ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49344

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 13, 8, 13, 6, 8, 4, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.006, 0.010, 0.015, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.003, 0.008, 0.014, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.007, 0.015, 0.023, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.015 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.005, 0.016, 0.026, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.016 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.004, 0.016, 0.028, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.016 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.004, 0.016, 0.028, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.016 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.011, 0.023, 0.035, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.023 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.006, 0.020, 0.034, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.020 std_dev=0.014
N6 A 0, 0.008, 0.030, 0.051, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.030 std_dev=0.022
N7 A 0, 0.007, 0.032, 0.057, 0.133 max_d=0.133 avg_d=0.032 std_dev=0.025
C8 A 0, 0.009, 0.036, 0.062, 0.137 max_d=0.137 avg_d=0.036 std_dev=0.026
O4' A 0, 0.050, 0.092, 0.134, 0.230 max_d=0.230 avg_d=0.092 std_dev=0.042
C2' A 0, 0.037, 0.087, 0.137, 0.241 max_d=0.241 avg_d=0.087 std_dev=0.050
C4' A 0, 0.075, 0.138, 0.200, 0.342 max_d=0.342 avg_d=0.138 std_dev=0.062
C3' A 0, 0.076, 0.150, 0.224, 0.337 max_d=0.337 avg_d=0.150 std_dev=0.074
P A 0, 0.163, 0.248, 0.332, 0.439 max_d=0.439 avg_d=0.248 std_dev=0.084
O2' A 0, 0.034, 0.120, 0.206, 0.422 max_d=0.422 avg_d=0.120 std_dev=0.086
O5' A 0, 0.112, 0.208, 0.303, 0.448 max_d=0.448 avg_d=0.208 std_dev=0.095
C5' A 0, 0.126, 0.223, 0.319, 0.535 max_d=0.535 avg_d=0.223 std_dev=0.097
OP1 A 0, 0.188, 0.296, 0.405, 0.517 max_d=0.517 avg_d=0.296 std_dev=0.108
OP2 A 0, 0.190, 0.306, 0.422, 0.599 max_d=0.599 avg_d=0.306 std_dev=0.116
O3' A 0, 0.125, 0.245, 0.366, 0.552 max_d=0.552 avg_d=0.245 std_dev=0.121
O2' B 0, 0.168, 0.326, 0.485, 0.675 max_d=0.675 avg_d=0.326 std_dev=0.159
O3' B 0, 0.161, 0.340, 0.519, 0.734 max_d=0.734 avg_d=0.340 std_dev=0.179
C4' B 0, 0.138, 0.320, 0.502, 0.758 max_d=0.758 avg_d=0.320 std_dev=0.182
O4' B 0, 0.154, 0.336, 0.519, 0.777 max_d=0.777 avg_d=0.336 std_dev=0.183
C5' B 0, 0.161, 0.344, 0.527, 0.771 max_d=0.771 avg_d=0.344 std_dev=0.183
OP1 B 0, 0.247, 0.432, 0.617, 1.007 max_d=1.007 avg_d=0.432 std_dev=0.185
C1' B 0, 0.173, 0.360, 0.548, 0.808 max_d=0.808 avg_d=0.360 std_dev=0.187
O2 B 0, 0.262, 0.455, 0.647, 0.812 max_d=0.812 avg_d=0.455 std_dev=0.193
C2' B 0, 0.164, 0.358, 0.552, 0.813 max_d=0.813 avg_d=0.358 std_dev=0.194
C3' B 0, 0.125, 0.325, 0.524, 0.794 max_d=0.794 avg_d=0.325 std_dev=0.199
C2 B 0, 0.226, 0.430, 0.634, 0.815 max_d=0.815 avg_d=0.430 std_dev=0.204
O5' B 0, 0.145, 0.355, 0.565, 0.850 max_d=0.850 avg_d=0.355 std_dev=0.210
N1 B 0, 0.182, 0.395, 0.608, 0.871 max_d=0.871 avg_d=0.395 std_dev=0.213
N3 B 0, 0.229, 0.453, 0.677, 0.878 max_d=0.878 avg_d=0.453 std_dev=0.224
P B 0, 0.138, 0.365, 0.591, 0.864 max_d=0.864 avg_d=0.365 std_dev=0.227
C4 B 0, 0.208, 0.452, 0.697, 0.983 max_d=0.983 avg_d=0.452 std_dev=0.244
C6 B 0, 0.154, 0.405, 0.656, 0.979 max_d=0.979 avg_d=0.405 std_dev=0.251
O4 B 0, 0.246, 0.497, 0.748, 1.061 max_d=1.061 avg_d=0.497 std_dev=0.251
C5 B 0, 0.171, 0.432, 0.693, 1.035 max_d=1.035 avg_d=0.432 std_dev=0.261
OP2 B 0, 0.172, 0.439, 0.706, 1.031 max_d=1.031 avg_d=0.439 std_dev=0.267

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.07 0.03
C2 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.05 0.02 0.03 0.04 0.09 0.04
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.04 0.04 0.05 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.04 0.07 0.04
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.06 0.05 0.05 0.03 0.07 0.06 0.03 0.01 0.01 0.01 0.04 0.05 0.06 0.04
C4 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.03 0.03 0.08 0.04
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.02 0.01 0.04 0.04 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01
C5 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.04 0.05 0.10 0.05
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.05 0.03 0.02 0.05 0.05 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.06 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.06 0.02 0.05 0.06 0.10 0.06
C8 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.02 0.04 0.04 0.09 0.05
N1 0.01 0.00 0.04 0.05 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.06 0.02 0.04 0.05 0.10 0.05
N3 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.04 0.02 0.03 0.03 0.08 0.04
N6 0.01 0.01 0.05 0.07 0.01 0.04 0.01 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.08 0.02 0.06 0.07 0.12 0.07
N7 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.02 0.05 0.06 0.10 0.06
N9 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.08 0.04
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.02 0.06 0.05 0.05 0.02 0.01 0.00 0.04 0.02 0.03 0.05 0.06 0.03
O3' 0.02 0.05 0.02 0.01 0.03 0.02 0.05 0.03 0.06 0.06 0.06 0.04 0.08 0.06 0.03 0.04 0.00 0.02 0.06 0.08 0.06 0.06
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.04 0.05 0.06 0.04
O5' 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.01 0.04 0.01 0.05 0.04 0.04 0.03 0.06 0.05 0.03 0.03 0.06 0.04 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.03 0.04 0.04 0.05 0.03 0.03 0.05 0.04 0.06 0.04 0.05 0.03 0.07 0.06 0.03 0.05 0.08 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.07 0.09 0.07 0.06 0.08 0.03 0.10 0.02 0.10 0.09 0.10 0.08 0.12 0.10 0.08 0.06 0.06 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.04 0.04 0.04 0.04 0.01 0.05 0.01 0.06 0.05 0.05 0.04 0.07 0.06 0.04 0.03 0.06 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.10 0.10 0.12 0.11 0.12 0.12 0.13 0.13 0.11 0.10 0.10 0.10 0.12 0.10 0.11 0.13 0.11 0.10 0.10
C2 0.15 0.14 0.15 0.17 0.15 0.18 0.17 0.19 0.17 0.15 0.14 0.14 0.14 0.18 0.14 0.16 0.17 0.13 0.13 0.13
C2' 0.12 0.11 0.12 0.13 0.13 0.14 0.15 0.15 0.15 0.12 0.12 0.11 0.11 0.13 0.12 0.13 0.14 0.12 0.12 0.11
C3' 0.12 0.12 0.12 0.13 0.13 0.14 0.14 0.15 0.15 0.13 0.12 0.12 0.12 0.13 0.13 0.13 0.14 0.12 0.12 0.11
C4 0.11 0.10 0.12 0.13 0.11 0.14 0.12 0.14 0.13 0.11 0.10 0.11 0.11 0.14 0.10 0.12 0.13 0.10 0.10 0.09
C4' 0.10 0.10 0.10 0.11 0.11 0.12 0.12 0.13 0.12 0.11 0.10 0.10 0.10 0.11 0.11 0.11 0.12 0.10 0.10 0.10
C5 0.10 0.10 0.11 0.12 0.09 0.12 0.10 0.11 0.11 0.10 0.09 0.10 0.11 0.12 0.09 0.10 0.10 0.08 0.07 0.07
C5' 0.09 0.09 0.09 0.10 0.09 0.11 0.11 0.12 0.11 0.09 0.09 0.09 0.10 0.10 0.09 0.10 0.11 0.10 0.09 0.09
C6 0.12 0.11 0.13 0.13 0.10 0.13 0.11 0.13 0.12 0.11 0.10 0.12 0.12 0.14 0.10 0.12 0.11 0.08 0.07 0.07
C8 0.08 0.08 0.09 0.09 0.08 0.09 0.09 0.09 0.09 0.08 0.08 0.09 0.10 0.10 0.08 0.08 0.09 0.08 0.07 0.06
N1 0.15 0.14 0.15 0.17 0.14 0.17 0.15 0.17 0.16 0.15 0.13 0.14 0.14 0.17 0.13 0.16 0.16 0.11 0.11 0.10
N3 0.13 0.12 0.14 0.16 0.14 0.16 0.15 0.17 0.16 0.14 0.13 0.12 0.13 0.16 0.13 0.14 0.16 0.13 0.13 0.13
N6 0.11 0.11 0.12 0.12 0.09 0.11 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.12 0.12 0.12 0.09 0.10 0.09 0.09 0.07 0.06
N7 0.08 0.08 0.09 0.09 0.08 0.09 0.09 0.08 0.09 0.08 0.08 0.09 0.10 0.09 0.08 0.08 0.08 0.08 0.06 0.05
N9 0.10 0.09 0.10 0.11 0.10 0.12 0.11 0.12 0.11 0.10 0.09 0.10 0.10 0.12 0.09 0.10 0.11 0.10 0.09 0.08
O2' 0.12 0.12 0.12 0.13 0.14 0.14 0.16 0.15 0.15 0.13 0.12 0.11 0.11 0.13 0.14 0.13 0.14 0.12 0.13 0.12
O3' 0.13 0.13 0.13 0.14 0.15 0.15 0.16 0.15 0.16 0.14 0.13 0.13 0.13 0.14 0.14 0.14 0.15 0.12 0.13 0.12
O4' 0.09 0.09 0.09 0.11 0.10 0.11 0.11 0.12 0.11 0.09 0.09 0.10 0.09 0.11 0.09 0.10 0.11 0.10 0.09 0.09
O5' 0.08 0.08 0.08 0.09 0.08 0.10 0.09 0.10 0.09 0.08 0.08 0.09 0.09 0.09 0.08 0.09 0.10 0.10 0.08 0.08
OP1 0.08 0.09 0.08 0.08 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.08 0.09 0.10 0.09 0.08 0.09 0.08 0.09 0.10 0.08 0.07
OP2 0.12 0.12 0.12 0.12 0.12 0.13 0.12 0.13 0.12 0.12 0.12 0.13 0.13 0.12 0.12 0.12 0.13 0.13 0.12 0.12
P 0.07 0.08 0.08 0.08 0.08 0.09 0.08 0.09 0.08 0.08 0.08 0.09 0.09 0.08 0.08 0.08 0.09 0.10 0.08 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.06 0.06 0.04
C2 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.06 0.07 0.09 0.06
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.05 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.07 0.06 0.04
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.04 0.02 0.03 0.04 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.08 0.06 0.04
C4 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.00 0.02 0.07 0.08 0.11 0.08
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.02 0.02 0.04 0.01 0.04 0.00 0.01 0.06 0.02 0.01
C5 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.02 0.08 0.09 0.11 0.08
C5' 0.02 0.03 0.01 0.01 0.05 0.01 0.06 0.00 0.05 0.03 0.04 0.04 0.04 0.02 0.05 0.02 0.00 0.05 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.02 0.07 0.07 0.09 0.07
N1 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.07 0.08 0.06
N3 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.04 0.01 0.02 0.07 0.07 0.10 0.07
O2 0.02 0.01 0.05 0.04 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.06 0.01 0.02 0.06 0.07 0.09 0.06
O2' 0.01 0.03 0.00 0.02 0.03 0.04 0.03 0.04 0.02 0.01 0.04 0.05 0.00 0.03 0.04 0.03 0.04 0.08 0.06 0.04
O3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.05 0.02 0.04 0.06 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.11 0.07 0.06
O4 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.02 0.08 0.09 0.11 0.09
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.04 0.06 0.05 0.04
O5' 0.04 0.06 0.04 0.04 0.07 0.01 0.08 0.00 0.07 0.06 0.07 0.06 0.04 0.05 0.08 0.04 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.06 0.07 0.07 0.08 0.08 0.06 0.09 0.05 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.11 0.09 0.06 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.06 0.09 0.06 0.06 0.11 0.02 0.11 0.01 0.09 0.08 0.10 0.09 0.06 0.07 0.11 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.06 0.04 0.04 0.08 0.01 0.08 0.01 0.07 0.06 0.07 0.06 0.04 0.06 0.09 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00