ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49321

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.004, 0.009, 0.015, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.002, 0.010, 0.019, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.010 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.005, 0.015, 0.025, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.015 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.005, 0.015, 0.025, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.015 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.005, 0.017, 0.029, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.017 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.004, 0.017, 0.030, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.017 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.002, 0.020, 0.037, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.020 std_dev=0.018
O2 A 0, 0.002, 0.021, 0.041, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.021 std_dev=0.019
O4 A 0, 0.009, 0.031, 0.054, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.031 std_dev=0.023
C2' A 0, 0.029, 0.072, 0.114, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.072 std_dev=0.043
O4' A 0, 0.013, 0.065, 0.117, 0.119 max_d=0.119 avg_d=0.065 std_dev=0.052
O2' A 0, 0.038, 0.102, 0.165, 0.174 max_d=0.174 avg_d=0.102 std_dev=0.063
C3' A 0, 0.036, 0.100, 0.164, 0.174 max_d=0.174 avg_d=0.100 std_dev=0.064
C4' A 0, 0.028, 0.102, 0.175, 0.179 max_d=0.179 avg_d=0.102 std_dev=0.074
O3' A 0, 0.051, 0.135, 0.219, 0.230 max_d=0.230 avg_d=0.135 std_dev=0.084
C4' B 0, 0.059, 0.145, 0.230, 0.221 max_d=0.221 avg_d=0.145 std_dev=0.086
O4' B 0, 0.057, 0.146, 0.236, 0.234 max_d=0.234 avg_d=0.146 std_dev=0.089
O5' A 0, 0.055, 0.151, 0.247, 0.256 max_d=0.256 avg_d=0.151 std_dev=0.096
C5' B 0, 0.064, 0.166, 0.267, 0.261 max_d=0.261 avg_d=0.166 std_dev=0.101
P A 0, 0.069, 0.174, 0.279, 0.280 max_d=0.280 avg_d=0.174 std_dev=0.105
C1' B 0, 0.070, 0.176, 0.282, 0.285 max_d=0.285 avg_d=0.176 std_dev=0.106
N9 B 0, 0.072, 0.179, 0.286, 0.276 max_d=0.276 avg_d=0.179 std_dev=0.107
C8 B 0, 0.075, 0.182, 0.289, 0.273 max_d=0.273 avg_d=0.182 std_dev=0.107
OP2 A 0, 0.073, 0.183, 0.293, 0.292 max_d=0.292 avg_d=0.183 std_dev=0.110
C3' B 0, 0.077, 0.190, 0.303, 0.285 max_d=0.285 avg_d=0.190 std_dev=0.113
N7 B 0, 0.081, 0.195, 0.309, 0.278 max_d=0.278 avg_d=0.195 std_dev=0.114
OP1 A 0, 0.081, 0.197, 0.314, 0.303 max_d=0.303 avg_d=0.197 std_dev=0.117
C4 B 0, 0.080, 0.199, 0.318, 0.311 max_d=0.311 avg_d=0.199 std_dev=0.119
C5 B 0, 0.084, 0.204, 0.323, 0.300 max_d=0.300 avg_d=0.204 std_dev=0.119
C2' B 0, 0.082, 0.205, 0.328, 0.319 max_d=0.319 avg_d=0.205 std_dev=0.123
OP2 B 0, 0.088, 0.213, 0.339, 0.320 max_d=0.320 avg_d=0.213 std_dev=0.126
P B 0, 0.084, 0.214, 0.345, 0.347 max_d=0.347 avg_d=0.214 std_dev=0.130
N3 B 0, 0.085, 0.216, 0.347, 0.352 max_d=0.352 avg_d=0.216 std_dev=0.131
C6 B 0, 0.093, 0.224, 0.356, 0.328 max_d=0.328 avg_d=0.224 std_dev=0.131
O2' B 0, 0.078, 0.213, 0.348, 0.355 max_d=0.355 avg_d=0.213 std_dev=0.135
O6 B 0, 0.100, 0.237, 0.375, 0.329 max_d=0.329 avg_d=0.237 std_dev=0.138
O3' B 0, 0.083, 0.222, 0.361, 0.347 max_d=0.347 avg_d=0.222 std_dev=0.139
C5' A 0, 0.049, 0.190, 0.330, 0.343 max_d=0.343 avg_d=0.190 std_dev=0.141
C2 B 0, 0.092, 0.233, 0.374, 0.380 max_d=0.380 avg_d=0.233 std_dev=0.141
N1 B 0, 0.096, 0.237, 0.379, 0.371 max_d=0.371 avg_d=0.237 std_dev=0.141
N2 B 0, 0.100, 0.258, 0.417, 0.431 max_d=0.431 avg_d=0.258 std_dev=0.158
O5' B 0, 0.084, 0.251, 0.417, 0.411 max_d=0.411 avg_d=0.251 std_dev=0.167
OP1 B 0, 0.092, 0.289, 0.487, 0.517 max_d=0.517 avg_d=0.289 std_dev=0.197

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05 0.06 0.03 0.04
C2 0.02 0.00 0.04 0.04 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.02 0.09 0.09 0.07 0.07
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.06 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.06 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.03 0.03
C4 0.02 0.01 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.02 0.11 0.11 0.10 0.10
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.05 0.00 0.01
C5 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.11 0.11 0.10 0.11
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.06 0.00 0.07 0.00 0.06 0.04 0.05 0.03 0.02 0.01 0.06 0.01 0.00 0.05 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.11 0.11 0.08 0.10
N1 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.09 0.09 0.06 0.07
N3 0.02 0.00 0.03 0.04 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.01 0.10 0.10 0.08 0.09
O2 0.03 0.00 0.06 0.06 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.07 0.01 0.03 0.08 0.08 0.06 0.06
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.04 0.05 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01 0.04 0.01 0.02
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.07 0.01 0.00 0.04 0.00 0.07 0.03 0.06 0.06
O4 0.02 0.01 0.03 0.03 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.04 0.00 0.02 0.11 0.11 0.10 0.11
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.07 0.03 0.05
O5' 0.05 0.09 0.01 0.04 0.11 0.01 0.11 0.00 0.11 0.09 0.10 0.08 0.01 0.07 0.11 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.06 0.09 0.03 0.01 0.11 0.05 0.11 0.05 0.11 0.09 0.10 0.08 0.04 0.03 0.11 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.07 0.02 0.03 0.10 0.00 0.10 0.01 0.08 0.06 0.08 0.06 0.01 0.06 0.10 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.07 0.01 0.03 0.10 0.01 0.11 0.01 0.10 0.07 0.09 0.06 0.02 0.06 0.11 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.04 0.05 0.09 0.06 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.07 0.05 0.02 0.01 0.13 0.08 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.02
C2 0.05 0.03 0.09 0.06 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.04 0.01 0.05 0.04 0.05 0.02 0.14 0.08 0.02 0.04 0.03 0.02 0.04 0.03
C2' 0.05 0.08 0.11 0.08 0.05 0.04 0.03 0.02 0.04 0.02 0.06 0.10 0.08 0.02 0.04 0.14 0.11 0.01 0.05 0.03 0.03 0.00 0.01
C3' 0.06 0.09 0.13 0.11 0.06 0.05 0.04 0.01 0.05 0.03 0.07 0.12 0.09 0.02 0.05 0.17 0.14 0.01 0.06 0.04 0.04 0.01 0.02
C4 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.06 0.04 0.06 0.02 0.01 0.00 0.06 0.03 0.07 0.03 0.05 0.02 0.05 0.04 0.06 0.05
C4' 0.05 0.06 0.11 0.08 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.09 0.06 0.02 0.02 0.16 0.11 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02
C5 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.04 0.06 0.03 0.05 0.02 0.02 0.00 0.06 0.03 0.06 0.02 0.05 0.02 0.04 0.05 0.06 0.06
C5' 0.07 0.07 0.14 0.11 0.04 0.06 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.10 0.08 0.01 0.04 0.19 0.14 0.02 0.06 0.01 0.02 0.01 0.01
C6 0.02 0.02 0.05 0.02 0.02 0.02 0.03 0.06 0.03 0.05 0.02 0.03 0.02 0.06 0.03 0.09 0.04 0.05 0.02 0.04 0.04 0.05 0.05
N1 0.03 0.03 0.08 0.05 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.03 0.02 0.05 0.04 0.04 0.02 0.13 0.07 0.03 0.03 0.03 0.02 0.04 0.03
N3 0.03 0.00 0.07 0.04 0.01 0.02 0.04 0.04 0.04 0.05 0.02 0.02 0.01 0.06 0.02 0.12 0.06 0.03 0.02 0.05 0.02 0.05 0.04
O2 0.08 0.05 0.12 0.08 0.03 0.05 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.07 0.07 0.04 0.04 0.17 0.10 0.03 0.07 0.03 0.04 0.04 0.04
O2' 0.03 0.06 0.08 0.06 0.03 0.03 0.01 0.03 0.02 0.01 0.04 0.08 0.05 0.01 0.02 0.11 0.08 0.03 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01
O3' 0.07 0.10 0.14 0.12 0.07 0.06 0.06 0.03 0.07 0.04 0.09 0.13 0.10 0.04 0.06 0.18 0.16 0.01 0.07 0.06 0.06 0.02 0.03
O4 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.05 0.07 0.05 0.06 0.03 0.01 0.02 0.07 0.04 0.05 0.02 0.05 0.04 0.05 0.05 0.07 0.06
O4' 0.04 0.05 0.09 0.06 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.08 0.05 0.03 0.01 0.14 0.08 0.02 0.03 0.02 0.02 0.04 0.04
O5' 0.10 0.09 0.15 0.13 0.08 0.09 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.11 0.10 0.05 0.08 0.19 0.16 0.06 0.10 0.05 0.07 0.05 0.06
OP1 0.10 0.11 0.16 0.14 0.09 0.10 0.07 0.05 0.07 0.06 0.09 0.13 0.11 0.05 0.08 0.19 0.16 0.06 0.10 0.05 0.06 0.05 0.05
OP2 0.08 0.08 0.13 0.11 0.06 0.08 0.04 0.05 0.04 0.04 0.06 0.10 0.08 0.03 0.06 0.17 0.14 0.04 0.08 0.03 0.04 0.04 0.04
P 0.09 0.09 0.14 0.12 0.07 0.09 0.05 0.05 0.05 0.05 0.07 0.11 0.09 0.03 0.07 0.18 0.15 0.05 0.09 0.04 0.05 0.04 0.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.05 0.00 0.01
C2 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.04 0.00 0.05 0.03 0.02
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.03 0.05 0.03
C4 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.02
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01
C5 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.02
C5' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.03 0.02 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.02 0.02
C8 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.03 0.01 0.02
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.03 0.02
N2 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.04 0.01 0.05 0.03 0.03
N3 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.05 0.02 0.02
N7 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.02
N9 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.04 0.01 0.02
O2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02
O3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.01 0.02 0.06 0.04
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.01 0.05 0.02 0.03
O5' 0.04 0.04 0.01 0.04 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.05 0.04 0.04 0.04 0.04 0.05 0.02 0.07 0.06 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00
O6 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.02 0.02
OP1 0.05 0.05 0.03 0.03 0.04 0.03 0.04 0.04 0.03 0.03 0.04 0.05 0.05 0.03 0.04 0.03 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00
OP2 0.00 0.03 0.03 0.05 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.06 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00