ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49308

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 3, 0, 1, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.017, 0.047, 0.077, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.047 std_dev=0.030
N1 A 0, 0.012, 0.059, 0.105, 0.154 max_d=0.154 avg_d=0.059 std_dev=0.047
C4 A 0, 0.014, 0.066, 0.118, 0.172 max_d=0.172 avg_d=0.066 std_dev=0.052
N9 A 0, 0.053, 0.106, 0.158, 0.175 max_d=0.175 avg_d=0.106 std_dev=0.052
C1' A 0, -0.009, 0.048, 0.105, 0.172 max_d=0.172 avg_d=0.048 std_dev=0.057
C5 A 0, 0.015, 0.073, 0.131, 0.192 max_d=0.192 avg_d=0.073 std_dev=0.058
N3 A 0, 0.006, 0.066, 0.125, 0.190 max_d=0.190 avg_d=0.066 std_dev=0.059
C8 A 0, 0.065, 0.128, 0.190, 0.207 max_d=0.207 avg_d=0.128 std_dev=0.063
N7 A 0, 0.061, 0.124, 0.187, 0.208 max_d=0.208 avg_d=0.124 std_dev=0.063
C2 A 0, 0.013, 0.077, 0.141, 0.206 max_d=0.206 avg_d=0.077 std_dev=0.064
N6 A 0, -0.046, 0.122, 0.290, 0.493 max_d=0.493 avg_d=0.122 std_dev=0.168
C4 B 0, 0.338, 0.667, 0.997, 0.930 max_d=0.930 avg_d=0.667 std_dev=0.330
N3 B 0, 0.400, 0.751, 1.101, 1.037 max_d=1.037 avg_d=0.751 std_dev=0.350
C5 B 0, 0.428, 0.805, 1.182, 1.154 max_d=1.154 avg_d=0.805 std_dev=0.377
O4 B 0, 0.165, 0.566, 0.966, 1.193 max_d=1.193 avg_d=0.566 std_dev=0.400
C2 B 0, 0.504, 1.011, 1.518, 1.454 max_d=1.454 avg_d=1.011 std_dev=0.507
C6 B 0, 0.514, 1.031, 1.548, 1.550 max_d=1.550 avg_d=1.031 std_dev=0.517
O2 B 0, 0.565, 1.143, 1.722, 1.613 max_d=1.613 avg_d=1.143 std_dev=0.578
N1 B 0, 0.579, 1.183, 1.786, 1.743 max_d=1.743 avg_d=1.183 std_dev=0.604
C5' B 0, 0.697, 1.312, 1.926, 1.885 max_d=1.885 avg_d=1.312 std_dev=0.615
C2' A 0, 0.639, 1.305, 1.972, 1.858 max_d=1.858 avg_d=1.305 std_dev=0.666
O2' A 0, 0.845, 1.538, 2.231, 1.991 max_d=1.991 avg_d=1.538 std_dev=0.693
C1' B 0, 0.754, 1.487, 2.220, 2.113 max_d=2.113 avg_d=1.487 std_dev=0.733
O4' B 0, 0.613, 1.348, 2.084, 2.085 max_d=2.085 avg_d=1.348 std_dev=0.736
O4' A 0, 0.491, 1.231, 1.972, 1.900 max_d=1.900 avg_d=1.231 std_dev=0.741
C4' B 0, 0.654, 1.398, 2.142, 2.062 max_d=2.062 avg_d=1.398 std_dev=0.744
C2' B 0, 0.968, 1.780, 2.591, 2.323 max_d=2.323 avg_d=1.780 std_dev=0.812
O3' B 0, 0.886, 1.771, 2.656, 2.663 max_d=2.663 avg_d=1.771 std_dev=0.885
C3' B 0, 0.493, 1.396, 2.299, 2.186 max_d=2.186 avg_d=1.396 std_dev=0.903
C4' A 0, 0.952, 1.927, 2.902, 2.766 max_d=2.766 avg_d=1.927 std_dev=0.975
C3' A 0, 1.218, 2.229, 3.240, 2.924 max_d=2.924 avg_d=2.229 std_dev=1.011
O5' B 0, 0.294, 1.351, 2.408, 3.497 max_d=3.497 avg_d=1.351 std_dev=1.057
O2' B 0, 1.155, 2.334, 3.512, 3.944 max_d=3.944 avg_d=2.334 std_dev=1.179
O3' A 0, 1.706, 3.112, 4.518, 4.099 max_d=4.099 avg_d=3.112 std_dev=1.406
P B 0, 0.110, 1.735, 3.359, 5.196 max_d=5.196 avg_d=1.735 std_dev=1.624
C5' A 0, 1.609, 3.281, 4.954, 4.747 max_d=4.747 avg_d=3.281 std_dev=1.672
OP2 B 0, -0.087, 1.719, 3.525, 5.612 max_d=5.612 avg_d=1.719 std_dev=1.806
OP1 B 0, 0.180, 2.063, 3.945, 6.059 max_d=6.059 avg_d=2.063 std_dev=1.883
O5' A 0, 2.250, 4.240, 6.231, 5.605 max_d=5.605 avg_d=4.240 std_dev=1.990
P A 0, 3.215, 6.020, 8.825, 7.939 max_d=7.939 avg_d=6.020 std_dev=2.805
OP2 A 0, 3.491, 6.433, 9.375, 8.321 max_d=8.321 avg_d=6.433 std_dev=2.942
OP1 A 0, 4.113, 7.712, 11.311, 10.162 max_d=10.162 avg_d=7.712 std_dev=3.599

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.10 0.01 0.03 0.05 0.03 0.02 0.06 0.02 0.06 0.07 0.11 0.09 0.04 0.01 0.01 0.31 0.01 0.17 0.17 0.33 0.29
C2 0.10 0.00 0.18 0.52 0.02 0.53 0.03 0.78 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.04 0.03 0.41 0.39 0.39 0.60 0.45 0.48 0.42
C2' 0.01 0.18 0.00 0.00 0.08 0.02 0.05 0.12 0.07 0.16 0.13 0.18 0.07 0.14 0.04 0.00 0.03 0.03 0.50 0.38 0.67 0.57
C3' 0.03 0.52 0.00 0.00 0.33 0.01 0.31 0.04 0.39 0.15 0.49 0.46 0.31 0.24 0.17 0.02 0.01 0.03 0.37 0.21 0.19 0.29
C4 0.05 0.02 0.08 0.33 0.00 0.27 0.01 0.41 0.00 0.02 0.02 0.01 0.04 0.02 0.01 0.32 0.08 0.19 0.22 0.09 0.17 0.07
C4' 0.03 0.53 0.02 0.01 0.27 0.00 0.20 0.01 0.29 0.08 0.46 0.49 0.20 0.07 0.08 0.25 0.04 0.00 0.04 0.07 0.21 0.06
C5 0.02 0.03 0.05 0.31 0.01 0.20 0.00 0.40 0.02 0.05 0.03 0.02 0.06 0.02 0.02 0.36 0.07 0.10 0.20 0.16 0.15 0.11
C5' 0.06 0.78 0.12 0.04 0.41 0.01 0.40 0.00 0.55 0.16 0.73 0.66 0.49 0.26 0.17 0.11 0.20 0.03 0.01 0.13 0.37 0.02
C6 0.02 0.01 0.07 0.39 0.00 0.29 0.02 0.55 0.00 0.09 0.00 0.01 0.01 0.08 0.03 0.43 0.11 0.17 0.35 0.25 0.30 0.19
C8 0.06 0.06 0.16 0.15 0.02 0.08 0.05 0.16 0.09 0.00 0.07 0.03 0.17 0.01 0.01 0.19 0.33 0.14 0.17 0.31 0.27 0.34
N1 0.07 0.01 0.13 0.49 0.02 0.46 0.03 0.73 0.00 0.07 0.00 0.02 0.03 0.06 0.03 0.43 0.30 0.30 0.54 0.41 0.47 0.37
N3 0.11 0.01 0.18 0.46 0.01 0.49 0.02 0.66 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.35 0.33 0.40 0.46 0.29 0.30 0.24
N6 0.09 0.01 0.07 0.31 0.04 0.20 0.06 0.49 0.01 0.17 0.03 0.02 0.00 0.17 0.09 0.50 0.09 0.09 0.30 0.27 0.32 0.20
N7 0.04 0.04 0.14 0.24 0.02 0.07 0.02 0.26 0.08 0.01 0.06 0.01 0.17 0.00 0.03 0.27 0.23 0.07 0.13 0.27 0.17 0.25
N9 0.01 0.03 0.04 0.17 0.01 0.08 0.02 0.17 0.03 0.01 0.03 0.02 0.09 0.03 0.00 0.19 0.16 0.03 0.12 0.18 0.28 0.26
O2' 0.01 0.41 0.00 0.02 0.32 0.25 0.36 0.11 0.43 0.19 0.43 0.35 0.50 0.27 0.19 0.00 0.05 0.14 0.26 0.13 0.63 0.36
O3' 0.31 0.39 0.03 0.01 0.08 0.04 0.07 0.20 0.11 0.33 0.30 0.33 0.09 0.23 0.16 0.05 0.00 0.15 0.23 0.40 0.20 0.21
O4' 0.01 0.39 0.03 0.03 0.19 0.00 0.10 0.03 0.17 0.14 0.30 0.40 0.09 0.07 0.03 0.14 0.15 0.00 0.07 0.11 0.17 0.14
O5' 0.17 0.60 0.50 0.37 0.22 0.04 0.20 0.01 0.35 0.17 0.54 0.46 0.30 0.13 0.12 0.26 0.23 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.17 0.45 0.38 0.21 0.09 0.07 0.16 0.13 0.25 0.31 0.41 0.29 0.27 0.27 0.18 0.13 0.40 0.11 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.33 0.48 0.67 0.19 0.17 0.21 0.15 0.37 0.30 0.27 0.47 0.30 0.32 0.17 0.28 0.63 0.20 0.17 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.29 0.42 0.57 0.29 0.07 0.06 0.11 0.02 0.19 0.34 0.37 0.24 0.20 0.25 0.26 0.36 0.21 0.14 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.14 0.13 0.36 0.21 0.17 0.24 0.16 0.21 0.13 0.13 0.15 0.14 0.20 0.34 0.21 0.28 0.10 0.15 0.36 0.08
C2 0.29 0.26 0.27 0.28 0.15 0.27 0.15 0.21 0.19 0.24 0.21 0.30 0.51 0.43 0.11 0.31 0.36 0.42 0.79 0.49
C2' 0.36 0.30 0.66 0.48 0.24 0.24 0.25 0.20 0.28 0.31 0.26 0.34 0.55 0.28 0.24 0.20 0.17 0.12 0.45 0.17
C3' 0.41 0.40 0.64 0.44 0.45 0.27 0.45 0.25 0.43 0.41 0.42 0.38 0.48 0.30 0.47 0.27 0.23 0.15 0.59 0.26
C4 0.18 0.15 0.31 0.28 0.13 0.20 0.12 0.14 0.12 0.14 0.12 0.20 0.23 0.32 0.17 0.23 0.22 0.22 0.62 0.31
C4' 0.20 0.17 0.28 0.17 0.28 0.30 0.25 0.24 0.20 0.17 0.22 0.18 0.18 0.51 0.35 0.29 0.15 0.17 0.48 0.16
C5 0.19 0.16 0.32 0.29 0.14 0.20 0.13 0.15 0.12 0.15 0.12 0.22 0.25 0.32 0.20 0.24 0.23 0.24 0.61 0.32
C5' 0.43 0.44 0.48 0.41 0.56 0.42 0.55 0.41 0.49 0.45 0.50 0.40 0.37 0.55 0.63 0.43 0.45 0.43 0.86 0.54
C6 0.28 0.25 0.28 0.30 0.11 0.26 0.11 0.19 0.15 0.22 0.19 0.32 0.45 0.40 0.12 0.30 0.33 0.38 0.72 0.45
C8 0.16 0.15 0.44 0.28 0.23 0.19 0.20 0.17 0.17 0.15 0.19 0.15 0.28 0.27 0.27 0.23 0.10 0.11 0.37 0.11
N1 0.33 0.31 0.31 0.31 0.18 0.30 0.17 0.23 0.22 0.28 0.26 0.35 0.59 0.45 0.13 0.33 0.39 0.47 0.81 0.53
N3 0.22 0.18 0.26 0.26 0.10 0.22 0.10 0.17 0.13 0.17 0.13 0.23 0.33 0.36 0.10 0.26 0.28 0.31 0.70 0.39
N6 0.34 0.33 0.33 0.33 0.13 0.30 0.12 0.22 0.17 0.27 0.25 0.42 0.55 0.46 0.19 0.34 0.35 0.41 0.73 0.47
N7 0.16 0.14 0.39 0.28 0.22 0.19 0.19 0.15 0.15 0.13 0.17 0.17 0.23 0.28 0.28 0.24 0.11 0.08 0.42 0.15
N9 0.16 0.14 0.39 0.28 0.18 0.18 0.16 0.14 0.14 0.14 0.15 0.16 0.21 0.28 0.21 0.22 0.11 0.08 0.47 0.16
O2' 0.27 0.30 0.47 0.32 0.41 0.38 0.37 0.43 0.32 0.29 0.35 0.28 0.47 0.40 0.48 0.43 0.44 0.56 0.25 0.47
O3' 0.30 0.21 0.31 0.30 0.14 0.51 0.14 0.49 0.18 0.22 0.14 0.29 0.30 0.70 0.18 0.47 0.46 0.60 0.08 0.41
O4' 0.24 0.16 0.22 0.17 0.17 0.35 0.15 0.28 0.13 0.16 0.14 0.22 0.27 0.53 0.24 0.37 0.13 0.14 0.45 0.12
O5' 0.20 0.20 0.36 0.29 0.36 0.22 0.34 0.18 0.27 0.21 0.28 0.18 0.31 0.44 0.45 0.20 0.30 0.31 0.83 0.42
OP1 0.57 0.49 0.70 0.68 0.45 0.62 0.47 0.57 0.49 0.52 0.45 0.52 0.78 0.87 0.46 0.55 0.61 0.66 1.02 0.70
OP2 0.47 0.44 0.57 0.57 0.46 0.48 0.47 0.48 0.46 0.45 0.43 0.45 0.60 0.64 0.50 0.45 0.64 0.70 1.14 0.79
P 0.48 0.40 0.56 0.54 0.37 0.52 0.38 0.46 0.39 0.42 0.36 0.44 0.69 0.75 0.40 0.47 0.50 0.55 0.95 0.60

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02 0.04 0.05 0.03 0.02 0.04 0.02 0.01 0.25 0.05 0.01 0.14 0.15 0.07 0.13
C2 0.02 0.00 0.14 0.19 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.14 0.02 0.12 0.27 0.28 0.40 0.31
C2' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.06 0.01 0.18 0.12 0.22 0.02 0.08 0.28 0.00 0.03 0.06 0.03 0.17 0.17 0.09 0.10
C3' 0.01 0.19 0.00 0.00 0.29 0.01 0.29 0.01 0.24 0.19 0.26 0.13 0.02 0.01 0.32 0.01 0.31 0.28 0.11 0.24
C4 0.05 0.01 0.06 0.29 0.00 0.13 0.01 0.21 0.01 0.03 0.01 0.02 0.43 0.13 0.01 0.03 0.68 0.77 0.94 0.80
C4' 0.02 0.03 0.01 0.01 0.13 0.00 0.22 0.01 0.22 0.08 0.05 0.12 0.25 0.02 0.14 0.01 0.02 0.06 0.20 0.03
C5 0.04 0.02 0.18 0.29 0.01 0.22 0.00 0.32 0.00 0.02 0.01 0.02 0.51 0.17 0.02 0.10 0.88 0.97 1.05 0.99
C5' 0.05 0.03 0.12 0.01 0.21 0.01 0.32 0.00 0.29 0.09 0.09 0.12 0.12 0.14 0.23 0.02 0.01 0.15 0.33 0.01
C6 0.03 0.01 0.22 0.24 0.01 0.22 0.00 0.29 0.00 0.01 0.01 0.02 0.46 0.11 0.02 0.13 0.78 0.80 0.76 0.82
N1 0.02 0.00 0.02 0.19 0.03 0.08 0.02 0.09 0.01 0.00 0.02 0.02 0.22 0.09 0.04 0.02 0.40 0.41 0.40 0.41
N3 0.04 0.01 0.08 0.26 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.02 0.00 0.01 0.27 0.09 0.01 0.10 0.43 0.48 0.65 0.51
O2 0.02 0.01 0.28 0.13 0.02 0.12 0.02 0.12 0.02 0.02 0.01 0.00 0.12 0.25 0.02 0.19 0.05 0.05 0.19 0.07
O2' 0.01 0.13 0.00 0.02 0.43 0.25 0.51 0.12 0.46 0.22 0.27 0.12 0.00 0.03 0.46 0.16 0.29 0.32 0.05 0.23
O3' 0.25 0.14 0.03 0.01 0.13 0.02 0.17 0.14 0.11 0.09 0.09 0.25 0.03 0.00 0.16 0.14 0.31 0.42 0.24 0.32
O4 0.05 0.02 0.06 0.32 0.01 0.14 0.02 0.23 0.02 0.04 0.01 0.02 0.46 0.16 0.00 0.03 0.72 0.86 1.08 0.88
O4' 0.01 0.12 0.03 0.01 0.03 0.01 0.10 0.02 0.13 0.02 0.10 0.19 0.16 0.14 0.03 0.00 0.05 0.07 0.14 0.04
O5' 0.14 0.27 0.17 0.31 0.68 0.02 0.88 0.01 0.78 0.40 0.43 0.05 0.29 0.31 0.72 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.15 0.28 0.17 0.28 0.77 0.06 0.97 0.15 0.80 0.41 0.48 0.05 0.32 0.42 0.86 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.40 0.09 0.11 0.94 0.20 1.05 0.33 0.76 0.40 0.65 0.19 0.05 0.24 1.08 0.14 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.13 0.31 0.10 0.24 0.80 0.03 0.99 0.01 0.82 0.41 0.51 0.07 0.23 0.32 0.88 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00