ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49343

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 31, 15, 6, 3, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.002, 0.009, 0.015, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.002, 0.009, 0.016, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.009 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.004, 0.011, 0.019, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.004, 0.012, 0.019, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.005, 0.013, 0.021, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.013 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.003, 0.012, 0.021, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.012 std_dev=0.009
N9 A 0, 0.003, 0.015, 0.026, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.015 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N6 A 0, 0.009, 0.025, 0.041, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.025 std_dev=0.016
N7 A 0, 0.006, 0.023, 0.040, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.023 std_dev=0.017
C8 A 0, 0.007, 0.026, 0.044, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.026 std_dev=0.019
O4' A 0, -0.032, 0.074, 0.179, 0.572 max_d=0.572 avg_d=0.074 std_dev=0.106
C2' A 0, -0.030, 0.088, 0.207, 0.707 max_d=0.707 avg_d=0.088 std_dev=0.119
O2' B 0, 0.087, 0.223, 0.359, 0.719 max_d=0.719 avg_d=0.223 std_dev=0.136
C4' A 0, -0.032, 0.114, 0.260, 0.825 max_d=0.825 avg_d=0.114 std_dev=0.146
O2' A 0, 0.001, 0.159, 0.316, 0.947 max_d=0.947 avg_d=0.159 std_dev=0.158
C3' A 0, -0.021, 0.152, 0.325, 1.050 max_d=1.050 avg_d=0.152 std_dev=0.173
C2' B 0, 0.055, 0.242, 0.429, 1.063 max_d=1.063 avg_d=0.242 std_dev=0.187
O3' B 0, 0.097, 0.298, 0.499, 1.280 max_d=1.280 avg_d=0.298 std_dev=0.201
C1' B 0, 0.042, 0.264, 0.487, 1.111 max_d=1.111 avg_d=0.264 std_dev=0.223
C3' B 0, 0.057, 0.286, 0.516, 1.397 max_d=1.397 avg_d=0.286 std_dev=0.229
O3' A 0, 0.011, 0.251, 0.492, 1.504 max_d=1.504 avg_d=0.251 std_dev=0.240
C4' B 0, 0.052, 0.302, 0.553, 1.434 max_d=1.434 avg_d=0.302 std_dev=0.251
O2 B 0, 0.134, 0.392, 0.650, 1.318 max_d=1.318 avg_d=0.392 std_dev=0.258
C2 B 0, 0.070, 0.339, 0.608, 1.310 max_d=1.310 avg_d=0.339 std_dev=0.269
C5' A 0, -0.077, 0.192, 0.461, 1.530 max_d=1.530 avg_d=0.192 std_dev=0.269
O4' B 0, 0.025, 0.296, 0.568, 1.413 max_d=1.413 avg_d=0.296 std_dev=0.272
O5' A 0, -0.047, 0.246, 0.540, 1.722 max_d=1.722 avg_d=0.246 std_dev=0.294
N1 B 0, -0.005, 0.294, 0.593, 1.521 max_d=1.521 avg_d=0.294 std_dev=0.299
C5' B 0, 0.056, 0.375, 0.694, 1.884 max_d=1.884 avg_d=0.375 std_dev=0.319
OP1 A 0, 0.018, 0.339, 0.660, 1.812 max_d=1.812 avg_d=0.339 std_dev=0.321
N3 B 0, 0.016, 0.376, 0.735, 1.774 max_d=1.774 avg_d=0.376 std_dev=0.359
P A 0, -0.097, 0.324, 0.745, 2.326 max_d=2.326 avg_d=0.324 std_dev=0.421
C6 B 0, -0.115, 0.348, 0.812, 2.508 max_d=2.508 avg_d=0.348 std_dev=0.463
C4 B 0, -0.093, 0.398, 0.890, 2.520 max_d=2.520 avg_d=0.398 std_dev=0.491
C5 B 0, -0.159, 0.400, 0.960, 2.991 max_d=2.991 avg_d=0.400 std_dev=0.560
O4 B 0, -0.116, 0.457, 1.029, 2.920 max_d=2.920 avg_d=0.457 std_dev=0.572
OP2 A 0, -0.275, 0.404, 1.082, 4.001 max_d=4.001 avg_d=0.404 std_dev=0.679
O5' B 0, -0.234, 0.492, 1.217, 4.510 max_d=4.510 avg_d=0.492 std_dev=0.725
P B 0, -0.251, 0.618, 1.487, 5.357 max_d=5.357 avg_d=0.618 std_dev=0.869
OP1 B 0, -0.246, 0.671, 1.587, 5.746 max_d=5.746 avg_d=0.671 std_dev=0.917
OP2 B 0, -0.267, 0.661, 1.588, 5.670 max_d=5.670 avg_d=0.661 std_dev=0.928

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.07 0.14 0.04
C2 0.03 0.00 0.08 0.08 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.10 0.03 0.13 0.15 0.19 0.09
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.05 0.05 0.06 0.08 0.05 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.08 0.11 0.09 0.05
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.08 0.06 0.08 0.05 0.07 0.03 0.02 0.01 0.01 0.11 0.16 0.10 0.08
C4 0.01 0.01 0.04 0.04 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.04 0.02 0.13 0.14 0.21 0.08
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.02 0.05 0.01 0.00 0.02 0.07 0.15 0.02
C5 0.02 0.01 0.03 0.04 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.05 0.02 0.17 0.18 0.28 0.11
C5' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.00 0.05 0.05 0.05 0.04 0.06 0.06 0.03 0.05 0.02 0.01 0.01 0.09 0.18 0.01
C6 0.02 0.01 0.05 0.04 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.07 0.06 0.02 0.18 0.20 0.29 0.12
C8 0.01 0.01 0.05 0.08 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.10 0.03 0.17 0.16 0.29 0.10
N1 0.03 0.00 0.06 0.06 0.01 0.04 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.08 0.03 0.16 0.18 0.24 0.11
N3 0.02 0.00 0.08 0.08 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.10 0.03 0.11 0.12 0.17 0.07
N6 0.02 0.01 0.05 0.05 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.06 0.07 0.03 0.20 0.23 0.34 0.14
N7 0.01 0.01 0.04 0.07 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.09 0.03 0.19 0.20 0.35 0.12
N9 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.12 0.11 0.20 0.06
O2' 0.01 0.10 0.00 0.02 0.06 0.05 0.05 0.05 0.07 0.03 0.09 0.09 0.06 0.03 0.02 0.00 0.03 0.04 0.05 0.12 0.12 0.04
O3' 0.01 0.10 0.01 0.01 0.04 0.01 0.05 0.02 0.06 0.10 0.08 0.10 0.07 0.09 0.03 0.03 0.00 0.01 0.10 0.23 0.20 0.10
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.05 0.07 0.17 0.08
O5' 0.06 0.13 0.08 0.11 0.13 0.02 0.17 0.01 0.18 0.17 0.16 0.11 0.20 0.19 0.12 0.05 0.10 0.05 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.07 0.15 0.11 0.16 0.14 0.07 0.18 0.09 0.20 0.16 0.18 0.12 0.23 0.20 0.11 0.12 0.23 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.14 0.19 0.09 0.10 0.21 0.15 0.28 0.18 0.29 0.29 0.24 0.17 0.34 0.35 0.20 0.12 0.20 0.17 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.09 0.05 0.08 0.08 0.02 0.11 0.01 0.12 0.10 0.11 0.07 0.14 0.12 0.06 0.04 0.10 0.08 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.16 0.12 0.11 0.18 0.09 0.14 0.09 0.11 0.12 0.20 0.18 0.10 0.11 0.21 0.09 0.10 0.10 0.13 0.09
C2 0.10 0.12 0.10 0.09 0.12 0.11 0.10 0.11 0.10 0.10 0.13 0.14 0.10 0.10 0.13 0.11 0.13 0.15 0.14 0.15
C2' 0.09 0.17 0.11 0.10 0.18 0.09 0.12 0.09 0.10 0.11 0.21 0.21 0.10 0.11 0.22 0.09 0.08 0.09 0.11 0.09
C3' 0.10 0.21 0.12 0.10 0.22 0.09 0.15 0.09 0.12 0.14 0.25 0.25 0.09 0.10 0.26 0.10 0.09 0.09 0.13 0.10
C4 0.09 0.15 0.11 0.10 0.16 0.09 0.12 0.09 0.10 0.11 0.17 0.17 0.10 0.10 0.18 0.09 0.08 0.09 0.11 0.08
C4' 0.08 0.17 0.10 0.10 0.20 0.08 0.14 0.07 0.10 0.11 0.21 0.20 0.09 0.10 0.24 0.08 0.10 0.09 0.15 0.09
C5 0.10 0.15 0.11 0.10 0.15 0.09 0.13 0.09 0.11 0.11 0.17 0.17 0.09 0.10 0.17 0.09 0.11 0.11 0.13 0.10
C5' 0.07 0.16 0.10 0.10 0.20 0.07 0.14 0.07 0.10 0.11 0.22 0.19 0.09 0.10 0.25 0.07 0.12 0.12 0.17 0.12
C6 0.09 0.12 0.10 0.09 0.13 0.09 0.11 0.09 0.10 0.10 0.13 0.14 0.09 0.09 0.14 0.09 0.09 0.10 0.10 0.08
C8 0.11 0.18 0.12 0.12 0.20 0.10 0.16 0.10 0.13 0.14 0.21 0.19 0.10 0.11 0.23 0.10 0.16 0.16 0.20 0.16
N1 0.10 0.11 0.10 0.09 0.11 0.10 0.10 0.11 0.10 0.10 0.12 0.13 0.09 0.09 0.12 0.11 0.12 0.13 0.13 0.13
N3 0.09 0.13 0.10 0.09 0.14 0.10 0.11 0.10 0.10 0.10 0.15 0.16 0.10 0.10 0.16 0.10 0.10 0.12 0.11 0.11
N6 0.10 0.12 0.10 0.09 0.12 0.09 0.11 0.09 0.10 0.10 0.12 0.13 0.09 0.09 0.13 0.10 0.12 0.13 0.11 0.11
N7 0.11 0.17 0.12 0.12 0.19 0.10 0.16 0.10 0.13 0.14 0.20 0.19 0.10 0.11 0.21 0.11 0.17 0.18 0.20 0.17
N9 0.10 0.16 0.11 0.11 0.18 0.09 0.14 0.09 0.11 0.12 0.19 0.18 0.10 0.11 0.21 0.09 0.11 0.11 0.14 0.10
O2' 0.10 0.17 0.11 0.11 0.18 0.11 0.12 0.11 0.10 0.11 0.20 0.20 0.12 0.13 0.21 0.10 0.09 0.12 0.11 0.11
O3' 0.13 0.24 0.13 0.11 0.25 0.10 0.18 0.10 0.15 0.16 0.28 0.28 0.10 0.10 0.29 0.12 0.12 0.13 0.15 0.13
O4' 0.10 0.16 0.12 0.11 0.19 0.09 0.15 0.09 0.12 0.12 0.20 0.17 0.10 0.12 0.23 0.09 0.13 0.13 0.17 0.12
O5' 0.22 0.30 0.22 0.23 0.33 0.21 0.28 0.22 0.25 0.26 0.34 0.32 0.18 0.22 0.36 0.22 0.27 0.27 0.32 0.28
OP1 0.21 0.22 0.20 0.20 0.23 0.21 0.22 0.22 0.21 0.21 0.23 0.22 0.20 0.20 0.25 0.22 0.20 0.20 0.24 0.21
OP2 0.43 0.58 0.47 0.48 0.64 0.40 0.55 0.41 0.49 0.50 0.66 0.59 0.40 0.47 0.69 0.38 0.55 0.54 0.60 0.54
P 0.16 0.25 0.17 0.18 0.29 0.15 0.24 0.17 0.20 0.20 0.30 0.25 0.13 0.17 0.34 0.16 0.24 0.24 0.30 0.25

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.05 0.02 0.01 0.04 0.00 0.13 0.14 0.07 0.11
C2 0.02 0.00 0.07 0.07 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.07 0.02 0.02 0.25 0.24 0.20 0.23
C2' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.05 0.02 0.06 0.11 0.00 0.01 0.06 0.01 0.13 0.15 0.07 0.11
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.07 0.00 0.08 0.02 0.08 0.04 0.07 0.10 0.01 0.01 0.07 0.01 0.14 0.17 0.06 0.12
C4 0.03 0.01 0.05 0.07 0.00 0.05 0.01 0.07 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.08 0.01 0.04 0.32 0.32 0.30 0.32
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.04 0.02 0.04 0.05 0.04 0.02 0.06 0.00 0.02 0.08 0.12 0.02
C5 0.03 0.01 0.05 0.08 0.01 0.05 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.10 0.01 0.06 0.34 0.33 0.30 0.32
C5' 0.02 0.04 0.02 0.02 0.07 0.01 0.08 0.00 0.06 0.04 0.06 0.05 0.04 0.04 0.08 0.01 0.01 0.11 0.18 0.01
C6 0.02 0.01 0.05 0.08 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.10 0.02 0.06 0.31 0.29 0.22 0.27
N1 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.03 0.01 0.25 0.23 0.16 0.21
N3 0.03 0.01 0.06 0.07 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.08 0.01 0.02 0.29 0.28 0.26 0.28
O2 0.05 0.01 0.11 0.10 0.02 0.05 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01 0.00 0.11 0.12 0.02 0.05 0.21 0.21 0.17 0.19
O2' 0.02 0.06 0.00 0.01 0.05 0.04 0.04 0.04 0.04 0.02 0.06 0.11 0.00 0.03 0.06 0.03 0.05 0.09 0.07 0.05
O3' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.08 0.02 0.10 0.04 0.10 0.04 0.08 0.12 0.03 0.00 0.09 0.02 0.07 0.15 0.08 0.08
O4 0.04 0.02 0.06 0.07 0.01 0.06 0.01 0.08 0.02 0.03 0.01 0.02 0.06 0.09 0.00 0.05 0.33 0.34 0.34 0.34
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.06 0.01 0.06 0.01 0.02 0.05 0.03 0.02 0.05 0.00 0.08 0.10 0.09 0.06
O5' 0.13 0.25 0.13 0.14 0.32 0.02 0.34 0.01 0.31 0.25 0.29 0.21 0.05 0.07 0.33 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.14 0.24 0.15 0.17 0.32 0.08 0.33 0.11 0.29 0.23 0.28 0.21 0.09 0.15 0.34 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.07 0.20 0.07 0.06 0.30 0.12 0.30 0.18 0.22 0.16 0.26 0.17 0.07 0.08 0.34 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.11 0.23 0.11 0.12 0.32 0.02 0.32 0.01 0.27 0.21 0.28 0.19 0.05 0.08 0.34 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00