ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49315

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.012, 0.024, 0.035, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.024 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.012, 0.027, 0.041, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.027 std_dev=0.014
C6 A 0, 0.017, 0.036, 0.055, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.036 std_dev=0.019
N1 A 0, 0.010, 0.032, 0.054, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.032 std_dev=0.022
C5 A 0, 0.012, 0.035, 0.058, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.035 std_dev=0.023
C1' A 0, 0.013, 0.039, 0.065, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.039 std_dev=0.026
O4 A 0, 0.013, 0.043, 0.073, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.043 std_dev=0.030
C2 A 0, 0.002, 0.033, 0.063, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.033 std_dev=0.030
O2 A 0, -0.001, 0.068, 0.138, 0.226 max_d=0.226 avg_d=0.068 std_dev=0.070
C1' B 0, 0.120, 0.313, 0.506, 0.563 max_d=0.563 avg_d=0.313 std_dev=0.193
C2' B 0, 0.202, 0.532, 0.862, 0.995 max_d=0.995 avg_d=0.532 std_dev=0.330
C3' B 0, 0.217, 0.573, 0.930, 0.967 max_d=0.967 avg_d=0.573 std_dev=0.357
O2' B 0, 0.305, 0.870, 1.434, 1.632 max_d=1.632 avg_d=0.870 std_dev=0.565
O4' B 0, 0.223, 0.802, 1.382, 1.417 max_d=1.417 avg_d=0.802 std_dev=0.579
N9 B 0, 0.238, 0.925, 1.611, 1.572 max_d=1.572 avg_d=0.925 std_dev=0.687
O4' A 0, 0.176, 0.868, 1.559, 1.486 max_d=1.486 avg_d=0.868 std_dev=0.691
C4' B 0, 0.293, 1.028, 1.763, 1.810 max_d=1.810 avg_d=1.028 std_dev=0.735
C2' A 0, 0.220, 1.008, 1.797, 1.739 max_d=1.739 avg_d=1.008 std_dev=0.788
N3 B 0, 0.261, 1.084, 1.907, 1.778 max_d=1.778 avg_d=1.084 std_dev=0.823
C4 B 0, 0.277, 1.198, 2.120, 1.972 max_d=1.972 avg_d=1.198 std_dev=0.922
O3' B 0, 0.392, 1.325, 2.259, 2.195 max_d=2.195 avg_d=1.325 std_dev=0.933
C3' A 0, 0.273, 1.272, 2.270, 2.168 max_d=2.168 avg_d=1.272 std_dev=0.998
C4' A 0, 0.272, 1.317, 2.362, 2.214 max_d=2.214 avg_d=1.317 std_dev=1.045
C5' B 0, 0.416, 1.562, 2.708, 2.808 max_d=2.808 avg_d=1.562 std_dev=1.146
O3' A 0, 0.348, 1.542, 2.736, 2.697 max_d=2.697 avg_d=1.542 std_dev=1.194
C2 B 0, 0.372, 1.572, 2.773, 2.655 max_d=2.655 avg_d=1.572 std_dev=1.201
O2' A 0, 0.336, 1.538, 2.741, 2.569 max_d=2.569 avg_d=1.538 std_dev=1.202
C8 B 0, 0.397, 1.634, 2.871, 2.745 max_d=2.745 avg_d=1.634 std_dev=1.237
N2 B 0, 0.440, 1.759, 3.078, 3.011 max_d=3.011 avg_d=1.759 std_dev=1.319
O5' A 0, 0.451, 1.874, 3.296, 3.093 max_d=3.093 avg_d=1.874 std_dev=1.422
C5 B 0, 0.424, 1.904, 3.385, 3.161 max_d=3.161 avg_d=1.904 std_dev=1.481
C5' A 0, 0.411, 1.955, 3.499, 3.311 max_d=3.311 avg_d=1.955 std_dev=1.544
N1 B 0, 0.470, 2.097, 3.724, 3.550 max_d=3.550 avg_d=2.097 std_dev=1.627
N7 B 0, 0.501, 2.178, 3.856, 3.640 max_d=3.640 avg_d=2.178 std_dev=1.678
P A 0, 0.532, 2.369, 4.206, 4.073 max_d=4.073 avg_d=2.369 std_dev=1.837
OP2 A 0, 0.538, 2.377, 4.215, 4.177 max_d=4.177 avg_d=2.377 std_dev=1.838
C6 B 0, 0.517, 2.359, 4.201, 3.955 max_d=3.955 avg_d=2.359 std_dev=1.842
O5' B 0, 0.704, 2.846, 4.987, 4.777 max_d=4.777 avg_d=2.846 std_dev=2.141
OP1 A 0, 0.648, 2.934, 5.219, 4.960 max_d=4.960 avg_d=2.934 std_dev=2.285
O6 B 0, 0.672, 3.031, 5.391, 5.073 max_d=5.073 avg_d=3.031 std_dev=2.360
P B 0, 0.808, 3.428, 6.048, 5.720 max_d=5.720 avg_d=3.428 std_dev=2.620
OP1 B 0, 0.851, 3.693, 6.534, 6.171 max_d=6.171 avg_d=3.693 std_dev=2.842
OP2 B 0, 1.129, 4.987, 8.845, 8.252 max_d=8.252 avg_d=4.987 std_dev=3.858

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.13 0.04 0.01 0.02 0.10 0.03 0.32 0.02 0.00 0.17 0.18 0.20 0.15
C2 0.04 0.00 0.27 0.26 0.01 0.05 0.01 0.25 0.02 0.01 0.01 0.01 0.10 0.12 0.02 0.18 0.23 0.18 0.15 0.15
C2' 0.00 0.27 0.00 0.01 0.04 0.02 0.20 0.23 0.27 0.02 0.20 0.48 0.01 0.03 0.05 0.02 0.34 0.28 0.53 0.39
C3' 0.01 0.26 0.01 0.00 0.31 0.01 0.29 0.01 0.23 0.20 0.31 0.26 0.03 0.01 0.34 0.02 0.03 0.08 0.06 0.03
C4 0.02 0.01 0.04 0.31 0.00 0.12 0.01 0.36 0.02 0.02 0.00 0.02 0.35 0.10 0.01 0.04 0.33 0.23 0.20 0.21
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.12 0.00 0.20 0.01 0.21 0.07 0.05 0.16 0.31 0.01 0.13 0.00 0.02 0.15 0.07 0.01
C5 0.04 0.01 0.20 0.29 0.01 0.20 0.00 0.40 0.01 0.01 0.01 0.02 0.55 0.13 0.02 0.11 0.40 0.33 0.24 0.31
C5' 0.13 0.25 0.23 0.01 0.36 0.01 0.40 0.00 0.36 0.22 0.30 0.25 0.13 0.23 0.38 0.02 0.01 0.25 0.16 0.02
C6 0.04 0.02 0.27 0.23 0.02 0.21 0.01 0.36 0.00 0.01 0.02 0.03 0.54 0.08 0.03 0.17 0.37 0.32 0.18 0.28
N1 0.01 0.01 0.02 0.20 0.02 0.07 0.01 0.22 0.01 0.00 0.02 0.03 0.19 0.10 0.02 0.01 0.25 0.22 0.15 0.18
N3 0.02 0.01 0.20 0.31 0.00 0.05 0.01 0.30 0.02 0.02 0.00 0.02 0.10 0.06 0.01 0.15 0.26 0.17 0.15 0.14
O2 0.10 0.01 0.48 0.26 0.02 0.16 0.02 0.25 0.03 0.03 0.02 0.00 0.44 0.23 0.03 0.30 0.23 0.22 0.20 0.20
O2' 0.03 0.10 0.01 0.03 0.35 0.31 0.55 0.13 0.54 0.19 0.10 0.44 0.00 0.02 0.36 0.20 0.24 0.16 0.58 0.30
O3' 0.32 0.12 0.03 0.01 0.10 0.01 0.13 0.23 0.08 0.10 0.06 0.23 0.02 0.00 0.13 0.24 0.20 0.42 0.28 0.27
O4 0.02 0.02 0.05 0.34 0.01 0.13 0.02 0.38 0.03 0.02 0.01 0.03 0.36 0.13 0.00 0.06 0.34 0.24 0.23 0.23
O4' 0.00 0.18 0.02 0.02 0.04 0.00 0.11 0.02 0.17 0.01 0.15 0.30 0.20 0.24 0.06 0.00 0.25 0.30 0.17 0.23
O5' 0.17 0.23 0.34 0.03 0.33 0.02 0.40 0.01 0.37 0.25 0.26 0.23 0.24 0.20 0.34 0.25 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.18 0.18 0.28 0.08 0.23 0.15 0.33 0.25 0.32 0.22 0.17 0.22 0.16 0.42 0.24 0.30 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.20 0.15 0.53 0.06 0.20 0.07 0.24 0.16 0.18 0.15 0.15 0.20 0.58 0.28 0.23 0.17 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.15 0.15 0.39 0.03 0.21 0.01 0.31 0.02 0.28 0.18 0.14 0.20 0.30 0.27 0.23 0.23 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.12 0.69 0.10 0.33 0.38 0.17 0.35 0.11 0.46 0.13 0.62 0.89 0.57 0.21 0.20 0.26 0.96 0.06 0.57 0.44 0.61 0.98 0.44
C2 0.13 0.28 0.17 0.38 0.14 0.35 0.05 0.15 0.06 0.06 0.17 0.37 0.30 0.06 0.08 0.12 0.93 0.17 0.88 0.05 0.15 1.31 0.81
C2' 0.19 0.81 0.25 0.12 0.26 0.30 0.25 0.63 0.47 0.15 0.74 1.16 0.55 0.04 0.04 0.54 0.50 0.34 0.10 0.47 1.12 0.57 0.15
C3' 0.09 0.87 0.09 0.24 0.41 0.07 0.36 0.45 0.54 0.06 0.78 1.20 0.67 0.16 0.18 0.16 0.93 0.14 0.20 0.51 0.97 0.61 0.08
C4 0.16 0.23 0.23 0.35 0.11 0.55 0.23 0.54 0.33 0.08 0.33 0.22 0.09 0.18 0.05 0.07 0.75 0.43 1.50 0.38 0.65 2.18 1.48
C4' 0.54 1.27 0.51 0.68 0.90 0.38 0.91 0.06 1.06 0.64 1.23 1.50 1.08 0.75 0.69 0.31 1.39 0.31 0.58 1.05 0.73 0.82 0.32
C5 0.17 0.10 0.21 0.35 0.13 0.49 0.10 0.46 0.09 0.12 0.08 0.09 0.15 0.10 0.15 0.06 0.81 0.38 1.42 0.11 0.48 2.17 1.39
C5' 0.84 1.66 0.81 0.92 1.28 0.64 1.35 0.35 1.53 1.05 1.68 1.88 1.41 1.20 1.06 0.65 1.59 0.62 0.89 1.55 0.56 1.14 0.62
C6 0.17 0.41 0.18 0.37 0.28 0.41 0.25 0.29 0.28 0.16 0.36 0.49 0.37 0.19 0.21 0.09 0.90 0.29 1.17 0.26 0.15 1.83 1.12
N1 0.16 0.50 0.16 0.38 0.29 0.33 0.24 0.14 0.29 0.11 0.41 0.62 0.45 0.14 0.19 0.14 0.95 0.19 0.91 0.25 0.19 1.42 0.82
N3 0.14 0.08 0.21 0.37 0.08 0.50 0.21 0.39 0.25 0.14 0.19 0.04 0.04 0.23 0.04 0.05 0.81 0.34 1.25 0.31 0.37 1.75 1.19
O2 0.12 0.33 0.17 0.40 0.15 0.25 0.06 0.17 0.09 0.12 0.21 0.44 0.33 0.10 0.08 0.19 0.98 0.10 0.52 0.05 0.51 0.78 0.42
O2' 0.32 0.72 0.43 0.25 0.19 0.39 0.20 0.64 0.44 0.23 0.69 1.03 0.45 0.07 0.13 0.86 0.29 0.40 0.08 0.45 1.20 0.55 0.16
O3' 0.43 1.04 0.45 0.64 0.65 0.31 0.54 0.18 0.67 0.28 0.90 1.33 0.91 0.34 0.45 0.24 1.37 0.18 0.38 0.60 0.74 0.70 0.20
O4 0.16 0.58 0.27 0.32 0.34 0.62 0.52 0.72 0.73 0.18 0.75 0.53 0.34 0.38 0.11 0.15 0.63 0.50 1.71 0.78 0.98 2.43 1.70
O4' 0.60 1.12 0.57 0.79 0.88 0.55 0.86 0.27 0.94 0.68 1.05 1.24 1.02 0.75 0.72 0.33 1.48 0.45 0.84 0.91 0.45 1.08 0.61
O5' 0.41 1.17 0.40 0.50 0.78 0.29 0.84 0.10 1.03 0.55 1.20 1.42 0.91 0.69 0.57 0.29 1.18 0.24 0.65 1.05 0.60 1.07 0.44
OP1 0.61 1.41 0.61 0.66 1.08 0.41 1.24 0.11 1.48 0.92 1.59 1.55 1.12 1.12 0.86 0.54 1.34 0.39 0.75 1.60 0.59 1.11 0.47
OP2 0.58 1.24 0.57 0.60 0.93 0.49 1.03 0.25 1.23 0.77 1.36 1.40 0.99 0.91 0.75 0.50 1.22 0.47 1.03 1.30 0.18 1.60 0.85
P 0.61 1.36 0.60 0.66 1.02 0.47 1.15 0.19 1.37 0.86 1.49 1.52 1.08 1.03 0.82 0.52 1.32 0.44 0.89 1.44 0.39 1.31 0.65

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.03 0.01 0.01 0.33 0.00 0.22 0.02 0.40 0.17 0.08
C2 0.02 0.00 0.11 0.03 0.01 0.14 0.01 0.11 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.52 0.15 0.72 0.02 0.11 1.10 0.66
C2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.05 0.01 0.01 0.18 0.04 0.08 0.08 0.15 0.10 0.05 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.40 0.25 0.12
C3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.14 0.01 0.27 0.02 0.25 0.42 0.13 0.07 0.02 0.41 0.22 0.03 0.01 0.03 0.36 0.32 0.34 0.51 0.27
C4 0.01 0.01 0.05 0.14 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.19 0.27 0.08 0.45 0.02 0.22 0.65 0.35
C4' 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00 0.09 0.01 0.05 0.26 0.07 0.21 0.15 0.22 0.09 0.32 0.02 0.01 0.02 0.10 0.35 0.09 0.06
C5 0.02 0.01 0.01 0.27 0.01 0.09 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.36 0.07 0.03 0.33 0.02 0.21 0.58 0.26
C5' 0.05 0.11 0.18 0.02 0.02 0.01 0.12 0.00 0.09 0.25 0.04 0.17 0.12 0.25 0.07 0.12 0.23 0.00 0.01 0.15 0.04 0.02 0.02
C6 0.01 0.01 0.04 0.25 0.01 0.05 0.01 0.09 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.32 0.14 0.06 0.44 0.01 0.14 0.79 0.40
C8 0.03 0.02 0.08 0.42 0.01 0.26 0.01 0.25 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.51 0.22 0.10 0.06 0.02 0.35 0.08 0.11
N1 0.01 0.01 0.08 0.13 0.01 0.07 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.17 0.35 0.12 0.63 0.02 0.10 1.04 0.58
N2 0.04 0.00 0.15 0.07 0.01 0.21 0.02 0.17 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.12 0.65 0.17 0.84 0.03 0.09 1.29 0.79
N3 0.02 0.00 0.10 0.02 0.00 0.15 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.53 0.16 0.66 0.02 0.16 0.93 0.57
N7 0.03 0.02 0.05 0.41 0.02 0.22 0.01 0.25 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.52 0.19 0.06 0.08 0.02 0.28 0.24 0.06
N9 0.01 0.01 0.01 0.22 0.01 0.09 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.25 0.11 0.01 0.23 0.02 0.31 0.31 0.13
O2' 0.01 0.03 0.01 0.03 0.19 0.32 0.36 0.12 0.32 0.51 0.17 0.12 0.03 0.52 0.25 0.00 0.03 0.21 0.42 0.39 1.04 0.83 0.65
O3' 0.33 0.52 0.02 0.01 0.27 0.02 0.07 0.23 0.14 0.22 0.35 0.65 0.53 0.19 0.11 0.03 0.00 0.20 0.79 0.04 0.73 1.11 0.70
O4' 0.00 0.15 0.03 0.03 0.08 0.01 0.03 0.00 0.06 0.10 0.12 0.17 0.16 0.06 0.01 0.21 0.20 0.00 0.36 0.04 0.34 0.36 0.19
O5' 0.22 0.72 0.03 0.36 0.45 0.02 0.33 0.01 0.44 0.06 0.63 0.84 0.66 0.08 0.23 0.42 0.79 0.36 0.00 0.37 0.02 0.01 0.01
O6 0.02 0.02 0.03 0.32 0.02 0.10 0.02 0.15 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.39 0.04 0.04 0.37 0.00 0.14 0.75 0.34
OP1 0.40 0.11 0.40 0.34 0.22 0.35 0.21 0.04 0.14 0.35 0.10 0.09 0.16 0.28 0.31 1.04 0.73 0.34 0.02 0.14 0.00 0.02 0.01
OP2 0.17 1.10 0.25 0.51 0.65 0.09 0.58 0.02 0.79 0.08 1.04 1.29 0.93 0.24 0.31 0.83 1.11 0.36 0.01 0.75 0.02 0.00 0.01
P 0.08 0.66 0.12 0.27 0.35 0.06 0.26 0.02 0.40 0.11 0.58 0.79 0.57 0.06 0.13 0.65 0.70 0.19 0.01 0.34 0.01 0.01 0.00