ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49312

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 4, 1, 0, 2, 2, 3, 1, 3, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.009 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.002, 0.012, 0.021, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.012 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.005, 0.019, 0.032, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.019 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.006, 0.020, 0.035, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.020 std_dev=0.015
C6 A 0, 0.004, 0.019, 0.034, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.019 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.008, 0.024, 0.039, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.024 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.007, 0.024, 0.041, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.024 std_dev=0.017
O2 A 0, 0.011, 0.049, 0.088, 0.140 max_d=0.140 avg_d=0.049 std_dev=0.038
O4 A 0, 0.055, 0.115, 0.176, 0.293 max_d=0.293 avg_d=0.115 std_dev=0.061
O4' A 0, 0.120, 0.240, 0.361, 0.477 max_d=0.477 avg_d=0.240 std_dev=0.121
C4' A 0, 0.205, 0.364, 0.522, 0.645 max_d=0.645 avg_d=0.364 std_dev=0.158
C2' A 0, 0.117, 0.309, 0.500, 0.803 max_d=0.803 avg_d=0.309 std_dev=0.191
O2' B 0, 0.146, 0.409, 0.672, 0.886 max_d=0.886 avg_d=0.409 std_dev=0.263
C3' A 0, 0.192, 0.459, 0.725, 1.108 max_d=1.108 avg_d=0.459 std_dev=0.266
O2' A 0, 0.141, 0.414, 0.687, 1.148 max_d=1.148 avg_d=0.414 std_dev=0.273
C5' A 0, 0.335, 0.655, 0.974, 1.344 max_d=1.344 avg_d=0.655 std_dev=0.319
C2' B 0, 0.188, 0.560, 0.932, 1.165 max_d=1.165 avg_d=0.560 std_dev=0.372
O3' A 0, 0.271, 0.671, 1.071, 1.653 max_d=1.653 avg_d=0.671 std_dev=0.400
O5' A 0, 0.128, 0.764, 1.400, 2.458 max_d=2.458 avg_d=0.764 std_dev=0.636
OP1 A 0, 0.221, 1.223, 2.225, 3.681 max_d=3.681 avg_d=1.223 std_dev=1.002
P A 0, 0.107, 1.110, 2.112, 3.387 max_d=3.387 avg_d=1.110 std_dev=1.002
C3' B 0, -0.201, 0.834, 1.869, 3.752 max_d=3.752 avg_d=0.834 std_dev=1.035
C1' B 0, -0.173, 1.204, 2.580, 3.963 max_d=3.963 avg_d=1.204 std_dev=1.377
OP2 A 0, 0.003, 1.474, 2.945, 5.150 max_d=5.150 avg_d=1.474 std_dev=1.471
O3' B 0, -0.318, 1.338, 2.993, 5.047 max_d=5.047 avg_d=1.338 std_dev=1.655
C4' B 0, -0.463, 1.354, 3.171, 5.605 max_d=5.605 avg_d=1.354 std_dev=1.817
O4' B 0, -0.427, 1.532, 3.491, 5.766 max_d=5.766 avg_d=1.532 std_dev=1.959
N9 B 0, -0.335, 1.625, 3.585, 5.257 max_d=5.257 avg_d=1.625 std_dev=1.960
C8 B 0, -0.480, 1.969, 4.419, 6.711 max_d=6.711 avg_d=1.969 std_dev=2.450
C4 B 0, -0.511, 1.946, 4.403, 7.177 max_d=7.177 avg_d=1.946 std_dev=2.457
N3 B 0, -0.637, 2.074, 4.784, 8.110 max_d=8.110 avg_d=2.074 std_dev=2.711
C5' B 0, -0.770, 2.003, 4.776, 8.430 max_d=8.430 avg_d=2.003 std_dev=2.773
N7 B 0, -0.581, 2.327, 5.235, 7.718 max_d=7.718 avg_d=2.327 std_dev=2.908
C5 B 0, -0.645, 2.335, 5.315, 8.442 max_d=8.442 avg_d=2.335 std_dev=2.980
O5' B 0, -0.705, 2.424, 5.554, 9.370 max_d=9.370 avg_d=2.424 std_dev=3.130
C2 B 0, -0.946, 2.633, 6.212, 10.558 max_d=10.558 avg_d=2.633 std_dev=3.579
C6 B 0, -0.915, 2.819, 6.553, 10.811 max_d=10.811 avg_d=2.819 std_dev=3.734
N1 B 0, -1.069, 2.945, 6.959, 11.802 max_d=11.802 avg_d=2.945 std_dev=4.014
N2 B 0, -1.187, 3.004, 7.194, 12.102 max_d=12.102 avg_d=3.004 std_dev=4.190
O6 B 0, -1.046, 3.215, 7.477, 12.176 max_d=12.176 avg_d=3.215 std_dev=4.262
P B 0, -1.468, 2.933, 7.334, 12.378 max_d=12.378 avg_d=2.933 std_dev=4.401
OP2 B 0, -1.304, 3.248, 7.800, 12.956 max_d=12.956 avg_d=3.248 std_dev=4.552
OP1 B 0, -1.697, 3.216, 8.129, 13.648 max_d=13.648 avg_d=3.216 std_dev=4.913

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.07 0.01 0.02 0.02 0.00 0.18 0.20 0.23 0.16
C2 0.03 0.00 0.09 0.08 0.01 0.04 0.01 0.07 0.02 0.01 0.00 0.01 0.09 0.09 0.02 0.03 0.27 0.39 0.43 0.21
C2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.07 0.01 0.13 0.01 0.14 0.04 0.06 0.21 0.00 0.02 0.08 0.01 0.08 0.18 0.10 0.07
C3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.14 0.00 0.23 0.01 0.23 0.07 0.06 0.20 0.03 0.01 0.15 0.01 0.06 0.26 0.18 0.10
C4 0.02 0.01 0.07 0.14 0.00 0.09 0.00 0.14 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.17 0.01 0.03 0.39 0.59 0.78 0.35
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.09 0.00 0.13 0.00 0.12 0.04 0.04 0.10 0.05 0.01 0.10 0.00 0.01 0.16 0.17 0.04
C5 0.01 0.01 0.13 0.23 0.00 0.13 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.03 0.08 0.28 0.01 0.04 0.46 0.64 0.87 0.43
C5' 0.02 0.07 0.01 0.01 0.14 0.00 0.18 0.00 0.16 0.07 0.09 0.10 0.05 0.02 0.16 0.01 0.01 0.20 0.29 0.02
C6 0.02 0.02 0.14 0.23 0.01 0.12 0.01 0.16 0.00 0.00 0.01 0.03 0.08 0.26 0.01 0.04 0.42 0.51 0.68 0.37
N1 0.00 0.01 0.04 0.07 0.02 0.04 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.07 0.02 0.01 0.29 0.36 0.43 0.23
N3 0.02 0.00 0.06 0.06 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.07 0.02 0.03 0.32 0.48 0.59 0.25
O2 0.07 0.01 0.21 0.20 0.02 0.10 0.03 0.10 0.03 0.03 0.01 0.00 0.19 0.25 0.02 0.07 0.24 0.37 0.32 0.20
O2' 0.01 0.09 0.00 0.03 0.04 0.05 0.08 0.05 0.08 0.02 0.07 0.19 0.00 0.05 0.05 0.04 0.04 0.17 0.14 0.06
O3' 0.02 0.09 0.02 0.01 0.17 0.01 0.28 0.02 0.26 0.07 0.07 0.25 0.05 0.00 0.19 0.02 0.18 0.43 0.42 0.22
O4 0.02 0.02 0.08 0.15 0.01 0.10 0.01 0.16 0.01 0.02 0.02 0.02 0.05 0.19 0.00 0.03 0.41 0.66 0.86 0.39
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.03 0.07 0.04 0.02 0.03 0.00 0.18 0.16 0.26 0.20
O5' 0.18 0.27 0.08 0.06 0.39 0.01 0.46 0.01 0.42 0.29 0.32 0.24 0.04 0.18 0.41 0.18 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.20 0.39 0.18 0.26 0.59 0.16 0.64 0.20 0.51 0.36 0.48 0.37 0.17 0.43 0.66 0.16 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.23 0.43 0.10 0.18 0.78 0.17 0.87 0.29 0.68 0.43 0.59 0.32 0.14 0.42 0.86 0.26 0.02 0.02 0.00 0.00
P 0.16 0.21 0.07 0.10 0.35 0.04 0.43 0.02 0.37 0.23 0.25 0.20 0.06 0.22 0.39 0.20 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.50 0.62 0.16 0.45 0.55 0.43 0.59 0.58 0.61 0.62 0.63 0.71 0.55 0.63 0.55 0.22 0.95 0.65 0.68 0.64 0.83 1.55 0.92
C2 0.48 0.45 0.15 0.37 0.42 0.40 0.45 0.49 0.44 0.54 0.44 0.53 0.41 0.51 0.47 0.22 0.81 0.66 0.62 0.45 0.66 1.41 0.84
C2' 0.21 0.62 0.27 0.64 0.32 0.62 0.30 0.84 0.41 0.26 0.56 0.82 0.49 0.24 0.22 0.25 1.03 0.39 0.69 0.40 1.05 1.30 0.85
C3' 0.18 0.77 0.25 0.54 0.35 0.57 0.31 0.79 0.49 0.22 0.70 1.04 0.59 0.19 0.17 0.26 0.89 0.43 0.77 0.48 1.04 1.63 1.04
C4 0.55 0.91 0.21 0.29 0.47 0.96 0.49 1.17 0.61 0.67 0.82 1.21 0.71 0.57 0.48 0.20 0.36 1.10 1.51 0.61 1.51 2.41 1.87
C4' 0.41 0.70 0.17 0.45 0.46 0.50 0.50 0.70 0.57 0.55 0.67 0.91 0.55 0.54 0.44 0.24 0.89 0.64 0.86 0.59 1.04 1.89 1.18
C5 0.57 0.98 0.20 0.25 0.50 0.93 0.54 1.19 0.67 0.75 0.89 1.32 0.73 0.65 0.53 0.20 0.40 1.13 1.62 0.68 1.70 2.73 2.08
C5' 0.41 0.84 0.18 0.35 0.47 0.54 0.51 0.76 0.63 0.59 0.80 1.14 0.63 0.57 0.44 0.27 0.78 0.73 1.07 0.65 1.24 2.28 1.49
C6 0.56 0.73 0.15 0.19 0.45 0.69 0.51 0.89 0.55 0.72 0.68 1.01 0.55 0.64 0.54 0.21 0.56 0.98 1.28 0.58 1.32 2.38 1.68
N1 0.52 0.53 0.14 0.32 0.45 0.47 0.50 0.59 0.49 0.63 0.52 0.68 0.45 0.59 0.52 0.22 0.77 0.77 0.84 0.52 0.86 1.79 1.13
N3 0.49 0.49 0.15 0.20 0.33 0.57 0.36 0.66 0.37 0.55 0.44 0.66 0.39 0.47 0.43 0.22 0.52 0.83 0.88 0.38 0.83 1.67 1.14
O2 0.43 0.67 0.23 0.60 0.55 0.53 0.55 0.67 0.60 0.47 0.65 0.73 0.62 0.51 0.48 0.23 1.07 0.45 0.55 0.60 0.84 0.99 0.64
O2' 0.24 0.70 0.31 0.81 0.40 0.77 0.39 1.08 0.51 0.33 0.66 0.90 0.57 0.33 0.28 0.25 1.23 0.39 0.86 0.51 1.40 1.11 0.96
O3' 0.16 0.83 0.31 0.65 0.37 0.70 0.33 0.97 0.53 0.21 0.77 1.11 0.63 0.17 0.17 0.27 0.95 0.42 0.81 0.52 1.19 1.48 1.02
O4 0.55 1.23 0.29 0.51 0.64 1.28 0.63 1.56 0.83 0.71 1.12 1.57 0.99 0.62 0.51 0.19 0.45 1.23 1.90 0.82 1.94 2.70 2.28
O4' 0.61 0.65 0.14 0.36 0.62 0.48 0.71 0.64 0.71 0.80 0.69 0.75 0.58 0.81 0.67 0.22 0.88 0.83 0.89 0.76 0.96 1.94 1.20
O5' 0.54 1.00 0.32 0.37 0.53 0.78 0.56 1.02 0.71 0.70 0.94 1.37 0.74 0.63 0.52 0.31 0.55 0.94 1.40 0.73 1.62 2.67 1.89
OP1 0.56 1.68 0.64 0.43 0.99 0.63 1.00 0.89 1.31 0.71 1.64 2.12 1.32 0.80 0.68 0.58 0.59 0.79 1.34 1.34 1.68 2.72 1.92
OP2 0.85 0.82 0.49 0.86 0.24 1.49 0.36 1.88 0.37 1.03 0.73 1.37 0.43 0.80 0.69 0.46 0.77 1.50 2.39 0.41 2.81 3.84 3.04
P 0.52 1.26 0.28 0.30 0.61 0.88 0.64 1.20 0.87 0.73 1.19 1.72 0.92 0.66 0.52 0.27 0.39 1.01 1.69 0.90 2.02 3.09 2.28

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.05 0.04 0.01 0.06 0.08 0.06 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.31 0.03 0.23 0.50 0.33
C2 0.06 0.00 0.11 0.14 0.01 0.07 0.01 0.14 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.20 0.15 0.06 0.49 0.01 0.37 1.02 0.63
C2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.06 0.01 0.05 0.02 0.07 0.08 0.09 0.14 0.11 0.07 0.03 0.01 0.03 0.02 0.25 0.07 0.28 0.50 0.21
C3' 0.02 0.14 0.01 0.00 0.12 0.01 0.17 0.02 0.17 0.21 0.15 0.15 0.12 0.22 0.12 0.01 0.01 0.01 0.35 0.19 0.34 0.49 0.22
C4 0.03 0.01 0.06 0.12 0.00 0.07 0.00 0.17 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.11 0.11 0.03 0.52 0.01 0.34 1.00 0.64
C4' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.07 0.00 0.11 0.01 0.11 0.16 0.08 0.08 0.06 0.16 0.08 0.06 0.03 0.01 0.02 0.13 0.11 0.49 0.10
C5 0.02 0.01 0.05 0.17 0.00 0.11 0.00 0.24 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.17 0.01 0.62 0.01 0.38 1.30 0.81
C5' 0.05 0.14 0.02 0.02 0.17 0.01 0.24 0.00 0.24 0.29 0.19 0.12 0.12 0.30 0.17 0.06 0.08 0.04 0.01 0.28 0.15 0.42 0.01
C6 0.04 0.01 0.07 0.17 0.01 0.11 0.01 0.24 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.12 0.18 0.02 0.63 0.00 0.41 1.41 0.85
C8 0.01 0.02 0.08 0.21 0.01 0.16 0.01 0.29 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.05 0.23 0.03 0.63 0.03 0.33 1.16 0.77
N1 0.06 0.01 0.09 0.15 0.02 0.08 0.01 0.19 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.17 0.15 0.04 0.57 0.01 0.40 1.25 0.76
N2 0.08 0.01 0.14 0.15 0.02 0.08 0.01 0.12 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.24 0.19 0.08 0.45 0.02 0.37 0.93 0.57
N3 0.06 0.01 0.11 0.12 0.01 0.06 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.19 0.13 0.06 0.45 0.01 0.34 0.87 0.55
N7 0.01 0.02 0.07 0.22 0.01 0.16 0.01 0.30 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.24 0.03 0.69 0.03 0.38 1.43 0.90
N9 0.01 0.02 0.03 0.12 0.01 0.08 0.01 0.17 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.04 0.10 0.01 0.49 0.01 0.29 0.86 0.58
O2' 0.02 0.20 0.01 0.01 0.11 0.06 0.09 0.06 0.12 0.05 0.17 0.24 0.19 0.05 0.04 0.00 0.06 0.08 0.11 0.11 0.20 0.49 0.15
O3' 0.03 0.15 0.03 0.01 0.11 0.03 0.17 0.08 0.18 0.23 0.15 0.19 0.13 0.24 0.10 0.06 0.00 0.02 0.46 0.22 0.43 0.44 0.29
O4' 0.00 0.06 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.02 0.03 0.04 0.08 0.06 0.03 0.01 0.08 0.02 0.00 0.33 0.02 0.20 0.44 0.29
O5' 0.31 0.49 0.25 0.35 0.52 0.02 0.62 0.01 0.63 0.63 0.57 0.45 0.45 0.69 0.49 0.11 0.46 0.33 0.00 0.67 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.01 0.07 0.19 0.01 0.13 0.01 0.28 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.11 0.22 0.02 0.67 0.00 0.43 1.58 0.94
OP1 0.23 0.37 0.28 0.34 0.34 0.11 0.38 0.15 0.41 0.33 0.40 0.37 0.34 0.38 0.29 0.20 0.43 0.20 0.02 0.43 0.00 0.02 0.01
OP2 0.50 1.02 0.50 0.49 1.00 0.49 1.30 0.42 1.41 1.16 1.25 0.93 0.87 1.43 0.86 0.49 0.44 0.44 0.02 1.58 0.02 0.00 0.01
P 0.33 0.63 0.21 0.22 0.64 0.10 0.81 0.01 0.85 0.77 0.76 0.57 0.55 0.90 0.58 0.15 0.29 0.29 0.01 0.94 0.01 0.01 0.00