ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49317

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.007, 0.014, 0.021, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.014 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.008, 0.020, 0.032, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.020 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.008, 0.021, 0.033, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.007, 0.020, 0.033, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.020 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.010, 0.024, 0.038, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.024 std_dev=0.014
C6 A 0, 0.010, 0.024, 0.039, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.024 std_dev=0.015
N3 A 0, 0.008, 0.022, 0.037, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.022 std_dev=0.015
O4 A 0, 0.006, 0.036, 0.067, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.036 std_dev=0.031
O2 A 0, 0.003, 0.043, 0.084, 0.130 max_d=0.130 avg_d=0.043 std_dev=0.040
O3' A 0, 0.137, 0.330, 0.523, 0.580 max_d=0.580 avg_d=0.330 std_dev=0.193
C3' A 0, 0.113, 0.381, 0.650, 0.675 max_d=0.675 avg_d=0.381 std_dev=0.268
O4' A 0, 0.148, 0.459, 0.771, 0.736 max_d=0.736 avg_d=0.459 std_dev=0.311
C2' A 0, 0.139, 0.465, 0.791, 0.797 max_d=0.797 avg_d=0.465 std_dev=0.326
C2' B 0, 0.436, 0.773, 1.109, 1.101 max_d=1.101 avg_d=0.773 std_dev=0.336
C4' A 0, 0.159, 0.504, 0.849, 0.803 max_d=0.803 avg_d=0.504 std_dev=0.345
O2' B 0, 0.533, 0.945, 1.357, 1.269 max_d=1.269 avg_d=0.945 std_dev=0.412
O2' A 0, 0.306, 0.872, 1.437, 1.419 max_d=1.419 avg_d=0.872 std_dev=0.565
C5' A 0, 0.286, 0.967, 1.649, 1.559 max_d=1.559 avg_d=0.967 std_dev=0.682
C3' B 0, 0.628, 1.328, 2.027, 1.961 max_d=1.961 avg_d=1.328 std_dev=0.699
C1' B 0, 0.757, 1.752, 2.746, 2.669 max_d=2.669 avg_d=1.752 std_dev=0.995
O5' A 0, 0.383, 1.386, 2.388, 2.360 max_d=2.360 avg_d=1.386 std_dev=1.002
P A 0, 0.452, 1.676, 2.900, 2.883 max_d=2.883 avg_d=1.676 std_dev=1.224
OP2 A 0, 0.469, 1.739, 3.009, 2.978 max_d=2.978 avg_d=1.739 std_dev=1.270
OP1 A 0, 0.513, 1.832, 3.151, 3.100 max_d=3.100 avg_d=1.832 std_dev=1.319
C4' B 0, 0.795, 2.156, 3.517, 3.347 max_d=3.347 avg_d=2.156 std_dev=1.361
O5' B 0, 0.749, 2.233, 3.716, 3.564 max_d=3.564 avg_d=2.233 std_dev=1.483
O4' B 0, 0.867, 2.371, 3.875, 3.625 max_d=3.625 avg_d=2.371 std_dev=1.504
OP2 B 0, 0.658, 2.170, 3.682, 3.543 max_d=3.543 avg_d=2.170 std_dev=1.512
N3 B 0, 1.099, 2.761, 4.423, 4.101 max_d=4.101 avg_d=2.761 std_dev=1.662
O3' B 0, 0.978, 2.677, 4.375, 4.087 max_d=4.087 avg_d=2.677 std_dev=1.698
N9 B 0, 1.111, 3.014, 4.917, 4.661 max_d=4.661 avg_d=3.014 std_dev=1.903
C4 B 0, 1.193, 3.204, 5.214, 4.867 max_d=4.867 avg_d=3.204 std_dev=2.011
C5' B 0, 0.941, 2.977, 5.013, 4.726 max_d=4.726 avg_d=2.977 std_dev=2.036
P B 0, 0.883, 3.148, 5.413, 5.063 max_d=5.063 avg_d=3.148 std_dev=2.265
C2 B 0, 1.354, 3.654, 5.954, 5.520 max_d=5.520 avg_d=3.654 std_dev=2.300
N2 B 0, 1.494, 4.163, 6.832, 6.299 max_d=6.299 avg_d=4.163 std_dev=2.669
N1 B 0, 1.612, 4.617, 7.623, 7.068 max_d=7.068 avg_d=4.617 std_dev=3.006
C5 B 0, 1.573, 4.651, 7.729, 7.156 max_d=7.156 avg_d=4.651 std_dev=3.078
C8 B 0, 1.496, 4.584, 7.673, 7.177 max_d=7.177 avg_d=4.584 std_dev=3.089
C6 B 0, 1.774, 5.294, 8.813, 8.135 max_d=8.135 avg_d=5.294 std_dev=3.519
OP1 B 0, 1.307, 4.923, 8.539, 7.922 max_d=7.922 avg_d=4.923 std_dev=3.616
N7 B 0, 1.761, 5.518, 9.276, 8.608 max_d=8.608 avg_d=5.518 std_dev=3.758
O6 B 0, 2.112, 6.551, 10.991, 10.129 max_d=10.129 avg_d=6.551 std_dev=4.440

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.10 0.23 0.06
C2 0.02 0.00 0.08 0.05 0.01 0.04 0.01 0.09 0.02 0.01 0.01 0.00 0.16 0.06 0.01 0.08 0.19 0.10 0.16 0.08
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.03 0.01 0.09 0.03 0.11 0.00 0.05 0.16 0.00 0.01 0.03 0.01 0.07 0.14 0.22 0.09
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.06 0.00 0.03 0.11 0.01 0.00 0.02 0.01 0.11 0.11 0.18 0.07
C4 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.01 0.07 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.04 0.22 0.13 0.24 0.11
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.04 0.07 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.06 0.16 0.03
C5 0.02 0.01 0.09 0.05 0.01 0.05 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.05 0.02 0.09 0.17 0.12 0.35 0.10
C5' 0.02 0.09 0.03 0.01 0.07 0.01 0.06 0.00 0.05 0.05 0.09 0.11 0.03 0.03 0.07 0.02 0.01 0.02 0.12 0.01
C6 0.02 0.02 0.11 0.06 0.02 0.05 0.01 0.05 0.00 0.01 0.02 0.02 0.17 0.06 0.02 0.11 0.14 0.10 0.37 0.09
N1 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.15 0.09 0.24 0.06
N3 0.02 0.01 0.05 0.03 0.01 0.04 0.01 0.09 0.02 0.01 0.00 0.02 0.11 0.04 0.02 0.06 0.22 0.11 0.17 0.10
O2 0.06 0.00 0.16 0.11 0.02 0.07 0.01 0.11 0.02 0.02 0.02 0.00 0.31 0.13 0.02 0.13 0.18 0.09 0.11 0.07
O2' 0.01 0.16 0.00 0.01 0.03 0.01 0.15 0.03 0.17 0.01 0.11 0.31 0.00 0.03 0.03 0.01 0.09 0.15 0.22 0.09
O3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.03 0.06 0.01 0.04 0.13 0.03 0.00 0.01 0.02 0.10 0.11 0.18 0.07
O4 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.02 0.07 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.03 0.23 0.15 0.24 0.13
O4' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.04 0.00 0.09 0.02 0.11 0.02 0.06 0.13 0.01 0.02 0.03 0.00 0.11 0.07 0.21 0.04
O5' 0.07 0.19 0.07 0.11 0.22 0.02 0.17 0.01 0.14 0.15 0.22 0.18 0.09 0.10 0.23 0.11 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.10 0.10 0.14 0.11 0.13 0.06 0.12 0.02 0.10 0.09 0.11 0.09 0.15 0.11 0.15 0.07 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.23 0.16 0.22 0.18 0.24 0.16 0.35 0.12 0.37 0.24 0.17 0.11 0.22 0.18 0.24 0.21 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.08 0.09 0.07 0.11 0.03 0.10 0.01 0.09 0.06 0.10 0.07 0.09 0.07 0.13 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.45 0.80 0.27 0.51 0.21 0.17 0.70 0.13 0.39 1.53 0.35 1.46 0.63 1.45 0.73 0.11 0.98 0.24 0.21 0.65 0.37 0.22 0.19
C2 0.33 0.65 0.27 0.46 0.18 0.09 0.52 0.13 0.31 1.18 0.31 1.10 0.55 1.08 0.55 0.14 0.92 0.06 0.10 0.49 0.18 0.12 0.08
C2' 0.39 0.79 0.16 0.31 0.28 0.07 0.84 0.15 0.55 1.65 0.29 1.51 0.63 1.64 0.76 0.07 0.68 0.15 0.07 0.87 0.16 0.09 0.07
C3' 0.48 0.88 0.21 0.45 0.27 0.19 0.83 0.14 0.50 1.71 0.35 1.66 0.66 1.68 0.81 0.06 0.88 0.32 0.23 0.82 0.44 0.26 0.23
C4 0.18 0.51 0.18 0.20 0.18 0.69 0.25 0.83 0.20 0.52 0.28 0.76 0.50 0.54 0.16 0.24 0.64 0.68 0.41 0.31 0.71 0.21 0.53
C4' 0.52 0.90 0.35 0.68 0.18 0.37 0.65 0.28 0.29 1.53 0.45 1.62 0.66 1.43 0.74 0.15 1.23 0.38 0.43 0.56 0.70 0.49 0.43
C5 0.09 0.59 0.19 0.25 0.13 0.60 0.30 0.79 0.20 0.71 0.30 0.95 0.55 0.72 0.21 0.22 0.71 0.59 0.37 0.36 0.65 0.18 0.51
C5' 0.49 0.86 0.39 0.74 0.15 0.32 0.58 0.21 0.24 1.40 0.45 1.52 0.62 1.31 0.67 0.21 1.33 0.29 0.44 0.48 0.64 0.57 0.42
C6 0.13 0.69 0.22 0.35 0.09 0.34 0.44 0.51 0.25 1.02 0.32 1.15 0.60 1.00 0.39 0.18 0.84 0.32 0.19 0.47 0.32 0.07 0.28
N1 0.30 0.72 0.25 0.44 0.15 0.11 0.55 0.20 0.32 1.25 0.33 1.24 0.60 1.18 0.56 0.14 0.93 0.05 0.07 0.53 0.14 0.11 0.07
N3 0.12 0.54 0.22 0.33 0.17 0.37 0.35 0.43 0.25 0.75 0.30 0.84 0.50 0.71 0.30 0.19 0.78 0.37 0.17 0.36 0.31 0.07 0.23
O2 0.58 0.66 0.33 0.57 0.28 0.34 0.65 0.34 0.39 1.44 0.31 1.18 0.53 1.27 0.78 0.14 0.95 0.43 0.32 0.56 0.51 0.25 0.33
O2' 0.36 0.77 0.09 0.09 0.36 0.19 0.99 0.22 0.73 1.79 0.26 1.52 0.63 1.85 0.81 0.17 0.31 0.12 0.16 1.11 0.14 0.17 0.17
O3' 0.58 0.91 0.21 0.46 0.34 0.33 0.95 0.31 0.58 1.88 0.34 1.76 0.65 1.87 0.93 0.06 0.85 0.50 0.32 0.93 0.64 0.28 0.36
O4 0.36 0.41 0.17 0.10 0.25 0.98 0.20 1.16 0.21 0.23 0.27 0.55 0.44 0.28 0.20 0.28 0.41 0.97 0.64 0.25 1.09 0.36 0.79
O4' 0.51 0.85 0.40 0.74 0.15 0.38 0.56 0.28 0.23 1.41 0.45 1.49 0.63 1.29 0.69 0.20 1.32 0.35 0.43 0.45 0.67 0.48 0.42
O5' 0.53 0.67 0.48 0.77 0.27 0.27 0.68 0.16 0.39 1.42 0.27 1.28 0.47 1.36 0.73 0.32 1.32 0.27 0.43 0.63 0.50 0.61 0.39
OP1 0.21 0.74 0.27 0.42 0.16 0.32 0.44 0.55 0.26 0.99 0.39 1.24 0.62 0.99 0.40 0.22 0.89 0.31 0.10 0.46 0.28 0.26 0.18
OP2 0.14 0.97 0.24 0.58 0.25 0.16 0.09 0.36 0.21 0.69 0.69 1.45 0.79 0.60 0.19 0.13 1.24 0.27 0.20 0.06 0.25 0.48 0.16
P 0.29 0.77 0.33 0.60 0.10 0.11 0.43 0.29 0.18 1.07 0.42 1.31 0.61 1.02 0.46 0.22 1.17 0.13 0.20 0.39 0.20 0.46 0.15

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.04 0.03 0.02 0.05 0.08 0.06 0.02 0.01 0.03 0.25 0.00 0.38 0.02 0.08 0.64 0.35
C2 0.06 0.00 0.04 0.19 0.01 0.65 0.01 1.28 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.26 0.11 0.58 0.63 0.01 1.26 0.28 0.87
C2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.14 0.01 0.03 0.03 0.06 0.04 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.11 0.02 0.08 0.28 0.10
C3' 0.02 0.19 0.01 0.00 0.06 0.01 0.23 0.02 0.16 0.49 0.05 0.33 0.20 0.45 0.23 0.02 0.01 0.05 0.11 0.24 0.19 0.21 0.13
C4 0.03 0.01 0.01 0.06 0.00 0.25 0.01 0.51 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.05 0.04 0.30 0.25 0.02 0.25 0.79 0.21
C4' 0.01 0.65 0.03 0.01 0.25 0.00 0.04 0.01 0.18 0.46 0.45 0.85 0.63 0.32 0.08 0.32 0.02 0.01 0.02 0.08 0.11 0.06 0.02
C5 0.01 0.01 0.02 0.23 0.01 0.04 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.26 0.08 0.11 0.72 0.01 0.33 1.49 0.77
C5' 0.04 1.28 0.14 0.02 0.51 0.01 0.17 0.00 0.43 0.68 0.93 1.68 1.18 0.47 0.06 0.16 0.23 0.01 0.01 0.27 0.07 0.04 0.02
C6 0.03 0.01 0.01 0.16 0.01 0.18 0.01 0.43 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.17 0.08 0.22 0.46 0.01 0.17 1.24 0.47
C8 0.02 0.01 0.03 0.49 0.01 0.46 0.01 0.68 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.51 0.14 0.33 1.54 0.02 1.21 2.27 1.67
N1 0.05 0.01 0.03 0.05 0.02 0.45 0.01 0.93 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.07 0.03 0.43 0.20 0.01 0.77 0.45 0.35
N2 0.08 0.01 0.06 0.33 0.02 0.85 0.01 1.68 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.45 0.17 0.69 1.16 0.03 1.92 0.98 1.55
N3 0.06 0.01 0.04 0.20 0.00 0.63 0.01 1.18 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.28 0.15 0.59 0.55 0.02 1.08 0.19 0.73
N7 0.02 0.01 0.03 0.45 0.01 0.32 0.01 0.47 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.49 0.17 0.19 1.42 0.02 1.13 2.37 1.61
N9 0.01 0.02 0.01 0.23 0.01 0.08 0.00 0.06 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.20 0.03 0.01 0.74 0.02 0.36 1.23 0.74
O2' 0.03 0.26 0.01 0.02 0.05 0.32 0.26 0.16 0.17 0.51 0.07 0.45 0.28 0.49 0.20 0.00 0.06 0.22 0.19 0.27 0.25 0.24 0.19
O3' 0.25 0.11 0.02 0.01 0.04 0.02 0.08 0.23 0.08 0.14 0.03 0.17 0.15 0.17 0.03 0.06 0.00 0.14 0.12 0.14 0.35 0.17 0.20
O4' 0.00 0.58 0.01 0.05 0.30 0.01 0.11 0.01 0.22 0.33 0.43 0.69 0.59 0.19 0.01 0.22 0.14 0.00 0.38 0.15 0.06 0.55 0.31
O5' 0.38 0.63 0.11 0.11 0.25 0.02 0.72 0.01 0.46 1.54 0.20 1.16 0.55 1.42 0.74 0.19 0.12 0.38 0.00 0.69 0.02 0.04 0.01
O6 0.02 0.01 0.02 0.24 0.02 0.08 0.01 0.27 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.27 0.14 0.15 0.69 0.00 0.32 1.62 0.77
OP1 0.08 1.26 0.08 0.19 0.25 0.11 0.33 0.07 0.17 1.21 0.77 1.92 1.08 1.13 0.36 0.25 0.35 0.06 0.02 0.32 0.00 0.01 0.01
OP2 0.64 0.28 0.28 0.21 0.79 0.06 1.49 0.04 1.24 2.27 0.45 0.98 0.19 2.37 1.23 0.24 0.17 0.55 0.04 1.62 0.01 0.00 0.01
P 0.35 0.87 0.10 0.13 0.21 0.02 0.77 0.02 0.47 1.67 0.35 1.55 0.73 1.61 0.74 0.19 0.20 0.31 0.01 0.77 0.01 0.01 0.00