ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49335

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.007, 0.017, 0.026, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.017 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.007, 0.018, 0.030, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.018 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.004, 0.017, 0.029, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.017 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.003, 0.017, 0.031, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.017 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.005, 0.022, 0.039, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.022 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.007, 0.027, 0.046, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.027 std_dev=0.020
O4 A 0, 0.005, 0.028, 0.051, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.028 std_dev=0.023
C2 A 0, 0.004, 0.032, 0.059, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.032 std_dev=0.028
O2 A 0, 0.016, 0.096, 0.177, 0.246 max_d=0.246 avg_d=0.096 std_dev=0.081
O4' A 0, 0.134, 0.292, 0.450, 0.470 max_d=0.470 avg_d=0.292 std_dev=0.158
C2' A 0, 0.185, 0.361, 0.537, 0.568 max_d=0.568 avg_d=0.361 std_dev=0.176
C4' A 0, 0.450, 0.862, 1.275, 1.223 max_d=1.223 avg_d=0.862 std_dev=0.413
O2' B 0, 0.490, 0.935, 1.379, 1.357 max_d=1.357 avg_d=0.935 std_dev=0.444
C2' B 0, 0.509, 0.971, 1.434, 1.355 max_d=1.355 avg_d=0.971 std_dev=0.463
O2' A 0, 0.425, 0.910, 1.395, 1.392 max_d=1.392 avg_d=0.910 std_dev=0.485
C3' B 0, 0.613, 1.146, 1.680, 1.668 max_d=1.668 avg_d=1.146 std_dev=0.534
O5' A 0, 0.619, 1.181, 1.743, 1.597 max_d=1.597 avg_d=1.181 std_dev=0.562
C5' A 0, 0.384, 1.045, 1.707, 2.222 max_d=2.222 avg_d=1.045 std_dev=0.661
C3' A 0, 0.360, 1.034, 1.708, 1.694 max_d=1.694 avg_d=1.034 std_dev=0.674
P A 0, 0.920, 1.939, 2.957, 3.332 max_d=3.332 avg_d=1.939 std_dev=1.019
O3' B 0, 0.804, 1.932, 3.060, 3.204 max_d=3.204 avg_d=1.932 std_dev=1.128
OP1 A 0, 0.968, 2.208, 3.448, 4.076 max_d=4.076 avg_d=2.208 std_dev=1.240
OP2 B 0, 1.346, 2.666, 3.986, 4.390 max_d=4.390 avg_d=2.666 std_dev=1.320
O3' A 0, 0.314, 1.758, 3.201, 3.252 max_d=3.252 avg_d=1.758 std_dev=1.443
C5' B 0, 1.287, 2.757, 4.227, 4.117 max_d=4.117 avg_d=2.757 std_dev=1.470
OP2 A 0, 1.676, 3.150, 4.623, 4.433 max_d=4.433 avg_d=3.150 std_dev=1.474
C4' B 0, 0.925, 2.417, 3.908, 3.906 max_d=3.906 avg_d=2.417 std_dev=1.492
O5' B 0, 1.298, 2.973, 4.648, 4.577 max_d=4.577 avg_d=2.973 std_dev=1.675
P B 0, 2.031, 3.735, 5.440, 4.818 max_d=4.818 avg_d=3.735 std_dev=1.705
C1' B 0, 0.326, 2.133, 3.940, 4.074 max_d=4.074 avg_d=2.133 std_dev=1.807
OP1 B 0, 2.734, 4.985, 7.235, 6.260 max_d=6.260 avg_d=4.985 std_dev=2.251
O4' B 0, 0.686, 2.967, 5.247, 5.344 max_d=5.344 avg_d=2.967 std_dev=2.281
N9 B 0, 0.382, 3.057, 5.733, 5.854 max_d=5.854 avg_d=3.057 std_dev=2.676
C8 B 0, 0.660, 4.004, 7.348, 7.428 max_d=7.428 avg_d=4.004 std_dev=3.344
C4 B 0, 0.550, 3.902, 7.255, 7.415 max_d=7.415 avg_d=3.902 std_dev=3.352
N3 B 0, 0.610, 4.115, 7.621, 7.876 max_d=7.876 avg_d=4.115 std_dev=3.506
N7 B 0, 0.888, 5.113, 9.338, 9.409 max_d=9.409 avg_d=5.113 std_dev=4.225
C5 B 0, 0.835, 5.072, 9.308, 9.413 max_d=9.413 avg_d=5.072 std_dev=4.236
C2 B 0, 0.922, 5.448, 9.973, 10.232 max_d=10.232 avg_d=5.448 std_dev=4.525
C6 B 0, 1.136, 6.316, 11.495, 11.614 max_d=11.614 avg_d=6.316 std_dev=5.179
N1 B 0, 1.148, 6.443, 11.737, 11.929 max_d=11.929 avg_d=6.443 std_dev=5.294
N6 B 0, 1.475, 7.599, 13.723, 13.801 max_d=13.801 avg_d=7.599 std_dev=6.124

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.21 0.01 0.02 0.03 0.10 0.01 0.30 0.03 0.00 0.20 0.78 0.32 0.19
C2 0.04 0.00 0.04 0.14 0.03 0.05 0.03 0.36 0.03 0.02 0.01 0.01 0.32 0.15 0.02 0.05 0.32 1.11 0.64 0.19
C2' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.05 0.02 0.06 0.30 0.06 0.03 0.04 0.10 0.00 0.03 0.05 0.01 0.25 1.16 0.39 0.76
C3' 0.01 0.14 0.01 0.00 0.33 0.01 0.39 0.01 0.36 0.20 0.24 0.06 0.02 0.01 0.36 0.02 0.10 0.53 0.19 0.44
C4 0.03 0.03 0.05 0.33 0.00 0.07 0.01 0.35 0.02 0.02 0.01 0.03 0.30 0.17 0.00 0.03 0.56 0.98 1.16 0.32
C4' 0.02 0.05 0.02 0.01 0.07 0.00 0.08 0.01 0.07 0.05 0.05 0.11 0.30 0.04 0.07 0.01 0.02 0.26 0.08 0.13
C5 0.02 0.03 0.06 0.39 0.01 0.08 0.00 0.32 0.01 0.02 0.01 0.04 0.19 0.27 0.01 0.01 0.65 0.80 1.26 0.47
C5' 0.21 0.36 0.30 0.01 0.35 0.01 0.32 0.00 0.30 0.32 0.36 0.38 0.06 0.24 0.35 0.04 0.01 0.11 0.14 0.03
C6 0.01 0.03 0.06 0.36 0.02 0.07 0.01 0.30 0.00 0.01 0.03 0.05 0.12 0.20 0.02 0.01 0.58 0.79 0.98 0.36
N1 0.02 0.02 0.03 0.20 0.02 0.05 0.02 0.32 0.01 0.00 0.01 0.05 0.16 0.06 0.02 0.03 0.36 0.94 0.63 0.16
N3 0.03 0.01 0.04 0.24 0.01 0.05 0.01 0.36 0.03 0.01 0.00 0.03 0.35 0.02 0.01 0.04 0.44 1.10 0.89 0.18
O2 0.10 0.01 0.10 0.06 0.03 0.11 0.04 0.38 0.05 0.05 0.03 0.00 0.42 0.38 0.03 0.11 0.17 1.19 0.44 0.33
O2' 0.01 0.32 0.00 0.02 0.30 0.30 0.19 0.06 0.12 0.16 0.35 0.42 0.00 0.05 0.32 0.21 0.15 1.05 0.43 0.70
O3' 0.30 0.15 0.03 0.01 0.17 0.04 0.27 0.24 0.20 0.06 0.02 0.38 0.05 0.00 0.21 0.32 0.10 0.19 0.05 0.23
O4 0.03 0.02 0.05 0.36 0.00 0.07 0.01 0.35 0.02 0.02 0.01 0.03 0.32 0.21 0.00 0.03 0.58 0.96 1.27 0.37
O4' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.04 0.11 0.21 0.32 0.03 0.00 0.35 0.31 0.49 0.25
O5' 0.20 0.32 0.25 0.10 0.56 0.02 0.65 0.01 0.58 0.36 0.44 0.17 0.15 0.10 0.58 0.35 0.00 0.00 0.01 0.01
OP1 0.78 1.11 1.16 0.53 0.98 0.26 0.80 0.11 0.79 0.94 1.10 1.19 1.05 0.19 0.96 0.31 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.32 0.64 0.39 0.19 1.16 0.08 1.26 0.14 0.98 0.63 0.89 0.44 0.43 0.05 1.27 0.49 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.19 0.19 0.76 0.44 0.32 0.13 0.47 0.03 0.36 0.16 0.18 0.33 0.70 0.23 0.37 0.25 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.04 2.40 0.15 0.37 1.82 0.88 2.60 0.45 3.25 1.46 3.09 1.71 3.77 2.37 1.07 0.25 0.83 0.56 0.14 0.38 0.29 0.20
C2 0.12 2.05 0.12 0.25 1.53 0.71 1.95 0.28 2.38 0.95 2.41 1.56 2.54 1.60 0.81 0.22 0.54 0.53 0.33 0.76 0.39 0.47
C2' 0.36 1.84 0.12 0.39 1.30 1.05 1.99 0.64 2.59 1.00 2.46 1.21 3.11 1.82 0.62 0.23 0.77 0.93 0.31 0.61 0.41 0.38
C3' 0.36 2.07 0.04 0.39 1.40 0.99 2.15 0.51 2.87 1.01 2.77 1.35 3.50 1.92 0.65 0.33 0.80 0.86 0.17 0.49 0.34 0.21
C4 0.05 2.62 0.22 0.16 1.52 0.31 1.58 0.13 2.18 0.30 2.66 2.06 2.14 0.86 0.61 0.21 0.14 0.23 0.52 1.13 0.48 0.69
C4' 0.03 2.74 0.16 0.34 1.93 0.87 2.74 0.47 3.59 1.43 3.53 1.90 4.29 2.43 1.07 0.22 0.80 0.56 0.10 0.46 0.26 0.20
C5 0.07 3.06 0.21 0.12 1.80 0.43 2.03 0.14 2.81 0.58 3.30 2.29 2.90 1.28 0.79 0.16 0.18 0.28 0.41 0.87 0.40 0.52
C5' 0.25 3.20 0.46 0.19 2.19 0.59 2.89 0.22 3.80 1.46 3.91 2.31 4.40 2.43 1.26 0.29 0.49 0.31 0.27 0.43 0.33 0.27
C6 0.06 3.00 0.19 0.17 1.91 0.61 2.36 0.24 3.17 0.91 3.46 2.20 3.42 1.73 0.93 0.15 0.42 0.39 0.29 0.63 0.34 0.37
N1 0.06 2.54 0.15 0.27 1.79 0.74 2.36 0.33 3.00 1.11 3.06 1.86 3.30 1.93 0.95 0.20 0.61 0.50 0.23 0.54 0.32 0.32
N3 0.07 2.11 0.19 0.12 1.39 0.43 1.53 0.15 1.96 0.48 2.22 1.69 1.97 1.00 0.62 0.14 0.17 0.35 0.50 1.12 0.49 0.69
O2 0.24 1.42 0.04 0.42 1.23 0.91 1.76 0.41 2.01 1.12 1.84 1.03 2.25 1.69 0.74 0.37 0.80 0.70 0.26 0.67 0.38 0.43
O2' 0.10 1.68 0.47 0.12 1.41 0.77 2.13 0.43 2.55 1.44 2.29 1.17 3.07 2.17 0.93 0.17 0.53 0.64 0.29 0.61 0.52 0.42
O3' 0.03 2.24 0.38 0.07 1.68 0.61 2.49 0.17 3.16 1.44 2.97 1.55 3.86 2.36 1.00 0.11 0.46 0.50 0.25 0.38 0.59 0.20
O4 0.07 2.45 0.23 0.29 1.26 0.14 1.13 0.21 1.69 0.13 2.31 1.97 1.56 0.37 0.40 0.34 0.39 0.11 0.60 1.33 0.53 0.81
O4' 0.15 2.93 0.18 0.35 2.16 0.79 3.01 0.39 3.86 1.67 3.75 2.09 4.54 2.69 1.30 0.25 0.85 0.37 0.14 0.34 0.24 0.13
O5' 0.44 2.49 0.22 0.54 1.46 1.05 2.11 0.57 3.00 0.72 3.15 1.62 3.59 1.64 0.55 0.52 0.94 0.87 0.12 0.39 0.24 0.15
OP1 1.00 3.78 1.32 1.05 2.72 0.47 3.18 0.88 4.00 1.82 4.27 3.00 4.38 2.62 1.82 1.11 0.67 0.57 1.32 1.59 1.34 1.41
OP2 0.86 2.04 0.66 0.81 0.96 1.23 1.46 0.72 2.32 0.30 2.58 1.23 2.81 0.94 0.28 0.91 1.16 1.14 0.30 0.67 0.33 0.37
P 0.15 2.75 0.31 0.22 1.73 0.59 2.28 0.24 3.12 0.94 3.31 1.94 3.61 1.79 0.85 0.27 0.51 0.44 0.54 0.93 0.70 0.71

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.09 0.01 0.01 0.05 0.00 0.05 0.10 0.06 0.01 0.08 0.08 0.06 0.02 0.02 0.01 0.32 0.00 0.36 0.69 0.21 0.41
C2 0.09 0.00 0.21 0.87 0.03 0.81 0.02 1.23 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.03 0.04 0.69 0.46 0.43 0.72 0.44 0.27 0.48
C2' 0.01 0.21 0.00 0.00 0.10 0.02 0.04 0.24 0.06 0.17 0.14 0.22 0.05 0.13 0.03 0.00 0.03 0.02 0.76 1.51 0.52 0.94
C3' 0.01 0.87 0.00 0.00 0.50 0.01 0.34 0.02 0.51 0.16 0.73 0.84 0.42 0.04 0.14 0.03 0.01 0.01 0.37 1.27 0.11 0.53
C4 0.05 0.03 0.10 0.50 0.00 0.39 0.00 0.47 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.46 0.13 0.23 0.15 0.57 0.53 0.35
C4' 0.00 0.81 0.02 0.01 0.39 0.00 0.17 0.01 0.35 0.38 0.62 0.78 0.22 0.21 0.03 0.27 0.04 0.01 0.01 0.40 0.63 0.08
C5 0.05 0.02 0.04 0.34 0.00 0.17 0.00 0.15 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.45 0.07 0.07 0.45 0.79 1.15 0.76
C5' 0.10 1.23 0.24 0.02 0.47 0.01 0.15 0.00 0.44 0.75 0.92 1.13 0.25 0.51 0.14 0.05 0.19 0.00 0.00 0.33 0.41 0.01
C6 0.06 0.01 0.06 0.51 0.01 0.35 0.01 0.44 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.56 0.22 0.17 0.22 0.62 1.02 0.54
C8 0.01 0.03 0.17 0.16 0.00 0.38 0.01 0.75 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.16 0.29 0.30 1.24 1.26 1.61 1.41
N1 0.08 0.00 0.14 0.73 0.03 0.62 0.02 0.92 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.03 0.05 0.67 0.38 0.32 0.41 0.43 0.49 0.26
N3 0.08 0.00 0.22 0.84 0.01 0.78 0.01 1.13 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.61 0.37 0.45 0.64 0.41 0.26 0.42
N6 0.06 0.02 0.05 0.42 0.01 0.22 0.01 0.25 0.00 0.03 0.03 0.02 0.00 0.04 0.04 0.55 0.18 0.09 0.40 0.76 1.42 0.80
N7 0.02 0.03 0.13 0.04 0.01 0.21 0.01 0.51 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.02 0.29 0.15 0.17 1.07 1.18 1.77 1.36
N9 0.02 0.04 0.03 0.14 0.01 0.03 0.02 0.14 0.03 0.01 0.05 0.03 0.04 0.02 0.00 0.21 0.14 0.03 0.56 0.82 0.76 0.71
O2' 0.01 0.69 0.00 0.03 0.46 0.27 0.45 0.05 0.56 0.16 0.67 0.61 0.55 0.29 0.21 0.00 0.06 0.18 0.47 1.34 0.18 0.65
O3' 0.32 0.46 0.03 0.01 0.13 0.04 0.07 0.19 0.22 0.29 0.38 0.37 0.18 0.15 0.14 0.06 0.00 0.25 0.09 0.96 0.71 0.15
O4' 0.00 0.43 0.02 0.01 0.23 0.01 0.07 0.00 0.17 0.30 0.32 0.45 0.09 0.17 0.03 0.18 0.25 0.00 0.06 0.15 0.40 0.11
O5' 0.36 0.72 0.76 0.37 0.15 0.01 0.45 0.00 0.22 1.24 0.41 0.64 0.40 1.07 0.56 0.47 0.09 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.69 0.44 1.51 1.27 0.57 0.40 0.79 0.33 0.62 1.26 0.43 0.41 0.76 1.18 0.82 1.34 0.96 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.21 0.27 0.52 0.11 0.53 0.63 1.15 0.41 1.02 1.61 0.49 0.26 1.42 1.77 0.76 0.18 0.71 0.40 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.41 0.48 0.94 0.53 0.35 0.08 0.76 0.01 0.54 1.41 0.26 0.42 0.80 1.36 0.71 0.65 0.15 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00