ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49325

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.000, 0.005, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.000, 0.014, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C6 A 0, 0.000, 0.015, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.015
P B 0, 0.000, 0.019, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.019 std_dev=0.019
C5 A 0, 0.000, 0.020, 0.040, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.020
C1' A 0, 0.000, 0.021, 0.042, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.021
C2 A 0, 0.000, 0.025, 0.049, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.025 std_dev=0.025
O4 A 0, 0.000, 0.028, 0.056, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.028 std_dev=0.028
O4' A 0, 0.000, 0.042, 0.084, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.042 std_dev=0.042
C3' B 0, 0.000, 0.058, 0.116, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.058 std_dev=0.058
O3' B 0, 0.000, 0.061, 0.122, 0.122 max_d=0.122 avg_d=0.061 std_dev=0.061
C4' B 0, 0.000, 0.066, 0.133, 0.133 max_d=0.133 avg_d=0.066 std_dev=0.066
C2' A 0, 0.000, 0.071, 0.142, 0.142 max_d=0.142 avg_d=0.071 std_dev=0.071
C4' A 0, 0.000, 0.076, 0.151, 0.151 max_d=0.151 avg_d=0.076 std_dev=0.076
O2 A 0, 0.000, 0.078, 0.155, 0.155 max_d=0.155 avg_d=0.078 std_dev=0.078
C3' A 0, 0.000, 0.088, 0.175, 0.175 max_d=0.175 avg_d=0.088 std_dev=0.088
O3' A 0, 0.000, 0.088, 0.177, 0.177 max_d=0.177 avg_d=0.088 std_dev=0.088
C5' B 0, 0.000, 0.093, 0.186, 0.186 max_d=0.186 avg_d=0.093 std_dev=0.093
O2' A 0, 0.000, 0.098, 0.195, 0.195 max_d=0.195 avg_d=0.098 std_dev=0.098
C2' B 0, 0.000, 0.114, 0.227, 0.227 max_d=0.227 avg_d=0.114 std_dev=0.114
O5' A 0, 0.000, 0.115, 0.229, 0.229 max_d=0.229 avg_d=0.115 std_dev=0.115
P A 0, 0.000, 0.115, 0.230, 0.230 max_d=0.230 avg_d=0.115 std_dev=0.115
OP2 A 0, 0.000, 0.118, 0.235, 0.235 max_d=0.235 avg_d=0.118 std_dev=0.118
C5' A 0, 0.000, 0.122, 0.244, 0.244 max_d=0.244 avg_d=0.122 std_dev=0.122
O4' B 0, 0.000, 0.124, 0.247, 0.247 max_d=0.247 avg_d=0.124 std_dev=0.124
N3 B 0, 0.000, 0.124, 0.249, 0.249 max_d=0.249 avg_d=0.124 std_dev=0.124
N2 B 0, 0.000, 0.129, 0.258, 0.258 max_d=0.258 avg_d=0.129 std_dev=0.129
C2 B 0, 0.000, 0.134, 0.267, 0.267 max_d=0.267 avg_d=0.134 std_dev=0.134
C4 B 0, 0.000, 0.137, 0.274, 0.274 max_d=0.274 avg_d=0.137 std_dev=0.137
C1' B 0, 0.000, 0.143, 0.285, 0.285 max_d=0.285 avg_d=0.143 std_dev=0.143
N1 B 0, 0.000, 0.148, 0.295, 0.295 max_d=0.295 avg_d=0.148 std_dev=0.148
OP2 B 0, 0.000, 0.152, 0.303, 0.303 max_d=0.303 avg_d=0.152 std_dev=0.152
C5 B 0, 0.000, 0.157, 0.313, 0.313 max_d=0.313 avg_d=0.157 std_dev=0.157
C6 B 0, 0.000, 0.158, 0.317, 0.317 max_d=0.317 avg_d=0.158 std_dev=0.158
O2' B 0, 0.000, 0.163, 0.326, 0.326 max_d=0.326 avg_d=0.163 std_dev=0.163
N9 B 0, 0.000, 0.163, 0.326, 0.326 max_d=0.326 avg_d=0.163 std_dev=0.163
N7 B 0, 0.000, 0.175, 0.350, 0.350 max_d=0.350 avg_d=0.175 std_dev=0.175
C8 B 0, 0.000, 0.176, 0.351, 0.351 max_d=0.351 avg_d=0.176 std_dev=0.176
O5' B 0, 0.000, 0.183, 0.366, 0.366 max_d=0.366 avg_d=0.183 std_dev=0.183
OP1 B 0, 0.000, 0.186, 0.372, 0.372 max_d=0.372 avg_d=0.186 std_dev=0.186
O6 B 0, 0.000, 0.189, 0.378, 0.378 max_d=0.378 avg_d=0.189 std_dev=0.189
OP1 A 0, 0.000, 0.250, 0.500, 0.500 max_d=0.500 avg_d=0.250 std_dev=0.250

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01
C2 0.02 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.06 0.02
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.09 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.03
C4 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.06 0.01
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01
C5 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.04 0.05 0.02
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.06 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00
C6 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.05 0.01
N1 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00
N3 0.02 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.00
O2 0.07 0.01 0.09 0.09 0.01 0.06 0.00 0.06 0.02 0.04 0.01 0.00 0.09 0.09 0.00 0.05 0.05 0.04 0.09 0.05
O2' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.09 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02
O3' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.09 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.04 0.04 0.03
O4 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01
O5' 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.05 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01
OP1 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.03 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.06 0.02 0.04 0.06 0.01 0.05 0.01 0.05 0.04 0.07 0.09 0.03 0.04 0.06 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.01 0.01 0.05 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.08 0.05 0.00 0.11 0.03 0.02 0.11 0.01
C2 0.00 0.03 0.04 0.02 0.03 0.02 0.04 0.06 0.04 0.02 0.03 0.04 0.03 0.03 0.02 0.08 0.03 0.03 0.14 0.04 0.03 0.09 0.02
C2' 0.04 0.02 0.07 0.06 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.10 0.06 0.03 0.08 0.02 0.08 0.13 0.04
C3' 0.02 0.01 0.06 0.05 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.08 0.06 0.02 0.08 0.03 0.08 0.13 0.04
C4 0.02 0.03 0.07 0.04 0.03 0.01 0.04 0.05 0.04 0.02 0.04 0.04 0.03 0.04 0.01 0.11 0.05 0.03 0.12 0.05 0.03 0.10 0.01
C4' 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00 0.05 0.02 0.04 0.05 0.03 0.03 0.02 0.06 0.03 0.05 0.02 0.02 0.11 0.05 0.04 0.12 0.02
C5 0.01 0.03 0.06 0.03 0.03 0.01 0.04 0.06 0.04 0.03 0.04 0.04 0.03 0.04 0.02 0.11 0.04 0.03 0.13 0.05 0.02 0.09 0.01
C5' 0.02 0.04 0.01 0.01 0.05 0.01 0.06 0.03 0.06 0.07 0.05 0.04 0.04 0.08 0.05 0.04 0.01 0.03 0.11 0.08 0.05 0.12 0.02
C6 0.01 0.03 0.05 0.03 0.03 0.01 0.04 0.05 0.04 0.03 0.03 0.04 0.03 0.04 0.02 0.09 0.04 0.03 0.13 0.05 0.01 0.10 0.01
N1 0.01 0.02 0.05 0.03 0.03 0.00 0.03 0.04 0.04 0.03 0.03 0.03 0.02 0.04 0.02 0.09 0.04 0.02 0.13 0.04 0.01 0.10 0.01
N3 0.02 0.03 0.06 0.03 0.03 0.01 0.03 0.06 0.04 0.02 0.03 0.04 0.03 0.03 0.01 0.10 0.04 0.03 0.13 0.04 0.03 0.10 0.01
O2 0.02 0.05 0.01 0.02 0.05 0.05 0.05 0.08 0.06 0.04 0.05 0.07 0.05 0.05 0.03 0.05 0.01 0.05 0.17 0.06 0.05 0.08 0.05
O2' 0.07 0.04 0.10 0.08 0.04 0.07 0.02 0.04 0.02 0.03 0.04 0.04 0.05 0.01 0.05 0.12 0.09 0.06 0.06 0.01 0.10 0.12 0.05
O3' 0.03 0.03 0.06 0.06 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.02 0.08 0.07 0.03 0.06 0.01 0.08 0.12 0.04
O4 0.04 0.04 0.08 0.05 0.03 0.00 0.04 0.04 0.05 0.02 0.04 0.04 0.03 0.04 0.01 0.12 0.06 0.02 0.09 0.06 0.02 0.11 0.01
O4' 0.02 0.03 0.02 0.01 0.04 0.02 0.05 0.04 0.05 0.06 0.04 0.04 0.03 0.06 0.04 0.05 0.02 0.03 0.12 0.06 0.01 0.11 0.00
O5' 0.01 0.03 0.03 0.02 0.04 0.00 0.06 0.03 0.06 0.05 0.04 0.04 0.03 0.07 0.03 0.06 0.02 0.02 0.11 0.07 0.06 0.12 0.02
OP1 0.03 0.06 0.00 0.01 0.07 0.02 0.08 0.04 0.08 0.08 0.07 0.06 0.06 0.10 0.06 0.02 0.01 0.04 0.11 0.10 0.07 0.13 0.03
OP2 0.08 0.03 0.11 0.09 0.04 0.06 0.03 0.02 0.02 0.04 0.03 0.03 0.04 0.02 0.06 0.15 0.09 0.06 0.06 0.00 0.10 0.14 0.05
P 0.01 0.04 0.03 0.02 0.05 0.01 0.06 0.04 0.06 0.06 0.05 0.04 0.04 0.07 0.04 0.06 0.02 0.02 0.11 0.08 0.05 0.12 0.02

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.16 0.07
C2 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.08 0.00 0.06 0.05 0.03
C2' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.15 0.05
C3' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.08 0.11 0.03
C4 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.05 0.00 0.03 0.10 0.05
C4' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.11 0.04
C5 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.02 0.09 0.04
C5' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.08 0.04 0.01
C6 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.04 0.06 0.03
C8 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.14 0.06
N1 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.07 0.01 0.05 0.05 0.03
N2 0.02 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.08 0.02 0.08 0.02 0.02
N3 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.07 0.00 0.04 0.08 0.05
N7 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.02 0.00 0.01 0.11 0.05
N9 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.14 0.07
O2' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.18 0.07
O3' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.04 0.00 0.02 0.04 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.10 0.10 0.02
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.15 0.07
O5' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.05 0.01 0.04 0.00 0.05 0.02 0.07 0.08 0.07 0.02 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00
O6 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.00 0.04 0.05 0.03
OP1 0.01 0.06 0.05 0.08 0.03 0.05 0.02 0.08 0.04 0.00 0.05 0.08 0.04 0.01 0.00 0.03 0.10 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00
OP2 0.16 0.05 0.15 0.11 0.10 0.11 0.09 0.04 0.06 0.14 0.05 0.02 0.08 0.11 0.14 0.18 0.10 0.15 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01
P 0.07 0.03 0.05 0.03 0.05 0.04 0.04 0.01 0.03 0.06 0.03 0.02 0.05 0.05 0.07 0.07 0.02 0.07 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00