ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49316

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 2, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.005, 0.012, 0.018, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.012 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.008, 0.015, 0.021, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.015 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.004, 0.011, 0.018, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.004, 0.012, 0.020, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.012 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.004, 0.012, 0.021, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.004, 0.014, 0.024, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.014 std_dev=0.010
O2 A 0, 0.012, 0.030, 0.048, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.030 std_dev=0.018
O4 A 0, 0.008, 0.028, 0.047, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.028 std_dev=0.020
O4' A 0, 0.074, 0.184, 0.293, 0.322 max_d=0.322 avg_d=0.184 std_dev=0.109
C2' A 0, 0.090, 0.209, 0.328, 0.334 max_d=0.334 avg_d=0.209 std_dev=0.119
C4' A 0, 0.113, 0.243, 0.374, 0.381 max_d=0.381 avg_d=0.243 std_dev=0.131
P A 0, 0.134, 0.293, 0.452, 0.462 max_d=0.462 avg_d=0.293 std_dev=0.159
O2' A 0, 0.154, 0.321, 0.488, 0.492 max_d=0.492 avg_d=0.321 std_dev=0.167
OP2 A 0, 0.135, 0.304, 0.473, 0.545 max_d=0.545 avg_d=0.304 std_dev=0.169
C3' A 0, 0.151, 0.330, 0.509, 0.507 max_d=0.507 avg_d=0.330 std_dev=0.179
OP1 A 0, 0.114, 0.318, 0.522, 0.651 max_d=0.651 avg_d=0.318 std_dev=0.204
O4' B 0, 0.198, 0.421, 0.644, 0.659 max_d=0.659 avg_d=0.421 std_dev=0.223
C5' A 0, 0.198, 0.437, 0.676, 0.700 max_d=0.700 avg_d=0.437 std_dev=0.239
O3' A 0, 0.211, 0.465, 0.719, 0.697 max_d=0.697 avg_d=0.465 std_dev=0.254
O5' B 0, 0.194, 0.451, 0.709, 0.777 max_d=0.777 avg_d=0.451 std_dev=0.257
OP2 B 0, 0.163, 0.421, 0.679, 0.788 max_d=0.788 avg_d=0.421 std_dev=0.258
C4' B 0, 0.209, 0.472, 0.736, 0.811 max_d=0.811 avg_d=0.472 std_dev=0.263
P B 0, 0.178, 0.441, 0.705, 0.767 max_d=0.767 avg_d=0.441 std_dev=0.264
C5' B 0, 0.231, 0.497, 0.764, 0.802 max_d=0.802 avg_d=0.497 std_dev=0.266
C1' B 0, 0.178, 0.472, 0.766, 0.908 max_d=0.908 avg_d=0.472 std_dev=0.294
O5' A 0, 0.232, 0.555, 0.877, 0.906 max_d=0.906 avg_d=0.555 std_dev=0.323
N9 B 0, 0.214, 0.551, 0.888, 1.032 max_d=1.032 avg_d=0.551 std_dev=0.337
OP1 B 0, 0.227, 0.566, 0.905, 0.937 max_d=0.937 avg_d=0.566 std_dev=0.339
C8 B 0, 0.260, 0.612, 0.964, 1.073 max_d=1.073 avg_d=0.612 std_dev=0.352
C3' B 0, 0.195, 0.549, 0.903, 1.108 max_d=1.108 avg_d=0.549 std_dev=0.354
C2' B 0, 0.153, 0.536, 0.920, 1.174 max_d=1.174 avg_d=0.536 std_dev=0.384
O2' B 0, 0.112, 0.508, 0.905, 1.188 max_d=1.188 avg_d=0.508 std_dev=0.397
C4 B 0, 0.212, 0.617, 1.022, 1.243 max_d=1.243 avg_d=0.617 std_dev=0.405
N7 B 0, 0.289, 0.698, 1.107, 1.258 max_d=1.258 avg_d=0.698 std_dev=0.409
O3' B 0, 0.166, 0.581, 0.996, 1.294 max_d=1.294 avg_d=0.581 std_dev=0.415
C5 B 0, 0.257, 0.697, 1.138, 1.352 max_d=1.352 avg_d=0.697 std_dev=0.440
N3 B 0, 0.190, 0.642, 1.094, 1.380 max_d=1.380 avg_d=0.642 std_dev=0.452
C6 B 0, 0.271, 0.788, 1.305, 1.576 max_d=1.576 avg_d=0.788 std_dev=0.517
C2 B 0, 0.211, 0.741, 1.270, 1.605 max_d=1.605 avg_d=0.741 std_dev=0.529
N1 B 0, 0.245, 0.799, 1.353, 1.669 max_d=1.669 avg_d=0.799 std_dev=0.554
O6 B 0, 0.305, 0.866, 1.428, 1.724 max_d=1.724 avg_d=0.866 std_dev=0.562
N2 B 0, 0.208, 0.809, 1.410, 1.835 max_d=1.835 avg_d=0.809 std_dev=0.601

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.09 0.07 0.13 0.06
C2 0.01 0.00 0.05 0.05 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.01 0.02 0.13 0.10 0.14 0.08
C2' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.08 0.00 0.01 0.02 0.01 0.08 0.17 0.16 0.08
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.04 0.00 0.07 0.02 0.07 0.03 0.04 0.08 0.01 0.01 0.04 0.01 0.09 0.21 0.16 0.11
C4 0.02 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.00 0.04 0.17 0.12 0.14 0.10
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.02 0.03 0.04 0.03 0.01 0.04 0.00 0.04 0.09 0.09 0.03
C5 0.02 0.01 0.02 0.07 0.01 0.05 0.00 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.05 0.20 0.12 0.13 0.10
C5' 0.02 0.05 0.02 0.02 0.07 0.00 0.09 0.00 0.09 0.05 0.06 0.05 0.03 0.02 0.08 0.02 0.01 0.08 0.03 0.01
C6 0.02 0.01 0.03 0.07 0.01 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.04 0.19 0.11 0.12 0.08
N1 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.14 0.09 0.13 0.07
N3 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.05 0.01 0.02 0.15 0.11 0.14 0.09
O2 0.03 0.00 0.08 0.08 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.09 0.01 0.03 0.11 0.10 0.14 0.08
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.05 0.08 0.00 0.02 0.03 0.02 0.08 0.18 0.14 0.06
O3' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.04 0.01 0.07 0.02 0.07 0.03 0.05 0.09 0.02 0.00 0.04 0.01 0.09 0.28 0.17 0.13
O4 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.04 0.17 0.12 0.14 0.10
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.02 0.04 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.04 0.00 0.08 0.06 0.14 0.10
O5' 0.09 0.13 0.08 0.09 0.17 0.04 0.20 0.01 0.19 0.14 0.15 0.11 0.08 0.09 0.17 0.08 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.07 0.10 0.17 0.21 0.12 0.09 0.12 0.08 0.11 0.09 0.11 0.10 0.18 0.28 0.12 0.06 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.13 0.14 0.16 0.16 0.14 0.09 0.13 0.03 0.12 0.13 0.14 0.14 0.14 0.17 0.14 0.14 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.08 0.08 0.11 0.10 0.03 0.10 0.01 0.08 0.07 0.09 0.08 0.06 0.13 0.10 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.20 0.19 0.22 0.18 0.18 0.16 0.15 0.11 0.14 0.17 0.16 0.21 0.20 0.16 0.18 0.23 0.19 0.15 0.19 0.14 0.17 0.09 0.13
C2 0.14 0.11 0.15 0.14 0.10 0.14 0.11 0.12 0.11 0.14 0.11 0.12 0.11 0.14 0.12 0.15 0.15 0.14 0.20 0.12 0.18 0.11 0.14
C2' 0.19 0.20 0.22 0.18 0.18 0.14 0.17 0.09 0.17 0.18 0.18 0.22 0.20 0.18 0.18 0.24 0.19 0.13 0.16 0.17 0.16 0.12 0.13
C3' 0.19 0.21 0.22 0.18 0.18 0.14 0.17 0.10 0.16 0.18 0.18 0.23 0.21 0.18 0.18 0.25 0.18 0.14 0.15 0.16 0.15 0.11 0.12
C4 0.08 0.12 0.09 0.10 0.11 0.12 0.15 0.13 0.17 0.13 0.15 0.11 0.11 0.18 0.08 0.11 0.12 0.10 0.19 0.20 0.17 0.07 0.11
C4' 0.19 0.22 0.21 0.16 0.19 0.13 0.17 0.09 0.16 0.17 0.19 0.25 0.22 0.16 0.18 0.24 0.17 0.14 0.15 0.15 0.15 0.07 0.10
C5 0.09 0.10 0.10 0.10 0.08 0.12 0.12 0.13 0.14 0.10 0.12 0.10 0.09 0.15 0.06 0.13 0.12 0.10 0.18 0.17 0.18 0.04 0.11
C5' 0.19 0.22 0.21 0.16 0.19 0.14 0.17 0.11 0.16 0.17 0.19 0.25 0.22 0.17 0.18 0.23 0.17 0.15 0.15 0.15 0.15 0.08 0.11
C6 0.13 0.10 0.13 0.11 0.08 0.12 0.09 0.12 0.10 0.09 0.09 0.12 0.11 0.12 0.08 0.16 0.13 0.12 0.18 0.12 0.17 0.05 0.11
N1 0.15 0.12 0.16 0.14 0.11 0.14 0.10 0.11 0.10 0.12 0.10 0.14 0.13 0.13 0.12 0.18 0.15 0.13 0.18 0.11 0.17 0.08 0.12
N3 0.09 0.11 0.10 0.10 0.10 0.12 0.13 0.12 0.15 0.12 0.13 0.11 0.10 0.16 0.07 0.11 0.12 0.11 0.20 0.16 0.17 0.11 0.14
O2 0.19 0.14 0.19 0.18 0.16 0.17 0.15 0.14 0.14 0.19 0.13 0.13 0.15 0.18 0.18 0.17 0.19 0.17 0.20 0.14 0.19 0.13 0.16
O2' 0.20 0.24 0.24 0.20 0.20 0.16 0.18 0.10 0.18 0.17 0.20 0.26 0.24 0.18 0.18 0.27 0.23 0.13 0.18 0.17 0.17 0.15 0.15
O3' 0.21 0.24 0.25 0.20 0.20 0.16 0.19 0.11 0.19 0.19 0.21 0.27 0.23 0.19 0.19 0.28 0.21 0.16 0.14 0.18 0.15 0.12 0.12
O4 0.09 0.16 0.11 0.13 0.15 0.13 0.20 0.16 0.22 0.19 0.20 0.14 0.14 0.23 0.13 0.12 0.14 0.10 0.19 0.25 0.18 0.08 0.11
O4' 0.19 0.22 0.21 0.16 0.19 0.14 0.16 0.11 0.16 0.16 0.18 0.24 0.22 0.16 0.18 0.22 0.17 0.14 0.15 0.14 0.15 0.06 0.09
O5' 0.23 0.22 0.23 0.20 0.22 0.19 0.21 0.17 0.20 0.24 0.20 0.24 0.23 0.24 0.23 0.24 0.20 0.20 0.18 0.20 0.18 0.12 0.14
OP1 0.21 0.21 0.24 0.18 0.17 0.17 0.14 0.13 0.13 0.16 0.16 0.25 0.22 0.16 0.18 0.27 0.20 0.17 0.14 0.13 0.10 0.06 0.07
OP2 0.10 0.12 0.11 0.08 0.09 0.09 0.11 0.12 0.12 0.13 0.11 0.15 0.12 0.16 0.08 0.14 0.11 0.07 0.09 0.15 0.11 0.07 0.06
P 0.12 0.13 0.13 0.09 0.10 0.09 0.11 0.09 0.10 0.13 0.10 0.16 0.13 0.15 0.10 0.16 0.11 0.08 0.09 0.12 0.09 0.04 0.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.06 0.02 0.05 0.06 0.05
C2 0.02 0.00 0.06 0.05 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.08 0.07 0.01 0.07 0.03 0.11 0.08 0.07
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.08 0.05 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.06 0.03 0.02
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.05 0.03 0.08 0.05 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.10 0.04 0.03
C4 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.06 0.01 0.11 0.10 0.07
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.05 0.01 0.05 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.04 0.03 0.02 0.02
C5 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01 0.06 0.01 0.14 0.16 0.11
C5' 0.02 0.04 0.01 0.02 0.05 0.00 0.08 0.00 0.08 0.09 0.06 0.05 0.04 0.10 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.09 0.03 0.06 0.01
C6 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.08 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01 0.06 0.01 0.15 0.16 0.11
C8 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.02 0.07 0.02 0.14 0.18 0.12
N1 0.02 0.01 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.07 0.05 0.01 0.05 0.02 0.13 0.12 0.08
N2 0.03 0.01 0.08 0.08 0.01 0.05 0.02 0.05 0.03 0.02 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.11 0.11 0.02 0.08 0.05 0.10 0.08 0.07
N3 0.02 0.01 0.05 0.05 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.07 0.01 0.07 0.02 0.09 0.07 0.06
N7 0.01 0.02 0.03 0.05 0.01 0.04 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.07 0.02 0.16 0.21 0.14
N9 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.06 0.02 0.09 0.10 0.07
O2' 0.02 0.08 0.00 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.05 0.02 0.07 0.11 0.08 0.02 0.02 0.00 0.03 0.04 0.03 0.05 0.06 0.07 0.05
O3' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.06 0.05 0.11 0.07 0.05 0.02 0.03 0.00 0.01 0.07 0.03 0.17 0.07 0.09
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.08 0.02 0.06 0.06 0.06
O5' 0.06 0.07 0.03 0.02 0.06 0.02 0.06 0.00 0.06 0.07 0.05 0.08 0.07 0.07 0.06 0.03 0.07 0.08 0.00 0.06 0.02 0.01 0.01
O6 0.02 0.03 0.03 0.04 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.02 0.02 0.05 0.02 0.02 0.02 0.05 0.03 0.02 0.06 0.00 0.17 0.20 0.13
OP1 0.05 0.11 0.06 0.10 0.11 0.03 0.14 0.03 0.15 0.14 0.13 0.10 0.09 0.16 0.09 0.06 0.17 0.06 0.02 0.17 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.08 0.03 0.04 0.10 0.02 0.16 0.06 0.16 0.18 0.12 0.08 0.07 0.21 0.10 0.07 0.07 0.06 0.01 0.20 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.07 0.02 0.03 0.07 0.02 0.11 0.01 0.11 0.12 0.08 0.07 0.06 0.14 0.07 0.05 0.09 0.06 0.01 0.13 0.00 0.00 0.00