ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49323

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.001, 0.009, 0.017, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.009 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.004, 0.012, 0.021, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.005, 0.016, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.016 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.004, 0.016, 0.028, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.006, 0.021, 0.036, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.015
C5 A 0, 0.006, 0.022, 0.038, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.022 std_dev=0.016
N3 A 0, 0.010, 0.026, 0.042, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.026 std_dev=0.016
O2 A 0, 0.003, 0.025, 0.047, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.025 std_dev=0.022
O4 A 0, 0.009, 0.037, 0.065, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.037 std_dev=0.028
C2 B 0, 0.098, 0.243, 0.387, 0.368 max_d=0.368 avg_d=0.243 std_dev=0.145
O4' A 0, 0.113, 0.281, 0.450, 0.420 max_d=0.420 avg_d=0.281 std_dev=0.168
N1 B 0, 0.097, 0.281, 0.464, 0.479 max_d=0.479 avg_d=0.281 std_dev=0.184
C2' A 0, 0.125, 0.313, 0.501, 0.477 max_d=0.477 avg_d=0.313 std_dev=0.188
N3 B 0, 0.137, 0.327, 0.517, 0.458 max_d=0.458 avg_d=0.327 std_dev=0.190
N2 B 0, 0.127, 0.323, 0.519, 0.526 max_d=0.526 avg_d=0.323 std_dev=0.196
O2' A 0, 0.142, 0.360, 0.579, 0.589 max_d=0.589 avg_d=0.360 std_dev=0.219
O5' A 0, 0.155, 0.385, 0.615, 0.579 max_d=0.579 avg_d=0.385 std_dev=0.230
C6 B 0, 0.082, 0.314, 0.546, 0.634 max_d=0.634 avg_d=0.314 std_dev=0.232
C4 B 0, 0.161, 0.415, 0.670, 0.693 max_d=0.693 avg_d=0.415 std_dev=0.255
P A 0, 0.154, 0.411, 0.669, 0.709 max_d=0.709 avg_d=0.411 std_dev=0.257
C5 B 0, 0.139, 0.401, 0.663, 0.732 max_d=0.732 avg_d=0.401 std_dev=0.262
C4' A 0, 0.188, 0.468, 0.748, 0.713 max_d=0.713 avg_d=0.468 std_dev=0.280
C3' A 0, 0.202, 0.502, 0.802, 0.755 max_d=0.755 avg_d=0.502 std_dev=0.300
O6 B 0, 0.102, 0.408, 0.714, 0.861 max_d=0.861 avg_d=0.408 std_dev=0.306
OP1 A 0, 0.200, 0.516, 0.832, 0.792 max_d=0.792 avg_d=0.516 std_dev=0.316
OP2 A 0, 0.095, 0.429, 0.762, 0.927 max_d=0.927 avg_d=0.429 std_dev=0.333
N7 B 0, 0.213, 0.594, 0.974, 1.053 max_d=1.053 avg_d=0.594 std_dev=0.381
N9 B 0, 0.239, 0.647, 1.056, 1.111 max_d=1.111 avg_d=0.647 std_dev=0.409
O2' B 0, 0.236, 0.647, 1.059, 1.142 max_d=1.142 avg_d=0.647 std_dev=0.412
O3' A 0, 0.286, 0.708, 1.131, 1.086 max_d=1.086 avg_d=0.708 std_dev=0.423
C8 B 0, 0.263, 0.719, 1.175, 1.243 max_d=1.243 avg_d=0.719 std_dev=0.456
C5' A 0, 0.300, 0.761, 1.221, 1.141 max_d=1.141 avg_d=0.761 std_dev=0.460
C2' B 0, 0.261, 0.738, 1.215, 1.282 max_d=1.282 avg_d=0.738 std_dev=0.477
C1' B 0, 0.295, 0.822, 1.349, 1.378 max_d=1.378 avg_d=0.822 std_dev=0.527
C3' B 0, 0.333, 1.040, 1.748, 1.738 max_d=1.738 avg_d=1.040 std_dev=0.708
O4' B 0, 0.347, 1.079, 1.811, 1.814 max_d=1.814 avg_d=1.079 std_dev=0.732
O3' B 0, 0.394, 1.160, 1.925, 1.868 max_d=1.868 avg_d=1.160 std_dev=0.765
C4' B 0, 0.353, 1.159, 1.964, 1.956 max_d=1.956 avg_d=1.159 std_dev=0.805
O5' B 0, 0.271, 1.124, 1.976, 1.999 max_d=1.999 avg_d=1.124 std_dev=0.852
C5' B 0, 0.322, 1.219, 2.116, 2.115 max_d=2.115 avg_d=1.219 std_dev=0.897
OP2 B 0, 0.238, 1.163, 2.088, 2.148 max_d=2.148 avg_d=1.163 std_dev=0.925
P B 0, 0.309, 1.269, 2.229, 2.286 max_d=2.286 avg_d=1.269 std_dev=0.960
OP1 B 0, 0.375, 1.470, 2.564, 2.595 max_d=2.595 avg_d=1.470 std_dev=1.095

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.15 0.17 0.16 0.13
C2 0.02 0.00 0.06 0.07 0.02 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.08 0.02 0.01 0.18 0.20 0.22 0.18
C2' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.09 0.01 0.10 0.01 0.09 0.05 0.08 0.07 0.00 0.01 0.09 0.00 0.06 0.08 0.12 0.07
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.06 0.01 0.06 0.01 0.06 0.04 0.08 0.08 0.03 0.00 0.06 0.01 0.11 0.06 0.08 0.09
C4 0.03 0.02 0.09 0.06 0.00 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.03 0.12 0.07 0.00 0.01 0.18 0.20 0.24 0.19
C4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.07 0.01 0.03 0.00 0.03 0.11 0.06 0.03
C5 0.03 0.01 0.10 0.06 0.01 0.04 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.02 0.10 0.06 0.02 0.02 0.18 0.22 0.24 0.19
C5' 0.02 0.05 0.01 0.01 0.07 0.01 0.08 0.00 0.06 0.04 0.06 0.03 0.07 0.03 0.07 0.02 0.01 0.14 0.07 0.02
C6 0.03 0.01 0.09 0.06 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.02 0.07 0.06 0.01 0.02 0.19 0.21 0.21 0.18
N1 0.02 0.01 0.05 0.04 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.04 0.01 0.01 0.18 0.19 0.20 0.17
N3 0.03 0.01 0.08 0.08 0.01 0.04 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.03 0.12 0.09 0.02 0.01 0.19 0.21 0.24 0.19
O2 0.01 0.01 0.07 0.08 0.03 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.08 0.09 0.04 0.02 0.17 0.19 0.21 0.17
O2' 0.02 0.09 0.00 0.03 0.12 0.07 0.10 0.07 0.07 0.06 0.12 0.08 0.00 0.01 0.13 0.06 0.03 0.01 0.06 0.03
O3' 0.02 0.08 0.01 0.00 0.07 0.01 0.06 0.03 0.06 0.04 0.09 0.09 0.01 0.00 0.07 0.01 0.22 0.14 0.12 0.18
O4 0.03 0.02 0.09 0.06 0.00 0.03 0.02 0.07 0.01 0.01 0.02 0.04 0.13 0.07 0.00 0.01 0.17 0.20 0.23 0.18
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.01 0.00 0.19 0.21 0.14 0.15
O5' 0.15 0.18 0.06 0.11 0.18 0.03 0.18 0.01 0.19 0.18 0.19 0.17 0.03 0.22 0.17 0.19 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.17 0.20 0.08 0.06 0.20 0.11 0.22 0.14 0.21 0.19 0.21 0.19 0.01 0.14 0.20 0.21 0.02 0.00 0.03 0.00
OP2 0.16 0.22 0.12 0.08 0.24 0.06 0.24 0.07 0.21 0.20 0.24 0.21 0.06 0.12 0.23 0.14 0.02 0.03 0.00 0.01
P 0.13 0.18 0.07 0.09 0.19 0.03 0.19 0.02 0.18 0.17 0.19 0.17 0.03 0.18 0.18 0.15 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.18 0.04 0.06 0.09 0.08 0.14 0.06 0.14 0.08 0.11 0.10 0.07 0.06 0.07 0.13 0.08 0.14 0.19 0.17 0.13 0.21 0.20 0.17
C2 0.15 0.12 0.04 0.05 0.07 0.10 0.06 0.11 0.06 0.14 0.12 0.17 0.06 0.10 0.13 0.06 0.08 0.15 0.17 0.07 0.24 0.25 0.19
C2' 0.27 0.10 0.14 0.19 0.17 0.25 0.12 0.25 0.10 0.17 0.10 0.07 0.17 0.13 0.21 0.12 0.25 0.30 0.27 0.14 0.30 0.29 0.26
C3' 0.21 0.12 0.08 0.12 0.13 0.18 0.08 0.17 0.07 0.11 0.06 0.13 0.16 0.07 0.15 0.07 0.19 0.23 0.17 0.12 0.19 0.16 0.15
C4 0.07 0.12 0.17 0.21 0.08 0.15 0.07 0.11 0.07 0.08 0.10 0.13 0.11 0.09 0.06 0.16 0.21 0.10 0.06 0.06 0.08 0.12 0.06
C4' 0.17 0.08 0.05 0.07 0.10 0.13 0.09 0.10 0.10 0.10 0.08 0.09 0.12 0.09 0.12 0.06 0.14 0.18 0.11 0.16 0.12 0.09 0.09
C5 0.07 0.08 0.18 0.22 0.06 0.16 0.06 0.15 0.06 0.06 0.07 0.08 0.07 0.06 0.06 0.15 0.19 0.11 0.12 0.06 0.07 0.09 0.10
C5' 0.15 0.12 0.07 0.07 0.12 0.10 0.13 0.09 0.15 0.12 0.12 0.12 0.13 0.14 0.13 0.05 0.10 0.15 0.09 0.19 0.09 0.06 0.09
C6 0.05 0.06 0.12 0.13 0.04 0.08 0.06 0.08 0.09 0.05 0.09 0.07 0.04 0.07 0.05 0.11 0.11 0.06 0.08 0.11 0.07 0.10 0.08
N1 0.11 0.08 0.05 0.05 0.04 0.07 0.05 0.07 0.08 0.08 0.11 0.11 0.02 0.06 0.09 0.06 0.07 0.11 0.11 0.12 0.16 0.16 0.12
N3 0.08 0.15 0.07 0.08 0.09 0.05 0.09 0.04 0.08 0.14 0.13 0.18 0.12 0.12 0.11 0.10 0.11 0.08 0.11 0.07 0.20 0.23 0.15
O2 0.25 0.11 0.14 0.17 0.11 0.22 0.09 0.23 0.06 0.19 0.12 0.20 0.06 0.14 0.20 0.12 0.19 0.26 0.28 0.07 0.35 0.34 0.29
O2' 0.42 0.26 0.28 0.35 0.30 0.43 0.23 0.41 0.18 0.28 0.19 0.26 0.32 0.22 0.34 0.24 0.42 0.47 0.42 0.16 0.44 0.40 0.40
O3' 0.24 0.18 0.11 0.17 0.16 0.24 0.09 0.22 0.05 0.11 0.08 0.23 0.21 0.06 0.17 0.09 0.25 0.29 0.21 0.11 0.22 0.17 0.18
O4 0.14 0.12 0.24 0.30 0.11 0.24 0.10 0.19 0.08 0.10 0.10 0.13 0.14 0.12 0.10 0.19 0.30 0.18 0.12 0.08 0.05 0.11 0.06
O4' 0.14 0.04 0.04 0.04 0.07 0.08 0.08 0.07 0.11 0.08 0.09 0.02 0.06 0.08 0.10 0.06 0.09 0.13 0.09 0.17 0.11 0.11 0.09
O5' 0.10 0.03 0.04 0.05 0.04 0.05 0.10 0.05 0.17 0.07 0.13 0.01 0.04 0.12 0.05 0.08 0.09 0.07 0.04 0.28 0.05 0.06 0.06
OP1 0.08 0.05 0.06 0.07 0.05 0.06 0.10 0.09 0.13 0.10 0.07 0.08 0.07 0.13 0.06 0.08 0.07 0.06 0.10 0.22 0.11 0.16 0.15
OP2 0.07 0.04 0.07 0.10 0.04 0.08 0.06 0.12 0.09 0.07 0.04 0.06 0.06 0.10 0.05 0.10 0.05 0.05 0.12 0.18 0.12 0.16 0.15
P 0.07 0.02 0.05 0.07 0.04 0.06 0.10 0.09 0.15 0.08 0.10 0.02 0.04 0.12 0.05 0.07 0.05 0.05 0.09 0.24 0.09 0.13 0.13

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.05 0.04 0.04 0.01 0.02 0.03 0.00 0.10 0.03 0.15 0.17 0.11
C2 0.04 0.00 0.10 0.04 0.01 0.07 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.20 0.06 0.12 0.14 0.02 0.18 0.20 0.15
C2' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.08 0.01 0.08 0.07 0.10 0.04 0.11 0.10 0.09 0.07 0.03 0.01 0.03 0.00 0.14 0.11 0.24 0.21 0.17
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.04 0.01 0.06 0.02 0.07 0.05 0.06 0.04 0.03 0.07 0.02 0.02 0.01 0.01 0.06 0.09 0.15 0.10 0.08
C4 0.02 0.01 0.08 0.04 0.00 0.03 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.13 0.04 0.06 0.13 0.02 0.17 0.20 0.14
C4' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.05 0.04 0.10 0.07 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.09 0.07 0.05
C5 0.02 0.01 0.08 0.06 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.11 0.06 0.02 0.09 0.01 0.13 0.17 0.11
C5' 0.03 0.10 0.07 0.02 0.07 0.00 0.04 0.00 0.05 0.02 0.08 0.13 0.10 0.02 0.05 0.06 0.02 0.00 0.01 0.03 0.07 0.05 0.04
C6 0.03 0.01 0.10 0.07 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.15 0.06 0.04 0.08 0.01 0.12 0.15 0.10
C8 0.04 0.01 0.04 0.05 0.00 0.05 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.05 0.08 0.07 0.03 0.14 0.20 0.11
N1 0.02 0.00 0.11 0.06 0.01 0.04 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.18 0.05 0.08 0.11 0.02 0.14 0.17 0.12
N2 0.05 0.00 0.10 0.04 0.01 0.10 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.22 0.07 0.15 0.16 0.02 0.19 0.21 0.17
N3 0.04 0.01 0.09 0.03 0.00 0.07 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.18 0.05 0.12 0.15 0.02 0.19 0.21 0.16
N7 0.04 0.01 0.07 0.07 0.01 0.05 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.07 0.07 0.06 0.05 0.03 0.11 0.16 0.09
N9 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.02 0.05 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.04 0.03 0.01 0.12 0.03 0.17 0.20 0.14
O2' 0.02 0.20 0.01 0.02 0.13 0.01 0.11 0.06 0.15 0.05 0.18 0.22 0.18 0.07 0.04 0.00 0.05 0.02 0.14 0.15 0.26 0.24 0.18
O3' 0.03 0.06 0.03 0.01 0.04 0.02 0.06 0.02 0.06 0.05 0.05 0.07 0.05 0.07 0.03 0.05 0.00 0.04 0.06 0.07 0.12 0.10 0.07
O4' 0.00 0.12 0.00 0.01 0.06 0.00 0.02 0.00 0.04 0.08 0.08 0.15 0.12 0.06 0.01 0.02 0.04 0.00 0.04 0.02 0.07 0.08 0.04
O5' 0.10 0.14 0.14 0.06 0.13 0.03 0.09 0.01 0.08 0.07 0.11 0.16 0.15 0.05 0.12 0.14 0.06 0.04 0.00 0.05 0.03 0.04 0.01
O6 0.03 0.02 0.11 0.09 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.15 0.07 0.02 0.05 0.00 0.09 0.11 0.07
OP1 0.15 0.18 0.24 0.15 0.17 0.09 0.13 0.07 0.12 0.14 0.14 0.19 0.19 0.11 0.17 0.26 0.12 0.07 0.03 0.09 0.00 0.01 0.01
OP2 0.17 0.20 0.21 0.10 0.20 0.07 0.17 0.05 0.15 0.20 0.17 0.21 0.21 0.16 0.20 0.24 0.10 0.08 0.04 0.11 0.01 0.00 0.01
P 0.11 0.15 0.17 0.08 0.14 0.05 0.11 0.04 0.10 0.11 0.12 0.17 0.16 0.09 0.14 0.18 0.07 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00