Doublet Group distance statistics: 49319

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C5	A	0, 0.001, 0.008, 0.015, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.008 std_dev=0.007
N3	A	0, 0.002, 0.014, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.014 std_dev=0.012
C4	A	0, 0.002, 0.017, 0.033, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.017 std_dev=0.016
C2	A	0, 0.002, 0.020, 0.038, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.020 std_dev=0.018
C6	A	0, 0.002, 0.022, 0.041, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.022 std_dev=0.019
C1'	A	0, 0.003, 0.024, 0.046, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.024 std_dev=0.021
N1	A	0, 0.001, 0.026, 0.050, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.026 std_dev=0.024
O2	A	0, 0.008, 0.033, 0.058, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.033 std_dev=0.025
C4'	A	0, 0.014, 0.054, 0.093, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.054 std_dev=0.040
O4'	A	0, 0.012, 0.054, 0.097, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.054 std_dev=0.043
C2'	A	0, 0.014, 0.096, 0.178, 0.195 max_d=0.195 avg_d=0.096 std_dev=0.082
O4	A	0, 0.003, 0.089, 0.176, 0.182 max_d=0.182 avg_d=0.089 std_dev=0.087
O2'	A	0, 0.029, 0.162, 0.295, 0.299 max_d=0.299 avg_d=0.162 std_dev=0.133
C1'	B	0, 0.021, 0.188, 0.355, 0.371 max_d=0.371 avg_d=0.188 std_dev=0.167
C4	B	0, 0.013, 0.284, 0.555, 0.569 max_d=0.569 avg_d=0.284 std_dev=0.271
N9	B	0, 0.017, 0.304, 0.592, 0.595 max_d=0.595 avg_d=0.304 std_dev=0.287
O4'	B	0, 0.019, 0.317, 0.614, 0.635 max_d=0.635 avg_d=0.317 std_dev=0.297
C3'	A	0, 0.017, 0.353, 0.690, 0.691 max_d=0.691 avg_d=0.353 std_dev=0.337
C2'	B	0, 0.034, 0.384, 0.733, 0.767 max_d=0.767 avg_d=0.384 std_dev=0.350
N1	B	0, 0.017, 0.402, 0.786, 0.805 max_d=0.805 avg_d=0.402 std_dev=0.385
C4'	B	0, 0.027, 0.427, 0.827, 0.836 max_d=0.836 avg_d=0.427 std_dev=0.400
C5'	A	0, 0.031, 0.442, 0.853, 0.868 max_d=0.868 avg_d=0.442 std_dev=0.411
N3	B	0, 0.012, 0.448, 0.885, 0.896 max_d=0.896 avg_d=0.448 std_dev=0.437
C5'	B	0, 0.041, 0.509, 0.978, 1.002 max_d=1.002 avg_d=0.509 std_dev=0.469
C2	B	0, 0.016, 0.486, 0.956, 0.959 max_d=0.959 avg_d=0.486 std_dev=0.470
C3'	B	0, 0.034, 0.515, 0.996, 1.019 max_d=1.019 avg_d=0.515 std_dev=0.481
O2'	B	0, 0.037, 0.533, 1.029, 1.065 max_d=1.065 avg_d=0.533 std_dev=0.496
O3'	B	0, 0.032, 0.624, 1.216, 1.229 max_d=1.229 avg_d=0.624 std_dev=0.592
C5	B	0, 0.017, 0.613, 1.208, 1.223 max_d=1.223 avg_d=0.613 std_dev=0.596
C6	B	0, 0.017, 0.654, 1.291, 1.316 max_d=1.316 avg_d=0.654 std_dev=0.637
C8	B	0, 0.022, 0.738, 1.453, 1.453 max_d=1.453 avg_d=0.738 std_dev=0.715
O3'	A	0, 0.024, 0.787, 1.550, 1.566 max_d=1.566 avg_d=0.787 std_dev=0.763
O5'	A	0, 0.035, 0.857, 1.679, 1.682 max_d=1.682 avg_d=0.857 std_dev=0.822
N2	B	0, 0.018, 0.840, 1.662, 1.665 max_d=1.665 avg_d=0.840 std_dev=0.822
P	A	0, 0.046, 0.932, 1.818, 1.829 max_d=1.829 avg_d=0.932 std_dev=0.886
N7	B	0, 0.024, 0.946, 1.868, 1.874 max_d=1.874 avg_d=0.946 std_dev=0.922
O6	B	0, 0.025, 0.987, 1.948, 1.982 max_d=1.982 avg_d=0.987 std_dev=0.962
OP2	A	0, 0.044, 1.320, 2.597, 2.633 max_d=2.633 avg_d=1.320 std_dev=1.276
O5'	B	0, 0.044, 1.515, 2.985, 3.015 max_d=3.015 avg_d=1.515 std_dev=1.470
OP1	A	0, 0.053, 2.211, 4.369, 4.374 max_d=4.374 avg_d=2.211 std_dev=2.158
P	B	0, 0.048, 2.526, 5.004, 5.044 max_d=5.044 avg_d=2.526 std_dev=2.478
OP1	B	0, 0.054, 2.715, 5.376, 5.401 max_d=5.401 avg_d=2.715 std_dev=2.661
OP2	B	0, 0.045, 2.936, 5.827, 5.880 max_d=5.880 avg_d=2.936 std_dev=2.891

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.03	0.00	0.03	0.01	0.01	0.00	0.12	0.01	0.01	0.02	0.04	0.00	0.19	0.02	0.00	0.36	0.55	0.21	0.27
C2	0.03	0.00	0.02	0.01	0.01	0.03	0.01	0.12	0.01	0.00	0.00	0.00	0.09	0.23	0.02	0.03	0.57	0.99	0.45	0.50
C2'	0.00	0.02	0.00	0.00	0.04	0.03	0.06	0.20	0.06	0.01	0.01	0.05	0.00	0.00	0.04	0.01	0.23	0.47	0.05	0.19
C3'	0.03	0.01	0.00	0.00	0.12	0.00	0.17	0.00	0.16	0.04	0.05	0.08	0.01	0.00	0.12	0.02	0.15	0.24	0.05	0.17
C4	0.01	0.01	0.04	0.12	0.00	0.04	0.00	0.21	0.00	0.01	0.01	0.01	0.08	0.03	0.00	0.04	0.70	1.48	0.36	0.68
C4'	0.01	0.03	0.03	0.00	0.04	0.00	0.03	0.00	0.02	0.02	0.04	0.03	0.07	0.02	0.05	0.00	0.01	0.05	0.08	0.03
C5	0.00	0.01	0.06	0.17	0.00	0.03	0.00	0.26	0.00	0.01	0.00	0.01	0.06	0.09	0.00	0.03	0.68	1.49	0.18	0.66
C5'	0.12	0.12	0.20	0.00	0.21	0.00	0.26	0.00	0.26	0.18	0.15	0.06	0.12	0.10	0.23	0.01	0.01	0.01	0.05	0.00
C6	0.01	0.01	0.06	0.16	0.00	0.02	0.00	0.26	0.00	0.00	0.00	0.01	0.05	0.07	0.00	0.01	0.62	1.21	0.13	0.54
N1	0.01	0.00	0.01	0.04	0.01	0.02	0.01	0.18	0.00	0.00	0.00	0.00	0.07	0.12	0.01	0.01	0.54	0.94	0.28	0.46
N3	0.02	0.00	0.01	0.05	0.01	0.04	0.00	0.15	0.00	0.00	0.00	0.01	0.09	0.16	0.01	0.04	0.65	1.26	0.48	0.61
O2	0.04	0.00	0.05	0.08	0.01	0.03	0.01	0.06	0.01	0.00	0.01	0.00	0.11	0.37	0.02	0.02	0.50	0.80	0.53	0.43
O2'	0.00	0.09	0.00	0.01	0.08	0.07	0.06	0.12	0.05	0.07	0.09	0.11	0.00	0.08	0.07	0.05	0.19	0.43	0.07	0.18
O3'	0.19	0.23	0.00	0.00	0.03	0.02	0.09	0.10	0.07	0.12	0.16	0.37	0.08	0.00	0.02	0.19	0.06	0.05	0.09	0.11
O4	0.02	0.02	0.04	0.12	0.00	0.05	0.00	0.23	0.00	0.01	0.01	0.02	0.07	0.02	0.00	0.06	0.70	1.58	0.36	0.70
O4'	0.00	0.03	0.01	0.02	0.04	0.00	0.03	0.01	0.01	0.01	0.04	0.02	0.05	0.19	0.06	0.00	0.29	0.29	0.31	0.18
O5'	0.36	0.57	0.23	0.15	0.70	0.01	0.68	0.01	0.62	0.54	0.65	0.50	0.19	0.06	0.70	0.29	0.00	0.00	0.01	0.00
OP1	0.55	0.99	0.47	0.24	1.48	0.05	1.49	0.01	1.21	0.94	1.26	0.80	0.43	0.05	1.58	0.29	0.00	0.00	0.01	0.00
OP2	0.21	0.45	0.05	0.05	0.36	0.08	0.18	0.05	0.13	0.28	0.48	0.53	0.07	0.09	0.36	0.31	0.01	0.01	0.00	0.00
P	0.27	0.50	0.19	0.17	0.68	0.03	0.66	0.00	0.54	0.46	0.61	0.43	0.18	0.11	0.70	0.18	0.00	0.00	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.05	0.01	0.04	0.21	0.20	0.20	0.38	0.15	0.40	0.38	0.23	0.27	0.02	0.47	0.22	0.06	0.31	0.02	0.59	0.49	0.57	1.63	1.21
C2	0.06	0.12	0.01	0.18	0.20	0.19	0.39	0.11	0.35	0.46	0.13	0.40	0.14	0.52	0.26	0.03	0.27	0.02	0.50	0.44	0.31	1.34	0.97
C2'	0.05	0.03	0.04	0.23	0.24	0.23	0.46	0.19	0.50	0.46	0.29	0.28	0.01	0.57	0.25	0.06	0.35	0.01	0.70	0.64	0.70	1.86	1.37
C3'	0.06	0.19	0.03	0.23	0.30	0.23	0.51	0.17	0.59	0.45	0.44	0.06	0.10	0.58	0.27	0.05	0.37	0.02	0.59	0.73	0.56	1.74	1.24
C4	0.02	0.35	0.01	0.17	0.11	0.25	0.47	0.14	0.40	0.59	0.01	0.66	0.35	0.73	0.23	0.03	0.24	0.17	0.53	0.57	0.16	1.40	0.74
C4'	0.08	0.14	0.03	0.12	0.22	0.15	0.34	0.11	0.38	0.30	0.29	0.03	0.10	0.38	0.20	0.02	0.20	0.04	0.45	0.45	0.37	1.53	1.03
C5	0.01	0.29	0.02	0.16	0.16	0.24	0.51	0.16	0.50	0.57	0.10	0.70	0.27	0.73	0.25	0.05	0.24	0.13	0.60	0.70	0.02	1.66	0.92
C5'	0.11	0.18	0.11	0.06	0.23	0.17	0.33	0.14	0.38	0.29	0.32	0.02	0.13	0.36	0.21	0.18	0.09	0.03	0.45	0.45	0.24	1.60	0.97
C6	0.05	0.17	0.03	0.16	0.21	0.22	0.50	0.15	0.51	0.53	0.19	0.60	0.16	0.66	0.27	0.04	0.25	0.06	0.62	0.67	0.23	1.72	1.07
N1	0.07	0.08	0.01	0.17	0.23	0.20	0.45	0.13	0.44	0.47	0.20	0.44	0.09	0.57	0.27	0.01	0.26	0.00	0.57	0.55	0.37	1.59	1.10
N3	0.01	0.26	0.02	0.18	0.14	0.23	0.41	0.12	0.34	0.53	0.04	0.52	0.29	0.61	0.25	0.02	0.25	0.10	0.49	0.45	0.03	1.25	0.78
O2	0.08	0.03	0.04	0.18	0.18	0.14	0.31	0.08	0.28	0.37	0.13	0.21	0.04	0.40	0.23	0.08	0.28	0.11	0.41	0.33	0.44	1.13	0.94
O2'	0.03	0.02	0.15	0.35	0.16	0.33	0.38	0.33	0.43	0.38	0.23	0.29	0.08	0.50	0.17	0.16	0.45	0.06	0.93	0.57	1.13	2.12	1.71
O3'	0.25	0.02	0.39	0.60	0.04	0.54	0.26	0.47	0.38	0.15	0.27	0.15	0.12	0.30	0.02	0.44	0.76	0.25	0.88	0.54	0.96	1.97	1.57
O4	0.08	0.46	0.02	0.16	0.02	0.25	0.37	0.13	0.28	0.57	0.14	0.70	0.44	0.72	0.14	0.02	0.22	0.24	0.44	0.48	0.51	1.14	0.44
O4'	0.07	0.10	0.01	0.13	0.20	0.14	0.31	0.09	0.33	0.29	0.24	0.10	0.07	0.35	0.19	0.01	0.21	0.04	0.42	0.39	0.34	1.41	0.97
O5'	0.72	0.78	0.70	0.51	0.91	0.46	1.08	0.56	1.13	1.04	1.00	0.48	0.73	1.14	0.89	0.69	0.36	0.63	0.30	1.22	0.63	0.85	0.17
OP1	1.13	1.12	1.14	0.92	1.39	0.94	1.69	1.17	1.79	1.63	1.52	0.68	1.09	1.80	1.38	1.04	0.66	1.10	1.06	2.01	1.68	0.03	0.75
OP2	0.93	1.02	1.03	0.81	1.07	0.60	1.18	0.63	1.23	1.13	1.19	0.82	0.96	1.19	1.05	1.18	0.76	0.68	0.44	1.26	0.89	0.77	0.07
P	0.68	0.75	0.70	0.51	0.87	0.45	1.06	0.57	1.14	1.00	1.01	0.47	0.70	1.11	0.85	0.71	0.37	0.58	0.40	1.26	0.89	0.70	0.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.06	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.03	0.00	0.33	0.01	0.46	0.07	0.21
C2	0.01	0.00	0.08	0.03	0.01	0.19	0.01	0.15	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.02	0.01	0.21	0.01	0.19	0.17	0.02	0.35	0.95	0.35
C2'	0.00	0.08	0.00	0.01	0.05	0.01	0.03	0.09	0.05	0.03	0.07	0.10	0.08	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.66	0.03	0.58	0.60	0.60
C3'	0.00	0.03	0.01	0.00	0.00	0.00	0.02	0.01	0.01	0.06	0.01	0.05	0.03	0.06	0.02	0.02	0.00	0.01	0.40	0.01	0.01	0.48	0.21
C4	0.01	0.01	0.05	0.00	0.00	0.06	0.01	0.04	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.02	0.00	0.09	0.02	0.09	0.21	0.00	0.81	0.28	0.20
C4'	0.01	0.19	0.01	0.00	0.06	0.00	0.02	0.00	0.02	0.18	0.12	0.26	0.19	0.15	0.04	0.02	0.01	0.00	0.00	0.01	0.24	0.06	0.21
C5	0.01	0.01	0.03	0.02	0.01	0.02	0.00	0.17	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.02	0.43	0.01	1.30	0.03	0.58
C5'	0.06	0.15	0.09	0.01	0.04	0.00	0.17	0.00	0.11	0.39	0.04	0.26	0.15	0.36	0.16	0.09	0.03	0.01	0.01	0.17	0.18	0.41	0.01
C6	0.01	0.01	0.05	0.01	0.00	0.02	0.00	0.11	0.00	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.05	0.00	0.06	0.29	0.00	1.21	0.24	0.41
C8	0.01	0.01	0.03	0.06	0.01	0.18	0.00	0.39	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.17	0.02	0.13	0.89	0.02	1.67	0.72	1.14
N1	0.01	0.00	0.07	0.01	0.01	0.12	0.01	0.04	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.14	0.00	0.14	0.02	0.01	0.75	0.70	0.04
N2	0.01	0.00	0.10	0.05	0.01	0.26	0.01	0.26	0.02	0.01	0.01	0.00	0.00	0.02	0.01	0.28	0.01	0.24	0.39	0.02	0.02	1.32	0.70
N3	0.01	0.00	0.08	0.03	0.00	0.19	0.01	0.15	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.02	0.00	0.21	0.01	0.20	0.14	0.01	0.29	0.80	0.31
N7	0.01	0.02	0.01	0.06	0.02	0.15	0.00	0.36	0.01	0.00	0.01	0.02	0.02	0.00	0.01	0.12	0.02	0.09	0.79	0.02	1.81	0.59	1.11
N9	0.00	0.01	0.01	0.02	0.00	0.04	0.01	0.16	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.03	0.02	0.01	0.47	0.01	0.97	0.15	0.50
O2'	0.01	0.21	0.01	0.02	0.09	0.02	0.01	0.09	0.05	0.17	0.14	0.28	0.21	0.12	0.03	0.00	0.02	0.01	0.71	0.01	0.66	0.68	0.69
O3'	0.03	0.01	0.01	0.00	0.02	0.01	0.01	0.03	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.02	0.02	0.02	0.00	0.06	0.20	0.01	0.31	0.18	0.12
O4'	0.00	0.19	0.01	0.01	0.09	0.00	0.02	0.01	0.06	0.13	0.14	0.24	0.20	0.09	0.01	0.01	0.06	0.00	0.05	0.03	0.08	0.24	0.20
O5'	0.33	0.17	0.66	0.40	0.21	0.00	0.43	0.01	0.29	0.89	0.02	0.39	0.14	0.79	0.47	0.71	0.20	0.05	0.00	0.38	0.01	0.02	0.01
O6	0.01	0.02	0.03	0.01	0.00	0.01	0.01	0.17	0.00	0.02	0.01	0.02	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.03	0.38	0.00	1.47	0.09	0.60
OP1	0.46	0.35	0.58	0.01	0.81	0.24	1.30	0.18	1.21	1.67	0.75	0.02	0.29	1.81	0.97	0.66	0.31	0.08	0.01	1.47	0.00	0.01	0.00
OP2	0.07	0.95	0.60	0.48	0.28	0.06	0.03	0.41	0.24	0.72	0.70	1.32	0.80	0.59	0.15	0.68	0.18	0.24	0.02	0.09	0.01	0.00	0.00
P	0.21	0.35	0.60	0.21	0.20	0.21	0.58	0.01	0.41	1.14	0.04	0.70	0.31	1.11	0.50	0.69	0.12	0.20	0.01	0.60	0.00	0.00	0.00