ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49320

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.001, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.002
C6 A 0, 0.001, 0.005, 0.009, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.002, 0.007, 0.011, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.004, 0.009, 0.014, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.009 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.003, 0.011, 0.018, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.007
O4 A 0, 0.003, 0.015, 0.027, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.015 std_dev=0.012
O2 A 0, 0.007, 0.030, 0.053, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.030 std_dev=0.023
O4' A 0, 0.011, 0.077, 0.144, 0.154 max_d=0.154 avg_d=0.077 std_dev=0.067
C2' A 0, 0.012, 0.093, 0.173, 0.178 max_d=0.178 avg_d=0.093 std_dev=0.081
O3' A 0, 0.005, 0.092, 0.179, 0.184 max_d=0.184 avg_d=0.092 std_dev=0.087
C3' A 0, 0.006, 0.115, 0.224, 0.226 max_d=0.226 avg_d=0.115 std_dev=0.109
O2' A 0, 0.026, 0.157, 0.287, 0.307 max_d=0.307 avg_d=0.157 std_dev=0.131
C4' A 0, 0.012, 0.148, 0.284, 0.292 max_d=0.292 avg_d=0.148 std_dev=0.136
O5' B 0, 0.041, 0.229, 0.417, 0.445 max_d=0.445 avg_d=0.229 std_dev=0.188
O4' B 0, 0.035, 0.226, 0.416, 0.456 max_d=0.456 avg_d=0.226 std_dev=0.190
OP1 B 0, 0.050, 0.248, 0.447, 0.477 max_d=0.477 avg_d=0.248 std_dev=0.198
C8 B 0, 0.032, 0.234, 0.437, 0.436 max_d=0.436 avg_d=0.234 std_dev=0.202
C1' B 0, 0.028, 0.235, 0.442, 0.468 max_d=0.468 avg_d=0.235 std_dev=0.207
C5' A 0, 0.023, 0.237, 0.452, 0.458 max_d=0.458 avg_d=0.237 std_dev=0.214
P B 0, 0.045, 0.261, 0.478, 0.513 max_d=0.513 avg_d=0.261 std_dev=0.216
N9 B 0, 0.023, 0.242, 0.460, 0.472 max_d=0.472 avg_d=0.242 std_dev=0.218
C4' B 0, 0.032, 0.258, 0.485, 0.508 max_d=0.508 avg_d=0.258 std_dev=0.227
N7 B 0, 0.035, 0.270, 0.505, 0.518 max_d=0.518 avg_d=0.270 std_dev=0.235
OP2 B 0, 0.058, 0.295, 0.531, 0.572 max_d=0.572 avg_d=0.295 std_dev=0.236
C2' B 0, 0.033, 0.272, 0.510, 0.539 max_d=0.539 avg_d=0.272 std_dev=0.239
O5' A 0, 0.010, 0.259, 0.508, 0.514 max_d=0.514 avg_d=0.259 std_dev=0.249
C5' B 0, 0.032, 0.289, 0.545, 0.571 max_d=0.571 avg_d=0.289 std_dev=0.257
C3' B 0, 0.030, 0.293, 0.556, 0.581 max_d=0.581 avg_d=0.293 std_dev=0.263
C4 B 0, 0.016, 0.280, 0.544, 0.548 max_d=0.548 avg_d=0.280 std_dev=0.264
C5 B 0, 0.028, 0.305, 0.582, 0.596 max_d=0.596 avg_d=0.305 std_dev=0.277
O3' B 0, 0.030, 0.320, 0.611, 0.632 max_d=0.632 avg_d=0.320 std_dev=0.290
N3 B 0, 0.010, 0.303, 0.596, 0.603 max_d=0.603 avg_d=0.303 std_dev=0.293
O2' B 0, 0.039, 0.335, 0.631, 0.664 max_d=0.664 avg_d=0.335 std_dev=0.296
P A 0, 0.009, 0.327, 0.646, 0.648 max_d=0.648 avg_d=0.327 std_dev=0.319
OP2 A 0, 0.004, 0.326, 0.649, 0.650 max_d=0.650 avg_d=0.326 std_dev=0.323
C6 B 0, 0.034, 0.369, 0.704, 0.726 max_d=0.726 avg_d=0.369 std_dev=0.335
OP1 A 0, 0.021, 0.356, 0.692, 0.692 max_d=0.692 avg_d=0.356 std_dev=0.336
C2 B 0, 0.013, 0.354, 0.694, 0.712 max_d=0.712 avg_d=0.354 std_dev=0.340
O6 B 0, 0.050, 0.413, 0.775, 0.806 max_d=0.806 avg_d=0.413 std_dev=0.363
N2 B 0, 0.020, 0.383, 0.746, 0.774 max_d=0.774 avg_d=0.383 std_dev=0.363
N1 B 0, 0.023, 0.387, 0.752, 0.779 max_d=0.779 avg_d=0.387 std_dev=0.365

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01
C2 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.04 0.02
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.05 0.02 0.04
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02
C4 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 0.01 0.05 0.13 0.12 0.10
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.06 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01
C5 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.02 0.00 0.02 0.09 0.15 0.15 0.13
C5' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.00 0.10 0.00 0.09 0.04 0.03 0.04 0.00 0.01 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00
C6 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.06 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.02 0.08 0.02 0.00 0.03 0.07 0.11 0.12 0.10
N1 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.06 0.04
N3 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.09 0.07 0.06
O2 0.02 0.00 0.03 0.02 0.00 0.05 0.01 0.04 0.02 0.02 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.05 0.05 0.02 0.01 0.02
O2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.08 0.00 0.08 0.02 0.02 0.04 0.00 0.02 0.05 0.01 0.03 0.08 0.02 0.05
O3' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01
O4 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.02 0.00 0.01 0.06 0.15 0.13 0.12
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02
O5' 0.02 0.02 0.03 0.02 0.05 0.01 0.09 0.00 0.07 0.01 0.02 0.05 0.03 0.03 0.06 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.01 0.04 0.05 0.03 0.13 0.01 0.15 0.00 0.11 0.05 0.09 0.02 0.08 0.03 0.15 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.04 0.02 0.01 0.12 0.02 0.15 0.02 0.12 0.06 0.07 0.01 0.02 0.02 0.13 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.02 0.04 0.02 0.10 0.01 0.13 0.00 0.10 0.04 0.06 0.02 0.05 0.01 0.12 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.07 0.02 0.06 0.06 0.10 0.11 0.14 0.14 0.13 0.15 0.07 0.07 0.03 0.17 0.10 0.01 0.02 0.11 0.06 0.15 0.04 0.04 0.05
C2 0.07 0.03 0.07 0.07 0.08 0.10 0.12 0.14 0.09 0.16 0.03 0.09 0.02 0.16 0.10 0.03 0.02 0.11 0.07 0.11 0.05 0.05 0.06
C2' 0.06 0.03 0.05 0.06 0.10 0.10 0.15 0.13 0.14 0.15 0.08 0.05 0.03 0.18 0.10 0.01 0.02 0.10 0.05 0.17 0.02 0.02 0.03
C3' 0.07 0.04 0.05 0.07 0.09 0.10 0.13 0.13 0.13 0.14 0.08 0.04 0.05 0.16 0.09 0.01 0.04 0.10 0.04 0.15 0.01 0.02 0.02
C4 0.03 0.18 0.01 0.02 0.08 0.05 0.02 0.11 0.05 0.09 0.13 0.21 0.16 0.09 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01
C4' 0.09 0.07 0.07 0.08 0.12 0.12 0.15 0.14 0.14 0.15 0.11 0.02 0.08 0.17 0.11 0.02 0.05 0.12 0.06 0.16 0.01 0.04 0.03
C5 0.03 0.20 0.01 0.02 0.07 0.06 0.01 0.11 0.05 0.08 0.15 0.25 0.16 0.10 0.02 0.05 0.04 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00
C5' 0.06 0.07 0.04 0.05 0.10 0.08 0.13 0.10 0.13 0.12 0.10 0.02 0.07 0.14 0.09 0.01 0.03 0.09 0.02 0.15 0.04 0.00 0.01
C6 0.01 0.14 0.01 0.03 0.01 0.07 0.06 0.12 0.03 0.11 0.07 0.22 0.11 0.13 0.03 0.04 0.02 0.06 0.03 0.07 0.01 0.01 0.02
N1 0.05 0.05 0.05 0.05 0.06 0.10 0.11 0.14 0.09 0.14 0.02 0.13 0.03 0.16 0.08 0.01 0.01 0.09 0.05 0.11 0.03 0.04 0.04
N3 0.03 0.09 0.05 0.05 0.02 0.08 0.06 0.13 0.03 0.13 0.05 0.14 0.08 0.13 0.05 0.01 0.01 0.07 0.06 0.05 0.04 0.03 0.05
O2 0.11 0.05 0.11 0.10 0.12 0.13 0.14 0.15 0.12 0.17 0.08 0.01 0.06 0.17 0.14 0.07 0.06 0.14 0.09 0.13 0.07 0.07 0.08
O2' 0.06 0.03 0.06 0.06 0.10 0.10 0.15 0.15 0.15 0.17 0.09 0.05 0.03 0.19 0.10 0.01 0.01 0.10 0.07 0.19 0.06 0.05 0.06
O3' 0.09 0.05 0.07 0.09 0.10 0.13 0.14 0.16 0.13 0.15 0.08 0.03 0.06 0.16 0.11 0.02 0.06 0.13 0.07 0.15 0.03 0.05 0.05
O4 0.07 0.20 0.03 0.02 0.14 0.02 0.09 0.08 0.12 0.03 0.17 0.23 0.19 0.02 0.08 0.05 0.05 0.05 0.02 0.08 0.01 0.02 0.01
O4' 0.10 0.08 0.08 0.08 0.14 0.12 0.17 0.15 0.16 0.17 0.12 0.03 0.09 0.19 0.13 0.03 0.04 0.13 0.08 0.18 0.04 0.06 0.06
O5' 0.07 0.07 0.06 0.07 0.11 0.10 0.15 0.11 0.15 0.14 0.11 0.04 0.07 0.16 0.10 0.02 0.04 0.10 0.03 0.17 0.04 0.01 0.01
OP1 0.06 0.09 0.07 0.05 0.04 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.05 0.12 0.07 0.02 0.04 0.10 0.07 0.03 0.11 0.05 0.19 0.15 0.15
OP2 0.02 0.01 0.04 0.03 0.02 0.01 0.06 0.01 0.08 0.04 0.05 0.05 0.01 0.07 0.01 0.08 0.05 0.01 0.07 0.12 0.14 0.09 0.10
P 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.06 0.04 0.07 0.06 0.04 0.06 0.01 0.08 0.03 0.05 0.02 0.03 0.05 0.11 0.13 0.08 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.07 0.04 0.05
C2 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.09 0.01 0.18 0.12 0.13
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.03 0.06 0.04
C4 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.09 0.01 0.16 0.11 0.12
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
C5 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.10 0.01 0.19 0.14 0.15
C5' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.04 0.03 0.01
C6 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.01 0.10 0.00 0.21 0.15 0.15
C8 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.10 0.01 0.16 0.13 0.14
N1 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01 0.10 0.00 0.20 0.14 0.14
N2 0.03 0.00 0.04 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.03 0.03 0.09 0.01 0.18 0.12 0.13
N3 0.02 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02 0.09 0.00 0.16 0.10 0.12
N7 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.10 0.01 0.20 0.15 0.16
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.01 0.13 0.10 0.11
O2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.05 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.05 0.03
O3' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.06 0.04
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.06 0.06 0.06
O5' 0.04 0.09 0.02 0.04 0.09 0.01 0.10 0.00 0.10 0.10 0.10 0.09 0.09 0.10 0.08 0.03 0.03 0.05 0.00 0.11 0.00 0.01 0.01
O6 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.11 0.00 0.22 0.17 0.17
OP1 0.07 0.18 0.01 0.03 0.16 0.01 0.19 0.04 0.21 0.16 0.20 0.18 0.16 0.20 0.13 0.01 0.02 0.06 0.00 0.22 0.00 0.01 0.00
OP2 0.04 0.12 0.03 0.06 0.11 0.01 0.14 0.03 0.15 0.13 0.14 0.12 0.10 0.15 0.10 0.05 0.06 0.06 0.01 0.17 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.13 0.01 0.04 0.12 0.01 0.15 0.01 0.15 0.14 0.14 0.13 0.12 0.16 0.11 0.03 0.04 0.06 0.01 0.17 0.00 0.00 0.00