ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49332

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 1, 4, 3, 4, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.004, 0.012, 0.021, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.007, 0.017, 0.026, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.017 std_dev=0.009
N3 A 0, -0.001, 0.010, 0.021, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.010 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.005, 0.020, 0.035, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.020 std_dev=0.015
C6 A 0, 0.005, 0.021, 0.037, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.021 std_dev=0.016
C2 A 0, 0.006, 0.023, 0.041, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.023 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.008, 0.025, 0.042, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.025 std_dev=0.017
O2 A 0, 0.017, 0.067, 0.117, 0.164 max_d=0.164 avg_d=0.067 std_dev=0.050
O4 A 0, 0.009, 0.061, 0.113, 0.177 max_d=0.177 avg_d=0.061 std_dev=0.052
O4' A 0, 0.057, 0.146, 0.235, 0.279 max_d=0.279 avg_d=0.146 std_dev=0.089
C2' A 0, 0.074, 0.164, 0.253, 0.287 max_d=0.287 avg_d=0.164 std_dev=0.089
O2' A 0, 0.143, 0.257, 0.370, 0.465 max_d=0.465 avg_d=0.257 std_dev=0.114
C4' A 0, 0.098, 0.230, 0.362, 0.412 max_d=0.412 avg_d=0.230 std_dev=0.132
C3' A 0, 0.108, 0.247, 0.385, 0.439 max_d=0.439 avg_d=0.247 std_dev=0.139
O2' B 0, 0.359, 0.558, 0.756, 0.803 max_d=0.803 avg_d=0.558 std_dev=0.199
O3' A 0, 0.178, 0.391, 0.604, 0.722 max_d=0.722 avg_d=0.391 std_dev=0.213
O5' B 0, 0.433, 0.647, 0.861, 0.905 max_d=0.905 avg_d=0.647 std_dev=0.214
C5' B 0, 0.507, 0.725, 0.943, 1.009 max_d=1.009 avg_d=0.725 std_dev=0.218
C3' B 0, 0.441, 0.661, 0.880, 0.956 max_d=0.956 avg_d=0.661 std_dev=0.219
C5' A 0, 0.197, 0.417, 0.638, 0.715 max_d=0.715 avg_d=0.417 std_dev=0.220
C2' B 0, 0.365, 0.590, 0.815, 0.839 max_d=0.839 avg_d=0.590 std_dev=0.225
P B 0, 0.369, 0.624, 0.879, 0.970 max_d=0.970 avg_d=0.624 std_dev=0.255
OP1 B 0, 0.428, 0.692, 0.956, 1.001 max_d=1.001 avg_d=0.692 std_dev=0.264
C4' B 0, 0.480, 0.774, 1.068, 1.504 max_d=1.504 avg_d=0.774 std_dev=0.294
O5' A 0, 0.210, 0.508, 0.807, 0.940 max_d=0.940 avg_d=0.508 std_dev=0.299
O3' B 0, 0.444, 0.811, 1.178, 1.881 max_d=1.881 avg_d=0.811 std_dev=0.367
OP2 B 0, 0.260, 0.630, 1.001, 1.671 max_d=1.671 avg_d=0.630 std_dev=0.370
C1' B 0, 0.294, 0.787, 1.281, 2.403 max_d=2.403 avg_d=0.787 std_dev=0.493
O4' B 0, 0.349, 0.846, 1.343, 2.409 max_d=2.409 avg_d=0.846 std_dev=0.497
P A 0, 0.295, 0.818, 1.341, 1.963 max_d=1.963 avg_d=0.818 std_dev=0.523
OP2 A 0, 0.313, 0.887, 1.462, 2.194 max_d=2.194 avg_d=0.887 std_dev=0.574
OP1 A 0, 0.320, 0.976, 1.633, 2.571 max_d=2.571 avg_d=0.976 std_dev=0.656
N9 B 0, 0.095, 0.905, 1.716, 3.785 max_d=3.785 avg_d=0.905 std_dev=0.810
C8 B 0, -0.079, 0.891, 1.862, 4.404 max_d=4.404 avg_d=0.891 std_dev=0.970
C4 B 0, 0.112, 1.300, 2.489, 5.481 max_d=5.481 avg_d=1.300 std_dev=1.188
N7 B 0, -0.275, 1.091, 2.457, 6.077 max_d=6.077 avg_d=1.091 std_dev=1.366
N3 B 0, 0.325, 1.723, 3.121, 6.329 max_d=6.329 avg_d=1.723 std_dev=1.398
C5 B 0, -0.194, 1.282, 2.758, 6.642 max_d=6.642 avg_d=1.282 std_dev=1.476
C2 B 0, 0.280, 2.076, 3.871, 8.124 max_d=8.124 avg_d=2.076 std_dev=1.795
C6 B 0, -0.247, 1.642, 3.531, 8.491 max_d=8.491 avg_d=1.642 std_dev=1.889
N1 B 0, 0.037, 2.042, 4.048, 9.117 max_d=9.117 avg_d=2.042 std_dev=2.006
N6 B 0, -0.553, 1.688, 3.930, 9.881 max_d=9.881 avg_d=1.688 std_dev=2.241

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.07 0.05 0.01 0.02 0.01 0.09 0.10 0.09 0.08
C2 0.03 0.00 0.07 0.07 0.02 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.09 0.08 0.03 0.03 0.09 0.11 0.10 0.07
C2' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.07 0.02 0.06 0.14 0.00 0.02 0.05 0.02 0.04 0.11 0.05 0.04
C3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.07 0.00 0.11 0.02 0.12 0.04 0.06 0.12 0.03 0.01 0.08 0.01 0.04 0.12 0.03 0.04
C4 0.02 0.02 0.04 0.07 0.00 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.03 0.06 0.09 0.01 0.02 0.13 0.13 0.15 0.12
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.07 0.03 0.04 0.08 0.05 0.01 0.06 0.01 0.02 0.08 0.04 0.04
C5 0.02 0.01 0.06 0.11 0.01 0.08 0.00 0.12 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.13 0.01 0.03 0.16 0.15 0.15 0.14
C5' 0.02 0.05 0.01 0.02 0.10 0.01 0.12 0.00 0.10 0.05 0.07 0.07 0.05 0.02 0.11 0.02 0.01 0.08 0.03 0.04
C6 0.02 0.01 0.07 0.12 0.01 0.07 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.13 0.01 0.03 0.14 0.12 0.11 0.10
N1 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.04 0.02 0.02 0.10 0.10 0.09 0.07
N3 0.03 0.01 0.06 0.06 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.03 0.08 0.07 0.03 0.03 0.11 0.11 0.12 0.09
O2 0.07 0.00 0.14 0.12 0.03 0.08 0.01 0.07 0.01 0.02 0.03 0.00 0.16 0.15 0.05 0.07 0.09 0.12 0.09 0.07
O2' 0.05 0.09 0.00 0.03 0.06 0.05 0.05 0.05 0.05 0.04 0.08 0.16 0.00 0.06 0.07 0.08 0.03 0.08 0.03 0.03
O3' 0.01 0.08 0.02 0.01 0.09 0.01 0.13 0.02 0.13 0.04 0.07 0.15 0.06 0.00 0.10 0.02 0.10 0.14 0.08 0.09
O4 0.02 0.03 0.05 0.08 0.01 0.06 0.01 0.11 0.01 0.02 0.03 0.05 0.07 0.10 0.00 0.03 0.14 0.15 0.17 0.14
O4' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.07 0.08 0.02 0.03 0.00 0.11 0.11 0.12 0.12
O5' 0.09 0.09 0.04 0.04 0.13 0.02 0.16 0.01 0.14 0.10 0.11 0.09 0.03 0.10 0.14 0.11 0.00 0.01 0.03 0.01
OP1 0.10 0.11 0.11 0.12 0.13 0.08 0.15 0.08 0.12 0.10 0.11 0.12 0.08 0.14 0.15 0.11 0.01 0.00 0.03 0.00
OP2 0.09 0.10 0.05 0.03 0.15 0.04 0.15 0.03 0.11 0.09 0.12 0.09 0.03 0.08 0.17 0.12 0.03 0.03 0.00 0.01
P 0.08 0.07 0.04 0.04 0.12 0.04 0.14 0.04 0.10 0.07 0.09 0.07 0.03 0.09 0.14 0.12 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.33 1.60 0.14 0.17 0.94 0.16 0.99 0.14 1.39 0.43 1.69 1.25 1.41 0.64 0.51 0.17 0.24 0.29 0.19 0.22 0.30 0.21
C2 0.31 1.37 0.15 0.19 0.88 0.17 0.86 0.14 1.13 0.38 1.37 1.14 1.07 0.54 0.48 0.18 0.24 0.26 0.19 0.22 0.32 0.22
C2' 0.38 1.80 0.17 0.20 1.02 0.21 1.03 0.18 1.50 0.38 1.90 1.38 1.50 0.58 0.54 0.22 0.25 0.34 0.21 0.25 0.36 0.24
C3' 0.42 1.88 0.17 0.20 1.14 0.22 1.23 0.19 1.76 0.48 2.08 1.45 1.88 0.78 0.64 0.21 0.24 0.38 0.23 0.27 0.33 0.24
C4 0.38 1.16 0.21 0.17 0.94 0.14 1.06 0.10 1.22 0.65 1.26 0.99 1.26 0.89 0.66 0.29 0.28 0.30 0.21 0.20 0.27 0.18
C4' 0.39 1.77 0.15 0.18 1.08 0.18 1.20 0.16 1.67 0.52 1.95 1.36 1.82 0.81 0.62 0.18 0.24 0.35 0.22 0.24 0.27 0.21
C5 0.41 1.35 0.20 0.18 1.05 0.15 1.25 0.12 1.49 0.74 1.51 1.11 1.60 1.06 0.72 0.27 0.30 0.34 0.23 0.21 0.24 0.18
C5' 0.45 1.82 0.19 0.20 1.19 0.23 1.37 0.21 1.85 0.66 2.05 1.41 2.07 1.02 0.73 0.18 0.25 0.42 0.28 0.26 0.25 0.23
C6 0.39 1.50 0.16 0.17 1.08 0.15 1.24 0.12 1.57 0.65 1.67 1.21 1.68 0.97 0.68 0.21 0.27 0.33 0.21 0.21 0.25 0.18
N1 0.35 1.52 0.14 0.16 0.99 0.15 1.07 0.12 1.41 0.49 1.62 1.22 1.44 0.74 0.57 0.17 0.24 0.29 0.19 0.21 0.29 0.19
N3 0.33 1.16 0.15 0.17 0.86 0.14 0.87 0.11 1.05 0.43 1.18 1.01 1.02 0.61 0.53 0.21 0.23 0.25 0.18 0.22 0.32 0.21
O2 0.29 1.31 0.21 0.25 0.71 0.23 0.59 0.19 0.86 0.35 1.20 1.09 0.74 0.35 0.34 0.24 0.28 0.26 0.22 0.25 0.36 0.26
O2' 0.37 1.69 0.21 0.23 0.87 0.25 0.80 0.20 1.22 0.40 1.70 1.30 1.16 0.48 0.45 0.24 0.28 0.34 0.21 0.26 0.39 0.27
O3' 0.42 1.91 0.18 0.22 1.11 0.23 1.16 0.21 1.70 0.40 2.08 1.46 1.81 0.68 0.60 0.24 0.26 0.38 0.24 0.31 0.39 0.29
O4 0.38 0.94 0.27 0.23 0.82 0.18 0.94 0.13 1.05 0.67 1.04 0.81 1.10 0.86 0.63 0.35 0.34 0.30 0.25 0.21 0.29 0.20
O4' 0.34 1.62 0.14 0.16 0.99 0.14 1.10 0.12 1.52 0.50 1.76 1.25 1.62 0.77 0.57 0.16 0.24 0.30 0.20 0.21 0.25 0.18
O5' 0.53 1.85 0.24 0.18 1.30 0.26 1.54 0.23 2.00 0.81 2.12 1.47 2.26 1.21 0.86 0.22 0.22 0.49 0.31 0.25 0.24 0.24
OP1 0.64 2.00 0.30 0.21 1.46 0.34 1.74 0.32 2.22 1.01 2.31 1.59 2.57 1.46 1.01 0.24 0.24 0.62 0.41 0.33 0.34 0.35
OP2 0.60 1.80 0.29 0.24 1.40 0.33 1.72 0.32 2.12 1.07 2.11 1.45 2.45 1.53 1.00 0.24 0.30 0.58 0.45 0.37 0.38 0.39
P 0.55 1.84 0.24 0.20 1.35 0.28 1.64 0.27 2.09 0.94 2.15 1.46 2.41 1.38 0.92 0.21 0.26 0.53 0.38 0.32 0.32 0.33

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.02 0.02 0.04 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.01 0.06 0.09 0.01 0.22 0.23 0.32 0.25
C2 0.04 0.00 0.18 0.10 0.01 0.27 0.02 0.30 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.44 0.16 0.26 0.43 0.43 0.51 0.45
C2' 0.01 0.18 0.00 0.01 0.13 0.02 0.11 0.06 0.14 0.08 0.17 0.17 0.13 0.07 0.07 0.01 0.04 0.02 0.12 0.20 0.31 0.21
C3' 0.04 0.10 0.01 0.00 0.06 0.01 0.06 0.02 0.08 0.08 0.10 0.10 0.08 0.07 0.03 0.01 0.00 0.03 0.12 0.15 0.23 0.15
C4 0.02 0.01 0.13 0.06 0.00 0.12 0.01 0.10 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.26 0.13 0.14 0.33 0.32 0.46 0.36
C4' 0.02 0.27 0.02 0.01 0.12 0.00 0.04 0.01 0.09 0.18 0.20 0.27 0.06 0.13 0.03 0.02 0.02 0.01 0.05 0.12 0.12 0.07
C5 0.02 0.02 0.11 0.06 0.01 0.04 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.18 0.13 0.05 0.32 0.35 0.55 0.38
C5' 0.04 0.30 0.06 0.02 0.10 0.01 0.08 0.00 0.06 0.30 0.18 0.30 0.10 0.26 0.08 0.07 0.03 0.03 0.01 0.15 0.07 0.04
C6 0.03 0.02 0.14 0.08 0.02 0.09 0.01 0.06 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.25 0.15 0.10 0.33 0.36 0.58 0.40
C8 0.03 0.01 0.08 0.08 0.01 0.18 0.01 0.30 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.16 0.09 0.16 0.34 0.40 0.52 0.42
N1 0.03 0.01 0.17 0.10 0.01 0.20 0.01 0.18 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.37 0.17 0.19 0.38 0.38 0.54 0.42
N3 0.04 0.01 0.17 0.10 0.01 0.27 0.01 0.30 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.42 0.15 0.28 0.43 0.43 0.47 0.44
N6 0.03 0.02 0.13 0.08 0.02 0.06 0.02 0.10 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.03 0.03 0.20 0.16 0.07 0.33 0.40 0.65 0.43
N7 0.03 0.03 0.07 0.07 0.01 0.13 0.01 0.26 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.11 0.10 0.10 0.36 0.44 0.63 0.46
N9 0.01 0.01 0.07 0.03 0.01 0.03 0.02 0.08 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.11 0.10 0.02 0.26 0.26 0.39 0.29
O2' 0.06 0.44 0.01 0.01 0.26 0.02 0.18 0.07 0.25 0.16 0.37 0.42 0.20 0.11 0.11 0.00 0.07 0.04 0.14 0.25 0.41 0.27
O3' 0.09 0.16 0.04 0.00 0.13 0.02 0.13 0.03 0.15 0.09 0.17 0.15 0.16 0.10 0.10 0.07 0.00 0.06 0.12 0.16 0.24 0.14
O4' 0.01 0.26 0.02 0.03 0.14 0.01 0.05 0.03 0.10 0.16 0.19 0.28 0.07 0.10 0.02 0.04 0.06 0.00 0.28 0.24 0.31 0.26
O5' 0.22 0.43 0.12 0.12 0.33 0.05 0.32 0.01 0.33 0.34 0.38 0.43 0.33 0.36 0.26 0.14 0.12 0.28 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.23 0.43 0.20 0.15 0.32 0.12 0.35 0.15 0.36 0.40 0.38 0.43 0.40 0.44 0.26 0.25 0.16 0.24 0.02 0.00 0.04 0.01
OP2 0.32 0.51 0.31 0.23 0.46 0.12 0.55 0.07 0.58 0.52 0.54 0.47 0.65 0.63 0.39 0.41 0.24 0.31 0.02 0.04 0.00 0.01
P 0.25 0.45 0.21 0.15 0.36 0.07 0.38 0.04 0.40 0.42 0.42 0.44 0.43 0.46 0.29 0.27 0.14 0.26 0.01 0.01 0.01 0.00