ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49345

back

Distances from reference structure (by RMSD)

9, 8, 11, 7, 3, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.006, 0.009, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.006 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.010 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.006, 0.012, 0.019, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.005, 0.012, 0.020, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.005, 0.013, 0.021, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.013 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.007, 0.015, 0.022, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.007, 0.016, 0.025, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.016 std_dev=0.009
N9 A 0, 0.006, 0.016, 0.025, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.016 std_dev=0.009
N7 A 0, 0.006, 0.019, 0.031, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.019 std_dev=0.013
N6 A 0, 0.011, 0.024, 0.038, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.024 std_dev=0.014
C8 A 0, 0.008, 0.024, 0.039, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.024 std_dev=0.016
C2' A 0, 0.033, 0.080, 0.128, 0.272 max_d=0.272 avg_d=0.080 std_dev=0.047
O4' A 0, 0.011, 0.069, 0.127, 0.340 max_d=0.340 avg_d=0.069 std_dev=0.058
C4' A 0, 0.034, 0.110, 0.186, 0.396 max_d=0.396 avg_d=0.110 std_dev=0.076
C3' A 0, 0.017, 0.095, 0.173, 0.410 max_d=0.410 avg_d=0.095 std_dev=0.078
O2' A 0, 0.056, 0.147, 0.238, 0.454 max_d=0.454 avg_d=0.147 std_dev=0.091
O3' A 0, 0.039, 0.133, 0.226, 0.494 max_d=0.494 avg_d=0.133 std_dev=0.093
O4' B 0, 0.104, 0.212, 0.319, 0.436 max_d=0.436 avg_d=0.212 std_dev=0.108
C1' B 0, 0.084, 0.201, 0.318, 0.483 max_d=0.483 avg_d=0.201 std_dev=0.117
C4' B 0, 0.109, 0.238, 0.367, 0.510 max_d=0.510 avg_d=0.238 std_dev=0.129
O5' A 0, 0.062, 0.192, 0.323, 0.803 max_d=0.803 avg_d=0.192 std_dev=0.131
N1 B 0, 0.060, 0.192, 0.323, 0.548 max_d=0.548 avg_d=0.192 std_dev=0.132
C5' B 0, 0.112, 0.247, 0.382, 0.642 max_d=0.642 avg_d=0.247 std_dev=0.135
C5' A 0, 0.046, 0.182, 0.318, 0.830 max_d=0.830 avg_d=0.182 std_dev=0.136
C2' B 0, 0.069, 0.212, 0.356, 0.583 max_d=0.583 avg_d=0.212 std_dev=0.144
C3' B 0, 0.098, 0.244, 0.389, 0.588 max_d=0.588 avg_d=0.244 std_dev=0.145
C6 B 0, 0.049, 0.197, 0.345, 0.677 max_d=0.677 avg_d=0.197 std_dev=0.148
O2' B 0, 0.093, 0.259, 0.424, 0.728 max_d=0.728 avg_d=0.259 std_dev=0.166
O3' B 0, 0.116, 0.285, 0.453, 0.678 max_d=0.678 avg_d=0.285 std_dev=0.169
C2 B 0, 0.050, 0.219, 0.388, 0.898 max_d=0.898 avg_d=0.219 std_dev=0.169
P A 0, 0.103, 0.294, 0.485, 1.020 max_d=1.020 avg_d=0.294 std_dev=0.191
C5 B 0, 0.033, 0.226, 0.419, 1.064 max_d=1.064 avg_d=0.226 std_dev=0.193
O2 B 0, 0.064, 0.259, 0.455, 1.097 max_d=1.097 avg_d=0.259 std_dev=0.196
N3 B 0, 0.027, 0.232, 0.437, 1.178 max_d=1.178 avg_d=0.232 std_dev=0.205
OP1 A 0, 0.149, 0.359, 0.568, 1.040 max_d=1.040 avg_d=0.359 std_dev=0.209
C4 B 0, 0.020, 0.240, 0.459, 1.275 max_d=1.275 avg_d=0.240 std_dev=0.219
OP2 A 0, 0.182, 0.408, 0.633, 1.111 max_d=1.111 avg_d=0.408 std_dev=0.225
O5' B 0, -0.003, 0.263, 0.529, 1.730 max_d=1.730 avg_d=0.263 std_dev=0.266
O4 B 0, 0.028, 0.297, 0.566, 1.648 max_d=1.648 avg_d=0.297 std_dev=0.269
P B 0, -0.111, 0.349, 0.808, 2.998 max_d=2.998 avg_d=0.349 std_dev=0.459
OP2 B 0, -0.152, 0.394, 0.939, 3.568 max_d=3.568 avg_d=0.394 std_dev=0.546
OP1 B 0, -0.161, 0.404, 0.968, 3.664 max_d=3.664 avg_d=0.404 std_dev=0.565

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.05 0.10 0.10 0.07
C2 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.05 0.05 0.10 0.11 0.15 0.11
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.14 0.12 0.10
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.03 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.11 0.08 0.06
C4 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.03 0.10 0.13 0.16 0.12
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.05 0.04 0.04 0.04 0.05 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.04 0.02
C5 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.02 0.02 0.13 0.17 0.21 0.16
C5' 0.03 0.08 0.04 0.01 0.07 0.00 0.10 0.00 0.10 0.11 0.09 0.07 0.11 0.12 0.07 0.03 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.03 0.03 0.13 0.16 0.22 0.16
C8 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.05 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.03 0.03 0.15 0.19 0.21 0.18
N1 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.04 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.04 0.04 0.11 0.14 0.19 0.14
N3 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.05 0.05 0.09 0.11 0.13 0.10
N6 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.04 0.01 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.03 0.02 0.15 0.19 0.25 0.19
N7 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.05 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.03 0.02 0.16 0.20 0.24 0.20
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.10 0.14 0.15 0.12
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.03 0.05 0.05 0.06 0.06 0.05 0.05 0.03 0.00 0.04 0.01 0.08 0.17 0.16 0.13
O3' 0.02 0.05 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.04 0.05 0.03 0.03 0.02 0.04 0.00 0.03 0.03 0.11 0.08 0.06
O4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.05 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.05 0.06 0.03
O5' 0.05 0.10 0.07 0.03 0.10 0.01 0.13 0.01 0.13 0.15 0.11 0.09 0.15 0.16 0.10 0.08 0.03 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.10 0.11 0.14 0.11 0.13 0.06 0.17 0.04 0.16 0.19 0.14 0.11 0.19 0.20 0.14 0.17 0.11 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.10 0.15 0.12 0.08 0.16 0.04 0.21 0.02 0.22 0.21 0.19 0.13 0.25 0.24 0.15 0.16 0.08 0.06 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.07 0.11 0.10 0.06 0.12 0.02 0.16 0.01 0.16 0.18 0.14 0.10 0.19 0.20 0.12 0.13 0.06 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.10 0.06 0.07 0.07 0.09 0.08 0.11 0.07 0.07 0.10 0.14 0.07 0.09 0.08 0.08 0.09 0.24 0.41 0.26
C2 0.10 0.08 0.09 0.12 0.12 0.14 0.11 0.16 0.10 0.09 0.11 0.09 0.08 0.13 0.16 0.13 0.14 0.18 0.39 0.24
C2' 0.08 0.12 0.07 0.07 0.10 0.08 0.08 0.10 0.07 0.08 0.13 0.15 0.08 0.09 0.11 0.07 0.08 0.28 0.42 0.28
C3' 0.09 0.13 0.08 0.08 0.10 0.09 0.08 0.11 0.08 0.09 0.14 0.17 0.09 0.11 0.11 0.09 0.08 0.25 0.38 0.24
C4 0.07 0.09 0.07 0.08 0.06 0.09 0.08 0.12 0.07 0.07 0.07 0.12 0.07 0.09 0.08 0.08 0.10 0.22 0.42 0.26
C4' 0.12 0.16 0.10 0.11 0.10 0.11 0.09 0.12 0.09 0.11 0.15 0.20 0.11 0.13 0.10 0.11 0.10 0.18 0.31 0.18
C5 0.06 0.09 0.06 0.07 0.07 0.08 0.06 0.11 0.06 0.07 0.09 0.11 0.06 0.08 0.07 0.07 0.10 0.23 0.43 0.26
C5' 0.19 0.23 0.17 0.17 0.18 0.17 0.13 0.17 0.14 0.18 0.24 0.27 0.19 0.20 0.18 0.17 0.19 0.13 0.20 0.12
C6 0.06 0.06 0.06 0.07 0.04 0.09 0.06 0.12 0.06 0.05 0.05 0.08 0.05 0.08 0.05 0.07 0.12 0.21 0.42 0.26
C8 0.07 0.12 0.06 0.06 0.12 0.07 0.08 0.09 0.07 0.08 0.14 0.14 0.08 0.08 0.14 0.06 0.07 0.28 0.42 0.26
N1 0.08 0.06 0.08 0.11 0.08 0.13 0.08 0.16 0.08 0.07 0.08 0.07 0.07 0.11 0.11 0.11 0.15 0.18 0.39 0.24
N3 0.09 0.08 0.09 0.10 0.11 0.12 0.11 0.14 0.09 0.08 0.09 0.11 0.07 0.12 0.15 0.11 0.12 0.20 0.40 0.25
N6 0.06 0.08 0.06 0.06 0.07 0.07 0.08 0.11 0.08 0.07 0.08 0.09 0.06 0.07 0.07 0.06 0.13 0.22 0.43 0.27
N7 0.07 0.12 0.06 0.06 0.14 0.07 0.10 0.09 0.08 0.09 0.15 0.13 0.08 0.07 0.15 0.06 0.07 0.28 0.44 0.27
N9 0.07 0.10 0.06 0.07 0.07 0.08 0.07 0.10 0.07 0.07 0.11 0.13 0.07 0.09 0.08 0.07 0.08 0.25 0.41 0.26
O2' 0.06 0.09 0.06 0.07 0.08 0.08 0.08 0.09 0.07 0.07 0.09 0.11 0.07 0.07 0.10 0.07 0.12 0.34 0.48 0.34
O3' 0.08 0.11 0.07 0.08 0.08 0.09 0.08 0.10 0.07 0.08 0.11 0.15 0.08 0.10 0.09 0.08 0.09 0.26 0.41 0.27
O4' 0.10 0.14 0.08 0.09 0.08 0.10 0.10 0.11 0.08 0.09 0.13 0.18 0.08 0.12 0.10 0.10 0.09 0.19 0.35 0.20
O5' 0.19 0.24 0.17 0.16 0.21 0.16 0.15 0.17 0.15 0.19 0.25 0.27 0.19 0.20 0.22 0.16 0.20 0.12 0.18 0.11
OP1 0.20 0.25 0.19 0.19 0.23 0.19 0.18 0.19 0.18 0.21 0.26 0.27 0.21 0.21 0.25 0.19 0.24 0.15 0.19 0.14
OP2 0.25 0.29 0.24 0.22 0.29 0.22 0.24 0.22 0.23 0.26 0.31 0.30 0.26 0.25 0.32 0.22 0.29 0.17 0.19 0.18
P 0.21 0.26 0.19 0.19 0.24 0.18 0.19 0.19 0.18 0.21 0.27 0.28 0.22 0.22 0.27 0.18 0.25 0.13 0.17 0.14

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.11 0.19 0.08 0.10
C2 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.02 0.11 0.14 0.10 0.07
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.00 0.01 0.04 0.01 0.21 0.34 0.20 0.25
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.13 0.33 0.14 0.21
C4 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.04 0.00 0.02 0.18 0.12 0.11 0.11
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.02 0.02 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.13 0.06 0.04
C5 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.05 0.00 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.04 0.01 0.03 0.22 0.13 0.11 0.14
C5' 0.02 0.05 0.02 0.01 0.08 0.00 0.09 0.00 0.08 0.05 0.06 0.05 0.03 0.01 0.09 0.01 0.01 0.03 0.08 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01 0.03 0.22 0.15 0.10 0.15
N1 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.15 0.16 0.08 0.10
N3 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.04 0.01 0.02 0.14 0.12 0.11 0.08
O2 0.02 0.00 0.03 0.03 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.06 0.01 0.04 0.08 0.15 0.11 0.06
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.06 0.01 0.05 0.03 0.04 0.03 0.05 0.06 0.00 0.02 0.06 0.01 0.22 0.42 0.27 0.31
O3' 0.03 0.04 0.01 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.03 0.03 0.04 0.06 0.02 0.00 0.04 0.03 0.08 0.32 0.12 0.18
O4 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.04 0.00 0.03 0.18 0.11 0.13 0.11
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.03 0.00 0.03 0.07 0.16 0.05
O5' 0.11 0.11 0.21 0.13 0.18 0.01 0.22 0.01 0.22 0.15 0.14 0.08 0.22 0.08 0.18 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.19 0.14 0.34 0.33 0.12 0.13 0.13 0.03 0.15 0.16 0.12 0.15 0.42 0.32 0.11 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.08 0.10 0.20 0.14 0.11 0.06 0.11 0.08 0.10 0.08 0.11 0.11 0.27 0.12 0.13 0.16 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.07 0.25 0.21 0.11 0.04 0.14 0.01 0.15 0.10 0.08 0.06 0.31 0.18 0.11 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00