ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49331

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 2, 3, 1, 1, 0, 5, 0, 1, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.006, 0.014, 0.021, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.014 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.006, 0.013, 0.021, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.004, 0.012, 0.020, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.012 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.004, 0.012, 0.020, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.012 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.001, 0.011, 0.020, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.011 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.004, 0.014, 0.024, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.014 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.004, 0.014, 0.024, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.014 std_dev=0.010
O4 A 0, 0.027, 0.064, 0.100, 0.151 max_d=0.151 avg_d=0.064 std_dev=0.036
O2 A 0, -0.006, 0.030, 0.067, 0.172 max_d=0.172 avg_d=0.030 std_dev=0.036
O4' A 0, 0.060, 0.220, 0.379, 0.544 max_d=0.544 avg_d=0.220 std_dev=0.159
C2' A 0, 0.055, 0.241, 0.427, 0.554 max_d=0.554 avg_d=0.241 std_dev=0.186
O2' A 0, 0.066, 0.307, 0.548, 0.689 max_d=0.689 avg_d=0.307 std_dev=0.241
C4' A 0, 0.090, 0.339, 0.588, 0.823 max_d=0.823 avg_d=0.339 std_dev=0.249
C3' A 0, 0.084, 0.377, 0.670, 0.881 max_d=0.881 avg_d=0.377 std_dev=0.293
C2' B 0, 0.479, 0.875, 1.271, 1.698 max_d=1.698 avg_d=0.875 std_dev=0.396
O2' B 0, 0.467, 0.871, 1.275, 1.489 max_d=1.489 avg_d=0.871 std_dev=0.404
C5' A 0, 0.147, 0.568, 0.990, 1.354 max_d=1.354 avg_d=0.568 std_dev=0.421
O3' A 0, 0.142, 0.594, 1.046, 1.358 max_d=1.358 avg_d=0.594 std_dev=0.452
O5' A 0, 0.121, 0.643, 1.165, 1.545 max_d=1.545 avg_d=0.643 std_dev=0.522
N9 B 0, 0.713, 1.520, 2.327, 3.155 max_d=3.155 avg_d=1.520 std_dev=0.807
C1' B 0, 0.639, 1.501, 2.363, 3.127 max_d=3.127 avg_d=1.501 std_dev=0.862
P A 0, 0.051, 0.993, 1.935, 2.666 max_d=2.666 avg_d=0.993 std_dev=0.942
OP2 A 0, 0.062, 1.144, 2.227, 3.106 max_d=3.106 avg_d=1.144 std_dev=1.082
C8 B 0, 0.677, 1.788, 2.899, 4.344 max_d=4.344 avg_d=1.788 std_dev=1.111
OP1 A 0, 0.091, 1.228, 2.366, 3.255 max_d=3.255 avg_d=1.228 std_dev=1.138
C4 B 0, 0.639, 1.960, 3.280, 5.399 max_d=5.399 avg_d=1.960 std_dev=1.321
N3 B 0, 0.543, 1.990, 3.438, 6.300 max_d=6.300 avg_d=1.990 std_dev=1.448
O4' B 0, 0.598, 2.208, 3.818, 4.922 max_d=4.922 avg_d=2.208 std_dev=1.610
C3' B 0, 0.415, 2.030, 3.645, 4.420 max_d=4.420 avg_d=2.030 std_dev=1.615
N7 B 0, 0.632, 2.498, 4.365, 6.704 max_d=6.704 avg_d=2.498 std_dev=1.867
O3' B 0, 1.045, 2.934, 4.823, 5.510 max_d=5.510 avg_d=2.934 std_dev=1.889
C5 B 0, 0.614, 2.608, 4.602, 7.276 max_d=7.276 avg_d=2.608 std_dev=1.994
C2 B 0, 0.469, 2.612, 4.755, 8.677 max_d=8.677 avg_d=2.612 std_dev=2.143
C4' B 0, 0.388, 2.647, 4.905, 5.958 max_d=5.958 avg_d=2.647 std_dev=2.258
C6 B 0, 0.551, 3.344, 6.137, 9.769 max_d=9.769 avg_d=3.344 std_dev=2.793
N1 B 0, 0.493, 3.297, 6.100, 10.282 max_d=10.282 avg_d=3.297 std_dev=2.803
C5' B 0, 0.273, 3.324, 6.375, 7.438 max_d=7.438 avg_d=3.324 std_dev=3.051
O5' B 0, 0.779, 4.376, 7.972, 9.321 max_d=9.321 avg_d=4.376 std_dev=3.596
N6 B 0, 0.523, 4.145, 7.767, 11.964 max_d=11.964 avg_d=4.145 std_dev=3.622
OP2 B 0, 0.404, 4.654, 8.903, 10.463 max_d=10.463 avg_d=4.654 std_dev=4.250
P B 0, 0.253, 4.894, 9.536, 10.933 max_d=10.933 avg_d=4.894 std_dev=4.642
OP1 B 0, 0.234, 5.791, 11.348, 12.874 max_d=12.874 avg_d=5.791 std_dev=5.557

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.06 0.07 0.07 0.08
C2 0.02 0.00 0.08 0.07 0.02 0.03 0.02 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.11 0.08 0.03 0.04 0.09 0.11 0.16 0.15
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.08 0.01 0.06 0.14 0.00 0.01 0.04 0.01 0.05 0.12 0.10 0.06
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.08 0.01 0.13 0.02 0.14 0.05 0.07 0.11 0.02 0.01 0.08 0.01 0.08 0.16 0.14 0.10
C4 0.02 0.02 0.03 0.08 0.00 0.06 0.00 0.11 0.01 0.02 0.01 0.03 0.06 0.10 0.01 0.02 0.16 0.22 0.26 0.22
C4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.06 0.00 0.09 0.01 0.09 0.04 0.04 0.04 0.06 0.02 0.07 0.00 0.02 0.08 0.03 0.02
C5 0.01 0.02 0.06 0.13 0.00 0.09 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.16 0.01 0.02 0.19 0.24 0.27 0.23
C5' 0.02 0.06 0.01 0.02 0.11 0.01 0.13 0.00 0.12 0.06 0.09 0.04 0.06 0.03 0.12 0.01 0.01 0.07 0.03 0.02
C6 0.01 0.01 0.08 0.14 0.01 0.09 0.01 0.12 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.16 0.01 0.03 0.17 0.18 0.19 0.18
N1 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.04 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.05 0.02 0.01 0.10 0.11 0.13 0.13
N3 0.03 0.01 0.06 0.07 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.03 0.10 0.08 0.03 0.04 0.13 0.16 0.22 0.19
O2 0.04 0.00 0.14 0.11 0.03 0.04 0.02 0.04 0.01 0.02 0.03 0.00 0.17 0.15 0.06 0.07 0.07 0.08 0.14 0.13
O2' 0.01 0.11 0.00 0.02 0.06 0.06 0.04 0.06 0.05 0.03 0.10 0.17 0.00 0.03 0.08 0.05 0.03 0.09 0.07 0.03
O3' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.10 0.02 0.16 0.03 0.16 0.05 0.08 0.15 0.03 0.00 0.10 0.01 0.11 0.22 0.18 0.14
O4 0.03 0.03 0.04 0.08 0.01 0.07 0.01 0.12 0.01 0.02 0.03 0.06 0.08 0.10 0.00 0.03 0.17 0.24 0.29 0.24
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.07 0.05 0.01 0.03 0.00 0.09 0.10 0.11 0.11
O5' 0.06 0.09 0.05 0.08 0.16 0.02 0.19 0.01 0.17 0.10 0.13 0.07 0.03 0.11 0.17 0.09 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.07 0.11 0.12 0.16 0.22 0.08 0.24 0.07 0.18 0.11 0.16 0.08 0.09 0.22 0.24 0.10 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.07 0.16 0.10 0.14 0.26 0.03 0.27 0.03 0.19 0.13 0.22 0.14 0.07 0.18 0.29 0.11 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.08 0.15 0.06 0.10 0.22 0.02 0.23 0.02 0.18 0.13 0.19 0.13 0.03 0.14 0.24 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.63 0.54 0.25 0.52 0.41 1.38 0.90 1.25 1.07 0.79 0.85 0.35 1.45 1.13 0.35 0.25 0.77 1.26 1.25 1.89 1.98 1.64
C2 0.59 0.41 0.23 0.39 0.23 1.11 0.62 0.85 0.71 0.66 0.53 0.34 0.97 0.87 0.25 0.24 0.60 1.07 0.83 1.12 1.42 1.05
C2' 0.62 0.67 0.26 0.47 0.56 1.36 1.11 1.21 1.34 0.91 1.08 0.41 1.77 1.34 0.42 0.27 0.71 1.28 1.29 2.15 1.94 1.70
C3' 0.64 0.61 0.24 0.37 0.45 1.21 0.98 0.98 1.20 0.83 0.96 0.39 1.63 1.23 0.35 0.23 0.63 1.20 1.09 1.88 1.83 1.48
C4 0.46 0.89 0.24 0.57 0.44 0.29 0.28 0.61 0.43 0.34 0.71 0.81 0.38 0.31 0.26 0.26 0.41 0.47 1.21 1.40 1.85 1.49
C4' 0.63 0.59 0.23 0.44 0.40 1.28 0.92 1.11 1.14 0.79 0.91 0.38 1.56 1.16 0.33 0.23 0.72 1.22 1.17 1.89 1.98 1.60
C5 0.50 0.89 0.22 0.50 0.39 0.39 0.26 0.52 0.43 0.37 0.71 0.79 0.44 0.37 0.24 0.24 0.36 0.60 1.10 1.36 1.87 1.44
C5' 0.64 0.58 0.23 0.38 0.29 1.12 0.74 0.88 0.93 0.69 0.77 0.44 1.32 1.00 0.27 0.26 0.65 1.13 1.01 1.60 1.89 1.42
C6 0.56 0.68 0.19 0.31 0.24 0.73 0.37 0.49 0.50 0.49 0.58 0.60 0.69 0.61 0.20 0.21 0.36 0.86 0.83 1.11 1.63 1.15
N1 0.60 0.49 0.21 0.35 0.23 1.07 0.61 0.82 0.73 0.64 0.59 0.41 1.01 0.86 0.25 0.22 0.55 1.07 0.87 1.26 1.58 1.17
N3 0.51 0.56 0.19 0.30 0.21 0.62 0.29 0.38 0.35 0.47 0.42 0.54 0.50 0.54 0.18 0.23 0.34 0.73 0.74 0.82 1.33 0.93
O2 0.60 0.46 0.29 0.69 0.44 1.52 0.92 1.37 1.04 0.82 0.79 0.28 1.35 1.14 0.36 0.31 0.90 1.29 1.26 1.69 1.77 1.51
O2' 0.58 0.95 0.30 0.61 0.82 1.57 1.45 1.59 1.75 1.10 1.47 0.59 2.25 1.64 0.59 0.35 0.86 1.37 1.70 2.83 2.39 2.25
O3' 0.63 0.72 0.26 0.38 0.57 1.25 1.15 1.04 1.42 0.90 1.16 0.44 1.92 1.38 0.40 0.25 0.64 1.23 1.18 2.13 1.85 1.59
O4 0.39 1.18 0.32 0.88 0.69 0.46 0.56 1.12 0.75 0.33 1.03 1.05 0.66 0.34 0.40 0.33 0.69 0.20 1.76 2.09 2.35 2.09
O4' 0.63 0.55 0.25 0.50 0.34 1.32 0.81 1.18 0.99 0.73 0.80 0.38 1.37 1.05 0.30 0.26 0.78 1.21 1.18 1.78 1.99 1.59
O5' 0.65 0.66 0.23 0.33 0.24 0.90 0.53 0.61 0.68 0.59 0.65 0.57 1.00 0.81 0.25 0.32 0.54 1.00 0.91 1.35 1.87 1.32
OP1 0.65 0.74 0.24 0.35 0.27 0.79 0.49 0.52 0.66 0.57 0.68 0.65 0.97 0.77 0.25 0.38 0.53 0.91 0.98 1.43 2.04 1.45
OP2 0.65 0.93 0.29 0.47 0.41 0.56 0.30 0.60 0.47 0.46 0.75 0.83 0.57 0.51 0.33 0.48 0.49 0.74 1.24 1.71 2.30 1.76
P 0.68 0.79 0.27 0.38 0.31 0.78 0.37 0.55 0.53 0.51 0.66 0.71 0.77 0.64 0.28 0.44 0.56 0.91 1.00 1.42 2.02 1.46

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.03 0.04 0.01 0.02 0.08 0.04 0.03 0.06 0.06 0.04 0.01 0.01 0.03 0.39 0.00 0.25 0.31 0.41 0.23
C2 0.06 0.00 0.61 1.01 0.01 0.58 0.01 0.99 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.18 0.63 0.24 0.99 1.41 1.53 1.26
C2' 0.01 0.61 0.00 0.01 0.32 0.01 0.14 0.22 0.27 0.29 0.47 0.61 0.18 0.15 0.03 0.00 0.09 0.03 0.66 0.66 0.62 0.60
C3' 0.03 1.01 0.01 0.00 0.59 0.01 0.45 0.02 0.63 0.21 0.87 0.96 0.55 0.21 0.21 0.03 0.02 0.02 0.44 0.72 0.36 0.39
C4 0.04 0.01 0.32 0.59 0.00 0.31 0.00 0.47 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.17 0.28 0.12 0.59 0.88 1.08 0.78
C4' 0.01 0.58 0.01 0.01 0.31 0.00 0.22 0.01 0.32 0.23 0.47 0.55 0.27 0.18 0.09 0.32 0.06 0.01 0.02 0.25 0.58 0.16
C5 0.02 0.01 0.14 0.45 0.00 0.22 0.00 0.37 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.33 0.22 0.06 0.60 0.88 1.29 0.86
C5' 0.08 0.99 0.22 0.02 0.47 0.01 0.37 0.00 0.55 0.45 0.83 0.88 0.49 0.36 0.16 0.10 0.23 0.02 0.01 0.43 0.41 0.02
C6 0.04 0.01 0.27 0.63 0.01 0.32 0.01 0.55 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.30 0.34 0.11 0.73 1.12 1.47 1.03
C8 0.03 0.02 0.29 0.21 0.01 0.23 0.01 0.45 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.47 0.35 0.16 0.68 0.55 1.19 0.83
N1 0.06 0.00 0.47 0.87 0.02 0.47 0.01 0.83 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.20 0.52 0.18 0.91 1.36 1.55 1.21
N3 0.06 0.00 0.61 0.96 0.00 0.55 0.01 0.88 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.19 0.54 0.24 0.85 1.19 1.30 1.06
N6 0.04 0.01 0.18 0.55 0.02 0.27 0.02 0.49 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.04 0.02 0.39 0.30 0.08 0.72 1.10 1.55 1.05
N7 0.01 0.02 0.15 0.21 0.01 0.18 0.00 0.36 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.49 0.26 0.11 0.65 0.68 1.37 0.90
N9 0.01 0.01 0.03 0.21 0.00 0.09 0.01 0.16 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.24 0.23 0.02 0.41 0.51 0.78 0.51
O2' 0.03 0.18 0.00 0.03 0.17 0.32 0.33 0.10 0.30 0.47 0.20 0.19 0.39 0.49 0.24 0.00 0.16 0.21 0.41 0.34 0.51 0.31
O3' 0.39 0.63 0.09 0.02 0.28 0.06 0.22 0.23 0.34 0.35 0.52 0.54 0.30 0.26 0.23 0.16 0.00 0.24 0.27 0.64 0.64 0.28
O4' 0.00 0.24 0.03 0.02 0.12 0.01 0.06 0.02 0.11 0.16 0.18 0.24 0.08 0.11 0.02 0.21 0.24 0.00 0.29 0.40 0.49 0.29
O5' 0.25 0.99 0.66 0.44 0.59 0.02 0.60 0.01 0.73 0.68 0.91 0.85 0.72 0.65 0.41 0.41 0.27 0.29 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.31 1.41 0.66 0.72 0.88 0.25 0.88 0.43 1.12 0.55 1.36 1.19 1.10 0.68 0.51 0.34 0.64 0.40 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.41 1.53 0.62 0.36 1.08 0.58 1.29 0.41 1.47 1.19 1.55 1.30 1.55 1.37 0.78 0.51 0.64 0.49 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.23 1.26 0.60 0.39 0.78 0.16 0.86 0.02 1.03 0.83 1.21 1.06 1.05 0.90 0.51 0.31 0.28 0.29 0.01 0.01 0.01 0.00