0.02 0.12 0.19 0.22 0.26 0.39 0.50 0.16 0.15 0.03 0.00 0.06 0.03 0.52 0.59 0.68 0.52
C3' 0.02 0.66 0.01 0.00 0.36 0.01 0.29 0.03 0.39 0.28 0.55 0.63 0.35 0.25 0.15 0.02 0.02 0.02 0.37 0.42 0.47 0.32
C4 0.02 0.02 0.26 0.36 0.00 0.36 0.00 0.72 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.32 0.26 0.29 0.77 0.90 1.12 0.86
C4' 0.02 0.74 0.02 0.01 0.36 0.00 0.22 0.01 0.37 0.30 0.59 0.71 0.29 0.18 0.07 0.24 0.04 0.01 0.03 0.28 0.25 0.05
C5 0.02 0.01 0.12 0.29 0.00 0.22 0.00 0.48 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.30 0.19 0.13 0.68 0.83 0.99 0.74
C5' 0.08 1.47 0.19 0.03 0.72 0.01 0.48 0.00 0.78 0.45 1.21 1.34 0.64 0.29 0.18 0.12 0.23 0.02 0.02 0.39 0.37 0.03
C6 0.03 0.01 0.22 0.39 0.01 0.37 0.01 0.78 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.36 0.26 0.25 0.89 1.16 1.44 1.10
C8 0.02 0.02 0.26 0.28 0.01 0.30 0.01 0.45 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.40 0.19 0.27 0.96 1.05 1.09 1.00
N1 0.04 0.00 0.39 0.55 0.01 0.59 0.01 1.21 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.48 0.39 0.42 1.30 1.71 2.10 1.69
N3 0.05 0.01 0.50 0.63 0.01 0.71 0.01 1.34 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.53 0.44 0.55 1.37 1.61 1.95 1.64
N6 0.03 0.02 0.16 0.35 0.01 0.29 0.01 0.64 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.35 0.23 0.17 0.81 1.10 1.32 1.00
N7 0.01 0.02 0.15 0.25 0.01 0.18 0.00 0.29 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.36 0.14 0.15 0.82 0.95 0.99 0.85
N9 0.01 0.02 0.03 0.15 0.01 0.07 0.01 0.18 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.18 0.19 0.02 0.52 0.57 0.61 0.46
O2' 0.02 0.57 0.00 0.02 0.32 0.24 0.30 0.12 0.36 0.40 0.48 0.53 0.35 0.36 0.18 0.00 0.10 0.15 0.43 0.48 0.74 0.46
O3' 0.31 0.47 0.06 0.02 0.26 0.04 0.19 0.23 0.26 0.19 0.39 0.44 0.23 0.14 0.19 0.10 0.00 0.21 0.34 0.35 0.52 0.31
O4' 0.01 0.54 0.03 0.02 0.29 0.01 0.13 0.02 0.25 0.27 0.42 0.55 0.17 0.15 0.02 0.15 0.21 0.00 0.33 0.41 0.34 0.29
O5' 0.36 1.56 0.52 0.37 0.77 0.03 0.68 0.02 0.89 0.96 1.30 1.37 0.81 0.82 0.52 0.43 0.34 0.33 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.42 1.97 0.59 0.42 0.90 0.28 0.83 0.39 1.16 1.05 1.71 1.61 1.10 0.95 0.57 0.48 0.35 0.41 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.40 2.39 0.68 0.47 1.12 0.25 0.99 0.37 1.44 1.09 2.10 1.95 1.32 0.99 0.61 0.74 0.52 0.34 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.30 1.99 0.52 0.32 0.86 0.05 0.74 0.03 1.10 1.00 1.69 1.64 1.00 0.85 0.46 0.46 0.31 0.29 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.26 0.22 0.40 0.39 0.25 0.29 0.23 0.32 0.21 0.22 0.23 0.26 0.62 0.50 0.31 0.25 0.37 0.58 0.40 0.44
C2 0.19 0.20 0.30 0.39 0.22 0.23 0.21 0.31 0.17 0.18 0.19 0.26 0.61 0.42 0.28 0.17 0.35 0.67 0.66 0.36
C2' 0.75 0.66 0.92 0.92 0.55 0.81 0.60 0.78 0.65 0.69 0.58 0.70 0.85 0.92 0.50 0.73 0.72 0.78 0.79 0.65
C3' 0.84 0.65 1.04 1.05 0.48 0.97 0.56 0.91 0.66 0.72 0.52 0.71 0.95 1.08 0.40 0.85 0.83 0.81 0.79 0.71
C4 0.21 0.19 0.33 0.39 0.23 0.24 0.21 0.29 0.18 0.18 0.19 0.25 0.58 0.43 0.30 0.18 0.35 0.61 0.55 0.35
C4' 0.81 0.58 0.94 0.91 0.32 0.90 0.40 0.79 0.54 0.64 0.39 0.70 0.96 0.95 0.26 0.82 0.73 0.67 0.66 0.64
C5 0.20 0.20 0.31 0.40 0.22 0.24 0.21 0.29 0.18 0.19 0.19 0.27 0.55 0.41 0.30 0.18 0.35 0.61 0.66 0.32
C5' 1.51 1.08 1.68 1.66 0.56 1.67 0.75 1.48 1.02 1.20 0.71 1.28 1.74 1.74 0.37 1.54 1.32 1.16 1.14 1.13
C6 0.21 0.22 0.29 0.40 0.22 0.24 0.22 0.31 0.19 0.19 0.21 0.28 0.56 0.40 0.29 0.18 0.36 0.65 0.80 0.33
C8 0.23 0.20 0.38 0.39 0.25 0.25 0.22 0.28 0.19 0.20 0.21 0.26 0.54 0.44 0.32 0.20 0.35 0.54 0.48 0.33
N1 0.20 0.21 0.29 0.40 0.22 0.23 0.22 0.31 0.18 0.19 0.21 0.27 0.60 0.41 0.28 0.18 0.36 0.67 0.78 0.35
N3 0.20 0.19 0.33 0.39 0.22 0.24 0.21 0.30 0.17 0.18 0.19 0.25 0.61 0.43 0.29 0.18 0.35 0.65 0.55 0.38
N6 0.23 0.26 0.28 0.42 0.25 0.25 0.24 0.33 0.21 0.22 0.26 0.31 0.54 0.40 0.32 0.21 0.38 0.66 0.95 0.36
N7 0.22 0.21 0.34 0.40 0.24 0.24 0.22 0.28 0.18 0.19 0.19 0.29 0.51 0.41 0.32 0.18 0.35 0.56 0.63 0.31
N9 0.22 0.20 0.37 0.38 0.24 0.25 0.22 0.29 0.19 0.19 0.21 0.25 0.58 0.45 0.31 0.20 0.35 0.57 0.45 0.37
O2' 1.00 0.90 1.16 1.16 0.83 1.05 0.88 1.03 0.92 0.94 0.82 0.94 1.20 1.23 0.80 0.98 1.01 1.16 1.09 1.00
O3' 0.69 0.51 0.92 0.97 0.42 0.86 0.46 0.84 0.53 0.57 0.43 0.56 0.93 1.11 0.41 0.70 0.84 0.92 0.77 0.78
O4' 0.60 0.43 0.71 0.67 0.21 0.64 0.25 0.55 0.36 0.46 0.26 0.56 0.84 0.71 0.23 0.59 0.59 0.65 0.57 0.61
O5' 2.22 1.75 2.37 2.30 1.20 2.34 1.40 2.12 1.69 1.88 1.35 1.96 2.38 2.27 0.94 2.23 1.86 1.59 1.67 1.57
OP1 3.09 2.26 3.32 3.34 1.57 3.42 1.91 3.18 2.34 2.56 1.72 2.46 3.50 3.50 1.23 3.19 2.79 2.58 2.42 2.47
OP2 3.43 2.58 3.78 3.74 1.77 3.70 2.14 3.45 2.61 2.88 1.95 2.82 3.90 3.78 1.39 3.44 3.14 2.87 2.91 2.83
P 2.97 2.21 3.20 3.15 1.46 3.20 1.78 2.94 2.21 2.46 1.65 2.47 3.35 3.21 1.09 3.02 2.58 2.32 2.28 2.26

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.10 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.30 0.03 0.01 0.25 0.32 0.32 0.23
C2 0.03 0.00 0.12 0.20 0.01 0.06 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01 0.33 0.21 0.01 0.06 0.27 0.44 0.48 0.24
C2' 0.01 0.12 0.00 0.01 0.07 0.02 0.09 0.22 0.10 0.03 0.10 0.19 0.01 0.03 0.08 0.02 0.44 0.45 0.66 0.56
C3' 0.02 0.20 0.01 0.00 0.37 0.01 0.40 0.02 0.35 0.22 0.28 0.15 0.02 0.01 0.39 0.02 0.15 0.25 0.48 0.24
C4 0.03 0.01 0.07 0.37 0.00 0.14 0.01 0.22 0.01 0.02 0.01 0.02 0.33 0.22 0.01 0.04 0.39 0.55 1.02 0.39
C4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.14 0.00 0.17 0.01 0.16 0.08 0.10 0.06 0.29 0.03 0.15 0.01 0.02 0.13 0.33 0.08
C5 0.02 0.01 0.09 0.40 0.01 0.17 0.00 0.25 0.00 0.01 0.01 0.02 0.27 0.27 0.01 0.07 0.45 0.55 1.14 0.49
C5' 0.10 0.15 0.22 0.02 0.22 0.01 0.25 0.00 0.21 0.15 0.19 0.15 0.10 0.21 0.24 0.02 0.01 0.18 0.32 0.02
C6 0.02 0.01 0.10 0.35 0.01 0.16 0.00 0.21 0.00 0.01 0.01 0.02 0.20 0.20 0.01 0.08 0.40 0.48 0.85 0.40
N1 0.01 0.01 0.03 0.22 0.02 0.08 0.01 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.19 0.13 0.02 0.02 0.29 0.41 0.49 0.24
N3 0.03 0.00 0.10 0.28 0.01 0.10 0.01 0.19 0.01 0.01 0.00 0.02 0.37 0.17 0.01 0.05 0.31 0.50 0.71 0.28
O2 0.04 0.01 0.19 0.15 0.02 0.06 0.02 0.15 0.02 0.01 0.02 0.00 0.40 0.38 0.02 0.11 0.26 0.42 0.35 0.28
O2' 0.02 0.33 0.01 0.02 0.33 0.29 0.27 0.10 0.20 0.19 0.37 0.40 0.00 0.07 0.37 0.21 0.35 0.34 0.76 0.53
O3' 0.30 0.21 0.03 0.01 0.22 0.03 0.27 0.21 0.20 0.13 0.17 0.38 0.07 0.00 0.26 0.23 0.29 0.60 0.47 0.32
O4 0.03 0.01 0.08 0.39 0.01 0.15 0.01 0.24 0.01 0.02 0.01 0.02 0.37 0.26 0.00 0.04 0.41 0.58 1.16 0.44
O4' 0.01 0.06 0.02 0.02 0.04 0.01 0.07 0.02 0.08 0.02 0.05 0.11 0.21 0.23 0.04 0.00 0.25 0.28 0.30 0.23
O5' 0.25 0.27 0.44 0.15 0.39 0.02 0.45 0.01 0.40 0.29 0.31 0.26 0.35 0.29 0.41 0.25 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.32 0.44 0.45 0.25 0.55 0.13 0.55 0.18 0.48 0.41 0.50 0.42 0.34 0.60 0.58 0.28 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.32 0.48 0.66 0.48 1.02 0.33 1.14 0.32 0.85 0.49 0.71 0.35 0.76 0.47 1.16 0.30 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.23 0.24 0.56 0.24 0.39 0.08 0.49 0.02 0.40 0.24 0.28 0.28 0.53 0.32 0.44 0.23 0.01 0.01 0.01 0.00