ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49324

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.006, 0.020, 0.034, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.020 std_dev=0.014
C6 A 0, 0.006, 0.021, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.021 std_dev=0.015
C5 A 0, 0.006, 0.025, 0.044, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.025 std_dev=0.019
N1 A 0, 0.001, 0.021, 0.041, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.021 std_dev=0.020
N3 A 0, 0.007, 0.029, 0.051, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.029 std_dev=0.022
C1' A 0, 0.003, 0.026, 0.049, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.026 std_dev=0.023
C4 A 0, -0.001, 0.024, 0.049, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.024 std_dev=0.025
O4 A 0, 0.015, 0.053, 0.091, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.053 std_dev=0.038
O2 A 0, 0.016, 0.068, 0.120, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.068 std_dev=0.052
O4' A 0, 0.028, 0.154, 0.281, 0.309 max_d=0.309 avg_d=0.154 std_dev=0.126
C2' A 0, 0.043, 0.192, 0.341, 0.363 max_d=0.363 avg_d=0.192 std_dev=0.149
O2' A 0, 0.042, 0.208, 0.374, 0.406 max_d=0.406 avg_d=0.208 std_dev=0.166
C4' A 0, 0.051, 0.260, 0.468, 0.511 max_d=0.511 avg_d=0.260 std_dev=0.209
C3' A 0, 0.064, 0.291, 0.518, 0.555 max_d=0.555 avg_d=0.291 std_dev=0.227
O3' A 0, 0.091, 0.407, 0.723, 0.771 max_d=0.771 avg_d=0.407 std_dev=0.316
O5' A 0, 0.087, 0.415, 0.743, 0.801 max_d=0.801 avg_d=0.415 std_dev=0.328
O3' B 0, 0.032, 0.364, 0.697, 0.803 max_d=0.803 avg_d=0.364 std_dev=0.332
C5' A 0, 0.090, 0.433, 0.775, 0.837 max_d=0.837 avg_d=0.433 std_dev=0.342
OP2 B 0, 0.140, 0.531, 0.922, 0.932 max_d=0.932 avg_d=0.531 std_dev=0.391
C3' B 0, 0.074, 0.486, 0.898, 1.007 max_d=1.007 avg_d=0.486 std_dev=0.412
O5' B 0, 0.161, 0.599, 1.038, 1.036 max_d=1.036 avg_d=0.599 std_dev=0.438
P B 0, 0.177, 0.649, 1.121, 1.109 max_d=1.109 avg_d=0.649 std_dev=0.472
N7 B 0, 0.136, 0.644, 1.153, 1.242 max_d=1.242 avg_d=0.644 std_dev=0.508
O6 B 0, 0.168, 0.690, 1.212, 1.263 max_d=1.263 avg_d=0.690 std_dev=0.522
OP1 B 0, 0.219, 0.749, 1.278, 1.146 max_d=1.146 avg_d=0.749 std_dev=0.530
C8 B 0, 0.128, 0.660, 1.192, 1.302 max_d=1.302 avg_d=0.660 std_dev=0.532
C5' B 0, 0.198, 0.732, 1.266, 1.260 max_d=1.260 avg_d=0.732 std_dev=0.534
P A 0, 0.172, 0.712, 1.252, 1.307 max_d=1.307 avg_d=0.712 std_dev=0.540
C4' B 0, 0.148, 0.692, 1.237, 1.330 max_d=1.330 avg_d=0.692 std_dev=0.544
C5 B 0, 0.162, 0.728, 1.294, 1.381 max_d=1.381 avg_d=0.728 std_dev=0.566
C2' B 0, 0.082, 0.657, 1.233, 1.401 max_d=1.401 avg_d=0.657 std_dev=0.575
C6 B 0, 0.184, 0.762, 1.339, 1.399 max_d=1.399 avg_d=0.762 std_dev=0.578
N9 B 0, 0.138, 0.721, 1.304, 1.427 max_d=1.427 avg_d=0.721 std_dev=0.583
C4 B 0, 0.169, 0.793, 1.416, 1.524 max_d=1.524 avg_d=0.793 std_dev=0.624
OP2 A 0, 0.226, 0.851, 1.475, 1.480 max_d=1.480 avg_d=0.851 std_dev=0.624
OP1 A 0, 0.181, 0.811, 1.442, 1.538 max_d=1.538 avg_d=0.811 std_dev=0.631
O2' B 0, -0.003, 0.642, 1.286, 1.523 max_d=1.523 avg_d=0.642 std_dev=0.645
C1' B 0, 0.153, 0.799, 1.444, 1.580 max_d=1.580 avg_d=0.799 std_dev=0.645
O4' B 0, 0.190, 0.849, 1.507, 1.604 max_d=1.604 avg_d=0.849 std_dev=0.658
N1 B 0, 0.221, 0.884, 1.548, 1.599 max_d=1.599 avg_d=0.884 std_dev=0.664
N3 B 0, 0.205, 0.908, 1.610, 1.711 max_d=1.711 avg_d=0.908 std_dev=0.702
C2 B 0, 0.233, 0.952, 1.671, 1.738 max_d=1.738 avg_d=0.952 std_dev=0.719
N2 B 0, 0.276, 1.091, 1.906, 1.959 max_d=1.959 avg_d=1.091 std_dev=0.815

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.05 0.01 0.04 0.04 0.04 0.04
C2 0.01 0.00 0.05 0.04 0.04 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.05 0.05 0.01 0.05 0.05 0.05 0.05
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.06 0.01 0.04 0.02 0.02 0.01 0.05 0.08 0.00 0.01 0.07 0.00 0.03 0.05 0.06 0.04
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.03 0.00 0.04 0.07 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.05 0.06 0.04
C4 0.04 0.04 0.06 0.04 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.04 0.06 0.04 0.01 0.02 0.03 0.03 0.06 0.05
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.04 0.03 0.02
C5 0.04 0.04 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.03 0.04 0.03 0.01 0.04 0.03 0.04 0.07 0.06
C5' 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01
C6 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.02 0.02 0.04 0.04
N1 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.01 0.04 0.04 0.05 0.04
N3 0.01 0.01 0.05 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.05 0.04 0.04 0.01 0.04 0.03 0.06 0.05
O2 0.04 0.01 0.08 0.07 0.04 0.05 0.03 0.05 0.02 0.03 0.02 0.00 0.08 0.08 0.06 0.03 0.07 0.08 0.07 0.07
O2' 0.01 0.05 0.00 0.02 0.06 0.02 0.04 0.03 0.02 0.01 0.05 0.08 0.00 0.02 0.08 0.02 0.04 0.06 0.06 0.05
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.03 0.00 0.04 0.08 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.06 0.07 0.04
O4 0.05 0.05 0.07 0.05 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.04 0.04 0.06 0.08 0.05 0.00 0.03 0.02 0.03 0.06 0.05
O4' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.02 0.02
O5' 0.04 0.05 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.04 0.07 0.04 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.04 0.05 0.05 0.05 0.03 0.04 0.04 0.03 0.02 0.04 0.03 0.08 0.06 0.06 0.03 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.04 0.05 0.06 0.06 0.06 0.03 0.07 0.02 0.04 0.05 0.06 0.07 0.06 0.07 0.06 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.04 0.05 0.04 0.04 0.05 0.02 0.06 0.01 0.04 0.04 0.05 0.07 0.05 0.04 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.03 0.02 0.04 0.06 0.00 0.07 0.02 0.08 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.05 0.02 0.05 0.06 0.06 0.08 0.02 0.07 0.07 0.06
C2 0.09 0.09 0.06 0.05 0.08 0.07 0.10 0.09 0.09 0.13 0.09 0.08 0.07 0.14 0.09 0.04 0.02 0.11 0.09 0.07 0.10 0.11 0.09
C2' 0.04 0.01 0.05 0.08 0.03 0.08 0.02 0.08 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.04 0.06 0.08 0.06 0.07 0.02 0.04 0.06 0.04
C3' 0.05 0.01 0.05 0.07 0.04 0.08 0.03 0.08 0.02 0.04 0.01 0.00 0.03 0.03 0.04 0.06 0.07 0.06 0.08 0.04 0.07 0.07 0.06
C4 0.16 0.14 0.15 0.15 0.14 0.16 0.14 0.19 0.13 0.17 0.14 0.14 0.13 0.17 0.15 0.13 0.13 0.18 0.17 0.11 0.20 0.10 0.15
C4' 0.04 0.01 0.04 0.06 0.03 0.07 0.02 0.08 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.05 0.05 0.06 0.07 0.03 0.09 0.08 0.07
C5 0.13 0.12 0.12 0.11 0.11 0.13 0.11 0.17 0.11 0.13 0.12 0.11 0.10 0.14 0.12 0.10 0.09 0.15 0.16 0.09 0.21 0.12 0.16
C5' 0.03 0.02 0.03 0.05 0.03 0.06 0.02 0.07 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.05 0.07 0.03 0.09 0.07 0.06
C6 0.07 0.07 0.05 0.05 0.05 0.09 0.06 0.13 0.06 0.07 0.07 0.06 0.04 0.09 0.06 0.04 0.02 0.10 0.14 0.05 0.17 0.12 0.14
N1 0.05 0.05 0.04 0.04 0.04 0.07 0.05 0.09 0.05 0.07 0.06 0.05 0.03 0.09 0.05 0.03 0.03 0.08 0.10 0.04 0.10 0.08 0.09
N3 0.15 0.13 0.12 0.13 0.13 0.14 0.13 0.16 0.12 0.18 0.13 0.12 0.11 0.17 0.15 0.10 0.09 0.17 0.14 0.10 0.16 0.13 0.14
O2 0.09 0.09 0.06 0.04 0.09 0.06 0.11 0.07 0.10 0.17 0.10 0.08 0.07 0.18 0.11 0.06 0.05 0.11 0.07 0.09 0.08 0.14 0.10
O2' 0.06 0.01 0.07 0.10 0.04 0.09 0.03 0.09 0.03 0.05 0.03 0.02 0.03 0.03 0.05 0.07 0.09 0.06 0.07 0.03 0.02 0.06 0.03
O3' 0.08 0.03 0.08 0.11 0.07 0.11 0.07 0.12 0.05 0.09 0.04 0.02 0.06 0.08 0.08 0.09 0.10 0.09 0.10 0.07 0.04 0.06 0.05
O4 0.21 0.17 0.20 0.21 0.17 0.21 0.17 0.24 0.15 0.20 0.17 0.17 0.16 0.20 0.19 0.17 0.19 0.23 0.20 0.13 0.23 0.11 0.18
O4' 0.03 0.01 0.04 0.05 0.01 0.07 0.01 0.08 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.05 0.04 0.06 0.08 0.02 0.10 0.09 0.07
O5' 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.05 0.03 0.06 0.03 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.02 0.02 0.04 0.04 0.07 0.04 0.11 0.07 0.07
OP1 0.01 0.04 0.02 0.04 0.05 0.03 0.04 0.03 0.04 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04 0.03 0.03 0.04 0.02 0.04 0.05 0.10 0.04 0.05
OP2 0.02 0.05 0.02 0.03 0.05 0.02 0.04 0.03 0.04 0.04 0.04 0.05 0.05 0.05 0.04 0.04 0.05 0.01 0.05 0.04 0.07 0.04 0.02
P 0.01 0.03 0.01 0.04 0.04 0.03 0.03 0.05 0.03 0.03 0.03 0.04 0.04 0.03 0.03 0.03 0.04 0.02 0.06 0.03 0.09 0.04 0.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.04 0.07 0.04
C2 0.02 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.05 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.05 0.03 0.03 0.06 0.01 0.06 0.11 0.07
C2' 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.06 0.06 0.04
C3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.06 0.03 0.03 0.04 0.04 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.03 0.07 0.07 0.07 0.06
C4 0.02 0.03 0.03 0.05 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.02 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.04 0.04 0.02 0.03 0.02 0.03 0.08 0.03
C4' 0.01 0.02 0.02 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.04 0.02 0.04 0.03 0.05 0.03 0.07 0.01 0.01 0.01 0.07 0.05 0.03 0.03
C5 0.02 0.03 0.02 0.05 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.01 0.03 0.04 0.01 0.01 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.02 0.01 0.08 0.02
C5' 0.03 0.05 0.02 0.01 0.05 0.01 0.07 0.00 0.07 0.06 0.04 0.06 0.05 0.06 0.05 0.07 0.02 0.01 0.01 0.09 0.02 0.01 0.01
C6 0.03 0.01 0.03 0.06 0.02 0.05 0.00 0.07 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.05 0.03 0.02 0.00 0.01 0.09 0.03
C8 0.02 0.04 0.02 0.03 0.02 0.04 0.01 0.06 0.02 0.00 0.03 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.05 0.02 0.03 0.01 0.08 0.02
N1 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.04 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.05 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.11 0.06
N2 0.03 0.01 0.02 0.04 0.04 0.04 0.04 0.06 0.02 0.05 0.01 0.00 0.03 0.04 0.04 0.04 0.04 0.05 0.07 0.02 0.07 0.12 0.08
N3 0.02 0.01 0.03 0.04 0.01 0.03 0.01 0.05 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.05 0.04 0.02 0.05 0.02 0.05 0.09 0.05
N7 0.02 0.03 0.01 0.04 0.02 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.05 0.01 0.03 0.02 0.10 0.03
N9 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.05 0.02 0.00 0.02 0.04 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.08 0.03
O2' 0.01 0.05 0.00 0.02 0.04 0.07 0.03 0.07 0.04 0.01 0.05 0.04 0.05 0.01 0.02 0.00 0.03 0.06 0.06 0.04 0.13 0.08 0.09
O3' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.05 0.03 0.03 0.04 0.04 0.04 0.03 0.03 0.00 0.01 0.03 0.05 0.07 0.09 0.07
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.05 0.01 0.05 0.02 0.05 0.02 0.06 0.01 0.00 0.04 0.05 0.02 0.07 0.03
O5' 0.03 0.06 0.02 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.07 0.05 0.01 0.03 0.06 0.03 0.04 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01
O6 0.04 0.01 0.04 0.07 0.02 0.07 0.02 0.09 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.04 0.05 0.05 0.04 0.00 0.01 0.07 0.02
OP1 0.04 0.06 0.06 0.07 0.03 0.05 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.07 0.05 0.02 0.03 0.13 0.07 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01
OP2 0.07 0.11 0.06 0.07 0.08 0.03 0.08 0.01 0.09 0.08 0.11 0.12 0.09 0.10 0.08 0.08 0.09 0.07 0.01 0.07 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.07 0.04 0.06 0.03 0.03 0.02 0.01 0.03 0.02 0.06 0.08 0.05 0.03 0.03 0.09 0.07 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00