ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49336

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 1, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.001, 0.011, 0.022, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.011 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.009, 0.020, 0.030, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.020 std_dev=0.011
C5 A 0, -0.002, 0.009, 0.020, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.009 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.009, 0.022, 0.036, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.022 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.011, 0.027, 0.044, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.027 std_dev=0.017
N1 A 0, 0.003, 0.020, 0.038, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.020 std_dev=0.018
C2 A 0, 0.007, 0.026, 0.046, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.026 std_dev=0.020
O4 A 0, 0.051, 0.096, 0.142, 0.143 max_d=0.143 avg_d=0.096 std_dev=0.046
O2 A 0, 0.012, 0.062, 0.113, 0.167 max_d=0.167 avg_d=0.062 std_dev=0.051
O4' A 0, 0.066, 0.138, 0.210, 0.244 max_d=0.244 avg_d=0.138 std_dev=0.072
C2' A 0, 0.078, 0.213, 0.348, 0.460 max_d=0.460 avg_d=0.213 std_dev=0.135
C4' A 0, 0.080, 0.219, 0.357, 0.476 max_d=0.476 avg_d=0.219 std_dev=0.138
C2' B 0, 0.169, 0.320, 0.471, 0.474 max_d=0.474 avg_d=0.320 std_dev=0.151
C3' B 0, 0.195, 0.369, 0.544, 0.514 max_d=0.514 avg_d=0.369 std_dev=0.174
C1' B 0, 0.187, 0.381, 0.574, 0.638 max_d=0.638 avg_d=0.381 std_dev=0.194
O2' B 0, 0.151, 0.345, 0.540, 0.582 max_d=0.582 avg_d=0.345 std_dev=0.195
N9 B 0, 0.235, 0.434, 0.633, 0.598 max_d=0.598 avg_d=0.434 std_dev=0.199
C3' A 0, 0.112, 0.314, 0.516, 0.682 max_d=0.682 avg_d=0.314 std_dev=0.202
O2' A 0, 0.130, 0.334, 0.537, 0.700 max_d=0.700 avg_d=0.334 std_dev=0.203
C5' A 0, 0.170, 0.403, 0.637, 0.804 max_d=0.804 avg_d=0.403 std_dev=0.233
C4' B 0, 0.173, 0.412, 0.651, 0.703 max_d=0.703 avg_d=0.412 std_dev=0.239
O5' B 0, 0.288, 0.539, 0.789, 0.722 max_d=0.722 avg_d=0.539 std_dev=0.250
C5' B 0, 0.212, 0.464, 0.715, 0.779 max_d=0.779 avg_d=0.464 std_dev=0.251
O3' B 0, 0.234, 0.487, 0.740, 0.773 max_d=0.773 avg_d=0.487 std_dev=0.253
O5' A 0, 0.228, 0.511, 0.793, 0.844 max_d=0.844 avg_d=0.511 std_dev=0.282
C4 B 0, 0.217, 0.504, 0.791, 0.974 max_d=0.974 avg_d=0.504 std_dev=0.287
O4' B 0, 0.168, 0.459, 0.749, 0.933 max_d=0.933 avg_d=0.459 std_dev=0.290
O3' A 0, 0.153, 0.448, 0.742, 0.975 max_d=0.975 avg_d=0.448 std_dev=0.295
C5 B 0, 0.232, 0.542, 0.853, 0.934 max_d=0.934 avg_d=0.542 std_dev=0.311
C6 B 0, 0.278, 0.607, 0.936, 0.985 max_d=0.985 avg_d=0.607 std_dev=0.329
P B 0, 0.408, 0.788, 1.168, 1.135 max_d=1.135 avg_d=0.788 std_dev=0.380
OP1 B 0, 0.424, 0.811, 1.197, 1.156 max_d=1.156 avg_d=0.811 std_dev=0.386
C8 B 0, 0.419, 0.862, 1.304, 1.278 max_d=1.278 avg_d=0.862 std_dev=0.443
OP2 B 0, 0.425, 0.888, 1.350, 1.348 max_d=1.348 avg_d=0.888 std_dev=0.463
N1 B 0, 0.449, 0.920, 1.391, 1.575 max_d=1.575 avg_d=0.920 std_dev=0.471
N7 B 0, 0.450, 0.959, 1.467, 1.493 max_d=1.493 avg_d=0.959 std_dev=0.509
OP1 A 0, 0.344, 0.855, 1.366, 1.351 max_d=1.351 avg_d=0.855 std_dev=0.511
P A 0, 0.188, 0.717, 1.246, 1.277 max_d=1.277 avg_d=0.717 std_dev=0.529
N6 B 0, 0.192, 0.734, 1.275, 1.479 max_d=1.479 avg_d=0.734 std_dev=0.541
N3 B 0, 0.435, 0.995, 1.556, 1.847 max_d=1.847 avg_d=0.995 std_dev=0.560
C2 B 0, 0.552, 1.189, 1.826, 2.099 max_d=2.099 avg_d=1.189 std_dev=0.637
OP2 A 0, 0.293, 0.969, 1.646, 1.843 max_d=1.843 avg_d=0.969 std_dev=0.676

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.13 0.13 0.09
C2 0.04 0.00 0.09 0.05 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.13 0.06 0.01 0.02 0.13 0.14 0.14 0.12
C2' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.01 0.02 0.07 0.01 0.08 0.01 0.07 0.19 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.12 0.10 0.03
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.09 0.01 0.15 0.01 0.15 0.03 0.02 0.15 0.01 0.01 0.10 0.01 0.10 0.14 0.07 0.05
C4 0.01 0.00 0.01 0.09 0.00 0.05 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.09 0.01 0.03 0.13 0.12 0.10 0.09
C4' 0.00 0.03 0.02 0.01 0.05 0.00 0.08 0.01 0.06 0.01 0.01 0.09 0.07 0.01 0.06 0.00 0.02 0.13 0.07 0.02
C5 0.02 0.01 0.07 0.15 0.01 0.08 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.17 0.01 0.04 0.13 0.12 0.10 0.09
C5' 0.02 0.04 0.01 0.01 0.07 0.01 0.09 0.00 0.06 0.02 0.04 0.08 0.06 0.02 0.09 0.02 0.01 0.13 0.05 0.02
C6 0.02 0.01 0.08 0.15 0.01 0.06 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.03 0.06 0.16 0.02 0.04 0.12 0.13 0.12 0.10
N1 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.12 0.14 0.14 0.11
N3 0.02 0.00 0.07 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.11 0.02 0.01 0.01 0.12 0.12 0.11 0.10
O2 0.09 0.01 0.19 0.15 0.01 0.09 0.02 0.08 0.03 0.03 0.01 0.00 0.25 0.17 0.02 0.07 0.15 0.17 0.18 0.15
O2' 0.01 0.13 0.00 0.01 0.04 0.07 0.04 0.06 0.06 0.03 0.11 0.25 0.00 0.03 0.05 0.05 0.04 0.18 0.09 0.06
O3' 0.00 0.06 0.02 0.01 0.09 0.01 0.17 0.02 0.16 0.03 0.02 0.17 0.03 0.00 0.10 0.01 0.16 0.18 0.08 0.09
O4 0.01 0.01 0.02 0.10 0.01 0.06 0.01 0.09 0.02 0.02 0.01 0.02 0.05 0.10 0.00 0.03 0.13 0.12 0.10 0.09
O4' 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.04 0.02 0.04 0.02 0.01 0.07 0.05 0.01 0.03 0.00 0.15 0.15 0.13 0.11
O5' 0.10 0.13 0.02 0.10 0.13 0.02 0.13 0.01 0.12 0.12 0.12 0.15 0.04 0.16 0.13 0.15 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.13 0.14 0.12 0.14 0.12 0.13 0.12 0.13 0.13 0.14 0.12 0.17 0.18 0.18 0.12 0.15 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.13 0.14 0.10 0.07 0.10 0.07 0.10 0.05 0.12 0.14 0.11 0.18 0.09 0.08 0.10 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.12 0.03 0.05 0.09 0.02 0.09 0.02 0.10 0.11 0.10 0.15 0.06 0.09 0.09 0.11 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.15 0.06 0.10 0.08 0.05 0.05 0.06 0.08 0.11 0.12 0.13 0.10 0.10 0.07 0.17 0.21 0.07 0.05 0.02 0.04 0.02
C2 0.06 0.16 0.03 0.08 0.10 0.03 0.12 0.05 0.15 0.11 0.17 0.14 0.17 0.13 0.07 0.12 0.17 0.06 0.07 0.03 0.04 0.04
C2' 0.17 0.21 0.13 0.13 0.17 0.10 0.13 0.09 0.14 0.17 0.18 0.20 0.13 0.14 0.17 0.24 0.23 0.14 0.05 0.05 0.02 0.03
C3' 0.12 0.19 0.07 0.08 0.14 0.03 0.13 0.04 0.15 0.14 0.18 0.18 0.14 0.14 0.13 0.20 0.19 0.10 0.04 0.06 0.09 0.06
C4 0.10 0.17 0.10 0.04 0.14 0.07 0.14 0.07 0.17 0.11 0.18 0.16 0.17 0.13 0.12 0.07 0.10 0.14 0.10 0.06 0.13 0.10
C4' 0.10 0.16 0.05 0.07 0.10 0.02 0.08 0.03 0.10 0.12 0.14 0.15 0.09 0.11 0.10 0.16 0.18 0.08 0.05 0.07 0.10 0.07
C5 0.09 0.16 0.08 0.05 0.12 0.09 0.14 0.10 0.16 0.11 0.17 0.14 0.18 0.14 0.11 0.07 0.10 0.15 0.12 0.10 0.19 0.14
C5' 0.06 0.15 0.02 0.06 0.09 0.03 0.08 0.06 0.10 0.12 0.13 0.13 0.10 0.11 0.08 0.14 0.17 0.08 0.08 0.11 0.15 0.12
C6 0.06 0.15 0.05 0.03 0.10 0.06 0.12 0.07 0.14 0.10 0.15 0.13 0.17 0.13 0.08 0.09 0.13 0.12 0.09 0.08 0.15 0.11
N1 0.05 0.15 0.02 0.06 0.08 0.02 0.09 0.04 0.13 0.10 0.15 0.12 0.15 0.11 0.05 0.12 0.16 0.07 0.06 0.03 0.06 0.05
N3 0.08 0.18 0.06 0.05 0.13 0.02 0.13 0.03 0.16 0.11 0.18 0.15 0.17 0.13 0.10 0.09 0.14 0.10 0.07 0.03 0.05 0.05
O2 0.06 0.17 0.03 0.10 0.10 0.05 0.13 0.08 0.16 0.14 0.18 0.14 0.19 0.15 0.07 0.13 0.19 0.04 0.07 0.04 0.06 0.06
O2' 0.27 0.30 0.21 0.21 0.26 0.19 0.22 0.17 0.22 0.25 0.26 0.30 0.19 0.23 0.26 0.29 0.30 0.22 0.12 0.11 0.07 0.10
O3' 0.16 0.24 0.11 0.10 0.19 0.05 0.18 0.06 0.19 0.18 0.22 0.22 0.18 0.17 0.17 0.23 0.20 0.11 0.03 0.05 0.08 0.05
O4 0.14 0.19 0.14 0.08 0.16 0.11 0.16 0.11 0.18 0.13 0.19 0.18 0.18 0.14 0.15 0.08 0.07 0.18 0.12 0.08 0.17 0.13
O4' 0.07 0.14 0.04 0.07 0.06 0.02 0.04 0.03 0.07 0.11 0.11 0.12 0.09 0.10 0.06 0.14 0.18 0.06 0.04 0.06 0.08 0.05
O5' 0.05 0.12 0.04 0.11 0.06 0.05 0.08 0.09 0.10 0.10 0.11 0.10 0.13 0.12 0.05 0.20 0.25 0.07 0.12 0.14 0.23 0.17
OP1 0.05 0.11 0.04 0.07 0.06 0.05 0.04 0.10 0.06 0.07 0.10 0.10 0.07 0.06 0.05 0.20 0.21 0.09 0.11 0.16 0.24 0.18
OP2 0.11 0.14 0.08 0.03 0.13 0.08 0.13 0.11 0.14 0.15 0.14 0.13 0.14 0.14 0.14 0.18 0.13 0.16 0.09 0.15 0.22 0.17
P 0.08 0.13 0.05 0.04 0.10 0.04 0.10 0.08 0.11 0.13 0.12 0.12 0.12 0.12 0.10 0.18 0.18 0.12 0.08 0.13 0.21 0.16

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.05 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.07 0.10 0.09 0.07
C2 0.05 0.00 0.05 0.05 0.01 0.10 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.13 0.09 0.14 0.15 0.16 0.18 0.18
C2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.03 0.02 0.05 0.08 0.04 0.10 0.03 0.04 0.05 0.09 0.04 0.00 0.02 0.01 0.09 0.05 0.10 0.09
C3' 0.02 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.02 0.03 0.08 0.03 0.04 0.04 0.07 0.04 0.02 0.00 0.01 0.11 0.06 0.07 0.07
C4 0.03 0.01 0.03 0.03 0.00 0.05 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.06 0.03 0.07 0.11 0.11 0.15 0.13
C4' 0.01 0.10 0.02 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.06 0.07 0.08 0.10 0.06 0.06 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.10 0.03 0.02
C5 0.02 0.01 0.05 0.04 0.01 0.05 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.02 0.04 0.08 0.09 0.14 0.11
C5' 0.05 0.17 0.08 0.02 0.12 0.01 0.14 0.00 0.15 0.14 0.16 0.16 0.15 0.15 0.10 0.08 0.02 0.02 0.00 0.14 0.02 0.01
C6 0.03 0.01 0.04 0.03 0.01 0.06 0.01 0.15 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.04 0.07 0.10 0.10 0.15 0.13
C8 0.02 0.01 0.10 0.08 0.00 0.07 0.01 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.13 0.06 0.07 0.08 0.08 0.13 0.09
N1 0.04 0.01 0.03 0.03 0.01 0.08 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.10 0.07 0.11 0.12 0.13 0.17 0.16
N3 0.04 0.01 0.04 0.04 0.00 0.10 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.12 0.07 0.14 0.14 0.15 0.17 0.17
N6 0.03 0.02 0.05 0.04 0.02 0.06 0.01 0.15 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.05 0.04 0.06 0.09 0.09 0.13 0.11
N7 0.02 0.01 0.09 0.07 0.01 0.06 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.10 0.04 0.04 0.07 0.08 0.13 0.09
N9 0.00 0.01 0.04 0.04 0.01 0.02 0.01 0.10 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.04 0.02 0.01 0.09 0.09 0.13 0.10
O2' 0.01 0.13 0.00 0.02 0.06 0.02 0.05 0.08 0.06 0.13 0.10 0.12 0.05 0.10 0.04 0.00 0.02 0.01 0.13 0.05 0.16 0.14
O3' 0.02 0.09 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.02 0.04 0.06 0.07 0.07 0.04 0.04 0.02 0.02 0.00 0.03 0.11 0.08 0.09 0.08
O4' 0.00 0.14 0.01 0.01 0.07 0.00 0.04 0.02 0.07 0.07 0.11 0.14 0.06 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.14 0.16 0.12 0.11
O5' 0.07 0.15 0.09 0.11 0.11 0.01 0.08 0.00 0.10 0.08 0.12 0.14 0.09 0.07 0.09 0.13 0.11 0.14 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.10 0.16 0.05 0.06 0.11 0.10 0.09 0.14 0.10 0.08 0.13 0.15 0.09 0.08 0.09 0.05 0.08 0.16 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.09 0.18 0.10 0.07 0.15 0.03 0.14 0.02 0.15 0.13 0.17 0.17 0.13 0.13 0.13 0.16 0.09 0.12 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.18 0.09 0.07 0.13 0.02 0.11 0.01 0.13 0.09 0.16 0.17 0.11 0.09 0.10 0.14 0.08 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00