ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49313

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 3, 3, 0, 0, 0, 2, 1, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.005, 0.010, 0.014, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.010 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.003, 0.009, 0.016, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.009 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.008, 0.018, 0.028, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.018 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.005, 0.018, 0.032, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.018 std_dev=0.014
C6 A 0, 0.006, 0.020, 0.034, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.020 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.003, 0.018, 0.032, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.018 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.005, 0.020, 0.035, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.020 std_dev=0.015
O2 A 0, 0.006, 0.036, 0.067, 0.137 max_d=0.137 avg_d=0.036 std_dev=0.030
O4 A 0, 0.012, 0.076, 0.139, 0.276 max_d=0.276 avg_d=0.076 std_dev=0.064
C2' A 0, 0.068, 0.133, 0.198, 0.234 max_d=0.234 avg_d=0.133 std_dev=0.065
O4' A 0, 0.042, 0.110, 0.179, 0.225 max_d=0.225 avg_d=0.110 std_dev=0.069
O2' A 0, 0.074, 0.158, 0.241, 0.359 max_d=0.359 avg_d=0.158 std_dev=0.084
C3' A 0, 0.104, 0.204, 0.305, 0.353 max_d=0.353 avg_d=0.204 std_dev=0.101
C4' A 0, 0.084, 0.187, 0.291, 0.359 max_d=0.359 avg_d=0.187 std_dev=0.104
O3' A 0, 0.133, 0.274, 0.415, 0.468 max_d=0.468 avg_d=0.274 std_dev=0.141
C5' A 0, 0.129, 0.302, 0.475, 0.604 max_d=0.604 avg_d=0.302 std_dev=0.173
O5' A 0, 0.080, 0.279, 0.478, 0.717 max_d=0.717 avg_d=0.279 std_dev=0.199
O4' B 0, 0.184, 0.460, 0.737, 0.943 max_d=0.943 avg_d=0.460 std_dev=0.276
C1' B 0, 0.192, 0.490, 0.788, 1.049 max_d=1.049 avg_d=0.490 std_dev=0.298
C4' B 0, 0.218, 0.518, 0.818, 1.006 max_d=1.006 avg_d=0.518 std_dev=0.300
P A 0, 0.123, 0.451, 0.778, 1.064 max_d=1.064 avg_d=0.451 std_dev=0.327
C5' B 0, 0.203, 0.537, 0.870, 1.062 max_d=1.062 avg_d=0.537 std_dev=0.333
C2' B 0, 0.237, 0.576, 0.914, 1.197 max_d=1.197 avg_d=0.576 std_dev=0.339
N9 B 0, 0.169, 0.523, 0.876, 1.216 max_d=1.216 avg_d=0.523 std_dev=0.354
C3' B 0, 0.248, 0.612, 0.976, 1.246 max_d=1.246 avg_d=0.612 std_dev=0.364
OP2 A 0, 0.122, 0.488, 0.853, 1.126 max_d=1.126 avg_d=0.488 std_dev=0.366
C8 B 0, 0.186, 0.556, 0.926, 1.272 max_d=1.272 avg_d=0.556 std_dev=0.370
C4 B 0, 0.158, 0.552, 0.946, 1.345 max_d=1.345 avg_d=0.552 std_dev=0.394
N3 B 0, 0.155, 0.551, 0.947, 1.366 max_d=1.366 avg_d=0.551 std_dev=0.396
O2' B 0, 0.293, 0.693, 1.093, 1.213 max_d=1.213 avg_d=0.693 std_dev=0.400
O3' B 0, 0.347, 0.750, 1.153, 1.331 max_d=1.331 avg_d=0.750 std_dev=0.403
O5' B 0, 0.179, 0.583, 0.987, 1.250 max_d=1.250 avg_d=0.583 std_dev=0.404
N7 B 0, 0.188, 0.603, 1.018, 1.411 max_d=1.411 avg_d=0.603 std_dev=0.415
OP1 A 0, 0.124, 0.544, 0.964, 1.245 max_d=1.245 avg_d=0.544 std_dev=0.420
C5 B 0, 0.177, 0.604, 1.031, 1.454 max_d=1.454 avg_d=0.604 std_dev=0.427
C2 B 0, 0.176, 0.608, 1.040, 1.500 max_d=1.500 avg_d=0.608 std_dev=0.432
N2 B 0, 0.186, 0.623, 1.059, 1.537 max_d=1.537 avg_d=0.623 std_dev=0.436
N1 B 0, 0.207, 0.668, 1.129, 1.608 max_d=1.608 avg_d=0.668 std_dev=0.461
C6 B 0, 0.212, 0.674, 1.137, 1.600 max_d=1.600 avg_d=0.674 std_dev=0.463
P B 0, 0.245, 0.735, 1.224, 1.463 max_d=1.463 avg_d=0.735 std_dev=0.490
O6 B 0, 0.265, 0.755, 1.245, 1.721 max_d=1.721 avg_d=0.755 std_dev=0.490
OP1 B 0, 0.334, 0.848, 1.361, 1.506 max_d=1.506 avg_d=0.848 std_dev=0.514
OP2 B 0, 0.304, 0.894, 1.485, 1.753 max_d=1.753 avg_d=0.894 std_dev=0.590

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.06 0.09 0.04 0.05
C2 0.02 0.00 0.05 0.05 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.06 0.01 0.02 0.10 0.12 0.13 0.12
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.04 0.03 0.05 0.02 0.04 0.01 0.04 0.08 0.00 0.02 0.06 0.01 0.04 0.08 0.07 0.05
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.02 0.06 0.03 0.05 0.08 0.01 0.01 0.07 0.01 0.06 0.09 0.09 0.06
C4 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.03 0.01 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.06 0.00 0.01 0.14 0.17 0.21 0.18
C4' 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.02 0.04 0.06 0.01 0.04 0.00 0.02 0.08 0.03 0.02
C5 0.01 0.01 0.05 0.06 0.01 0.04 0.00 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.07 0.01 0.02 0.15 0.18 0.20 0.19
C5' 0.02 0.05 0.02 0.02 0.08 0.00 0.09 0.00 0.08 0.05 0.06 0.04 0.06 0.05 0.08 0.01 0.01 0.08 0.03 0.02
C6 0.01 0.01 0.04 0.06 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.02 0.14 0.15 0.14 0.15
N1 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.10 0.11 0.11 0.11
N3 0.01 0.00 0.04 0.05 0.01 0.02 0.01 0.06 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.06 0.01 0.02 0.12 0.14 0.18 0.16
O2 0.02 0.00 0.08 0.08 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.09 0.01 0.04 0.09 0.11 0.12 0.11
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.04 0.06 0.04 0.06 0.03 0.02 0.05 0.07 0.00 0.04 0.07 0.02 0.04 0.11 0.05 0.05
O3' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.06 0.01 0.07 0.05 0.06 0.02 0.06 0.09 0.04 0.00 0.08 0.01 0.07 0.11 0.11 0.08
O4 0.02 0.01 0.06 0.07 0.00 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.08 0.00 0.01 0.14 0.19 0.23 0.20
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.09 0.10 0.05 0.07
O5' 0.06 0.10 0.04 0.06 0.14 0.02 0.15 0.01 0.14 0.10 0.12 0.09 0.04 0.07 0.14 0.09 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.09 0.12 0.08 0.09 0.17 0.08 0.18 0.08 0.15 0.11 0.14 0.11 0.11 0.11 0.19 0.10 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.04 0.13 0.07 0.09 0.21 0.03 0.20 0.03 0.14 0.11 0.18 0.12 0.05 0.11 0.23 0.05 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.12 0.05 0.06 0.18 0.02 0.19 0.02 0.15 0.11 0.16 0.11 0.05 0.08 0.20 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.08 0.11 0.07 0.09 0.11 0.11 0.14 0.10 0.15 0.14 0.13 0.11 0.10 0.16 0.11 0.10 0.13 0.08 0.13 0.16 0.12 0.12 0.11
C2 0.10 0.16 0.09 0.07 0.14 0.09 0.14 0.10 0.14 0.13 0.15 0.18 0.17 0.15 0.12 0.11 0.11 0.08 0.12 0.15 0.13 0.12 0.11
C2' 0.11 0.15 0.09 0.11 0.15 0.13 0.17 0.12 0.18 0.16 0.16 0.14 0.14 0.18 0.14 0.12 0.14 0.12 0.15 0.19 0.14 0.15 0.13
C3' 0.14 0.16 0.12 0.12 0.16 0.12 0.18 0.13 0.18 0.17 0.17 0.16 0.16 0.18 0.16 0.10 0.14 0.14 0.14 0.19 0.14 0.15 0.13
C4 0.18 0.18 0.16 0.11 0.18 0.11 0.18 0.11 0.18 0.18 0.17 0.18 0.18 0.18 0.18 0.19 0.13 0.18 0.12 0.17 0.14 0.12 0.12
C4' 0.10 0.14 0.09 0.10 0.13 0.11 0.15 0.11 0.16 0.14 0.15 0.14 0.13 0.16 0.12 0.09 0.13 0.10 0.13 0.18 0.13 0.12 0.11
C5 0.15 0.15 0.13 0.10 0.16 0.11 0.16 0.11 0.15 0.16 0.14 0.15 0.15 0.16 0.16 0.14 0.13 0.15 0.12 0.15 0.15 0.12 0.13
C5' 0.10 0.14 0.10 0.10 0.13 0.11 0.15 0.12 0.16 0.15 0.15 0.15 0.13 0.17 0.12 0.09 0.13 0.10 0.14 0.18 0.14 0.12 0.12
C6 0.12 0.13 0.10 0.09 0.13 0.10 0.14 0.10 0.14 0.14 0.13 0.13 0.13 0.14 0.13 0.09 0.13 0.11 0.11 0.14 0.13 0.10 0.11
N1 0.09 0.13 0.08 0.08 0.13 0.09 0.14 0.09 0.14 0.13 0.13 0.14 0.13 0.14 0.12 0.08 0.13 0.09 0.11 0.14 0.12 0.10 0.10
N3 0.16 0.19 0.14 0.09 0.18 0.08 0.17 0.09 0.17 0.16 0.18 0.20 0.20 0.17 0.17 0.17 0.11 0.13 0.11 0.17 0.12 0.11 0.11
O2 0.06 0.17 0.09 0.08 0.13 0.12 0.14 0.13 0.14 0.14 0.15 0.21 0.17 0.16 0.10 0.14 0.12 0.09 0.16 0.15 0.15 0.16 0.15
O2' 0.11 0.12 0.12 0.13 0.13 0.15 0.16 0.13 0.17 0.16 0.15 0.11 0.11 0.18 0.13 0.21 0.18 0.11 0.16 0.19 0.15 0.16 0.14
O3' 0.16 0.18 0.15 0.14 0.18 0.14 0.20 0.14 0.20 0.19 0.19 0.18 0.18 0.20 0.18 0.13 0.16 0.16 0.16 0.21 0.15 0.17 0.15
O4 0.21 0.19 0.20 0.16 0.21 0.15 0.21 0.13 0.20 0.22 0.19 0.19 0.20 0.21 0.21 0.24 0.17 0.22 0.13 0.20 0.15 0.14 0.13
O4' 0.07 0.10 0.07 0.09 0.11 0.10 0.14 0.09 0.15 0.13 0.12 0.11 0.10 0.16 0.10 0.08 0.13 0.07 0.12 0.17 0.11 0.10 0.10
O5' 0.13 0.15 0.11 0.13 0.16 0.14 0.18 0.15 0.19 0.18 0.17 0.14 0.14 0.20 0.15 0.10 0.16 0.14 0.17 0.21 0.17 0.16 0.16
OP1 0.14 0.19 0.13 0.15 0.18 0.16 0.20 0.17 0.21 0.19 0.20 0.19 0.17 0.21 0.17 0.13 0.19 0.14 0.18 0.23 0.20 0.17 0.17
OP2 0.11 0.13 0.11 0.16 0.13 0.17 0.16 0.18 0.16 0.16 0.14 0.13 0.12 0.17 0.13 0.12 0.22 0.12 0.20 0.18 0.22 0.17 0.18
P 0.12 0.14 0.11 0.14 0.14 0.16 0.17 0.17 0.18 0.17 0.16 0.14 0.13 0.19 0.14 0.11 0.19 0.12 0.19 0.20 0.20 0.17 0.17

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.06 0.02 0.06 0.10 0.05
C2 0.02 0.00 0.07 0.04 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.20 0.05 0.01 0.07 0.01 0.10 0.13 0.10
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.02 0.03 0.01 0.04 0.04 0.06 0.08 0.07 0.03 0.01 0.00 0.03 0.02 0.04 0.04 0.08 0.12 0.06
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.06 0.00 0.11 0.02 0.10 0.14 0.06 0.04 0.03 0.15 0.08 0.02 0.01 0.01 0.02 0.12 0.08 0.07 0.04
C4 0.02 0.00 0.04 0.06 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.11 0.06 0.01 0.08 0.01 0.09 0.12 0.09
C4' 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.06 0.10 0.03 0.03 0.02 0.10 0.05 0.09 0.02 0.00 0.02 0.08 0.05 0.04 0.02
C5 0.01 0.01 0.03 0.11 0.00 0.07 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.12 0.01 0.13 0.01 0.15 0.16 0.15
C5' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.07 0.01 0.12 0.00 0.12 0.14 0.08 0.03 0.03 0.16 0.07 0.08 0.03 0.01 0.01 0.14 0.04 0.01 0.01
C6 0.02 0.01 0.04 0.10 0.01 0.06 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.12 0.11 0.01 0.13 0.00 0.17 0.19 0.17
C8 0.00 0.01 0.04 0.14 0.00 0.10 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.16 0.01 0.13 0.01 0.14 0.12 0.13
N1 0.02 0.00 0.06 0.06 0.01 0.03 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.17 0.06 0.01 0.10 0.01 0.13 0.16 0.13
N2 0.02 0.01 0.08 0.04 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.23 0.07 0.02 0.06 0.02 0.09 0.13 0.09
N3 0.02 0.00 0.07 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.19 0.05 0.01 0.06 0.01 0.08 0.11 0.07
N7 0.01 0.01 0.03 0.15 0.00 0.10 0.00 0.16 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.17 0.01 0.17 0.01 0.19 0.19 0.18
N9 0.01 0.01 0.01 0.08 0.00 0.05 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.08 0.01 0.07 0.01 0.08 0.09 0.07
O2' 0.01 0.20 0.00 0.02 0.11 0.09 0.08 0.08 0.12 0.02 0.17 0.23 0.19 0.02 0.04 0.00 0.06 0.08 0.03 0.11 0.05 0.05 0.03
O3' 0.02 0.05 0.03 0.01 0.06 0.02 0.12 0.03 0.11 0.16 0.06 0.07 0.05 0.17 0.08 0.06 0.00 0.02 0.03 0.14 0.09 0.06 0.04
O4' 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.08 0.02 0.00 0.08 0.01 0.06 0.10 0.06
O5' 0.06 0.07 0.04 0.02 0.08 0.02 0.13 0.01 0.13 0.13 0.10 0.06 0.06 0.17 0.07 0.03 0.03 0.08 0.00 0.16 0.01 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.04 0.12 0.01 0.08 0.01 0.14 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.11 0.14 0.01 0.16 0.00 0.22 0.23 0.20
OP1 0.06 0.10 0.08 0.08 0.09 0.05 0.15 0.04 0.17 0.14 0.13 0.09 0.08 0.19 0.08 0.05 0.09 0.06 0.01 0.22 0.00 0.01 0.01
OP2 0.10 0.13 0.12 0.07 0.12 0.04 0.16 0.01 0.19 0.12 0.16 0.13 0.11 0.19 0.09 0.05 0.06 0.10 0.02 0.23 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.10 0.06 0.04 0.09 0.02 0.15 0.01 0.17 0.13 0.13 0.09 0.07 0.18 0.07 0.03 0.04 0.06 0.01 0.20 0.01 0.00 0.00