ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49307

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 4, 1, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.010, 0.017, 0.025, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.017 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.012, 0.019, 0.027, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.019 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.009, 0.018, 0.026, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.018 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.005, 0.015, 0.025, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.015 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.008, 0.020, 0.032, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.020 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.003, 0.015, 0.027, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.015 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.011, 0.026, 0.040, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.026 std_dev=0.014
N7 A 0, 0.017, 0.033, 0.049, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.033 std_dev=0.016
C8 A 0, 0.020, 0.037, 0.054, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.037 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.007, 0.025, 0.042, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.025 std_dev=0.018
N6 A 0, 0.015, 0.033, 0.051, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.033 std_dev=0.018
O4 B 0, 0.338, 0.599, 0.861, 0.894 max_d=0.894 avg_d=0.599 std_dev=0.262
C4 B 0, 0.432, 0.714, 0.997, 1.003 max_d=1.003 avg_d=0.714 std_dev=0.283
C6 B 0, 0.428, 0.713, 0.998, 1.034 max_d=1.034 avg_d=0.713 std_dev=0.285
C5 B 0, 0.484, 0.778, 1.072, 1.001 max_d=1.001 avg_d=0.778 std_dev=0.294
N1 B 0, 0.309, 0.619, 0.929, 1.277 max_d=1.277 avg_d=0.619 std_dev=0.310
N3 B 0, 0.322, 0.643, 0.963, 1.157 max_d=1.157 avg_d=0.643 std_dev=0.320
C2 B 0, 0.268, 0.610, 0.952, 1.350 max_d=1.350 avg_d=0.610 std_dev=0.342
C1' B 0, 0.255, 0.613, 0.971, 1.478 max_d=1.478 avg_d=0.613 std_dev=0.358
O2 B 0, 0.255, 0.652, 1.050, 1.576 max_d=1.576 avg_d=0.652 std_dev=0.397
C2' A 0, -0.123, 0.284, 0.691, 1.385 max_d=1.385 avg_d=0.284 std_dev=0.407
C2' B 0, 0.315, 0.729, 1.142, 1.593 max_d=1.593 avg_d=0.729 std_dev=0.414
O4' A 0, -0.178, 0.241, 0.660, 1.400 max_d=1.400 avg_d=0.241 std_dev=0.419
O2' A 0, -0.079, 0.411, 0.901, 1.702 max_d=1.702 avg_d=0.411 std_dev=0.490
C3' B 0, 0.274, 0.827, 1.379, 2.120 max_d=2.120 avg_d=0.827 std_dev=0.553
O4' B 0, 0.669, 1.229, 1.789, 1.945 max_d=1.945 avg_d=1.229 std_dev=0.560
C4' B 0, 0.462, 1.024, 1.587, 2.240 max_d=2.240 avg_d=1.024 std_dev=0.562
O2' B 0, 0.929, 1.498, 2.067, 1.977 max_d=1.977 avg_d=1.498 std_dev=0.569
O3' B 0, 0.602, 1.173, 1.744, 2.346 max_d=2.346 avg_d=1.173 std_dev=0.571
C4' A 0, -0.106, 0.558, 1.222, 2.368 max_d=2.368 avg_d=0.558 std_dev=0.664
C3' A 0, -0.170, 0.520, 1.209, 2.380 max_d=2.380 avg_d=0.520 std_dev=0.689
O5' B 0, 1.131, 1.827, 2.522, 2.721 max_d=2.721 avg_d=1.827 std_dev=0.696
P B 0, 0.774, 1.486, 2.199, 2.809 max_d=2.809 avg_d=1.486 std_dev=0.713
C5' B 0, 0.626, 1.342, 2.057, 2.701 max_d=2.701 avg_d=1.342 std_dev=0.715
C5' A 0, 0.054, 0.903, 1.753, 3.139 max_d=3.139 avg_d=0.903 std_dev=0.850
OP2 B 0, 0.571, 1.423, 2.274, 3.048 max_d=3.048 avg_d=1.423 std_dev=0.851
O3' A 0, -0.228, 0.700, 1.628, 3.179 max_d=3.179 avg_d=0.700 std_dev=0.928
OP1 B 0, 0.838, 1.983, 3.128, 4.533 max_d=4.533 avg_d=1.983 std_dev=1.145
OP2 A 0, 0.209, 1.559, 2.909, 5.104 max_d=5.104 avg_d=1.559 std_dev=1.350
O5' A 0, -0.531, 0.954, 2.439, 4.992 max_d=4.992 avg_d=0.954 std_dev=1.485
P A 0, -0.293, 1.203, 2.698, 5.151 max_d=5.151 avg_d=1.203 std_dev=1.496
OP1 A 0, -0.114, 1.482, 3.077, 5.617 max_d=5.617 avg_d=1.482 std_dev=1.595

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.06 0.04 0.02 0.04 0.04 0.04 0.02 0.01 0.02 0.12 0.01 0.17 0.18 0.39 0.08
C2 0.04 0.00 0.32 0.33 0.01 0.08 0.01 0.12 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.17 0.24 0.16 0.40 0.43 0.22 0.28
C2' 0.01 0.32 0.00 0.01 0.17 0.02 0.10 0.12 0.16 0.14 0.26 0.32 0.13 0.07 0.02 0.00 0.01 0.01 0.06 0.12 0.60 0.19
C3' 0.02 0.33 0.01 0.00 0.26 0.00 0.28 0.01 0.33 0.19 0.35 0.29 0.34 0.24 0.17 0.02 0.01 0.02 0.11 0.17 0.42 0.10
C4 0.03 0.01 0.17 0.26 0.00 0.06 0.01 0.10 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.07 0.16 0.10 0.39 0.35 0.18 0.22
C4' 0.01 0.08 0.02 0.00 0.06 0.00 0.08 0.00 0.09 0.11 0.08 0.08 0.10 0.11 0.06 0.22 0.01 0.01 0.01 0.20 0.35 0.06
C5 0.03 0.01 0.10 0.28 0.01 0.08 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.12 0.23 0.06 0.47 0.39 0.22 0.30
C5' 0.06 0.12 0.12 0.01 0.10 0.00 0.11 0.00 0.12 0.12 0.12 0.12 0.13 0.13 0.08 0.10 0.15 0.02 0.01 0.26 0.27 0.01
C6 0.04 0.01 0.16 0.33 0.02 0.09 0.01 0.12 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.11 0.27 0.09 0.50 0.45 0.29 0.35
C8 0.02 0.02 0.14 0.19 0.01 0.11 0.01 0.12 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.23 0.17 0.08 0.44 0.29 0.22 0.21
N1 0.04 0.01 0.26 0.35 0.01 0.08 0.01 0.12 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.11 0.27 0.13 0.46 0.46 0.28 0.33
N3 0.04 0.01 0.32 0.29 0.01 0.08 0.01 0.12 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.17 0.19 0.16 0.34 0.37 0.18 0.21
N6 0.04 0.01 0.13 0.34 0.02 0.10 0.02 0.13 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.13 0.32 0.08 0.55 0.48 0.37 0.40
N7 0.02 0.01 0.07 0.24 0.00 0.11 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.22 0.23 0.04 0.50 0.36 0.22 0.30
N9 0.01 0.02 0.02 0.17 0.01 0.06 0.02 0.08 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.11 0.08 0.02 0.34 0.27 0.24 0.15
O2' 0.02 0.17 0.00 0.02 0.07 0.22 0.12 0.10 0.11 0.23 0.11 0.17 0.13 0.22 0.11 0.00 0.03 0.15 0.14 0.25 0.62 0.15
O3' 0.12 0.24 0.01 0.01 0.16 0.01 0.23 0.15 0.27 0.17 0.27 0.19 0.32 0.23 0.08 0.03 0.00 0.09 0.23 0.46 0.28 0.25
O4' 0.01 0.16 0.01 0.02 0.10 0.01 0.06 0.02 0.09 0.08 0.13 0.16 0.08 0.04 0.02 0.15 0.09 0.00 0.16 0.23 0.30 0.09
O5' 0.17 0.40 0.06 0.11 0.39 0.01 0.47 0.01 0.50 0.44 0.46 0.34 0.55 0.50 0.34 0.14 0.23 0.16 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.18 0.43 0.12 0.17 0.35 0.20 0.39 0.26 0.45 0.29 0.46 0.37 0.48 0.36 0.27 0.25 0.46 0.23 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.39 0.22 0.60 0.42 0.18 0.35 0.22 0.27 0.29 0.22 0.28 0.18 0.37 0.22 0.24 0.62 0.28 0.30 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.28 0.19 0.10 0.22 0.06 0.30 0.01 0.35 0.21 0.33 0.21 0.40 0.30 0.15 0.15 0.25 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.05 0.11 0.23 0.13 0.20 0.08 0.17 0.15 0.13 0.10 0.17 0.10 0.44 0.33 0.24 0.21 0.32 0.15 0.38 0.19
C2 0.15 0.17 0.28 0.22 0.15 0.15 0.14 0.16 0.14 0.15 0.16 0.20 0.35 0.28 0.15 0.12 0.32 0.28 0.63 0.22
C2' 0.25 0.21 0.44 0.40 0.18 0.23 0.17 0.22 0.19 0.21 0.19 0.24 0.61 0.54 0.22 0.20 0.35 0.34 0.49 0.26
C3' 0.36 0.39 0.35 0.29 0.42 0.36 0.40 0.38 0.38 0.38 0.42 0.38 0.41 0.36 0.45 0.43 0.47 0.35 0.33 0.43
C4 0.10 0.10 0.26 0.18 0.14 0.10 0.13 0.13 0.11 0.10 0.11 0.13 0.39 0.29 0.19 0.11 0.32 0.18 0.49 0.18
C4' 0.40 0.39 0.34 0.36 0.34 0.46 0.32 0.48 0.33 0.37 0.37 0.44 0.40 0.47 0.34 0.53 0.53 0.44 0.34 0.47
C5 0.15 0.13 0.26 0.20 0.13 0.14 0.13 0.13 0.12 0.12 0.09 0.19 0.37 0.25 0.20 0.11 0.30 0.17 0.50 0.16
C5' 0.53 0.50 0.48 0.54 0.41 0.61 0.39 0.62 0.41 0.48 0.45 0.59 0.51 0.63 0.40 0.65 0.64 0.60 0.46 0.60
C6 0.21 0.21 0.28 0.24 0.15 0.20 0.15 0.15 0.17 0.19 0.18 0.26 0.33 0.23 0.15 0.17 0.30 0.20 0.60 0.17
C8 0.06 0.09 0.23 0.13 0.22 0.11 0.18 0.17 0.12 0.08 0.18 0.10 0.43 0.27 0.28 0.18 0.32 0.19 0.34 0.20
N1 0.20 0.22 0.28 0.24 0.17 0.20 0.16 0.17 0.18 0.19 0.21 0.25 0.33 0.25 0.17 0.17 0.31 0.27 0.66 0.21
N3 0.11 0.12 0.27 0.19 0.13 0.10 0.12 0.14 0.11 0.11 0.12 0.15 0.38 0.30 0.16 0.10 0.32 0.23 0.56 0.20
N6 0.26 0.28 0.28 0.27 0.18 0.25 0.18 0.17 0.21 0.25 0.25 0.32 0.28 0.21 0.16 0.24 0.28 0.19 0.63 0.15
N7 0.13 0.07 0.25 0.17 0.19 0.14 0.16 0.15 0.11 0.08 0.13 0.18 0.40 0.23 0.27 0.13 0.30 0.19 0.39 0.18
N9 0.06 0.09 0.24 0.15 0.19 0.08 0.16 0.15 0.12 0.09 0.15 0.08 0.42 0.30 0.24 0.16 0.32 0.16 0.41 0.19
O2' 0.52 0.49 0.76 0.72 0.38 0.50 0.40 0.51 0.45 0.49 0.42 0.53 0.95 0.80 0.34 0.42 0.59 0.71 0.80 0.57
O3' 0.55 0.48 0.54 0.51 0.48 0.56 0.51 0.56 0.52 0.52 0.47 0.46 0.57 0.55 0.47 0.60 0.61 0.44 0.47 0.57
O4' 0.29 0.27 0.19 0.23 0.26 0.39 0.23 0.42 0.22 0.25 0.27 0.33 0.31 0.37 0.29 0.46 0.46 0.37 0.27 0.38
O5' 1.08 1.03 1.07 1.05 0.87 1.10 0.88 1.12 0.94 1.02 0.94 1.12 1.07 1.03 0.80 1.12 1.13 1.10 0.97 1.13
OP1 0.97 0.88 1.02 1.02 0.76 1.00 0.78 1.01 0.83 0.90 0.81 0.95 1.07 1.04 0.71 0.99 1.03 0.95 0.99 1.02
OP2 1.01 0.85 1.03 1.03 0.75 1.02 0.82 1.03 0.88 0.92 0.76 0.87 1.05 1.05 0.69 1.03 1.08 0.90 1.05 1.06
P 1.00 0.89 1.03 1.04 0.74 1.05 0.77 1.05 0.84 0.91 0.79 0.96 1.07 1.05 0.67 1.04 1.06 0.99 0.98 1.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.07 0.01 0.00 0.02 0.06 0.01 0.21 0.02 0.00 0.19 0.22 0.17 0.08
C2 0.03 0.00 0.12 0.06 0.02 0.04 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.20 0.25 0.03 0.09 0.31 0.19 0.33 0.14
C2' 0.00 0.12 0.00 0.01 0.05 0.02 0.12 0.16 0.15 0.02 0.08 0.23 0.00 0.04 0.05 0.01 0.30 0.35 0.39 0.23
C3' 0.02 0.06 0.01 0.00 0.03 0.01 0.08 0.02 0.09 0.02 0.04 0.13 0.01 0.00 0.03 0.02 0.17 0.33 0.31 0.12
C4 0.01 0.02 0.05 0.03 0.00 0.04 0.01 0.21 0.01 0.01 0.01 0.03 0.14 0.16 0.01 0.01 0.39 0.26 0.52 0.25
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.04 0.00 0.06 0.01 0.06 0.02 0.04 0.07 0.09 0.02 0.04 0.00 0.02 0.22 0.17 0.08
C5 0.01 0.01 0.12 0.08 0.01 0.06 0.00 0.24 0.00 0.01 0.01 0.02 0.22 0.10 0.01 0.08 0.41 0.31 0.51 0.29
C5' 0.07 0.14 0.16 0.02 0.21 0.01 0.24 0.00 0.23 0.15 0.17 0.11 0.06 0.18 0.22 0.02 0.01 0.15 0.24 0.01
C6 0.01 0.01 0.15 0.09 0.01 0.06 0.00 0.23 0.00 0.00 0.02 0.02 0.22 0.10 0.02 0.11 0.39 0.25 0.39 0.25
N1 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.15 0.00 0.00 0.01 0.02 0.07 0.18 0.02 0.01 0.31 0.18 0.29 0.15
N3 0.02 0.01 0.08 0.04 0.01 0.04 0.01 0.17 0.02 0.01 0.00 0.03 0.16 0.22 0.02 0.06 0.35 0.20 0.44 0.19
O2 0.06 0.01 0.23 0.13 0.03 0.07 0.02 0.11 0.02 0.02 0.03 0.00 0.39 0.33 0.04 0.16 0.27 0.21 0.28 0.10
O2' 0.01 0.20 0.00 0.01 0.14 0.09 0.22 0.06 0.22 0.07 0.16 0.39 0.00 0.04 0.16 0.04 0.28 0.43 0.45 0.26
O3' 0.21 0.25 0.04 0.00 0.16 0.02 0.10 0.18 0.10 0.18 0.22 0.33 0.04 0.00 0.16 0.15 0.27 0.35 0.33 0.22
O4 0.02 0.03 0.05 0.03 0.01 0.04 0.01 0.22 0.02 0.02 0.02 0.04 0.16 0.16 0.00 0.02 0.40 0.29 0.58 0.27
O4' 0.00 0.09 0.01 0.02 0.01 0.00 0.08 0.02 0.11 0.01 0.06 0.16 0.04 0.15 0.02 0.00 0.09 0.34 0.11 0.17
O5' 0.19 0.31 0.30 0.17 0.39 0.02 0.41 0.01 0.39 0.31 0.35 0.27 0.28 0.27 0.40 0.09 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.22 0.19 0.35 0.33 0.26 0.22 0.31 0.15 0.25 0.18 0.20 0.21 0.43 0.35 0.29 0.34 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.17 0.33 0.39 0.31 0.52 0.17 0.51 0.24 0.39 0.29 0.44 0.28 0.45 0.33 0.58 0.11 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.08 0.14 0.23 0.12 0.25 0.08 0.29 0.01 0.25 0.15 0.19 0.10 0.26 0.22 0.27 0.17 0.01 0.00 0.00 0.00