ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49328

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
O4 A 0, 0.000, 0.004, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.000, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.000, 0.007, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.000, 0.007, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.000, 0.007, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.000, 0.010, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.010
O5' A 0, 0.000, 0.017, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C5 B 0, 0.000, 0.020, 0.039, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.020 std_dev=0.020
O2 A 0, 0.000, 0.022, 0.044, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.022 std_dev=0.022
C2 B 0, 0.000, 0.025, 0.049, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.025 std_dev=0.025
O3' A 0, 0.000, 0.025, 0.051, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.025 std_dev=0.025
C4 B 0, 0.000, 0.027, 0.054, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.027 std_dev=0.027
O4' B 0, 0.000, 0.028, 0.056, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.028 std_dev=0.028
N3 B 0, 0.000, 0.028, 0.057, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.028 std_dev=0.028
O4' A 0, 0.000, 0.028, 0.057, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.028 std_dev=0.028
C4' A 0, 0.000, 0.030, 0.060, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.030 std_dev=0.030
N7 B 0, 0.000, 0.030, 0.060, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.030 std_dev=0.030
C5' A 0, 0.000, 0.031, 0.063, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.031 std_dev=0.031
N2 B 0, 0.000, 0.033, 0.065, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.033 std_dev=0.033
C3' A 0, 0.000, 0.034, 0.068, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.034 std_dev=0.034
C4' B 0, 0.000, 0.036, 0.071, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.036 std_dev=0.036
C2' A 0, 0.000, 0.036, 0.072, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.036 std_dev=0.036
C6 B 0, 0.000, 0.038, 0.075, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.038 std_dev=0.038
O5' B 0, 0.000, 0.038, 0.076, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.038 std_dev=0.038
N1 B 0, 0.000, 0.042, 0.083, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.042 std_dev=0.042
P A 0, 0.000, 0.043, 0.087, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.043 std_dev=0.043
N9 B 0, 0.000, 0.043, 0.087, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.043 std_dev=0.043
C8 B 0, 0.000, 0.047, 0.094, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.047 std_dev=0.047
OP1 B 0, 0.000, 0.049, 0.098, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.049 std_dev=0.049
OP1 A 0, 0.000, 0.050, 0.100, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.050 std_dev=0.050
C5' B 0, 0.000, 0.050, 0.101, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.050 std_dev=0.050
C1' B 0, 0.000, 0.054, 0.109, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.054 std_dev=0.054
P B 0, 0.000, 0.056, 0.111, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.056 std_dev=0.056
O6 B 0, 0.000, 0.062, 0.124, 0.124 max_d=0.124 avg_d=0.062 std_dev=0.062
C3' B 0, 0.000, 0.067, 0.134, 0.134 max_d=0.134 avg_d=0.067 std_dev=0.067
OP2 A 0, 0.000, 0.070, 0.139, 0.139 max_d=0.139 avg_d=0.070 std_dev=0.070
C2' B 0, 0.000, 0.080, 0.160, 0.160 max_d=0.160 avg_d=0.080 std_dev=0.080
O3' B 0, 0.000, 0.080, 0.161, 0.161 max_d=0.161 avg_d=0.080 std_dev=0.080
OP2 B 0, 0.000, 0.105, 0.209, 0.209 max_d=0.209 avg_d=0.105 std_dev=0.105
O2' A 0, 0.000, 0.117, 0.233, 0.233 max_d=0.233 avg_d=0.117 std_dev=0.117
O2' B 0, 0.000, 0.125, 0.250, 0.250 max_d=0.250 avg_d=0.125 std_dev=0.125

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01
C2 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.02
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.05 0.02
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01
C4 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.05 0.02
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00
C5 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02
C5' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02
N1 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.02
N3 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.05 0.02
O2 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01
O2' 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01
O3' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00
O4 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02
O4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00
O5' 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.04 0.05 0.03 0.05 0.01 0.05 0.00 0.04 0.04 0.05 0.04 0.03 0.02 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.04 0.01 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.06 0.03 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01
C2 0.03 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01
C2' 0.04 0.01 0.05 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.07 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01
C3' 0.06 0.00 0.06 0.05 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.08 0.05 0.03 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01
C4 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.03
C4' 0.05 0.01 0.06 0.04 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.03 0.03 0.00 0.01 0.02 0.03 0.08 0.04 0.02 0.02 0.04 0.01 0.00 0.00
C5 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.04 0.03
C5' 0.04 0.01 0.05 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.03 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.07 0.03 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01
C6 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.01 0.00 0.04 0.02 0.03 0.02
N1 0.03 0.01 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.02 0.01 0.04 0.02 0.01 0.01
N3 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02
O2 0.04 0.02 0.04 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.03 0.02 0.02 0.04 0.03 0.00 0.00
O2' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.05 0.04 0.04
O3' 0.05 0.00 0.06 0.04 0.02 0.03 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.08 0.05 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00
O4 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.05 0.03
O4' 0.04 0.02 0.04 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.03 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.03 0.02 0.02 0.05 0.01 0.00 0.00
O5' 0.03 0.01 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01
OP1 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.05 0.04 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.05 0.04 0.06 0.05
OP2 0.02 0.05 0.02 0.03 0.04 0.04 0.05 0.07 0.07 0.03 0.07 0.05 0.04 0.04 0.03 0.00 0.03 0.03 0.04 0.08 0.05 0.07 0.06
P 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.04 0.00 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.06 0.03 0.04 0.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00
C2 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.02 0.00
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01 0.00
C4 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00
C5 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01
C5' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00
C8 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.01
N1 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00
N2 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00
N3 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00
N7 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.01
N9 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.04 0.01 0.04 0.04 0.05 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.04 0.05 0.01 0.02
O3' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.00 0.04 0.03 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.04 0.04 0.02 0.00
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01
O5' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00
O6 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00
OP1 0.03 0.04 0.04 0.05 0.04 0.03 0.04 0.04 0.04 0.05 0.03 0.04 0.04 0.05 0.04 0.05 0.04 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00