ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49338

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.000, 0.006, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.000, 0.010, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.000, 0.013, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.000, 0.015, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
O2 A 0, 0.000, 0.033, 0.067, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.033 std_dev=0.033
O4 A 0, 0.000, 0.066, 0.132, 0.132 max_d=0.132 avg_d=0.066 std_dev=0.066
C3' A 0, 0.000, 0.097, 0.194, 0.194 max_d=0.194 avg_d=0.097 std_dev=0.097
C2' A 0, 0.000, 0.186, 0.372, 0.372 max_d=0.372 avg_d=0.186 std_dev=0.186
O4' A 0, 0.000, 0.188, 0.376, 0.376 max_d=0.376 avg_d=0.188 std_dev=0.188
O3' A 0, 0.000, 0.195, 0.390, 0.390 max_d=0.390 avg_d=0.195 std_dev=0.195
C4' A 0, 0.000, 0.303, 0.606, 0.606 max_d=0.606 avg_d=0.303 std_dev=0.303
C2' B 0, 0.000, 0.375, 0.750, 0.750 max_d=0.750 avg_d=0.375 std_dev=0.375
O2' A 0, 0.000, 0.402, 0.805, 0.805 max_d=0.805 avg_d=0.402 std_dev=0.402
O2' B 0, 0.000, 0.521, 1.043, 1.043 max_d=1.043 avg_d=0.521 std_dev=0.521
C5' A 0, 0.000, 0.599, 1.197, 1.197 max_d=1.197 avg_d=0.599 std_dev=0.599
C4' B 0, 0.000, 0.671, 1.343, 1.343 max_d=1.343 avg_d=0.671 std_dev=0.671
O5' A 0, 0.000, 0.684, 1.368, 1.368 max_d=1.368 avg_d=0.684 std_dev=0.684
C1' B 0, 0.000, 0.765, 1.530, 1.530 max_d=1.530 avg_d=0.765 std_dev=0.765
O4' B 0, 0.000, 0.781, 1.562, 1.562 max_d=1.562 avg_d=0.781 std_dev=0.781
C3' B 0, 0.000, 0.809, 1.618, 1.618 max_d=1.618 avg_d=0.809 std_dev=0.809
P A 0, 0.000, 1.126, 2.251, 2.251 max_d=2.251 avg_d=1.126 std_dev=1.126
O3' B 0, 0.000, 1.141, 2.282, 2.282 max_d=2.282 avg_d=1.141 std_dev=1.141
C5' B 0, 0.000, 1.258, 2.516, 2.516 max_d=2.516 avg_d=1.258 std_dev=1.258
N3 B 0, 0.000, 1.287, 2.574, 2.574 max_d=2.574 avg_d=1.287 std_dev=1.287
OP1 A 0, 0.000, 1.304, 2.609, 2.609 max_d=2.609 avg_d=1.304 std_dev=1.304
N9 B 0, 0.000, 1.310, 2.620, 2.620 max_d=2.620 avg_d=1.310 std_dev=1.310
O5' B 0, 0.000, 1.349, 2.697, 2.697 max_d=2.697 avg_d=1.349 std_dev=1.349
C4 B 0, 0.000, 1.545, 3.090, 3.090 max_d=3.090 avg_d=1.545 std_dev=1.545
C2 B 0, 0.000, 1.657, 3.314, 3.314 max_d=3.314 avg_d=1.657 std_dev=1.657
C8 B 0, 0.000, 1.736, 3.472, 3.472 max_d=3.472 avg_d=1.736 std_dev=1.736
P B 0, 0.000, 1.770, 3.540, 3.540 max_d=3.540 avg_d=1.770 std_dev=1.770
OP2 B 0, 0.000, 2.010, 4.021, 4.021 max_d=4.021 avg_d=2.010 std_dev=2.010
C5 B 0, 0.000, 2.121, 4.242, 4.242 max_d=4.242 avg_d=2.121 std_dev=2.121
OP1 B 0, 0.000, 2.208, 4.416, 4.416 max_d=4.416 avg_d=2.208 std_dev=2.208
N1 B 0, 0.000, 2.224, 4.448, 4.448 max_d=4.448 avg_d=2.224 std_dev=2.224
N7 B 0, 0.000, 2.236, 4.471, 4.471 max_d=4.471 avg_d=2.236 std_dev=2.236
OP2 A 0, 0.000, 2.249, 4.497, 4.497 max_d=4.497 avg_d=2.249 std_dev=2.249
C6 B 0, 0.000, 2.477, 4.954, 4.954 max_d=4.954 avg_d=2.477 std_dev=2.477
N6 B 0, 0.000, 3.052, 6.104, 6.104 max_d=6.104 avg_d=3.052 std_dev=3.052

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.00 0.08 0.03 0.32 0.20
C2 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.09 0.00 0.03 0.17 0.11 0.73 0.39
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.03 0.04 0.00 0.03 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.07 0.15 0.09
C3' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.06 0.20 0.03
C4 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.07 0.00 0.01 0.22 0.19 1.10 0.56
C4' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.06 0.02 0.00 0.06 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.13 0.03
C5 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00 0.06 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.01 0.12 0.04 0.00 0.04 0.21 0.19 1.09 0.56
C5' 0.03 0.05 0.03 0.03 0.12 0.00 0.15 0.00 0.13 0.08 0.08 0.00 0.03 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.20 0.01
C6 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00 0.06 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.01 0.11 0.03 0.00 0.05 0.18 0.14 0.88 0.48
N1 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.05 0.00 0.00 0.15 0.10 0.67 0.37
N3 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.09 0.00 0.02 0.20 0.16 0.94 0.48
O2 0.02 0.00 0.08 0.01 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.12 0.12 0.00 0.07 0.14 0.08 0.58 0.32
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.08 0.01 0.12 0.03 0.11 0.04 0.02 0.12 0.00 0.02 0.09 0.00 0.05 0.08 0.12 0.05
O3' 0.05 0.09 0.00 0.01 0.07 0.00 0.04 0.01 0.03 0.05 0.09 0.12 0.02 0.00 0.07 0.01 0.02 0.05 0.27 0.04
O4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.07 0.00 0.02 0.23 0.21 1.19 0.59
O4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.05 0.00 0.02 0.07 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.20 0.17
O5' 0.08 0.17 0.06 0.03 0.22 0.01 0.21 0.00 0.18 0.15 0.20 0.14 0.05 0.02 0.23 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.03 0.11 0.07 0.06 0.19 0.00 0.19 0.01 0.14 0.10 0.16 0.08 0.08 0.05 0.21 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.32 0.73 0.15 0.20 1.10 0.13 1.09 0.20 0.88 0.67 0.94 0.58 0.12 0.27 1.19 0.20 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.20 0.39 0.09 0.03 0.56 0.03 0.56 0.01 0.48 0.37 0.48 0.32 0.05 0.04 0.59 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.19 0.23 0.41 0.15 0.36 0.14 0.56 0.16 0.08 0.18 0.18 0.15 0.10 0.11 0.15 0.53 0.14 0.39 0.38 0.03 0.19
C2 0.07 0.13 0.21 0.31 0.08 0.27 0.04 0.33 0.06 0.02 0.10 0.13 0.04 0.02 0.04 0.21 0.41 0.06 0.14 0.17 0.18 0.03
C2' 0.03 0.09 0.17 0.30 0.03 0.24 0.01 0.37 0.01 0.06 0.05 0.08 0.02 0.07 0.00 0.16 0.43 0.04 0.19 0.08 0.32 0.07
C3' 0.12 0.21 0.24 0.42 0.16 0.37 0.16 0.58 0.18 0.11 0.20 0.19 0.17 0.12 0.13 0.16 0.53 0.17 0.43 0.36 0.05 0.21
C4 0.21 0.14 0.11 0.23 0.25 0.10 0.33 0.11 0.30 0.39 0.22 0.13 0.35 0.40 0.29 0.27 0.46 0.24 0.14 0.03 0.38 0.22
C4' 0.14 0.26 0.29 0.55 0.21 0.47 0.22 0.75 0.25 0.16 0.27 0.24 0.26 0.19 0.17 0.15 0.70 0.20 0.56 0.63 0.12 0.40
C5 0.18 0.14 0.14 0.32 0.23 0.18 0.31 0.25 0.29 0.36 0.21 0.13 0.34 0.38 0.26 0.22 0.59 0.18 0.02 0.13 0.35 0.13
C5' 0.01 0.14 0.24 0.53 0.07 0.41 0.05 0.69 0.08 0.01 0.12 0.11 0.07 0.00 0.02 0.11 0.76 0.08 0.45 0.56 0.04 0.30
C6 0.08 0.02 0.18 0.38 0.10 0.27 0.16 0.38 0.14 0.21 0.08 0.02 0.18 0.22 0.13 0.19 0.62 0.07 0.12 0.23 0.26 0.03
N1 0.03 0.10 0.21 0.38 0.04 0.31 0.00 0.44 0.02 0.06 0.07 0.10 0.00 0.05 0.00 0.19 0.54 0.04 0.22 0.26 0.17 0.04
N3 0.05 0.01 0.16 0.23 0.07 0.14 0.13 0.13 0.11 0.21 0.04 0.02 0.14 0.20 0.11 0.26 0.37 0.12 0.09 0.04 0.30 0.18
O2 0.19 0.25 0.23 0.28 0.22 0.29 0.21 0.36 0.22 0.16 0.24 0.24 0.21 0.17 0.19 0.19 0.28 0.20 0.27 0.18 0.06 0.04
O2' 0.06 0.09 0.14 0.18 0.04 0.14 0.01 0.18 0.00 0.05 0.05 0.09 0.03 0.06 0.02 0.18 0.24 0.04 0.06 0.19 0.47 0.28
O3' 0.30 0.40 0.34 0.49 0.39 0.48 0.42 0.72 0.44 0.38 0.43 0.38 0.46 0.41 0.36 0.20 0.51 0.36 0.67 0.56 0.26 0.46
O4 0.34 0.29 0.03 0.11 0.41 0.03 0.50 0.04 0.48 0.56 0.38 0.28 0.53 0.58 0.45 0.28 0.36 0.37 0.28 0.07 0.44 0.31
O4' 0.12 0.25 0.29 0.55 0.20 0.46 0.20 0.73 0.23 0.14 0.25 0.22 0.23 0.16 0.16 0.15 0.71 0.18 0.52 0.62 0.11 0.38
O5' 0.19 0.12 0.09 0.35 0.20 0.22 0.26 0.44 0.24 0.32 0.17 0.12 0.28 0.33 0.24 0.04 0.63 0.15 0.15 0.22 0.40 0.04
OP1 0.17 0.08 0.18 0.51 0.18 0.32 0.27 0.56 0.24 0.34 0.15 0.08 0.30 0.36 0.23 0.13 0.87 0.12 0.21 0.37 0.37 0.05
OP2 1.06 1.14 0.72 0.35 1.17 0.45 1.25 0.15 1.27 1.23 1.22 1.10 1.33 1.28 1.16 0.75 0.01 0.93 0.44 0.32 0.97 0.56
P 0.56 0.55 0.24 0.08 0.61 0.05 0.67 0.20 0.67 0.70 0.61 0.53 0.72 0.73 0.62 0.29 0.40 0.47 0.09 0.03 0.61 0.24

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.34 0.26 0.17
C2 0.00 0.00 0.07 0.11 0.00 0.07 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.13 0.03 0.04 0.58 0.44 0.35
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.04 0.02 0.05 0.07 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.36 0.23 0.16
C3' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.05 0.09 0.10 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.32 0.19 0.14
C4 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.00 0.49 0.40 0.29
C4' 0.00 0.07 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.05 0.06 0.01 0.04 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.20 0.10 0.06
C5 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.47 0.43 0.30
C5' 0.02 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.02 0.12 0.03 0.05 0.03 0.10 0.05 0.02 0.03 0.01 0.00 0.08 0.02 0.01
C6 0.00 0.00 0.04 0.06 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.01 0.01 0.52 0.46 0.34
C8 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.06 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 0.10 0.31 0.35 0.20
N1 0.00 0.00 0.05 0.09 0.00 0.05 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.11 0.02 0.02 0.58 0.46 0.36
N3 0.00 0.00 0.07 0.10 0.00 0.06 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.11 0.02 0.04 0.54 0.40 0.31
N6 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.03 0.49 0.47 0.34
N7 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.08 0.36 0.41 0.24
N9 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.40 0.34 0.23
O2' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.31 0.17 0.12
O3' 0.01 0.13 0.01 0.00 0.05 0.00 0.03 0.03 0.07 0.05 0.11 0.11 0.06 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.27 0.13 0.10
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.28 0.20 0.14
O5' 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.10 0.02 0.04 0.03 0.08 0.04 0.02 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.34 0.58 0.36 0.32 0.49 0.20 0.47 0.08 0.52 0.31 0.58 0.54 0.49 0.36 0.40 0.31 0.27 0.28 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.26 0.44 0.23 0.19 0.40 0.10 0.43 0.02 0.46 0.35 0.46 0.40 0.47 0.41 0.34 0.17 0.13 0.20 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.17 0.35 0.16 0.14 0.29 0.06 0.30 0.01 0.34 0.20 0.36 0.31 0.34 0.24 0.23 0.12 0.10 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00