ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49347

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 3, 5, 10, 5, 1, 4, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.007, 0.012, 0.018, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.012 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.004, 0.009, 0.014, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.007, 0.015, 0.023, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.015 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.006, 0.016, 0.025, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.016 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.010, 0.020, 0.030, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.020 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.010, 0.020, 0.031, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.020 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.013, 0.026, 0.039, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.026 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.014, 0.028, 0.042, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.028 std_dev=0.014
N6 A 0, 0.017, 0.035, 0.053, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.035 std_dev=0.018
N7 A 0, 0.015, 0.036, 0.056, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.036 std_dev=0.021
C8 A 0, 0.019, 0.045, 0.070, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.045 std_dev=0.026
O4' A 0, 0.304, 0.397, 0.490, 0.504 max_d=0.504 avg_d=0.397 std_dev=0.093
C2' A 0, 0.445, 0.557, 0.669, 0.672 max_d=0.672 avg_d=0.557 std_dev=0.112
C4' A 0, 0.510, 0.642, 0.773, 0.777 max_d=0.777 avg_d=0.642 std_dev=0.132
O5' A 0, 0.421, 0.560, 0.698, 0.784 max_d=0.784 avg_d=0.560 std_dev=0.139
C5' A 0, 0.493, 0.638, 0.784, 0.856 max_d=0.856 avg_d=0.638 std_dev=0.146
O4' B 0, 0.401, 0.566, 0.730, 0.847 max_d=0.847 avg_d=0.566 std_dev=0.164
C1' B 0, 0.400, 0.566, 0.732, 0.849 max_d=0.849 avg_d=0.566 std_dev=0.166
C3' A 0, 0.723, 0.899, 1.075, 1.069 max_d=1.069 avg_d=0.899 std_dev=0.176
P A 0, 0.470, 0.650, 0.830, 0.980 max_d=0.980 avg_d=0.650 std_dev=0.180
N1 B 0, 0.418, 0.601, 0.783, 0.974 max_d=0.974 avg_d=0.601 std_dev=0.183
O2 B 0, 0.445, 0.631, 0.816, 0.991 max_d=0.991 avg_d=0.631 std_dev=0.185
C2 B 0, 0.436, 0.629, 0.821, 1.042 max_d=1.042 avg_d=0.629 std_dev=0.192
C4' B 0, 0.407, 0.603, 0.798, 0.944 max_d=0.944 avg_d=0.603 std_dev=0.196
C6 B 0, 0.424, 0.620, 0.816, 1.034 max_d=1.034 avg_d=0.620 std_dev=0.196
C2' B 0, 0.408, 0.604, 0.801, 0.952 max_d=0.952 avg_d=0.604 std_dev=0.196
O5' B 0, 0.440, 0.644, 0.848, 1.072 max_d=1.072 avg_d=0.644 std_dev=0.204
C5' B 0, 0.432, 0.647, 0.862, 1.027 max_d=1.027 avg_d=0.647 std_dev=0.215
OP2 B 0, 0.423, 0.640, 0.857, 1.173 max_d=1.173 avg_d=0.640 std_dev=0.217
P B 0, 0.487, 0.706, 0.924, 1.144 max_d=1.144 avg_d=0.706 std_dev=0.218
C5 B 0, 0.448, 0.667, 0.886, 1.163 max_d=1.163 avg_d=0.667 std_dev=0.219
N3 B 0, 0.457, 0.677, 0.897, 1.183 max_d=1.183 avg_d=0.677 std_dev=0.220
C3' B 0, 0.406, 0.626, 0.847, 1.002 max_d=1.002 avg_d=0.626 std_dev=0.220
O2' B 0, 0.355, 0.575, 0.795, 0.973 max_d=0.973 avg_d=0.575 std_dev=0.220
OP2 A 0, 0.518, 0.748, 0.978, 1.191 max_d=1.191 avg_d=0.748 std_dev=0.230
OP1 A 0, 0.572, 0.808, 1.044, 1.274 max_d=1.274 avg_d=0.808 std_dev=0.236
C4 B 0, 0.463, 0.699, 0.935, 1.250 max_d=1.250 avg_d=0.699 std_dev=0.236
O2' A 0, 1.094, 1.343, 1.591, 1.480 max_d=1.480 avg_d=1.343 std_dev=0.248
O3' B 0, 0.399, 0.648, 0.897, 1.114 max_d=1.114 avg_d=0.648 std_dev=0.249
OP1 B 0, 0.590, 0.843, 1.097, 1.363 max_d=1.363 avg_d=0.843 std_dev=0.254
O4 B 0, 0.498, 0.778, 1.058, 1.405 max_d=1.405 avg_d=0.778 std_dev=0.280
O3' A 0, 1.725, 2.122, 2.518, 2.433 max_d=2.433 avg_d=2.122 std_dev=0.396

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.05 0.04 0.10 0.05
C2 0.02 0.00 0.02 0.03 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.08 0.04 0.08 0.09 0.12 0.08
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.06 0.08 0.14 0.08
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.09 0.11 0.06
C4 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.05 0.02 0.08 0.08 0.12 0.08
C4' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.05 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.02 0.10 0.09 0.15 0.10
C5' 0.02 0.05 0.03 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.06 0.07 0.06 0.05 0.07 0.07 0.05 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.05 0.02 0.10 0.10 0.15 0.10
C8 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.03 0.02 0.10 0.08 0.16 0.10
N1 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.07 0.04 0.09 0.10 0.13 0.09
N3 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.08 0.04 0.07 0.08 0.11 0.07
N6 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.05 0.02 0.11 0.11 0.16 0.11
N7 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.03 0.02 0.11 0.10 0.17 0.11
N9 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.08 0.06 0.13 0.07
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.04 0.02 0.04 0.03 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.03 0.00 0.04 0.01 0.07 0.10 0.18 0.10
O3' 0.04 0.08 0.01 0.01 0.05 0.01 0.04 0.02 0.05 0.03 0.07 0.08 0.05 0.03 0.03 0.04 0.00 0.03 0.04 0.10 0.13 0.07
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.08 0.05 0.06
O5' 0.05 0.08 0.06 0.03 0.08 0.01 0.10 0.01 0.10 0.10 0.09 0.07 0.11 0.11 0.08 0.07 0.04 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.09 0.08 0.09 0.08 0.03 0.09 0.02 0.10 0.08 0.10 0.08 0.11 0.10 0.06 0.10 0.10 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.10 0.12 0.14 0.11 0.12 0.05 0.15 0.02 0.15 0.16 0.13 0.11 0.16 0.17 0.13 0.18 0.13 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.08 0.08 0.06 0.08 0.01 0.10 0.01 0.10 0.10 0.09 0.07 0.11 0.11 0.07 0.10 0.07 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.09 0.14 0.10 0.07 0.14 0.07 0.13 0.08 0.11 0.10 0.14 0.17 0.14 0.09 0.15 0.07 0.10 0.16 0.28 0.17
C2 0.10 0.15 0.10 0.08 0.15 0.07 0.14 0.08 0.12 0.12 0.16 0.18 0.12 0.09 0.16 0.08 0.09 0.16 0.25 0.15
C2' 0.09 0.13 0.10 0.08 0.13 0.08 0.13 0.09 0.11 0.10 0.14 0.17 0.14 0.10 0.14 0.07 0.11 0.16 0.29 0.18
C3' 0.08 0.13 0.09 0.07 0.13 0.07 0.13 0.09 0.11 0.10 0.14 0.17 0.13 0.10 0.14 0.07 0.11 0.16 0.29 0.17
C4 0.08 0.13 0.10 0.07 0.13 0.06 0.13 0.07 0.11 0.10 0.14 0.16 0.14 0.08 0.14 0.06 0.08 0.16 0.27 0.16
C4' 0.09 0.15 0.10 0.07 0.15 0.06 0.14 0.08 0.12 0.11 0.16 0.18 0.13 0.09 0.17 0.06 0.09 0.16 0.28 0.16
C5 0.08 0.11 0.10 0.08 0.12 0.07 0.13 0.07 0.11 0.10 0.12 0.14 0.16 0.09 0.13 0.07 0.08 0.17 0.28 0.16
C5' 0.11 0.17 0.12 0.08 0.18 0.07 0.16 0.07 0.14 0.13 0.18 0.20 0.15 0.09 0.20 0.08 0.08 0.18 0.28 0.17
C6 0.09 0.11 0.10 0.08 0.12 0.07 0.13 0.06 0.11 0.10 0.12 0.13 0.16 0.09 0.13 0.06 0.07 0.17 0.26 0.15
C8 0.08 0.12 0.11 0.09 0.13 0.09 0.13 0.09 0.11 0.09 0.12 0.15 0.16 0.11 0.14 0.07 0.10 0.17 0.29 0.17
N1 0.09 0.13 0.10 0.08 0.13 0.07 0.13 0.07 0.12 0.11 0.13 0.15 0.13 0.09 0.14 0.07 0.09 0.16 0.25 0.15
N3 0.09 0.15 0.10 0.07 0.15 0.07 0.14 0.07 0.12 0.12 0.16 0.18 0.12 0.09 0.16 0.07 0.09 0.16 0.26 0.15
N6 0.10 0.11 0.12 0.10 0.12 0.09 0.13 0.07 0.12 0.10 0.11 0.12 0.17 0.11 0.13 0.09 0.07 0.18 0.27 0.16
N7 0.09 0.11 0.11 0.10 0.12 0.10 0.13 0.10 0.11 0.09 0.11 0.14 0.17 0.11 0.14 0.08 0.10 0.17 0.29 0.17
N9 0.08 0.13 0.10 0.07 0.13 0.07 0.13 0.08 0.11 0.10 0.13 0.16 0.15 0.09 0.14 0.06 0.09 0.16 0.28 0.17
O2' 0.09 0.13 0.10 0.09 0.12 0.10 0.13 0.12 0.12 0.11 0.13 0.16 0.13 0.12 0.13 0.09 0.14 0.17 0.30 0.19
O3' 0.08 0.13 0.10 0.09 0.12 0.09 0.11 0.11 0.10 0.10 0.13 0.16 0.13 0.11 0.13 0.08 0.11 0.15 0.28 0.16
O4' 0.10 0.16 0.11 0.07 0.16 0.06 0.14 0.07 0.12 0.12 0.17 0.19 0.14 0.09 0.17 0.07 0.08 0.16 0.27 0.16
O5' 0.13 0.17 0.14 0.10 0.18 0.09 0.17 0.09 0.14 0.14 0.18 0.20 0.17 0.11 0.20 0.10 0.09 0.18 0.28 0.17
OP1 0.09 0.13 0.12 0.11 0.11 0.11 0.09 0.11 0.08 0.08 0.13 0.17 0.16 0.12 0.13 0.09 0.10 0.14 0.22 0.13
OP2 0.16 0.17 0.18 0.15 0.17 0.15 0.17 0.15 0.16 0.16 0.17 0.20 0.22 0.16 0.18 0.15 0.15 0.20 0.29 0.20
P 0.10 0.13 0.13 0.11 0.11 0.10 0.11 0.11 0.09 0.09 0.13 0.17 0.17 0.12 0.13 0.09 0.09 0.15 0.24 0.14

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.05 0.11 0.13 0.06
C2 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.01 0.01 0.09 0.14 0.16 0.10
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.05 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.10 0.11 0.05
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.04 0.02 0.04 0.07 0.01 0.01 0.05 0.01 0.03 0.10 0.09 0.05
C4 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.05 0.00 0.01 0.13 0.16 0.22 0.14
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.03 0.04 0.04 0.02 0.04 0.00 0.01 0.06 0.09 0.03
C5 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.01 0.01 0.14 0.16 0.22 0.14
C5' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.05 0.00 0.06 0.00 0.06 0.03 0.04 0.04 0.04 0.04 0.06 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.12 0.14 0.18 0.11
N1 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.09 0.13 0.15 0.09
N3 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.00 0.01 0.11 0.16 0.19 0.12
O2 0.01 0.00 0.05 0.07 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.08 0.01 0.01 0.07 0.14 0.14 0.08
O2' 0.02 0.04 0.00 0.01 0.03 0.04 0.02 0.04 0.02 0.02 0.04 0.05 0.00 0.03 0.03 0.04 0.04 0.07 0.12 0.05
O3' 0.02 0.05 0.02 0.01 0.05 0.02 0.05 0.04 0.04 0.02 0.05 0.08 0.03 0.00 0.05 0.02 0.03 0.10 0.08 0.05
O4 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.05 0.00 0.01 0.14 0.17 0.24 0.16
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.00 0.04 0.10 0.12 0.06
O5' 0.05 0.09 0.03 0.03 0.13 0.01 0.14 0.01 0.12 0.09 0.11 0.07 0.04 0.03 0.14 0.04 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.11 0.14 0.10 0.10 0.16 0.06 0.16 0.03 0.14 0.13 0.16 0.14 0.07 0.10 0.17 0.10 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.13 0.16 0.11 0.09 0.22 0.09 0.22 0.04 0.18 0.15 0.19 0.14 0.12 0.08 0.24 0.12 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.06 0.10 0.05 0.05 0.14 0.03 0.14 0.01 0.11 0.09 0.12 0.08 0.05 0.05 0.16 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00