ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49333

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 4, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.005, 0.009, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.009 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.004, 0.011, 0.018, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.005, 0.012, 0.019, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.012 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.005, 0.012, 0.019, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.002, 0.009, 0.017, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.004, 0.012, 0.020, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.012 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.001, 0.010, 0.018, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.010 std_dev=0.008
O2 A 0, 0.016, 0.034, 0.053, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.034 std_dev=0.019
O4 A 0, 0.011, 0.050, 0.090, 0.152 max_d=0.152 avg_d=0.050 std_dev=0.039
C2' A 0, 0.009, 0.082, 0.155, 0.246 max_d=0.246 avg_d=0.082 std_dev=0.073
O2' A 0, 0.085, 0.165, 0.246, 0.234 max_d=0.234 avg_d=0.165 std_dev=0.080
O4' A 0, 0.021, 0.112, 0.202, 0.268 max_d=0.268 avg_d=0.112 std_dev=0.090
C3' A 0, 0.117, 0.265, 0.413, 0.481 max_d=0.481 avg_d=0.265 std_dev=0.148
C4' A 0, 0.124, 0.281, 0.438, 0.495 max_d=0.495 avg_d=0.281 std_dev=0.157
O3' A 0, 0.216, 0.451, 0.687, 0.728 max_d=0.728 avg_d=0.451 std_dev=0.235
C5' A 0, 0.222, 0.487, 0.751, 0.816 max_d=0.816 avg_d=0.487 std_dev=0.264
O5' A 0, 0.255, 0.541, 0.827, 0.878 max_d=0.878 avg_d=0.541 std_dev=0.286
N6 B 0, 0.299, 0.644, 0.988, 1.106 max_d=1.106 avg_d=0.644 std_dev=0.345
C6 B 0, 0.263, 0.609, 0.955, 1.104 max_d=1.104 avg_d=0.609 std_dev=0.346
C5 B 0, 0.306, 0.670, 1.035, 1.124 max_d=1.124 avg_d=0.670 std_dev=0.365
N1 B 0, 0.212, 0.580, 0.949, 1.116 max_d=1.116 avg_d=0.580 std_dev=0.368
C4 B 0, 0.308, 0.693, 1.077, 1.153 max_d=1.153 avg_d=0.693 std_dev=0.385
C2 B 0, 0.258, 0.646, 1.033, 1.166 max_d=1.166 avg_d=0.646 std_dev=0.387
N3 B 0, 0.308, 0.710, 1.111, 1.204 max_d=1.204 avg_d=0.710 std_dev=0.402
P A 0, 0.380, 0.784, 1.187, 1.216 max_d=1.216 avg_d=0.784 std_dev=0.403
N7 B 0, 0.352, 0.759, 1.166, 1.169 max_d=1.169 avg_d=0.759 std_dev=0.407
OP2 A 0, 0.418, 0.835, 1.253, 1.245 max_d=1.245 avg_d=0.835 std_dev=0.418
N9 B 0, 0.334, 0.761, 1.189, 1.228 max_d=1.228 avg_d=0.761 std_dev=0.427
O2' B 0, 0.335, 0.764, 1.193, 1.343 max_d=1.343 avg_d=0.764 std_dev=0.429
C8 B 0, 0.356, 0.801, 1.247, 1.325 max_d=1.325 avg_d=0.801 std_dev=0.446
C2' B 0, 0.377, 0.858, 1.338, 1.459 max_d=1.459 avg_d=0.858 std_dev=0.481
C1' B 0, 0.366, 0.847, 1.329, 1.429 max_d=1.429 avg_d=0.847 std_dev=0.482
OP1 A 0, 0.453, 0.967, 1.480, 1.476 max_d=1.476 avg_d=0.967 std_dev=0.513
OP2 B 0, 0.470, 1.005, 1.541, 1.625 max_d=1.625 avg_d=1.005 std_dev=0.536
O5' B 0, 0.390, 0.948, 1.506, 1.706 max_d=1.706 avg_d=0.948 std_dev=0.558
O4' B 0, 0.450, 1.014, 1.577, 1.691 max_d=1.691 avg_d=1.014 std_dev=0.564
C3' B 0, 0.477, 1.052, 1.627, 1.744 max_d=1.744 avg_d=1.052 std_dev=0.575
O3' B 0, 0.492, 1.095, 1.697, 1.865 max_d=1.865 avg_d=1.095 std_dev=0.602
P B 0, 0.470, 1.081, 1.692, 1.871 max_d=1.871 avg_d=1.081 std_dev=0.611
C4' B 0, 0.516, 1.141, 1.766, 1.829 max_d=1.829 avg_d=1.141 std_dev=0.625
OP1 B 0, 0.539, 1.194, 1.850, 2.049 max_d=2.049 avg_d=1.194 std_dev=0.656
C5' B 0, 0.586, 1.270, 1.954, 1.988 max_d=1.988 avg_d=1.270 std_dev=0.684

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.00 0.05 0.05 0.13 0.06
C2 0.02 0.00 0.04 0.06 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.06 0.02 0.01 0.10 0.13 0.20 0.13
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.06 0.00 0.01 0.04 0.01 0.05 0.07 0.10 0.05
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.07 0.00 0.07 0.02 0.07 0.05 0.07 0.06 0.02 0.00 0.08 0.01 0.06 0.08 0.10 0.06
C4 0.01 0.01 0.03 0.07 0.00 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.09 0.00 0.02 0.14 0.21 0.26 0.19
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.05 0.02 0.03 0.04 0.04 0.02 0.05 0.00 0.02 0.05 0.06 0.02
C5 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.05 0.00 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.09 0.01 0.03 0.15 0.21 0.26 0.19
C5' 0.02 0.05 0.01 0.02 0.10 0.00 0.11 0.00 0.09 0.05 0.07 0.04 0.04 0.04 0.11 0.01 0.01 0.05 0.03 0.01
C6 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.08 0.02 0.03 0.13 0.16 0.21 0.15
N1 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.01 0.09 0.11 0.18 0.11
N3 0.01 0.00 0.04 0.07 0.00 0.03 0.01 0.07 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.08 0.01 0.01 0.12 0.17 0.24 0.16
O2 0.04 0.00 0.06 0.06 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.07 0.06 0.02 0.04 0.09 0.11 0.20 0.12
O2' 0.01 0.05 0.00 0.02 0.03 0.04 0.02 0.04 0.01 0.02 0.05 0.07 0.00 0.04 0.04 0.04 0.06 0.06 0.09 0.05
O3' 0.02 0.06 0.01 0.00 0.09 0.02 0.09 0.04 0.08 0.04 0.08 0.06 0.04 0.00 0.10 0.02 0.08 0.10 0.10 0.07
O4 0.02 0.02 0.04 0.08 0.00 0.05 0.01 0.11 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.10 0.00 0.02 0.15 0.23 0.28 0.21
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.04 0.02 0.02 0.00 0.03 0.03 0.11 0.04
O5' 0.05 0.10 0.05 0.06 0.14 0.02 0.15 0.01 0.13 0.09 0.12 0.09 0.06 0.08 0.15 0.03 0.00 0.01 0.03 0.00
OP1 0.05 0.13 0.07 0.08 0.21 0.05 0.21 0.05 0.16 0.11 0.17 0.11 0.06 0.10 0.23 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.13 0.20 0.10 0.10 0.26 0.06 0.26 0.03 0.21 0.18 0.24 0.20 0.09 0.10 0.28 0.11 0.03 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.13 0.05 0.06 0.19 0.02 0.19 0.01 0.15 0.11 0.16 0.12 0.05 0.07 0.21 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.14 0.16 0.12 0.12 0.13 0.13 0.10 0.10 0.11 0.11 0.12 0.18 0.16 0.09 0.13 0.13 0.10 0.13 0.13 0.13 0.13 0.13
C2 0.15 0.16 0.14 0.13 0.16 0.15 0.17 0.14 0.20 0.16 0.20 0.16 0.21 0.16 0.16 0.12 0.09 0.16 0.18 0.15 0.14 0.16
C2' 0.16 0.20 0.13 0.12 0.15 0.14 0.09 0.12 0.10 0.11 0.11 0.22 0.17 0.09 0.15 0.12 0.11 0.16 0.11 0.12 0.13 0.12
C3' 0.13 0.24 0.10 0.10 0.14 0.11 0.07 0.09 0.07 0.07 0.16 0.22 0.12 0.05 0.12 0.10 0.10 0.13 0.08 0.08 0.10 0.08
C4 0.06 0.09 0.08 0.08 0.06 0.06 0.12 0.04 0.15 0.10 0.13 0.06 0.18 0.14 0.05 0.13 0.12 0.04 0.13 0.13 0.13 0.13
C4' 0.11 0.21 0.09 0.09 0.13 0.10 0.08 0.07 0.09 0.08 0.15 0.20 0.13 0.07 0.11 0.10 0.08 0.11 0.08 0.09 0.10 0.08
C5 0.10 0.07 0.11 0.11 0.06 0.09 0.05 0.05 0.08 0.07 0.08 0.08 0.12 0.06 0.08 0.13 0.13 0.07 0.11 0.13 0.15 0.13
C5' 0.09 0.22 0.07 0.07 0.11 0.07 0.09 0.05 0.11 0.06 0.18 0.19 0.12 0.08 0.08 0.08 0.06 0.08 0.05 0.05 0.07 0.04
C6 0.09 0.11 0.09 0.09 0.08 0.08 0.07 0.05 0.08 0.08 0.09 0.11 0.11 0.07 0.09 0.09 0.09 0.08 0.11 0.13 0.15 0.12
N1 0.11 0.12 0.10 0.09 0.11 0.10 0.10 0.08 0.13 0.10 0.13 0.14 0.17 0.10 0.11 0.09 0.07 0.11 0.13 0.12 0.13 0.12
N3 0.11 0.16 0.10 0.10 0.15 0.12 0.19 0.13 0.21 0.18 0.20 0.12 0.22 0.19 0.15 0.07 0.07 0.13 0.18 0.15 0.15 0.17
O2 0.23 0.22 0.22 0.20 0.22 0.22 0.20 0.21 0.22 0.21 0.25 0.22 0.23 0.20 0.22 0.21 0.16 0.23 0.22 0.19 0.16 0.20
O2' 0.20 0.21 0.17 0.17 0.18 0.19 0.11 0.16 0.10 0.14 0.11 0.25 0.17 0.10 0.19 0.17 0.16 0.21 0.15 0.15 0.15 0.15
O3' 0.15 0.26 0.11 0.12 0.15 0.14 0.09 0.12 0.08 0.09 0.17 0.25 0.14 0.07 0.13 0.11 0.12 0.15 0.10 0.08 0.09 0.08
O4 0.10 0.12 0.14 0.12 0.09 0.06 0.13 0.02 0.15 0.11 0.14 0.12 0.18 0.16 0.06 0.21 0.17 0.05 0.13 0.13 0.13 0.13
O4' 0.11 0.17 0.10 0.10 0.12 0.10 0.10 0.07 0.11 0.10 0.13 0.17 0.15 0.10 0.11 0.11 0.08 0.11 0.11 0.12 0.12 0.11
O5' 0.08 0.21 0.08 0.07 0.12 0.06 0.09 0.06 0.13 0.06 0.19 0.18 0.13 0.08 0.08 0.10 0.08 0.07 0.06 0.03 0.07 0.04
OP1 0.17 0.26 0.16 0.15 0.18 0.15 0.17 0.17 0.18 0.17 0.25 0.22 0.16 0.17 0.17 0.16 0.17 0.16 0.19 0.17 0.20 0.18
OP2 0.19 0.24 0.20 0.19 0.18 0.17 0.15 0.18 0.17 0.16 0.22 0.22 0.16 0.14 0.18 0.22 0.21 0.17 0.18 0.14 0.16 0.15
P 0.13 0.22 0.12 0.11 0.14 0.11 0.12 0.12 0.15 0.12 0.21 0.19 0.14 0.12 0.12 0.13 0.13 0.11 0.13 0.09 0.13 0.11

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.08 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.05 0.02 0.07 0.07 0.04 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.06 0.06 0.08 0.05
C2 0.08 0.00 0.13 0.13 0.02 0.08 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.20 0.19 0.05 0.08 0.05 0.06 0.04
C2' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.07 0.01 0.04 0.04 0.07 0.04 0.11 0.13 0.05 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.11 0.09 0.13 0.10
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.05 0.00 0.03 0.02 0.05 0.06 0.10 0.13 0.04 0.05 0.01 0.02 0.01 0.01 0.12 0.10 0.11 0.09
C4 0.04 0.02 0.07 0.05 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.10 0.02 0.06 0.03 0.07 0.04
C4' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.05 0.06 0.08 0.04 0.05 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.06 0.03 0.02
C5 0.03 0.01 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.08 0.07 0.02 0.05 0.03 0.08 0.05
C5' 0.02 0.06 0.04 0.02 0.02 0.01 0.04 0.00 0.03 0.06 0.03 0.06 0.06 0.07 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.09 0.03 0.01
C6 0.05 0.01 0.07 0.05 0.02 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.12 0.10 0.03 0.04 0.04 0.09 0.05
C8 0.02 0.01 0.04 0.06 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.04 0.03 0.05 0.03 0.07 0.04
N1 0.07 0.00 0.11 0.10 0.03 0.06 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.17 0.16 0.04 0.06 0.02 0.07 0.04
N3 0.07 0.01 0.13 0.13 0.00 0.08 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.18 0.18 0.05 0.09 0.07 0.07 0.05
N6 0.04 0.01 0.05 0.04 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.10 0.08 0.03 0.05 0.08 0.12 0.08
N7 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.05 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.03 0.03 0.04 0.05 0.09 0.06
N9 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.05 0.02 0.06 0.04 0.08 0.05
O2' 0.02 0.20 0.00 0.02 0.09 0.02 0.08 0.04 0.12 0.03 0.17 0.18 0.10 0.03 0.03 0.00 0.05 0.02 0.12 0.11 0.14 0.11
O3' 0.05 0.19 0.03 0.01 0.10 0.02 0.07 0.01 0.10 0.04 0.16 0.18 0.08 0.03 0.05 0.05 0.00 0.04 0.10 0.10 0.10 0.08
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.05 0.03 0.03 0.02 0.02 0.04 0.00 0.11 0.11 0.07 0.08
O5' 0.06 0.08 0.11 0.12 0.06 0.01 0.05 0.01 0.04 0.05 0.06 0.09 0.05 0.04 0.06 0.12 0.10 0.11 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.06 0.05 0.09 0.10 0.03 0.06 0.03 0.09 0.04 0.03 0.02 0.07 0.08 0.05 0.04 0.11 0.10 0.11 0.02 0.00 0.02 0.00
OP2 0.08 0.06 0.13 0.11 0.07 0.03 0.08 0.03 0.09 0.07 0.07 0.07 0.12 0.09 0.08 0.14 0.10 0.07 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.05 0.04 0.10 0.09 0.04 0.02 0.05 0.01 0.05 0.04 0.04 0.05 0.08 0.06 0.05 0.11 0.08 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00