ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49337

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 3, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.006, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.006 std_dev=0.003
N3 A 0, -0.001, 0.006, 0.012, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.006, 0.013, 0.020, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.013 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.002, 0.009, 0.016, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.007, 0.015, 0.022, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.015 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.005, 0.014, 0.024, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.003, 0.018, 0.032, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.018 std_dev=0.015
O2 A 0, 0.016, 0.034, 0.052, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.034 std_dev=0.018
O4' A 0, 0.017, 0.050, 0.084, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.050 std_dev=0.034
C2' A 0, 0.022, 0.072, 0.122, 0.152 max_d=0.152 avg_d=0.072 std_dev=0.050
O4 A 0, 0.041, 0.092, 0.142, 0.152 max_d=0.152 avg_d=0.092 std_dev=0.051
C4' A 0, 0.020, 0.093, 0.166, 0.234 max_d=0.234 avg_d=0.093 std_dev=0.073
O2' A 0, 0.007, 0.084, 0.161, 0.215 max_d=0.215 avg_d=0.084 std_dev=0.077
C3' A 0, 0.020, 0.112, 0.203, 0.264 max_d=0.264 avg_d=0.112 std_dev=0.091
C5' A 0, 0.051, 0.157, 0.263, 0.334 max_d=0.334 avg_d=0.157 std_dev=0.106
O5' A 0, 0.079, 0.186, 0.293, 0.324 max_d=0.324 avg_d=0.186 std_dev=0.107
O3' A 0, 0.034, 0.180, 0.327, 0.413 max_d=0.413 avg_d=0.180 std_dev=0.146
P A 0, 0.153, 0.311, 0.468, 0.467 max_d=0.467 avg_d=0.311 std_dev=0.158
O2' B 0, 0.185, 0.399, 0.613, 0.684 max_d=0.684 avg_d=0.399 std_dev=0.214
C2' B 0, 0.124, 0.344, 0.564, 0.694 max_d=0.694 avg_d=0.344 std_dev=0.220
OP1 A 0, 0.204, 0.429, 0.653, 0.664 max_d=0.664 avg_d=0.429 std_dev=0.224
C3' B 0, 0.180, 0.406, 0.631, 0.708 max_d=0.708 avg_d=0.406 std_dev=0.225
OP2 A 0, 0.169, 0.397, 0.626, 0.757 max_d=0.757 avg_d=0.397 std_dev=0.228
C4' B 0, 0.159, 0.407, 0.656, 0.755 max_d=0.755 avg_d=0.407 std_dev=0.249
O3' B 0, 0.202, 0.464, 0.727, 0.820 max_d=0.820 avg_d=0.464 std_dev=0.263
O4' B 0, 0.113, 0.388, 0.663, 0.859 max_d=0.859 avg_d=0.388 std_dev=0.275
C1' B 0, 0.081, 0.361, 0.641, 0.825 max_d=0.825 avg_d=0.361 std_dev=0.280
C8 B 0, 0.163, 0.469, 0.775, 0.962 max_d=0.962 avg_d=0.469 std_dev=0.306
C5' B 0, 0.234, 0.552, 0.871, 0.951 max_d=0.951 avg_d=0.552 std_dev=0.318
N9 B 0, 0.089, 0.418, 0.746, 0.976 max_d=0.976 avg_d=0.418 std_dev=0.328
N7 B 0, 0.199, 0.549, 0.899, 1.143 max_d=1.143 avg_d=0.549 std_dev=0.350
C4 B 0, 0.164, 0.560, 0.956, 1.188 max_d=1.188 avg_d=0.560 std_dev=0.396
C5 B 0, 0.093, 0.533, 0.973, 1.277 max_d=1.277 avg_d=0.533 std_dev=0.440
C6 B 0, 0.170, 0.663, 1.155, 1.481 max_d=1.481 avg_d=0.663 std_dev=0.492
N3 B 0, 0.232, 0.727, 1.223, 1.296 max_d=1.296 avg_d=0.727 std_dev=0.495
N6 B 0, 0.182, 0.700, 1.217, 1.593 max_d=1.593 avg_d=0.700 std_dev=0.518
N1 B 0, 0.290, 0.822, 1.354, 1.573 max_d=1.573 avg_d=0.822 std_dev=0.532
C2 B 0, 0.285, 0.848, 1.410, 1.483 max_d=1.483 avg_d=0.848 std_dev=0.563
O5' B 0, -0.009, 0.884, 1.777, 2.774 max_d=2.774 avg_d=0.884 std_dev=0.893
P B 0, -0.532, 1.384, 3.301, 5.623 max_d=5.623 avg_d=1.384 std_dev=1.917
OP1 B 0, -0.770, 1.655, 4.080, 7.034 max_d=7.034 avg_d=1.655 std_dev=2.425
OP2 B 0, -0.972, 1.666, 4.303, 7.533 max_d=7.533 avg_d=1.666 std_dev=2.638

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.03 0.05 0.05
C2 0.01 0.00 0.04 0.06 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.07 0.04 0.01 0.05 0.08 0.12 0.10
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.05 0.00 0.02 0.05 0.00 0.04 0.07 0.07 0.04
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.06 0.00 0.04 0.02 0.04 0.04 0.06 0.06 0.01 0.01 0.07 0.00 0.05 0.10 0.11 0.08
C4 0.02 0.02 0.03 0.06 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.08 0.01 0.02 0.08 0.13 0.17 0.13
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.01 0.01 0.08 0.13 0.16 0.12
C5' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.05 0.00 0.05 0.00 0.04 0.03 0.03 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01
C6 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.07 0.10 0.12 0.11
N1 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.05 0.07 0.10 0.09
N3 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.08 0.03 0.00 0.07 0.10 0.15 0.11
O2 0.01 0.00 0.05 0.06 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.08 0.05 0.02 0.04 0.05 0.11 0.08
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.00 0.02 0.04 0.01 0.03 0.07 0.07 0.03
O3' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.08 0.02 0.05 0.04 0.04 0.04 0.08 0.08 0.02 0.00 0.09 0.01 0.08 0.18 0.17 0.13
O4 0.04 0.04 0.05 0.07 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.03 0.03 0.05 0.04 0.09 0.00 0.02 0.08 0.14 0.18 0.13
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.05 0.07 0.07
O5' 0.02 0.05 0.04 0.05 0.08 0.01 0.08 0.01 0.07 0.05 0.07 0.04 0.03 0.08 0.08 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.03 0.08 0.07 0.10 0.13 0.03 0.13 0.03 0.10 0.07 0.10 0.05 0.07 0.18 0.14 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.12 0.07 0.11 0.17 0.02 0.16 0.02 0.12 0.10 0.15 0.11 0.07 0.17 0.18 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.10 0.04 0.08 0.13 0.01 0.12 0.01 0.11 0.09 0.11 0.08 0.03 0.13 0.13 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.06 0.04 0.05 0.15 0.06 0.18 0.08 0.27 0.07 0.10 0.06 0.04 0.09 0.10 0.07 0.08 0.23 0.04 0.70 1.26 2.01 1.34
C2 0.03 0.03 0.03 0.15 0.04 0.20 0.06 0.26 0.06 0.08 0.04 0.02 0.07 0.08 0.05 0.07 0.23 0.04 0.53 0.82 1.48 0.96
C2' 0.05 0.07 0.07 0.19 0.06 0.24 0.07 0.34 0.07 0.08 0.06 0.07 0.08 0.09 0.06 0.07 0.27 0.08 0.82 1.63 2.12 1.53
C3' 0.07 0.07 0.09 0.21 0.09 0.26 0.09 0.35 0.08 0.12 0.07 0.08 0.10 0.12 0.09 0.07 0.27 0.11 0.82 1.63 2.09 1.51
C4 0.11 0.13 0.14 0.21 0.08 0.25 0.07 0.26 0.06 0.14 0.09 0.13 0.07 0.13 0.09 0.18 0.27 0.14 0.35 0.41 0.91 0.57
C4' 0.03 0.02 0.04 0.14 0.04 0.18 0.06 0.28 0.05 0.08 0.03 0.02 0.07 0.08 0.05 0.06 0.21 0.05 0.75 1.44 2.12 1.45
C5 0.09 0.12 0.12 0.19 0.07 0.22 0.08 0.25 0.07 0.14 0.09 0.12 0.08 0.13 0.08 0.15 0.26 0.11 0.42 0.60 1.17 0.74
C5' 0.03 0.03 0.03 0.13 0.04 0.18 0.07 0.27 0.06 0.10 0.04 0.02 0.08 0.11 0.05 0.04 0.20 0.05 0.70 1.33 2.02 1.37
C6 0.04 0.07 0.07 0.16 0.03 0.20 0.04 0.25 0.03 0.09 0.05 0.07 0.05 0.08 0.04 0.08 0.24 0.07 0.52 0.84 1.48 0.96
N1 0.03 0.03 0.04 0.15 0.03 0.19 0.05 0.26 0.05 0.07 0.04 0.02 0.06 0.07 0.04 0.06 0.23 0.04 0.58 0.97 1.66 1.08
N3 0.05 0.06 0.08 0.19 0.03 0.24 0.03 0.26 0.03 0.07 0.04 0.06 0.04 0.07 0.03 0.10 0.25 0.10 0.40 0.51 1.05 0.66
O2 0.09 0.08 0.08 0.15 0.09 0.19 0.11 0.27 0.11 0.14 0.09 0.08 0.12 0.14 0.11 0.13 0.22 0.05 0.61 0.97 1.67 1.10
O2' 0.08 0.11 0.08 0.17 0.09 0.21 0.11 0.32 0.11 0.13 0.10 0.11 0.12 0.14 0.09 0.11 0.25 0.08 0.87 1.82 2.33 1.69
O3' 0.11 0.11 0.12 0.23 0.12 0.29 0.13 0.38 0.12 0.14 0.11 0.12 0.13 0.14 0.13 0.09 0.29 0.15 0.90 1.87 2.20 1.65
O4 0.18 0.18 0.21 0.26 0.14 0.29 0.14 0.29 0.12 0.23 0.14 0.18 0.13 0.21 0.16 0.28 0.31 0.20 0.29 0.19 0.61 0.38
O4' 0.06 0.05 0.04 0.11 0.06 0.14 0.07 0.24 0.06 0.08 0.06 0.05 0.07 0.08 0.06 0.08 0.19 0.05 0.66 1.20 2.02 1.31
O5' 0.06 0.05 0.07 0.17 0.07 0.22 0.10 0.29 0.09 0.15 0.07 0.05 0.12 0.15 0.09 0.07 0.24 0.09 0.66 1.20 1.82 1.24
OP1 0.10 0.10 0.12 0.21 0.11 0.24 0.15 0.30 0.15 0.19 0.12 0.09 0.18 0.19 0.12 0.12 0.28 0.11 0.66 1.21 1.83 1.25
OP2 0.16 0.16 0.20 0.29 0.17 0.31 0.20 0.35 0.20 0.24 0.18 0.15 0.23 0.24 0.18 0.23 0.37 0.17 0.60 0.98 1.54 1.05
P 0.11 0.10 0.13 0.23 0.12 0.27 0.15 0.33 0.15 0.19 0.12 0.09 0.17 0.20 0.13 0.14 0.31 0.13 0.65 1.10 1.75 1.18

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.18 0.35 0.29 0.27
C2 0.02 0.00 0.04 0.08 0.01 0.07 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.06 0.11 0.09 0.66 1.55 1.93 1.37
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.22 0.70 0.26 0.37
C3' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.10 0.00 0.13 0.01 0.13 0.11 0.11 0.07 0.14 0.13 0.08 0.02 0.00 0.01 0.23 0.89 0.19 0.41
C4 0.01 0.01 0.03 0.10 0.00 0.08 0.00 0.15 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.10 0.04 0.62 1.06 1.52 1.08
C4' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.08 0.00 0.13 0.00 0.13 0.15 0.10 0.07 0.16 0.16 0.07 0.04 0.01 0.00 0.01 0.34 0.30 0.02
C5 0.00 0.01 0.01 0.13 0.00 0.13 0.00 0.25 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.12 0.04 0.75 1.08 1.86 1.27
C5' 0.02 0.12 0.01 0.01 0.15 0.00 0.25 0.00 0.25 0.26 0.19 0.09 0.30 0.31 0.14 0.04 0.02 0.01 0.01 0.37 0.27 0.01
C6 0.01 0.01 0.02 0.13 0.00 0.13 0.01 0.25 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.06 0.14 0.04 0.82 1.35 2.21 1.49
C8 0.02 0.01 0.02 0.11 0.00 0.15 0.01 0.26 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.09 0.11 0.56 0.51 1.12 0.77
N1 0.01 0.00 0.03 0.11 0.01 0.10 0.01 0.19 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.13 0.06 0.78 1.57 2.23 1.54
N3 0.03 0.01 0.04 0.07 0.00 0.07 0.01 0.09 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.10 0.11 0.55 1.31 1.52 1.12
N6 0.01 0.01 0.01 0.14 0.00 0.16 0.00 0.30 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.15 0.05 0.88 1.34 2.34 1.57
N7 0.02 0.02 0.01 0.13 0.01 0.16 0.01 0.31 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.12 0.10 0.71 0.76 1.59 1.08
N9 0.00 0.01 0.02 0.08 0.00 0.07 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.07 0.02 0.46 0.64 0.98 0.71
O2' 0.01 0.06 0.00 0.02 0.03 0.04 0.05 0.04 0.06 0.07 0.05 0.06 0.07 0.07 0.02 0.00 0.02 0.06 0.09 0.48 0.19 0.11
O3' 0.00 0.11 0.01 0.00 0.10 0.01 0.12 0.02 0.14 0.09 0.13 0.10 0.15 0.12 0.07 0.02 0.00 0.01 0.13 0.95 0.16 0.25
O4' 0.00 0.09 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.11 0.06 0.11 0.05 0.10 0.02 0.06 0.01 0.00 0.03 0.09 0.05 0.03
O5' 0.18 0.66 0.22 0.23 0.62 0.01 0.75 0.01 0.82 0.56 0.78 0.55 0.88 0.71 0.46 0.09 0.13 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01
OP1 0.35 1.55 0.70 0.89 1.06 0.34 1.08 0.37 1.35 0.51 1.57 1.31 1.34 0.76 0.64 0.48 0.95 0.09 0.00 0.00 0.02 0.01
OP2 0.29 1.93 0.26 0.19 1.52 0.30 1.86 0.27 2.21 1.12 2.23 1.52 2.34 1.59 0.98 0.19 0.16 0.05 0.01 0.02 0.00 0.00
P 0.27 1.37 0.37 0.41 1.08 0.02 1.27 0.01 1.49 0.77 1.54 1.12 1.57 1.08 0.71 0.11 0.25 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00