ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49326

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.003, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.000, 0.010, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.000, 0.012, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.000, 0.013, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.000, 0.014, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.000, 0.019, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.019 std_dev=0.019
O2 A 0, 0.000, 0.026, 0.053, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.026 std_dev=0.026
O4 A 0, 0.000, 0.028, 0.056, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.028 std_dev=0.028
O4' A 0, 0.000, 0.292, 0.583, 0.583 max_d=0.583 avg_d=0.292 std_dev=0.292
O5' A 0, 0.000, 0.324, 0.648, 0.648 max_d=0.648 avg_d=0.324 std_dev=0.324
OP2 B 0, 0.000, 0.365, 0.731, 0.731 max_d=0.731 avg_d=0.365 std_dev=0.365
C2' B 0, 0.000, 0.380, 0.760, 0.760 max_d=0.760 avg_d=0.380 std_dev=0.380
C4' A 0, 0.000, 0.401, 0.802, 0.802 max_d=0.802 avg_d=0.401 std_dev=0.401
C2' A 0, 0.000, 0.425, 0.849, 0.849 max_d=0.849 avg_d=0.425 std_dev=0.425
OP1 A 0, 0.000, 0.427, 0.855, 0.855 max_d=0.855 avg_d=0.427 std_dev=0.427
C3' A 0, 0.000, 0.429, 0.858, 0.858 max_d=0.858 avg_d=0.429 std_dev=0.429
P A 0, 0.000, 0.446, 0.891, 0.891 max_d=0.891 avg_d=0.446 std_dev=0.446
O2' B 0, 0.000, 0.451, 0.903, 0.903 max_d=0.903 avg_d=0.451 std_dev=0.451
C5' A 0, 0.000, 0.466, 0.932, 0.932 max_d=0.932 avg_d=0.466 std_dev=0.466
P B 0, 0.000, 0.482, 0.964, 0.964 max_d=0.964 avg_d=0.482 std_dev=0.482
N3 B 0, 0.000, 0.499, 0.999, 0.999 max_d=0.999 avg_d=0.499 std_dev=0.499
C3' B 0, 0.000, 0.501, 1.001, 1.001 max_d=1.001 avg_d=0.501 std_dev=0.501
C4 B 0, 0.000, 0.504, 1.008, 1.008 max_d=1.008 avg_d=0.504 std_dev=0.504
C8 B 0, 0.000, 0.505, 1.010, 1.010 max_d=1.010 avg_d=0.505 std_dev=0.505
C2 B 0, 0.000, 0.510, 1.020, 1.020 max_d=1.020 avg_d=0.510 std_dev=0.510
N9 B 0, 0.000, 0.512, 1.025, 1.025 max_d=1.025 avg_d=0.512 std_dev=0.512
N2 B 0, 0.000, 0.514, 1.027, 1.027 max_d=1.027 avg_d=0.514 std_dev=0.514
C5 B 0, 0.000, 0.516, 1.032, 1.032 max_d=1.032 avg_d=0.516 std_dev=0.516
N7 B 0, 0.000, 0.516, 1.033, 1.033 max_d=1.033 avg_d=0.516 std_dev=0.516
N1 B 0, 0.000, 0.540, 1.080, 1.080 max_d=1.080 avg_d=0.540 std_dev=0.540
C6 B 0, 0.000, 0.552, 1.104, 1.104 max_d=1.104 avg_d=0.552 std_dev=0.552
C1' B 0, 0.000, 0.561, 1.122, 1.122 max_d=1.122 avg_d=0.561 std_dev=0.561
O6 B 0, 0.000, 0.604, 1.207, 1.207 max_d=1.207 avg_d=0.604 std_dev=0.604
OP2 A 0, 0.000, 0.616, 1.231, 1.231 max_d=1.231 avg_d=0.616 std_dev=0.616
C4' B 0, 0.000, 0.647, 1.295, 1.295 max_d=1.295 avg_d=0.647 std_dev=0.647
C5' B 0, 0.000, 0.655, 1.309, 1.309 max_d=1.309 avg_d=0.655 std_dev=0.655
O3' B 0, 0.000, 0.680, 1.360, 1.360 max_d=1.360 avg_d=0.680 std_dev=0.680
O4' B 0, 0.000, 0.688, 1.377, 1.377 max_d=1.377 avg_d=0.688 std_dev=0.688
O5' B 0, 0.000, 0.770, 1.540, 1.540 max_d=1.540 avg_d=0.770 std_dev=0.770
O3' A 0, 0.000, 0.824, 1.647, 1.647 max_d=1.647 avg_d=0.824 std_dev=0.824
O2' A 0, 0.000, 0.918, 1.837, 1.837 max_d=1.837 avg_d=0.918 std_dev=0.918
OP1 B 0, 0.000, 1.022, 2.045, 2.045 max_d=2.045 avg_d=1.022 std_dev=1.022

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.23 0.01 0.00 0.13 0.12 0.24 0.17
C2 0.02 0.00 0.06 0.06 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.20 0.00 0.07 0.13 0.17 0.31 0.21
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.06 0.01 0.13 0.15 0.14 0.04 0.02 0.16 0.00 0.01 0.06 0.02 0.34 0.34 0.44 0.38
C3' 0.02 0.06 0.00 0.00 0.10 0.00 0.10 0.01 0.08 0.05 0.08 0.03 0.01 0.00 0.11 0.01 0.04 0.03 0.00 0.04
C4 0.01 0.00 0.06 0.10 0.00 0.00 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.28 0.09 0.00 0.02 0.10 0.22 0.35 0.23
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.18 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.02
C5 0.01 0.00 0.13 0.10 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.31 0.04 0.00 0.02 0.09 0.22 0.36 0.23
C5' 0.05 0.08 0.15 0.01 0.08 0.00 0.07 0.00 0.07 0.08 0.08 0.09 0.03 0.14 0.07 0.00 0.00 0.07 0.00 0.01
C6 0.01 0.00 0.14 0.08 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.26 0.06 0.00 0.03 0.11 0.21 0.34 0.23
N1 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.01 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.16 0.15 0.00 0.03 0.13 0.17 0.31 0.21
N3 0.02 0.00 0.02 0.08 0.00 0.01 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.19 0.15 0.00 0.05 0.12 0.20 0.34 0.22
O2 0.02 0.00 0.16 0.03 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.28 0.00 0.10 0.13 0.15 0.29 0.20
O2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.28 0.18 0.31 0.03 0.26 0.16 0.19 0.04 0.00 0.01 0.30 0.11 0.27 0.26 0.49 0.33
O3' 0.23 0.20 0.01 0.00 0.09 0.01 0.04 0.14 0.06 0.15 0.15 0.28 0.01 0.00 0.07 0.15 0.11 0.27 0.19 0.16
O4 0.01 0.00 0.06 0.11 0.00 0.01 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.30 0.07 0.00 0.02 0.09 0.23 0.35 0.22
O4' 0.00 0.07 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.05 0.10 0.11 0.15 0.02 0.00 0.01 0.02 0.09 0.04
O5' 0.13 0.13 0.34 0.04 0.10 0.01 0.09 0.00 0.11 0.13 0.12 0.13 0.27 0.11 0.09 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.12 0.17 0.34 0.03 0.22 0.04 0.22 0.07 0.21 0.17 0.20 0.15 0.26 0.27 0.23 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.24 0.31 0.44 0.00 0.35 0.02 0.36 0.00 0.34 0.31 0.34 0.29 0.49 0.19 0.35 0.09 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.17 0.21 0.38 0.04 0.23 0.02 0.23 0.01 0.23 0.21 0.22 0.20 0.33 0.16 0.22 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.15 0.08 0.14 0.12 0.06 0.04 0.01 0.30 0.02 0.01 0.02 0.11 0.11 0.05 0.07 0.29 0.32 0.01 0.50 0.06 0.37 0.25 0.26
C2 0.10 0.08 0.14 0.07 0.05 0.17 0.00 0.38 0.00 0.03 0.04 0.12 0.10 0.04 0.04 0.31 0.31 0.12 0.53 0.03 0.40 0.25 0.28
C2' 0.27 0.03 0.27 0.30 0.09 0.20 0.01 0.02 0.05 0.09 0.03 0.04 0.10 0.01 0.15 0.37 0.46 0.18 0.19 0.10 0.16 0.05 0.01
C3' 0.44 0.40 0.37 0.32 0.38 0.23 0.31 0.05 0.30 0.31 0.34 0.42 0.43 0.27 0.39 0.49 0.48 0.31 0.30 0.25 0.29 0.16 0.16
C4 0.12 0.04 0.00 0.13 0.10 0.38 0.13 0.46 0.11 0.17 0.07 0.02 0.05 0.16 0.13 0.23 0.00 0.37 0.51 0.12 0.48 0.25 0.31
C4' 0.30 0.26 0.25 0.20 0.25 0.09 0.20 0.15 0.18 0.19 0.21 0.28 0.29 0.16 0.25 0.38 0.35 0.16 0.41 0.14 0.30 0.19 0.20
C5 0.08 0.05 0.02 0.09 0.10 0.32 0.14 0.44 0.13 0.16 0.09 0.01 0.04 0.17 0.12 0.23 0.05 0.33 0.51 0.15 0.49 0.26 0.31
C5' 0.21 0.18 0.18 0.11 0.17 0.00 0.12 0.21 0.11 0.12 0.13 0.20 0.20 0.10 0.17 0.31 0.25 0.06 0.45 0.07 0.36 0.20 0.24
C6 0.02 0.01 0.08 0.00 0.04 0.23 0.09 0.40 0.09 0.10 0.05 0.06 0.02 0.12 0.04 0.27 0.17 0.22 0.52 0.12 0.45 0.25 0.30
N1 0.10 0.07 0.13 0.07 0.03 0.14 0.03 0.36 0.03 0.04 0.01 0.11 0.09 0.07 0.03 0.30 0.27 0.12 0.52 0.07 0.41 0.25 0.28
N3 0.02 0.04 0.07 0.05 0.02 0.32 0.05 0.44 0.04 0.10 0.00 0.08 0.04 0.09 0.04 0.28 0.16 0.27 0.52 0.06 0.44 0.25 0.30
O2 0.18 0.13 0.19 0.17 0.11 0.04 0.06 0.31 0.05 0.04 0.09 0.16 0.15 0.02 0.11 0.33 0.41 0.01 0.53 0.03 0.33 0.24 0.26
O2' 0.16 0.43 0.14 0.01 0.40 0.09 0.50 0.29 0.55 0.40 0.51 0.39 0.36 0.50 0.33 0.06 0.19 0.21 0.38 0.60 0.31 0.03 0.11
O3' 0.36 0.44 0.22 0.14 0.40 0.09 0.37 0.18 0.39 0.31 0.42 0.46 0.43 0.32 0.36 0.31 0.27 0.25 0.51 0.37 0.51 0.41 0.41
O4 0.22 0.09 0.07 0.21 0.16 0.44 0.17 0.47 0.14 0.22 0.11 0.04 0.12 0.20 0.20 0.17 0.16 0.44 0.48 0.14 0.49 0.25 0.31
O4' 0.18 0.17 0.15 0.09 0.13 0.05 0.08 0.29 0.08 0.06 0.11 0.20 0.18 0.04 0.13 0.30 0.27 0.01 0.54 0.04 0.39 0.28 0.30
O5' 0.09 0.09 0.07 0.00 0.05 0.14 0.00 0.35 0.01 0.02 0.04 0.14 0.11 0.04 0.04 0.23 0.14 0.09 0.54 0.05 0.51 0.31 0.35
OP1 0.04 0.13 0.04 0.08 0.12 0.20 0.17 0.36 0.20 0.14 0.18 0.10 0.09 0.18 0.10 0.09 0.03 0.18 0.53 0.24 0.53 0.27 0.34
OP2 0.18 0.13 0.16 0.25 0.17 0.39 0.19 0.53 0.18 0.21 0.15 0.09 0.14 0.21 0.19 0.01 0.17 0.36 0.67 0.19 0.71 0.41 0.50
P 0.06 0.07 0.05 0.12 0.09 0.26 0.13 0.43 0.14 0.13 0.11 0.03 0.05 0.15 0.09 0.10 0.01 0.23 0.60 0.17 0.58 0.34 0.41

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.07 0.01 0.39 0.15 0.02
C2 0.03 0.00 0.06 0.02 0.01 0.09 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.12 0.07 0.11 0.01 0.00 0.44 0.05 0.08
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.05 0.04 0.07 0.05 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.13 0.02 0.42 0.09 0.05
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.10 0.00 0.28 0.17 0.03
C4 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.06 0.06 0.07 0.00 0.45 0.08 0.07
C4' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.07 0.11 0.08 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.25 0.21 0.04
C5 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.03 0.11 0.00 0.47 0.07 0.08
C5' 0.01 0.08 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.04 0.06 0.11 0.08 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.26 0.16 0.01
C6 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.06 0.05 0.10 0.00 0.47 0.05 0.08
C8 0.00 0.00 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.04 0.05 0.16 0.00 0.48 0.10 0.07
N1 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.07 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.07 0.09 0.05 0.00 0.46 0.05 0.09
N2 0.03 0.00 0.07 0.02 0.01 0.11 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.15 0.08 0.13 0.03 0.00 0.43 0.05 0.08
N3 0.03 0.00 0.05 0.02 0.00 0.08 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.11 0.07 0.11 0.01 0.00 0.43 0.07 0.07
N7 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.04 0.02 0.16 0.00 0.49 0.07 0.08
N9 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.10 0.01 0.45 0.11 0.06
O2' 0.01 0.12 0.00 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.04 0.09 0.08 0.15 0.11 0.06 0.02 0.00 0.01 0.01 0.14 0.02 0.41 0.09 0.04
O3' 0.04 0.07 0.01 0.00 0.06 0.01 0.05 0.01 0.06 0.04 0.07 0.08 0.07 0.04 0.04 0.01 0.00 0.03 0.05 0.05 0.16 0.24 0.11
O4' 0.00 0.11 0.01 0.00 0.06 0.00 0.03 0.00 0.05 0.05 0.09 0.13 0.11 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.04 0.33 0.18 0.00
O5' 0.07 0.01 0.13 0.10 0.07 0.01 0.11 0.00 0.10 0.16 0.05 0.03 0.01 0.16 0.10 0.14 0.05 0.01 0.00 0.12 0.01 0.02 0.00
O6 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.04 0.12 0.00 0.48 0.04 0.09
OP1 0.39 0.44 0.42 0.28 0.45 0.25 0.47 0.26 0.47 0.48 0.46 0.43 0.43 0.49 0.45 0.41 0.16 0.33 0.01 0.48 0.00 0.00 0.00
OP2 0.15 0.05 0.09 0.17 0.08 0.21 0.07 0.16 0.05 0.10 0.05 0.05 0.07 0.07 0.11 0.09 0.24 0.18 0.02 0.04 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.08 0.05 0.03 0.07 0.04 0.08 0.01 0.08 0.07 0.09 0.08 0.07 0.08 0.06 0.04 0.11 0.00 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00