ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49314

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 5, 2, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.009, 0.022, 0.035, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.022 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.013, 0.026, 0.040, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.026 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.009, 0.023, 0.037, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.023 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.014, 0.029, 0.044, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.029 std_dev=0.015
C5 A 0, 0.011, 0.031, 0.051, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.031 std_dev=0.020
C4 A 0, 0.018, 0.038, 0.057, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.038 std_dev=0.020
C1' A 0, 0.020, 0.047, 0.075, 0.123 max_d=0.123 avg_d=0.047 std_dev=0.028
O2 A 0, 0.037, 0.071, 0.105, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.071 std_dev=0.034
O4 A 0, 0.022, 0.061, 0.101, 0.132 max_d=0.132 avg_d=0.061 std_dev=0.039
O2' B 0, 0.296, 0.511, 0.727, 0.808 max_d=0.808 avg_d=0.511 std_dev=0.216
C2' B 0, 0.568, 1.003, 1.438, 1.600 max_d=1.600 avg_d=1.003 std_dev=0.435
O4' A 0, 1.024, 1.550, 2.077, 2.233 max_d=2.233 avg_d=1.550 std_dev=0.526
C2' A 0, 1.102, 1.661, 2.220, 2.386 max_d=2.386 avg_d=1.661 std_dev=0.559
C3' A 0, 1.416, 2.092, 2.767, 2.541 max_d=2.541 avg_d=2.092 std_dev=0.676
C4' A 0, 1.477, 2.186, 2.896, 2.714 max_d=2.714 avg_d=2.186 std_dev=0.710
C3' B 0, 1.340, 2.072, 2.803, 2.915 max_d=2.915 avg_d=2.072 std_dev=0.732
O3' A 0, 1.475, 2.210, 2.944, 2.734 max_d=2.734 avg_d=2.210 std_dev=0.735
O3' B 0, 1.495, 2.336, 3.177, 3.421 max_d=3.421 avg_d=2.336 std_dev=0.841
O2' A 0, 1.573, 2.419, 3.266, 3.767 max_d=3.767 avg_d=2.419 std_dev=0.847
C1' B 0, 1.510, 2.430, 3.350, 3.574 max_d=3.574 avg_d=2.430 std_dev=0.920
C4' B 0, 1.989, 3.040, 4.091, 4.335 max_d=4.335 avg_d=3.040 std_dev=1.051
C5' A 0, 2.124, 3.249, 4.374, 4.834 max_d=4.834 avg_d=3.249 std_dev=1.125
O4' B 0, 2.020, 3.176, 4.333, 4.703 max_d=4.703 avg_d=3.176 std_dev=1.156
O5' A 0, 2.059, 3.290, 4.522, 5.398 max_d=5.398 avg_d=3.290 std_dev=1.231
N9 B 0, 2.428, 3.671, 4.915, 5.059 max_d=5.059 avg_d=3.671 std_dev=1.243
N3 B 0, 2.810, 4.193, 5.576, 5.628 max_d=5.628 avg_d=4.193 std_dev=1.383
C4 B 0, 2.861, 4.268, 5.676, 5.673 max_d=5.673 avg_d=4.268 std_dev=1.407
C5' B 0, 3.004, 4.546, 6.089, 6.218 max_d=6.218 avg_d=4.546 std_dev=1.542
C8 B 0, 3.253, 4.868, 6.484, 6.561 max_d=6.561 avg_d=4.868 std_dev=1.615
P A 0, 1.929, 3.576, 5.224, 7.600 max_d=7.600 avg_d=3.576 std_dev=1.648
OP2 A 0, 1.654, 3.326, 4.999, 7.664 max_d=7.664 avg_d=3.326 std_dev=1.672
C2 B 0, 3.688, 5.452, 7.217, 6.973 max_d=6.973 avg_d=5.452 std_dev=1.765
C5 B 0, 3.696, 5.480, 7.264, 7.039 max_d=7.039 avg_d=5.480 std_dev=1.784
N7 B 0, 3.904, 5.801, 7.698, 7.606 max_d=7.606 avg_d=5.801 std_dev=1.897
O5' B 0, 3.779, 5.753, 7.727, 7.427 max_d=7.427 avg_d=5.753 std_dev=1.974
N2 B 0, 4.106, 6.081, 8.055, 7.855 max_d=7.855 avg_d=6.081 std_dev=1.974
OP1 A 0, 1.641, 3.650, 5.659, 8.961 max_d=8.961 avg_d=3.650 std_dev=2.009
N1 B 0, 4.337, 6.390, 8.443, 7.886 max_d=7.886 avg_d=6.390 std_dev=2.053
C6 B 0, 4.392, 6.485, 8.578, 8.034 max_d=8.034 avg_d=6.485 std_dev=2.093
O6 B 0, 5.126, 7.566, 10.006, 9.231 max_d=9.231 avg_d=7.566 std_dev=2.440
P B 0, 4.855, 7.339, 9.824, 9.663 max_d=9.663 avg_d=7.339 std_dev=2.484
OP2 B 0, 5.112, 7.720, 10.328, 10.554 max_d=10.554 avg_d=7.720 std_dev=2.608
OP1 B 0, 5.283, 8.004, 10.724, 10.395 max_d=10.395 avg_d=8.004 std_dev=2.721

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.04 0.01 0.04 0.04 0.04 0.02 0.02 0.05 0.02 0.06 0.05 0.01 0.10 0.52 0.19 0.16
C2 0.03 0.00 0.08 0.10 0.02 0.04 0.03 0.09 0.02 0.01 0.01 0.01 0.08 0.09 0.02 0.04 0.18 0.78 0.43 0.28
C2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.09 0.02 0.14 0.05 0.14 0.05 0.07 0.18 0.01 0.02 0.10 0.01 0.12 0.28 0.31 0.16
C3' 0.02 0.10 0.01 0.00 0.18 0.00 0.25 0.03 0.23 0.10 0.11 0.18 0.02 0.01 0.20 0.01 0.09 0.25 0.22 0.13
C4 0.04 0.02 0.09 0.18 0.00 0.11 0.00 0.18 0.01 0.03 0.01 0.03 0.09 0.20 0.01 0.06 0.25 1.16 0.26 0.48
C4' 0.01 0.04 0.02 0.00 0.11 0.00 0.16 0.01 0.15 0.05 0.05 0.08 0.09 0.01 0.12 0.01 0.01 0.16 0.15 0.04
C5 0.04 0.03 0.14 0.25 0.00 0.16 0.00 0.23 0.01 0.02 0.02 0.04 0.11 0.27 0.02 0.09 0.33 1.28 0.21 0.59
C5' 0.04 0.09 0.05 0.03 0.18 0.01 0.23 0.00 0.21 0.09 0.11 0.13 0.06 0.06 0.20 0.02 0.01 0.17 0.29 0.02
C6 0.04 0.02 0.14 0.23 0.01 0.15 0.01 0.21 0.00 0.01 0.02 0.03 0.11 0.24 0.02 0.09 0.30 1.11 0.17 0.50
N1 0.02 0.01 0.05 0.10 0.03 0.05 0.02 0.09 0.01 0.00 0.01 0.03 0.05 0.10 0.03 0.02 0.16 0.80 0.23 0.29
N3 0.02 0.01 0.07 0.11 0.01 0.05 0.02 0.11 0.02 0.01 0.00 0.03 0.07 0.11 0.02 0.03 0.19 0.95 0.41 0.35
O2 0.05 0.01 0.18 0.18 0.03 0.08 0.04 0.13 0.03 0.03 0.03 0.00 0.14 0.19 0.04 0.08 0.23 0.64 0.56 0.29
O2' 0.02 0.08 0.01 0.02 0.09 0.09 0.11 0.06 0.11 0.05 0.07 0.14 0.00 0.03 0.10 0.06 0.07 0.22 0.26 0.11
O3' 0.06 0.09 0.02 0.01 0.20 0.01 0.27 0.06 0.24 0.10 0.11 0.19 0.03 0.00 0.22 0.04 0.11 0.50 0.21 0.17
O4 0.05 0.02 0.10 0.20 0.01 0.12 0.02 0.20 0.02 0.03 0.02 0.04 0.10 0.22 0.00 0.07 0.27 1.24 0.28 0.52
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.06 0.01 0.09 0.02 0.09 0.02 0.03 0.08 0.06 0.04 0.07 0.00 0.08 0.50 0.08 0.15
O5' 0.10 0.18 0.12 0.09 0.25 0.01 0.33 0.01 0.30 0.16 0.19 0.23 0.07 0.11 0.27 0.08 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.52 0.78 0.28 0.25 1.16 0.16 1.28 0.17 1.11 0.80 0.95 0.64 0.22 0.50 1.24 0.50 0.01 0.00 0.04 0.01
OP2 0.19 0.43 0.31 0.22 0.26 0.15 0.21 0.29 0.17 0.23 0.41 0.56 0.26 0.21 0.28 0.08 0.02 0.04 0.00 0.01
P 0.16 0.28 0.16 0.13 0.48 0.04 0.59 0.02 0.50 0.29 0.35 0.29 0.11 0.17 0.52 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.11 0.22 0.10 0.27 0.09 0.26 0.11 0.39 0.13 0.18 0.18 0.32 0.18 0.17 0.09 0.07 0.46 0.23 0.69 0.15 0.71 0.74 0.66
C2 0.17 0.19 0.09 0.25 0.10 0.31 0.10 0.40 0.10 0.20 0.14 0.27 0.16 0.17 0.13 0.07 0.45 0.31 0.59 0.11 0.52 0.61 0.55
C2' 0.13 0.23 0.23 0.35 0.10 0.31 0.09 0.42 0.11 0.19 0.19 0.33 0.19 0.16 0.11 0.22 0.53 0.24 0.76 0.10 0.82 0.76 0.73
C3' 0.17 0.26 0.22 0.34 0.14 0.32 0.13 0.42 0.15 0.22 0.22 0.36 0.21 0.19 0.15 0.21 0.52 0.29 0.71 0.14 0.80 0.71 0.69
C4 0.41 0.30 0.13 0.21 0.31 0.40 0.31 0.44 0.29 0.40 0.29 0.34 0.29 0.36 0.36 0.11 0.39 0.55 0.51 0.29 0.39 0.50 0.51
C4' 0.11 0.34 0.12 0.26 0.17 0.22 0.17 0.34 0.23 0.15 0.31 0.45 0.28 0.17 0.10 0.12 0.46 0.20 0.67 0.24 0.77 0.72 0.66
C5 0.37 0.34 0.11 0.20 0.31 0.36 0.30 0.41 0.30 0.36 0.32 0.39 0.32 0.33 0.34 0.10 0.43 0.50 0.52 0.30 0.43 0.50 0.50
C5' 0.21 0.47 0.13 0.21 0.29 0.17 0.27 0.29 0.34 0.19 0.44 0.59 0.41 0.22 0.21 0.17 0.43 0.24 0.63 0.34 0.72 0.65 0.60
C6 0.28 0.30 0.08 0.22 0.23 0.31 0.21 0.38 0.22 0.26 0.27 0.38 0.28 0.23 0.24 0.07 0.46 0.41 0.57 0.22 0.51 0.55 0.53
N1 0.19 0.24 0.08 0.25 0.14 0.28 0.13 0.38 0.14 0.20 0.19 0.32 0.21 0.17 0.15 0.06 0.46 0.32 0.61 0.14 0.58 0.62 0.57
N3 0.30 0.20 0.10 0.23 0.19 0.38 0.19 0.43 0.16 0.30 0.17 0.27 0.19 0.26 0.25 0.06 0.41 0.46 0.53 0.16 0.43 0.54 0.52
O2 0.10 0.17 0.14 0.28 0.09 0.28 0.12 0.40 0.12 0.19 0.14 0.25 0.15 0.18 0.10 0.16 0.43 0.22 0.64 0.15 0.59 0.69 0.60
O2' 0.19 0.26 0.30 0.42 0.20 0.35 0.22 0.46 0.22 0.27 0.24 0.34 0.23 0.27 0.21 0.25 0.57 0.24 0.86 0.24 0.95 0.92 0.85
O3' 0.18 0.28 0.26 0.36 0.18 0.32 0.18 0.40 0.19 0.24 0.25 0.37 0.24 0.22 0.18 0.25 0.52 0.27 0.69 0.18 0.81 0.69 0.68
O4 0.50 0.35 0.18 0.22 0.40 0.45 0.42 0.49 0.39 0.51 0.36 0.36 0.35 0.47 0.47 0.15 0.34 0.64 0.50 0.39 0.37 0.51 0.53
O4' 0.15 0.33 0.11 0.26 0.20 0.23 0.20 0.35 0.25 0.19 0.30 0.43 0.28 0.21 0.15 0.11 0.44 0.23 0.66 0.26 0.70 0.72 0.63
O5' 0.34 0.55 0.21 0.20 0.40 0.20 0.38 0.25 0.43 0.30 0.52 0.65 0.49 0.31 0.33 0.25 0.42 0.36 0.58 0.42 0.61 0.55 0.54
OP1 1.05 1.35 0.90 0.66 1.15 0.73 1.10 0.60 1.18 0.93 1.29 1.47 1.29 0.97 1.04 1.02 0.47 0.94 0.83 1.15 0.69 0.74 0.71
OP2 0.54 0.75 0.55 0.55 0.63 0.47 0.62 0.44 0.68 0.53 0.74 0.83 0.69 0.56 0.56 0.54 0.69 0.51 0.44 0.69 0.47 0.39 0.36
P 0.52 0.76 0.31 0.13 0.60 0.28 0.57 0.25 0.64 0.46 0.73 0.86 0.70 0.48 0.52 0.39 0.24 0.50 0.59 0.62 0.56 0.52 0.51

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.05 0.06 0.05 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.21 0.03 0.20 0.12 0.14
C2 0.06 0.00 0.10 0.12 0.02 0.08 0.01 0.10 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.08 0.14 0.05 0.55 0.04 0.54 0.41 0.46
C2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.06 0.03 0.09 0.11 0.09 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.28 0.06 0.33 0.09 0.20
C3' 0.01 0.12 0.01 0.00 0.09 0.01 0.11 0.02 0.12 0.10 0.13 0.13 0.10 0.11 0.06 0.02 0.01 0.01 0.35 0.12 0.41 0.09 0.25
C4 0.02 0.02 0.05 0.09 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.10 0.02 0.55 0.02 0.51 0.35 0.44
C4' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.05 0.00 0.06 0.01 0.07 0.08 0.08 0.08 0.07 0.08 0.04 0.04 0.01 0.00 0.01 0.06 0.12 0.30 0.04
C5 0.01 0.01 0.05 0.11 0.00 0.06 0.00 0.12 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.13 0.02 0.68 0.03 0.63 0.52 0.57
C5' 0.02 0.10 0.01 0.02 0.09 0.01 0.12 0.00 0.12 0.14 0.12 0.09 0.08 0.15 0.08 0.04 0.02 0.01 0.01 0.12 0.17 0.40 0.02
C6 0.02 0.02 0.06 0.12 0.01 0.07 0.01 0.12 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.04 0.15 0.02 0.70 0.01 0.69 0.59 0.61
C8 0.02 0.01 0.03 0.10 0.01 0.08 0.02 0.14 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.05 0.65 0.05 0.55 0.38 0.51
N1 0.05 0.01 0.09 0.13 0.03 0.08 0.02 0.12 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.07 0.16 0.04 0.65 0.03 0.64 0.53 0.56
N2 0.06 0.01 0.11 0.13 0.02 0.08 0.01 0.09 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.10 0.15 0.06 0.50 0.05 0.52 0.38 0.43
N3 0.05 0.01 0.09 0.10 0.01 0.07 0.02 0.08 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.08 0.11 0.04 0.48 0.04 0.47 0.31 0.39
N7 0.02 0.01 0.04 0.11 0.01 0.08 0.00 0.15 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.13 0.04 0.73 0.05 0.66 0.56 0.62
N9 0.01 0.03 0.02 0.06 0.01 0.04 0.01 0.08 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.02 0.49 0.03 0.42 0.23 0.36
O2' 0.02 0.08 0.01 0.02 0.04 0.04 0.03 0.04 0.04 0.01 0.07 0.10 0.08 0.02 0.01 0.00 0.03 0.04 0.09 0.05 0.18 0.15 0.07
O3' 0.01 0.14 0.01 0.01 0.10 0.01 0.13 0.02 0.15 0.10 0.16 0.15 0.11 0.13 0.06 0.03 0.00 0.01 0.26 0.16 0.43 0.12 0.23
O4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.05 0.04 0.06 0.04 0.04 0.02 0.04 0.01 0.00 0.07 0.02 0.07 0.27 0.09
O5' 0.21 0.55 0.28 0.35 0.55 0.01 0.68 0.01 0.70 0.65 0.65 0.50 0.48 0.73 0.49 0.09 0.26 0.07 0.00 0.75 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.04 0.06 0.12 0.02 0.06 0.03 0.12 0.01 0.05 0.03 0.05 0.04 0.05 0.03 0.05 0.16 0.02 0.75 0.00 0.74 0.67 0.67
OP1 0.20 0.54 0.33 0.41 0.51 0.12 0.63 0.17 0.69 0.55 0.64 0.52 0.47 0.66 0.42 0.18 0.43 0.07 0.02 0.74 0.00 0.02 0.01
OP2 0.12 0.41 0.09 0.09 0.35 0.30 0.52 0.40 0.59 0.38 0.53 0.38 0.31 0.56 0.23 0.15 0.12 0.27 0.02 0.67 0.02 0.00 0.01
P 0.14 0.46 0.20 0.25 0.44 0.04 0.57 0.02 0.61 0.51 0.56 0.43 0.39 0.62 0.36 0.07 0.23 0.09 0.01 0.67 0.01 0.01 0.00