ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49306

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 1, 2, 0, 0, 4, 1, 3, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.011, 0.020, 0.029, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.020 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.018, 0.034, 0.049, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.034 std_dev=0.015
N1 A 0, 0.016, 0.036, 0.057, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.036 std_dev=0.021
C4 A 0, 0.023, 0.045, 0.068, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.045 std_dev=0.023
C2 A 0, 0.005, 0.028, 0.051, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.028 std_dev=0.023
N3 A 0, 0.017, 0.040, 0.063, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.040 std_dev=0.023
C1' A 0, 0.012, 0.039, 0.066, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.039 std_dev=0.027
N7 A 0, 0.033, 0.061, 0.088, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.061 std_dev=0.027
N9 A 0, 0.021, 0.049, 0.077, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.049 std_dev=0.028
N6 A 0, 0.036, 0.071, 0.106, 0.152 max_d=0.152 avg_d=0.071 std_dev=0.035
C8 A 0, 0.036, 0.074, 0.111, 0.146 max_d=0.146 avg_d=0.074 std_dev=0.037
C2 B 0, 0.306, 0.586, 0.867, 1.016 max_d=1.016 avg_d=0.586 std_dev=0.281
N1 B 0, 0.253, 0.556, 0.860, 1.026 max_d=1.026 avg_d=0.556 std_dev=0.303
N3 B 0, 0.362, 0.668, 0.975, 1.062 max_d=1.062 avg_d=0.668 std_dev=0.307
O2 B 0, 0.376, 0.684, 0.993, 1.150 max_d=1.150 avg_d=0.684 std_dev=0.309
C1' B 0, 0.262, 0.595, 0.928, 1.214 max_d=1.214 avg_d=0.595 std_dev=0.333
C6 B 0, 0.309, 0.676, 1.042, 1.191 max_d=1.191 avg_d=0.676 std_dev=0.367
C4 B 0, 0.366, 0.783, 1.200, 1.440 max_d=1.440 avg_d=0.783 std_dev=0.417
C5 B 0, 0.335, 0.795, 1.255, 1.554 max_d=1.554 avg_d=0.795 std_dev=0.460
O4 B 0, 0.342, 0.892, 1.442, 1.850 max_d=1.850 avg_d=0.892 std_dev=0.550
O4' B 0, 0.459, 1.082, 1.706, 1.911 max_d=1.911 avg_d=1.082 std_dev=0.623
O4' A 0, 0.238, 0.910, 1.582, 1.821 max_d=1.821 avg_d=0.910 std_dev=0.672
C2' A 0, 0.230, 0.947, 1.664, 1.918 max_d=1.918 avg_d=0.947 std_dev=0.717
C2' B 0, 0.619, 1.385, 2.151, 2.779 max_d=2.779 avg_d=1.385 std_dev=0.766
C3' B 0, 0.603, 1.389, 2.176, 2.900 max_d=2.900 avg_d=1.389 std_dev=0.787
C4' B 0, 0.650, 1.523, 2.396, 2.809 max_d=2.809 avg_d=1.523 std_dev=0.873
O2' A 0, 0.358, 1.294, 2.231, 2.592 max_d=2.592 avg_d=1.294 std_dev=0.937
C4' A 0, 0.414, 1.445, 2.477, 2.839 max_d=2.839 avg_d=1.445 std_dev=1.031
C3' A 0, 0.472, 1.524, 2.576, 2.733 max_d=2.733 avg_d=1.524 std_dev=1.052
O3' B 0, 0.640, 1.694, 2.749, 3.205 max_d=3.205 avg_d=1.694 std_dev=1.054
O5' B 0, 0.925, 2.127, 3.329, 3.958 max_d=3.958 avg_d=2.127 std_dev=1.202
O2' B 0, 0.892, 2.103, 3.314, 3.751 max_d=3.751 avg_d=2.103 std_dev=1.211
C5' B 0, 0.903, 2.179, 3.456, 4.173 max_d=4.173 avg_d=2.179 std_dev=1.277
O3' A 0, 0.740, 2.119, 3.499, 3.501 max_d=3.501 avg_d=2.119 std_dev=1.380
C5' A 0, 0.456, 2.134, 3.812, 4.412 max_d=4.412 avg_d=2.134 std_dev=1.678
P B 0, 1.323, 3.072, 4.822, 5.284 max_d=5.284 avg_d=3.072 std_dev=1.750
O5' A 0, 0.479, 2.355, 4.231, 5.529 max_d=5.529 avg_d=2.355 std_dev=1.876
OP2 B 0, 0.910, 3.069, 5.228, 6.220 max_d=6.220 avg_d=3.069 std_dev=2.159
P A 0, 0.383, 3.032, 5.682, 7.429 max_d=7.429 avg_d=3.032 std_dev=2.649
OP1 B 0, 2.131, 4.909, 7.688, 7.774 max_d=7.774 avg_d=4.909 std_dev=2.778
OP1 A 0, 0.723, 3.706, 6.689, 8.037 max_d=8.037 avg_d=3.706 std_dev=2.983
OP2 A 0, 0.184, 3.585, 6.985, 8.612 max_d=8.612 avg_d=3.585 std_dev=3.401

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.08 0.03 0.04 0.06 0.07 0.02 0.02 0.01 0.02 0.32 0.00 0.22 0.39 0.49 0.24
C2 0.07 0.00 0.47 0.72 0.02 0.44 0.02 0.75 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.39 0.50 0.26 1.06 1.31 1.94 1.49
C2' 0.01 0.47 0.00 0.01 0.25 0.02 0.13 0.20 0.22 0.25 0.37 0.47 0.17 0.16 0.05 0.00 0.04 0.02 0.36 0.60 0.68 0.49
C3' 0.02 0.72 0.01 0.00 0.49 0.01 0.48 0.03 0.57 0.32 0.67 0.67 0.57 0.39 0.27 0.03 0.01 0.03 0.26 0.31 0.41 0.24
C4 0.03 0.02 0.25 0.49 0.00 0.28 0.01 0.47 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.27 0.22 0.15 0.64 0.71 1.20 0.85
C4' 0.01 0.44 0.02 0.01 0.28 0.00 0.26 0.01 0.33 0.21 0.40 0.40 0.32 0.21 0.14 0.35 0.03 0.01 0.03 0.22 0.20 0.04
C5 0.01 0.02 0.13 0.48 0.01 0.26 0.00 0.44 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.37 0.21 0.10 0.62 0.67 1.24 0.81
C5' 0.08 0.75 0.20 0.03 0.47 0.01 0.44 0.00 0.58 0.27 0.72 0.65 0.56 0.29 0.20 0.16 0.23 0.02 0.01 0.20 0.28 0.02
C6 0.03 0.01 0.22 0.57 0.02 0.33 0.01 0.58 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.38 0.30 0.14 0.81 0.99 1.56 1.14
C8 0.04 0.02 0.25 0.32 0.01 0.21 0.02 0.27 0.03 0.00 0.03 0.02 0.05 0.01 0.01 0.46 0.23 0.15 0.46 0.38 0.97 0.39
N1 0.06 0.01 0.37 0.67 0.02 0.40 0.02 0.72 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.37 0.42 0.21 1.01 1.29 1.89 1.46
N3 0.07 0.01 0.47 0.67 0.01 0.40 0.01 0.65 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.36 0.46 0.25 0.91 1.04 1.60 1.22
N6 0.02 0.01 0.17 0.57 0.02 0.32 0.02 0.56 0.00 0.05 0.01 0.02 0.00 0.05 0.03 0.42 0.33 0.13 0.78 0.97 1.56 1.09
N7 0.02 0.02 0.16 0.39 0.01 0.21 0.01 0.29 0.03 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.49 0.24 0.10 0.47 0.37 1.12 0.47
N9 0.01 0.02 0.05 0.27 0.01 0.14 0.01 0.20 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.26 0.07 0.04 0.33 0.37 0.77 0.37
O2' 0.02 0.39 0.00 0.03 0.27 0.35 0.37 0.16 0.38 0.46 0.37 0.36 0.42 0.49 0.26 0.00 0.07 0.26 0.24 0.49 0.76 0.43
O3' 0.32 0.50 0.04 0.01 0.22 0.03 0.21 0.23 0.30 0.23 0.42 0.46 0.33 0.24 0.07 0.07 0.00 0.21 0.51 0.58 0.63 0.50
O4' 0.00 0.26 0.02 0.03 0.15 0.01 0.10 0.02 0.14 0.15 0.21 0.25 0.13 0.10 0.04 0.26 0.21 0.00 0.24 0.32 0.26 0.14
O5' 0.22 1.06 0.36 0.26 0.64 0.03 0.62 0.01 0.81 0.46 1.01 0.91 0.78 0.47 0.33 0.24 0.51 0.24 0.00 0.04 0.02 0.01
OP1 0.39 1.31 0.60 0.31 0.71 0.22 0.67 0.20 0.99 0.38 1.29 1.04 0.97 0.37 0.37 0.49 0.58 0.32 0.04 0.00 0.02 0.01
OP2 0.49 1.94 0.68 0.41 1.20 0.20 1.24 0.28 1.56 0.97 1.89 1.60 1.56 1.12 0.77 0.76 0.63 0.26 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.24 1.49 0.49 0.24 0.85 0.04 0.81 0.02 1.14 0.39 1.46 1.22 1.09 0.47 0.37 0.43 0.50 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.33 0.26 0.62 0.47 0.17 0.39 0.16 0.41 0.19 0.25 0.19 0.35 0.62 0.45 0.22 0.49 0.41 0.98 0.65 0.53
C2 0.23 0.25 0.39 0.48 0.20 0.24 0.19 0.32 0.18 0.21 0.23 0.33 0.35 0.41 0.23 0.35 0.59 1.23 1.03 0.81
C2' 0.38 0.34 0.88 0.83 0.38 0.47 0.39 0.53 0.38 0.36 0.36 0.35 0.69 0.78 0.40 0.36 0.64 0.95 1.06 0.72
C3' 0.62 0.51 0.53 0.63 0.45 0.70 0.51 0.73 0.57 0.57 0.46 0.52 0.57 0.94 0.40 0.83 0.55 1.10 0.43 0.70
C4 0.25 0.24 0.46 0.45 0.17 0.28 0.16 0.34 0.17 0.21 0.21 0.33 0.39 0.39 0.22 0.40 0.51 1.15 0.83 0.69
C4' 0.70 0.52 0.72 0.75 0.32 0.87 0.40 0.87 0.52 0.58 0.37 0.59 0.85 1.08 0.22 0.92 0.64 1.17 0.35 0.73
C5 0.22 0.24 0.37 0.42 0.16 0.24 0.16 0.32 0.17 0.20 0.21 0.31 0.31 0.36 0.20 0.37 0.55 1.22 0.84 0.74
C5' 0.97 0.69 1.05 1.16 0.47 1.21 0.59 1.20 0.73 0.80 0.50 0.76 1.18 1.55 0.37 1.18 0.96 1.40 0.69 1.03
C6 0.20 0.24 0.30 0.44 0.18 0.20 0.17 0.30 0.17 0.20 0.22 0.30 0.30 0.36 0.20 0.32 0.62 1.29 0.97 0.84
C8 0.26 0.23 0.51 0.40 0.15 0.33 0.15 0.38 0.17 0.22 0.17 0.31 0.46 0.41 0.19 0.46 0.45 1.09 0.60 0.59
N1 0.21 0.25 0.32 0.47 0.19 0.20 0.18 0.31 0.18 0.20 0.23 0.31 0.33 0.40 0.21 0.32 0.63 1.30 1.06 0.86
N3 0.25 0.25 0.45 0.48 0.19 0.27 0.18 0.34 0.17 0.21 0.22 0.34 0.39 0.41 0.24 0.39 0.53 1.16 0.93 0.72
N6 0.19 0.22 0.23 0.43 0.19 0.17 0.17 0.29 0.17 0.19 0.22 0.27 0.31 0.37 0.23 0.28 0.66 1.36 0.99 0.90
N7 0.23 0.23 0.39 0.38 0.16 0.27 0.15 0.35 0.17 0.21 0.18 0.30 0.32 0.35 0.20 0.41 0.51 1.19 0.68 0.68
N9 0.27 0.24 0.53 0.44 0.16 0.33 0.15 0.37 0.17 0.22 0.18 0.33 0.48 0.42 0.21 0.45 0.44 1.07 0.69 0.59
O2' 0.73 0.70 1.29 1.23 0.85 0.80 0.86 0.85 0.81 0.75 0.76 0.63 1.08 1.05 0.91 0.58 1.09 1.15 1.66 1.14
O3' 0.80 0.59 0.60 0.75 0.48 0.86 0.59 0.86 0.68 0.69 0.48 0.60 0.74 1.12 0.40 0.98 0.68 1.13 0.51 0.78
O4' 0.66 0.49 0.75 0.66 0.24 0.80 0.31 0.79 0.43 0.53 0.32 0.61 0.91 0.89 0.18 0.86 0.60 1.19 0.34 0.68
O5' 1.13 0.86 1.14 1.28 0.66 1.32 0.77 1.30 0.90 0.96 0.68 0.95 1.22 1.68 0.58 1.29 1.11 1.48 0.90 1.18
OP1 1.13 0.58 1.18 1.41 0.39 1.42 0.44 1.34 0.64 0.76 0.38 0.72 1.46 1.99 0.51 1.34 1.11 1.42 0.86 1.14
OP2 2.57 2.01 2.69 2.90 1.66 2.81 1.91 2.75 2.16 2.26 1.66 2.06 2.80 3.32 1.48 2.65 2.59 2.80 2.40 2.62
P 1.50 0.99 1.55 1.76 0.70 1.76 0.87 1.70 1.08 1.18 0.70 1.10 1.72 2.25 0.65 1.66 1.51 1.80 1.28 1.55

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.08 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.32 0.03 0.01 0.34 0.60 0.21 0.39
C2 0.03 0.00 0.25 0.30 0.01 0.11 0.01 0.22 0.02 0.02 0.00 0.01 0.14 0.24 0.02 0.20 0.49 0.98 0.54 0.61
C2' 0.01 0.25 0.00 0.01 0.09 0.03 0.16 0.21 0.22 0.04 0.20 0.42 0.01 0.04 0.12 0.02 0.57 0.62 0.42 0.59
C3' 0.02 0.30 0.01 0.00 0.41 0.01 0.40 0.03 0.33 0.23 0.37 0.28 0.02 0.01 0.45 0.03 0.30 0.44 0.29 0.29
C4 0.02 0.01 0.09 0.41 0.00 0.19 0.01 0.26 0.02 0.01 0.01 0.01 0.34 0.25 0.00 0.05 0.63 1.15 0.92 0.82
C4' 0.02 0.11 0.03 0.01 0.19 0.00 0.26 0.01 0.26 0.11 0.13 0.20 0.29 0.04 0.20 0.01 0.03 0.27 0.17 0.05
C5 0.02 0.01 0.16 0.40 0.01 0.26 0.00 0.31 0.01 0.01 0.01 0.02 0.49 0.27 0.02 0.15 0.67 1.06 0.95 0.84
C5' 0.08 0.22 0.21 0.03 0.26 0.01 0.31 0.00 0.27 0.14 0.25 0.30 0.11 0.23 0.29 0.03 0.02 0.29 0.32 0.04
C6 0.02 0.02 0.22 0.33 0.02 0.26 0.01 0.27 0.00 0.01 0.02 0.02 0.47 0.21 0.02 0.21 0.60 0.91 0.73 0.72
N1 0.01 0.02 0.04 0.23 0.01 0.11 0.01 0.14 0.01 0.00 0.02 0.02 0.20 0.14 0.02 0.03 0.47 0.84 0.49 0.57
N3 0.03 0.00 0.20 0.37 0.01 0.13 0.01 0.25 0.02 0.02 0.00 0.01 0.18 0.23 0.01 0.15 0.56 1.11 0.74 0.72
O2 0.04 0.01 0.42 0.28 0.01 0.20 0.02 0.30 0.02 0.02 0.01 0.00 0.35 0.39 0.02 0.33 0.45 0.96 0.43 0.56
O2' 0.02 0.14 0.01 0.02 0.34 0.29 0.49 0.11 0.47 0.20 0.18 0.35 0.00 0.06 0.35 0.20 0.45 0.47 0.44 0.51
O3' 0.32 0.24 0.04 0.01 0.25 0.04 0.27 0.23 0.21 0.14 0.23 0.39 0.06 0.00 0.31 0.22 0.29 0.70 0.52 0.44
O4 0.03 0.02 0.12 0.45 0.00 0.20 0.02 0.29 0.02 0.02 0.01 0.02 0.35 0.31 0.00 0.06 0.67 1.23 1.04 0.88
O4' 0.01 0.20 0.02 0.03 0.05 0.01 0.15 0.03 0.21 0.03 0.15 0.33 0.20 0.22 0.06 0.00 0.22 0.48 0.25 0.25
O5' 0.34 0.49 0.57 0.30 0.63 0.03 0.67 0.02 0.60 0.47 0.56 0.45 0.45 0.29 0.67 0.22 0.00 0.03 0.03 0.01
OP1 0.60 0.98 0.62 0.44 1.15 0.27 1.06 0.29 0.91 0.84 1.11 0.96 0.47 0.70 1.23 0.48 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.21 0.54 0.42 0.29 0.92 0.17 0.95 0.32 0.73 0.49 0.74 0.43 0.44 0.52 1.04 0.25 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.39 0.61 0.59 0.29 0.82 0.05 0.84 0.04 0.72 0.57 0.72 0.56 0.51 0.44 0.88 0.25 0.01 0.01 0.01 0.00