ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49309

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.008, 0.016, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C8 A 0, 0.005, 0.014, 0.023, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.014 std_dev=0.009
N7 A 0, 0.001, 0.010, 0.019, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.010 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.002, 0.011, 0.021, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.011 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.001, 0.012, 0.023, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.012 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.005, 0.017, 0.029, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.017 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.006, 0.018, 0.031, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.018 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.006, 0.020, 0.035, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.020 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.006, 0.021, 0.036, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.021 std_dev=0.015
C1' A 0, -0.001, 0.021, 0.042, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.021 std_dev=0.022
N6 A 0, 0.017, 0.051, 0.085, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.051 std_dev=0.034
O4' A 0, 0.015, 0.055, 0.095, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.055 std_dev=0.040
C2' A 0, -0.020, 0.041, 0.102, 0.163 max_d=0.163 avg_d=0.041 std_dev=0.061
C3' A 0, 0.029, 0.106, 0.183, 0.185 max_d=0.185 avg_d=0.106 std_dev=0.077
O2' A 0, 0.023, 0.120, 0.216, 0.260 max_d=0.260 avg_d=0.120 std_dev=0.097
O3' A 0, 0.036, 0.148, 0.259, 0.284 max_d=0.284 avg_d=0.148 std_dev=0.111
C4' A 0, 0.022, 0.133, 0.244, 0.259 max_d=0.259 avg_d=0.133 std_dev=0.111
N3 B 0, 0.056, 0.240, 0.423, 0.527 max_d=0.527 avg_d=0.240 std_dev=0.184
C2 B 0, 0.077, 0.261, 0.445, 0.431 max_d=0.431 avg_d=0.261 std_dev=0.184
C5' A 0, 0.021, 0.213, 0.405, 0.439 max_d=0.439 avg_d=0.213 std_dev=0.192
P A 0, 0.067, 0.273, 0.479, 0.495 max_d=0.495 avg_d=0.273 std_dev=0.206
O5' A 0, 0.040, 0.252, 0.464, 0.500 max_d=0.500 avg_d=0.252 std_dev=0.212
N1 B 0, 0.074, 0.289, 0.503, 0.493 max_d=0.493 avg_d=0.289 std_dev=0.215
C1' B 0, 0.092, 0.356, 0.620, 0.598 max_d=0.598 avg_d=0.356 std_dev=0.264
OP1 A 0, 0.049, 0.313, 0.578, 0.742 max_d=0.742 avg_d=0.313 std_dev=0.265
OP2 A 0, 0.033, 0.304, 0.575, 0.750 max_d=0.750 avg_d=0.304 std_dev=0.271
O4' B 0, 0.098, 0.394, 0.690, 0.699 max_d=0.699 avg_d=0.394 std_dev=0.296
O2 B 0, 0.069, 0.446, 0.823, 1.059 max_d=1.059 avg_d=0.446 std_dev=0.377
C4' B 0, 0.125, 0.506, 0.887, 0.860 max_d=0.860 avg_d=0.506 std_dev=0.381
C5' B 0, 0.136, 0.543, 0.950, 0.930 max_d=0.930 avg_d=0.543 std_dev=0.407
C2' B 0, 0.114, 0.521, 0.928, 1.021 max_d=1.021 avg_d=0.521 std_dev=0.407
C3' B 0, 0.131, 0.577, 1.023, 1.052 max_d=1.052 avg_d=0.577 std_dev=0.446
C6 B 0, -0.001, 0.446, 0.892, 1.242 max_d=1.242 avg_d=0.446 std_dev=0.446
C4 B 0, -0.064, 0.418, 0.899, 1.341 max_d=1.341 avg_d=0.418 std_dev=0.481
O2' B 0, 0.045, 0.662, 1.278, 1.714 max_d=1.714 avg_d=0.662 std_dev=0.617
O4 B 0, -0.098, 0.527, 1.152, 1.731 max_d=1.731 avg_d=0.527 std_dev=0.625
C5 B 0, -0.082, 0.543, 1.168, 1.729 max_d=1.729 avg_d=0.543 std_dev=0.625
O3' B 0, 0.057, 0.726, 1.394, 1.835 max_d=1.835 avg_d=0.726 std_dev=0.668
O5' B 0, -0.159, 0.939, 2.037, 3.033 max_d=3.033 avg_d=0.939 std_dev=1.098
OP1 B 0, -0.166, 1.106, 2.378, 3.523 max_d=3.523 avg_d=1.106 std_dev=1.272
P B 0, -0.423, 1.264, 2.952, 4.568 max_d=4.568 avg_d=1.264 std_dev=1.688
OP2 B 0, -0.688, 1.576, 3.839, 6.045 max_d=6.045 avg_d=1.576 std_dev=2.264

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.23 0.03 0.10
C2 0.03 0.00 0.06 0.05 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.08 0.01 0.07 0.30 0.09 0.13
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.05 0.00 0.06 0.06 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.15 0.11 0.02
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.03 0.04 0.05 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.08 0.08 0.17 0.03
C4 0.02 0.01 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.05 0.01 0.07 0.30 0.10 0.14
C4' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.03 0.05 0.03 0.04 0.05 0.05 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.10 0.04
C5 0.02 0.00 0.04 0.03 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.03 0.02 0.10 0.32 0.14 0.15
C5' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.05 0.01 0.09 0.00 0.09 0.10 0.07 0.03 0.12 0.12 0.05 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.08 0.01
C6 0.03 0.01 0.05 0.04 0.01 0.03 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.08 0.04 0.02 0.10 0.31 0.15 0.16
C8 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.10 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.10 0.32 0.14 0.16
N1 0.03 0.00 0.06 0.04 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.09 0.06 0.02 0.09 0.31 0.13 0.14
N3 0.03 0.00 0.06 0.05 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.07 0.02 0.05 0.29 0.07 0.13
N6 0.03 0.01 0.04 0.04 0.01 0.05 0.01 0.12 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.07 0.03 0.03 0.13 0.31 0.19 0.17
N7 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.05 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.05 0.02 0.03 0.11 0.32 0.17 0.17
N9 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.06 0.29 0.08 0.13
O2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.06 0.01 0.06 0.01 0.08 0.03 0.09 0.08 0.07 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01 0.12 0.14 0.15 0.04
O3' 0.04 0.08 0.01 0.00 0.05 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.06 0.07 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.03 0.06 0.08 0.19 0.03
O4' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.09 0.23 0.04 0.14
O5' 0.02 0.07 0.11 0.08 0.07 0.01 0.10 0.00 0.10 0.10 0.09 0.05 0.13 0.11 0.06 0.12 0.06 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01
OP1 0.23 0.30 0.15 0.08 0.30 0.09 0.32 0.02 0.31 0.32 0.31 0.29 0.31 0.32 0.29 0.14 0.08 0.23 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.09 0.11 0.17 0.10 0.10 0.14 0.08 0.15 0.14 0.13 0.07 0.19 0.17 0.08 0.15 0.19 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.10 0.13 0.02 0.03 0.14 0.04 0.15 0.01 0.16 0.16 0.14 0.13 0.17 0.17 0.13 0.04 0.03 0.14 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.02 0.06 0.06 0.04 0.18 0.06 0.25 0.07 0.06 0.03 0.04 0.18 0.13 0.07 0.19 0.07 0.05 0.41 0.16
C2 0.08 0.08 0.06 0.06 0.17 0.11 0.19 0.14 0.16 0.11 0.09 0.09 0.04 0.06 0.20 0.11 0.41 0.32 0.03 0.28
C2' 0.04 0.03 0.10 0.05 0.08 0.17 0.05 0.22 0.02 0.02 0.08 0.02 0.25 0.12 0.13 0.17 0.07 0.05 0.30 0.12
C3' 0.02 0.07 0.15 0.07 0.10 0.16 0.05 0.24 0.02 0.03 0.11 0.07 0.33 0.17 0.13 0.17 0.10 0.12 0.51 0.32
C4 0.08 0.06 0.04 0.06 0.09 0.14 0.11 0.17 0.11 0.09 0.05 0.08 0.03 0.06 0.11 0.14 0.31 0.24 0.08 0.18
C4' 0.04 0.10 0.17 0.10 0.09 0.15 0.05 0.25 0.03 0.04 0.12 0.13 0.36 0.23 0.13 0.16 0.16 0.17 0.65 0.41
C5 0.08 0.08 0.08 0.07 0.09 0.11 0.10 0.11 0.10 0.09 0.07 0.11 0.07 0.02 0.11 0.10 0.46 0.39 0.18 0.39
C5' 0.09 0.19 0.23 0.13 0.19 0.15 0.14 0.23 0.11 0.12 0.21 0.21 0.44 0.23 0.23 0.15 0.19 0.17 0.58 0.41
C6 0.09 0.10 0.11 0.09 0.14 0.07 0.15 0.06 0.14 0.11 0.10 0.11 0.13 0.04 0.17 0.06 0.58 0.50 0.33 0.54
C8 0.08 0.04 0.02 0.06 0.07 0.16 0.03 0.17 0.02 0.05 0.06 0.10 0.06 0.02 0.13 0.15 0.28 0.24 0.01 0.18
N1 0.08 0.09 0.10 0.07 0.18 0.07 0.19 0.08 0.16 0.11 0.11 0.09 0.11 0.01 0.21 0.07 0.54 0.45 0.21 0.47
N3 0.08 0.07 0.04 0.07 0.13 0.14 0.16 0.19 0.14 0.10 0.07 0.09 0.03 0.09 0.15 0.15 0.29 0.21 0.17 0.13
N6 0.12 0.13 0.17 0.13 0.16 0.07 0.17 0.04 0.16 0.13 0.13 0.14 0.22 0.10 0.19 0.06 0.72 0.65 0.58 0.74
N7 0.09 0.08 0.08 0.09 0.09 0.12 0.06 0.11 0.05 0.07 0.06 0.15 0.07 0.06 0.14 0.11 0.46 0.40 0.25 0.40
N9 0.08 0.04 0.03 0.06 0.05 0.17 0.07 0.21 0.08 0.08 0.03 0.07 0.09 0.07 0.08 0.17 0.20 0.15 0.19 0.05
O2' 0.05 0.01 0.09 0.05 0.06 0.17 0.04 0.21 0.03 0.03 0.05 0.04 0.22 0.10 0.10 0.17 0.11 0.09 0.24 0.08
O3' 0.04 0.07 0.16 0.10 0.06 0.14 0.02 0.24 0.01 0.02 0.09 0.09 0.34 0.21 0.09 0.15 0.14 0.17 0.64 0.39
O4' 0.06 0.03 0.10 0.08 0.04 0.18 0.07 0.27 0.08 0.05 0.04 0.10 0.24 0.19 0.07 0.19 0.09 0.12 0.59 0.30
O5' 0.09 0.07 0.09 0.09 0.14 0.32 0.07 0.37 0.01 0.02 0.14 0.09 0.31 0.10 0.19 0.31 0.21 0.19 0.47 0.36
OP1 0.15 0.18 0.08 0.08 0.04 0.27 0.09 0.23 0.05 0.08 0.09 0.41 0.27 0.10 0.08 0.29 0.08 0.15 0.10 0.05
OP2 0.28 0.17 0.11 0.26 0.02 0.51 0.08 0.53 0.14 0.18 0.09 0.29 0.15 0.27 0.05 0.49 0.50 0.41 0.55 0.59
P 0.18 0.12 0.02 0.13 0.07 0.37 0.06 0.37 0.04 0.09 0.07 0.27 0.24 0.14 0.13 0.36 0.20 0.14 0.28 0.28

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.42 0.41 0.20 0.35
C2 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.06 0.05 0.00 0.04 0.60 0.53 0.38 0.54
C2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.04 0.01 0.03 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.42 0.45 0.44 0.43
C3' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.22 0.04 0.06
C4 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.85 0.73 0.77 0.87
C4' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.19 0.31 0.07
C5 0.02 0.02 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.05 0.02 0.01 0.03 0.90 0.77 0.90 0.96
C5' 0.01 0.04 0.02 0.02 0.04 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.05 0.06 0.01 0.04 0.05 0.02 0.01 0.27 0.41 0.02
C6 0.02 0.02 0.04 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.03 0.01 0.04 0.85 0.71 0.77 0.86
N1 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.00 0.66 0.57 0.46 0.61
N3 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.05 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.04 0.01 0.03 0.71 0.61 0.54 0.68
O2 0.03 0.00 0.06 0.05 0.02 0.04 0.02 0.06 0.01 0.00 0.02 0.00 0.11 0.09 0.01 0.07 0.46 0.43 0.20 0.37
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.06 0.02 0.05 0.11 0.00 0.02 0.02 0.00 0.36 0.44 0.57 0.44
O3' 0.03 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.04 0.03 0.03 0.04 0.09 0.02 0.00 0.03 0.03 0.23 0.04 0.17 0.19
O4 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.88 0.77 0.84 0.93
O4' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.04 0.00 0.03 0.07 0.00 0.03 0.02 0.00 0.32 0.33 0.14 0.18
O5' 0.42 0.60 0.42 0.02 0.85 0.03 0.90 0.01 0.85 0.66 0.71 0.46 0.36 0.23 0.88 0.32 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.41 0.53 0.45 0.22 0.73 0.19 0.77 0.27 0.71 0.57 0.61 0.43 0.44 0.04 0.77 0.33 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.20 0.38 0.44 0.04 0.77 0.31 0.90 0.41 0.77 0.46 0.54 0.20 0.57 0.17 0.84 0.14 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.35 0.54 0.43 0.06 0.87 0.07 0.96 0.02 0.86 0.61 0.68 0.37 0.44 0.19 0.93 0.18 0.01 0.00 0.00 0.00