ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49342

back

Distances from reference structure (by RMSD)

4, 18, 17, 12, 9, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.005, 0.010, 0.015, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.010 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.005, 0.011, 0.017, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.011 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.007, 0.015, 0.023, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.015 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.010, 0.020, 0.030, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.020 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.010, 0.021, 0.032, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.021 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.007, 0.018, 0.029, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.018 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.009, 0.024, 0.038, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.024 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.006, 0.022, 0.038, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.022 std_dev=0.016
N6 A 0, 0.013, 0.035, 0.056, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.035 std_dev=0.021
N7 A 0, 0.012, 0.035, 0.058, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.035 std_dev=0.023
C8 A 0, 0.010, 0.037, 0.063, 0.134 max_d=0.134 avg_d=0.037 std_dev=0.026
C2' A 0, 0.021, 0.103, 0.184, 0.397 max_d=0.397 avg_d=0.103 std_dev=0.082
O4' A 0, -0.004, 0.078, 0.160, 0.411 max_d=0.411 avg_d=0.078 std_dev=0.082
O2' A 0, 0.107, 0.208, 0.310, 0.481 max_d=0.481 avg_d=0.208 std_dev=0.101
C3' A 0, 0.095, 0.221, 0.346, 0.673 max_d=0.673 avg_d=0.221 std_dev=0.126
C4' A 0, 0.045, 0.178, 0.312, 0.672 max_d=0.672 avg_d=0.178 std_dev=0.133
O2' B 0, 0.124, 0.260, 0.395, 0.715 max_d=0.715 avg_d=0.260 std_dev=0.136
C2 B 0, 0.117, 0.253, 0.389, 0.725 max_d=0.725 avg_d=0.253 std_dev=0.136
O2 B 0, 0.157, 0.295, 0.433, 0.726 max_d=0.726 avg_d=0.295 std_dev=0.138
N1 B 0, 0.110, 0.251, 0.392, 0.769 max_d=0.769 avg_d=0.251 std_dev=0.141
C2' B 0, 0.136, 0.282, 0.428, 0.789 max_d=0.789 avg_d=0.282 std_dev=0.146
N3 B 0, 0.075, 0.224, 0.373, 0.697 max_d=0.697 avg_d=0.224 std_dev=0.149
C1' B 0, 0.132, 0.283, 0.435, 0.827 max_d=0.827 avg_d=0.283 std_dev=0.152
C6 B 0, 0.080, 0.236, 0.391, 0.758 max_d=0.758 avg_d=0.236 std_dev=0.155
C4 B 0, 0.046, 0.207, 0.367, 0.699 max_d=0.699 avg_d=0.207 std_dev=0.161
C5 B 0, 0.054, 0.216, 0.377, 0.706 max_d=0.706 avg_d=0.216 std_dev=0.161
O4 B 0, 0.050, 0.222, 0.394, 0.783 max_d=0.783 avg_d=0.222 std_dev=0.172
O3' A 0, 0.146, 0.326, 0.506, 0.928 max_d=0.928 avg_d=0.326 std_dev=0.180
O4' B 0, 0.121, 0.311, 0.500, 0.865 max_d=0.865 avg_d=0.311 std_dev=0.189
C3' B 0, 0.153, 0.353, 0.553, 0.970 max_d=0.970 avg_d=0.353 std_dev=0.200
OP2 B 0, 0.217, 0.422, 0.626, 1.048 max_d=1.048 avg_d=0.422 std_dev=0.205
O3' B 0, 0.218, 0.424, 0.630, 1.055 max_d=1.055 avg_d=0.424 std_dev=0.206
P A 0, 0.128, 0.336, 0.543, 1.098 max_d=1.098 avg_d=0.336 std_dev=0.208
O5' A 0, 0.113, 0.321, 0.529, 1.183 max_d=1.183 avg_d=0.321 std_dev=0.208
O5' B 0, 0.167, 0.381, 0.594, 1.008 max_d=1.008 avg_d=0.381 std_dev=0.214
OP2 A 0, 0.131, 0.348, 0.565, 1.196 max_d=1.196 avg_d=0.348 std_dev=0.217
OP1 B 0, 0.196, 0.415, 0.635, 1.074 max_d=1.074 avg_d=0.415 std_dev=0.219
C4' B 0, 0.113, 0.336, 0.559, 0.949 max_d=0.949 avg_d=0.336 std_dev=0.223
P B 0, 0.165, 0.389, 0.613, 1.056 max_d=1.056 avg_d=0.389 std_dev=0.224
C5' A 0, 0.043, 0.270, 0.498, 1.201 max_d=1.201 avg_d=0.270 std_dev=0.227
OP1 A 0, 0.128, 0.358, 0.588, 1.251 max_d=1.251 avg_d=0.358 std_dev=0.230
C5' B 0, 0.090, 0.354, 0.618, 1.186 max_d=1.186 avg_d=0.354 std_dev=0.264

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.09 0.09 0.08 0.07
C2 0.02 0.00 0.09 0.08 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.12 0.03 0.16 0.14 0.13 0.13
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.05 0.01 0.04 0.02 0.05 0.04 0.07 0.09 0.05 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.11 0.11 0.07 0.08
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.06 0.01 0.05 0.02 0.06 0.06 0.08 0.08 0.06 0.06 0.04 0.02 0.01 0.01 0.13 0.14 0.06 0.09
C4 0.01 0.01 0.05 0.06 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.07 0.02 0.16 0.14 0.12 0.13
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.06 0.03 0.03 0.05 0.06 0.03 0.05 0.02 0.00 0.02 0.06 0.11 0.02
C5 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.04 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.07 0.02 0.20 0.18 0.16 0.17
C5' 0.03 0.07 0.02 0.02 0.07 0.01 0.10 0.00 0.10 0.11 0.08 0.06 0.11 0.12 0.07 0.05 0.03 0.02 0.01 0.09 0.17 0.02
C6 0.01 0.01 0.05 0.06 0.01 0.04 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.08 0.02 0.20 0.19 0.18 0.18
C8 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.06 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.07 0.03 0.20 0.17 0.13 0.16
N1 0.02 0.00 0.07 0.08 0.01 0.03 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.10 0.02 0.18 0.17 0.16 0.16
N3 0.02 0.00 0.09 0.08 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.10 0.03 0.14 0.12 0.11 0.11
N6 0.01 0.01 0.05 0.06 0.01 0.05 0.01 0.11 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.07 0.08 0.03 0.23 0.22 0.22 0.22
N7 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.06 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.07 0.02 0.22 0.20 0.17 0.19
N9 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.15 0.13 0.10 0.12
O2' 0.01 0.11 0.00 0.02 0.06 0.05 0.05 0.05 0.07 0.03 0.10 0.10 0.07 0.03 0.02 0.00 0.03 0.04 0.04 0.07 0.08 0.03
O3' 0.02 0.12 0.02 0.01 0.07 0.02 0.07 0.03 0.08 0.07 0.10 0.10 0.08 0.07 0.04 0.03 0.00 0.02 0.09 0.13 0.08 0.08
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.04 0.02 0.00 0.08 0.09 0.11 0.07
O5' 0.09 0.16 0.11 0.13 0.16 0.02 0.20 0.01 0.20 0.20 0.18 0.14 0.23 0.22 0.15 0.04 0.09 0.08 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.09 0.14 0.11 0.14 0.14 0.06 0.18 0.09 0.19 0.17 0.17 0.12 0.22 0.20 0.13 0.07 0.13 0.09 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.08 0.13 0.07 0.06 0.12 0.11 0.16 0.17 0.18 0.13 0.16 0.11 0.22 0.17 0.10 0.08 0.08 0.11 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.07 0.13 0.08 0.09 0.13 0.02 0.17 0.02 0.18 0.16 0.16 0.11 0.22 0.19 0.12 0.03 0.08 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.13 0.09 0.09 0.14 0.11 0.13 0.15 0.12 0.11 0.14 0.14 0.10 0.09 0.17 0.11 0.16 0.18 0.19 0.16
C2 0.13 0.12 0.12 0.12 0.12 0.13 0.13 0.13 0.13 0.12 0.11 0.12 0.13 0.13 0.13 0.13 0.15 0.17 0.18 0.15
C2' 0.09 0.10 0.08 0.09 0.12 0.10 0.12 0.15 0.10 0.09 0.11 0.11 0.10 0.09 0.15 0.10 0.16 0.17 0.19 0.16
C3' 0.07 0.08 0.07 0.07 0.08 0.08 0.07 0.12 0.07 0.07 0.09 0.09 0.10 0.07 0.10 0.07 0.12 0.15 0.17 0.14
C4 0.10 0.12 0.09 0.09 0.12 0.10 0.12 0.13 0.11 0.11 0.12 0.13 0.10 0.10 0.14 0.10 0.15 0.17 0.18 0.15
C4' 0.07 0.09 0.07 0.07 0.09 0.08 0.08 0.12 0.08 0.08 0.10 0.10 0.10 0.08 0.11 0.08 0.12 0.16 0.17 0.14
C5 0.09 0.11 0.09 0.09 0.11 0.09 0.11 0.12 0.11 0.10 0.11 0.12 0.09 0.09 0.12 0.09 0.14 0.18 0.17 0.15
C5' 0.11 0.12 0.11 0.11 0.12 0.11 0.11 0.13 0.11 0.11 0.13 0.13 0.14 0.12 0.14 0.12 0.13 0.16 0.17 0.14
C6 0.09 0.09 0.09 0.10 0.08 0.09 0.10 0.11 0.10 0.09 0.09 0.11 0.10 0.10 0.10 0.09 0.14 0.18 0.17 0.15
C8 0.10 0.13 0.09 0.09 0.15 0.11 0.14 0.15 0.13 0.12 0.14 0.13 0.09 0.09 0.17 0.11 0.16 0.18 0.19 0.17
N1 0.11 0.09 0.12 0.12 0.09 0.11 0.12 0.13 0.12 0.10 0.08 0.10 0.12 0.12 0.11 0.11 0.15 0.18 0.17 0.15
N3 0.12 0.13 0.11 0.11 0.12 0.11 0.13 0.13 0.12 0.12 0.13 0.13 0.12 0.12 0.14 0.12 0.15 0.17 0.18 0.15
N6 0.11 0.11 0.10 0.11 0.09 0.11 0.10 0.12 0.10 0.10 0.10 0.13 0.10 0.11 0.11 0.10 0.14 0.19 0.17 0.15
N7 0.11 0.13 0.09 0.10 0.13 0.11 0.13 0.14 0.12 0.12 0.13 0.13 0.09 0.09 0.15 0.11 0.16 0.19 0.18 0.16
N9 0.10 0.13 0.09 0.09 0.14 0.10 0.13 0.14 0.12 0.11 0.14 0.13 0.09 0.09 0.17 0.10 0.15 0.18 0.18 0.16
O2' 0.13 0.14 0.12 0.12 0.15 0.14 0.15 0.19 0.14 0.14 0.15 0.15 0.13 0.13 0.18 0.14 0.19 0.19 0.20 0.18
O3' 0.08 0.09 0.08 0.08 0.07 0.08 0.07 0.12 0.07 0.07 0.09 0.10 0.11 0.08 0.08 0.08 0.12 0.15 0.18 0.14
O4' 0.09 0.12 0.08 0.08 0.12 0.10 0.11 0.14 0.10 0.10 0.12 0.13 0.09 0.09 0.14 0.10 0.15 0.18 0.19 0.16
O5' 0.26 0.25 0.26 0.27 0.26 0.29 0.28 0.34 0.29 0.27 0.24 0.24 0.23 0.25 0.25 0.27 0.36 0.36 0.38 0.37
OP1 0.25 0.23 0.25 0.26 0.24 0.29 0.26 0.34 0.27 0.25 0.22 0.22 0.23 0.25 0.23 0.26 0.35 0.36 0.38 0.37
OP2 0.24 0.21 0.25 0.26 0.21 0.27 0.23 0.32 0.25 0.23 0.20 0.21 0.24 0.25 0.20 0.24 0.33 0.36 0.37 0.36
P 0.24 0.22 0.24 0.25 0.22 0.27 0.25 0.32 0.26 0.24 0.21 0.21 0.22 0.24 0.21 0.24 0.34 0.36 0.37 0.36

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.00 0.05 0.12 0.11 0.08
C2 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.05 0.01 0.02 0.07 0.12 0.14 0.09
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.04 0.04 0.02 0.03 0.04 0.00 0.01 0.05 0.01 0.07 0.14 0.11 0.09
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.04 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.13 0.08 0.07
C4 0.02 0.01 0.04 0.04 0.00 0.03 0.01 0.07 0.01 0.02 0.01 0.01 0.07 0.05 0.01 0.03 0.09 0.13 0.17 0.12
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.09 0.05 0.04
C5 0.02 0.01 0.04 0.04 0.01 0.04 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.04 0.02 0.03 0.09 0.13 0.17 0.12
C5' 0.02 0.05 0.04 0.02 0.07 0.00 0.09 0.00 0.08 0.05 0.06 0.04 0.04 0.02 0.08 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01
C6 0.02 0.01 0.04 0.04 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.04 0.02 0.04 0.09 0.12 0.15 0.11
N1 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.07 0.12 0.13 0.09
N3 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.05 0.01 0.02 0.08 0.13 0.16 0.11
O2 0.02 0.01 0.04 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.06 0.02 0.04 0.06 0.13 0.13 0.09
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.07 0.01 0.07 0.04 0.06 0.03 0.06 0.07 0.00 0.03 0.08 0.01 0.09 0.15 0.13 0.11
O3' 0.03 0.05 0.01 0.01 0.05 0.01 0.04 0.02 0.04 0.03 0.05 0.06 0.03 0.00 0.05 0.04 0.04 0.14 0.08 0.07
O4 0.03 0.01 0.05 0.04 0.01 0.04 0.02 0.08 0.02 0.02 0.01 0.02 0.08 0.05 0.00 0.04 0.09 0.13 0.18 0.13
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.02 0.04 0.01 0.04 0.04 0.00 0.05 0.10 0.10 0.07
O5' 0.05 0.07 0.07 0.04 0.09 0.01 0.09 0.01 0.09 0.07 0.08 0.06 0.09 0.04 0.09 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.12 0.12 0.14 0.13 0.13 0.09 0.13 0.04 0.12 0.12 0.13 0.13 0.15 0.14 0.13 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.11 0.14 0.11 0.08 0.17 0.05 0.17 0.02 0.15 0.13 0.16 0.13 0.13 0.08 0.18 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.09 0.09 0.07 0.12 0.04 0.12 0.01 0.11 0.09 0.11 0.09 0.11 0.07 0.13 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00