ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49348

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 10, 5, 4, 3, 2, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.005, 0.009, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.005 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.006 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.006, 0.010, 0.015, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.004, 0.009, 0.014, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.003, 0.010, 0.018, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.010 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.011 std_dev=0.008
N9 A 0, 0.005, 0.016, 0.026, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.016 std_dev=0.010
N6 A 0, 0.007, 0.023, 0.038, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.023 std_dev=0.016
N7 A 0, 0.006, 0.024, 0.042, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.024 std_dev=0.018
C8 A 0, 0.006, 0.027, 0.048, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.027 std_dev=0.021
C2' A 0, 0.032, 0.115, 0.198, 0.439 max_d=0.439 avg_d=0.115 std_dev=0.083
O4' A 0, 0.004, 0.096, 0.188, 0.452 max_d=0.452 avg_d=0.096 std_dev=0.092
O2' A 0, 0.039, 0.147, 0.254, 0.495 max_d=0.495 avg_d=0.147 std_dev=0.107
C4' A 0, 0.016, 0.156, 0.296, 0.661 max_d=0.661 avg_d=0.156 std_dev=0.140
C3' A 0, 0.026, 0.169, 0.312, 0.713 max_d=0.713 avg_d=0.169 std_dev=0.143
O4' B 0, 0.075, 0.242, 0.408, 0.712 max_d=0.712 avg_d=0.242 std_dev=0.167
C1' B 0, 0.078, 0.251, 0.423, 0.601 max_d=0.601 avg_d=0.251 std_dev=0.172
O5' A 0, 0.060, 0.239, 0.418, 0.877 max_d=0.877 avg_d=0.239 std_dev=0.179
C4' B 0, 0.107, 0.293, 0.478, 0.749 max_d=0.749 avg_d=0.293 std_dev=0.186
N1 B 0, 0.081, 0.273, 0.464, 0.766 max_d=0.766 avg_d=0.273 std_dev=0.191
C6 B 0, 0.098, 0.293, 0.487, 0.752 max_d=0.752 avg_d=0.293 std_dev=0.194
C5' B 0, 0.124, 0.321, 0.518, 0.848 max_d=0.848 avg_d=0.321 std_dev=0.197
C3' B 0, 0.113, 0.313, 0.512, 0.756 max_d=0.756 avg_d=0.313 std_dev=0.199
C2' B 0, 0.087, 0.287, 0.487, 0.771 max_d=0.771 avg_d=0.287 std_dev=0.200
O2' B 0, 0.086, 0.295, 0.504, 0.925 max_d=0.925 avg_d=0.295 std_dev=0.209
O3' A 0, 0.036, 0.246, 0.457, 1.013 max_d=1.013 avg_d=0.246 std_dev=0.211
O5' B 0, 0.124, 0.334, 0.545, 0.938 max_d=0.938 avg_d=0.334 std_dev=0.211
C5' A 0, 0.037, 0.253, 0.468, 1.067 max_d=1.067 avg_d=0.253 std_dev=0.215
P A 0, 0.106, 0.322, 0.539, 1.028 max_d=1.028 avg_d=0.322 std_dev=0.217
O3' B 0, 0.131, 0.348, 0.565, 0.841 max_d=0.841 avg_d=0.348 std_dev=0.217
C5 B 0, 0.108, 0.338, 0.568, 1.064 max_d=1.064 avg_d=0.338 std_dev=0.230
C2 B 0, 0.081, 0.311, 0.541, 1.079 max_d=1.079 avg_d=0.311 std_dev=0.230
O2 B 0, 0.099, 0.331, 0.563, 1.090 max_d=1.090 avg_d=0.331 std_dev=0.232
OP1 A 0, 0.165, 0.407, 0.650, 0.929 max_d=0.929 avg_d=0.407 std_dev=0.243
OP2 A 0, 0.153, 0.403, 0.654, 1.169 max_d=1.169 avg_d=0.403 std_dev=0.251
P B 0, 0.147, 0.399, 0.650, 1.069 max_d=1.069 avg_d=0.399 std_dev=0.251
C4 B 0, 0.100, 0.374, 0.649, 1.414 max_d=1.414 avg_d=0.374 std_dev=0.275
N3 B 0, 0.084, 0.360, 0.636, 1.398 max_d=1.398 avg_d=0.360 std_dev=0.276
OP2 B 0, 0.178, 0.454, 0.730, 1.110 max_d=1.110 avg_d=0.454 std_dev=0.276
OP1 B 0, 0.183, 0.467, 0.752, 1.272 max_d=1.272 avg_d=0.467 std_dev=0.284
O4 B 0, 0.122, 0.424, 0.726, 1.610 max_d=1.610 avg_d=0.424 std_dev=0.302

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.07 0.06 0.03
C2 0.01 0.00 0.07 0.09 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.08 0.11 0.01 0.09 0.08 0.15 0.08
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.04 0.03 0.06 0.07 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.08 0.03
C3' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.05 0.07 0.07 0.08 0.05 0.06 0.03 0.01 0.00 0.01 0.04 0.04 0.07 0.04
C4 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.05 0.01 0.07 0.07 0.12 0.06
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.06 0.04 0.04 0.04 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.09 0.08 0.16 0.09
C5' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.07 0.09 0.06 0.04 0.08 0.09 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.05 0.01 0.10 0.09 0.18 0.10
C8 0.01 0.00 0.03 0.07 0.00 0.06 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.07 0.02 0.10 0.07 0.14 0.08
N1 0.01 0.00 0.06 0.07 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.09 0.01 0.10 0.09 0.17 0.10
N3 0.01 0.00 0.07 0.08 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.10 0.01 0.07 0.08 0.12 0.07
N6 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.05 0.02 0.11 0.10 0.21 0.12
N7 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.02 0.11 0.08 0.18 0.10
N9 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.06 0.06 0.10 0.05
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.05 0.02 0.07 0.07 0.04 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.03 0.03 0.07 0.03
O3' 0.01 0.11 0.01 0.00 0.05 0.01 0.04 0.02 0.05 0.07 0.09 0.10 0.05 0.06 0.03 0.03 0.00 0.01 0.05 0.08 0.08 0.06
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.10 0.04 0.06
O5' 0.03 0.09 0.03 0.04 0.07 0.01 0.09 0.00 0.10 0.10 0.10 0.07 0.11 0.11 0.06 0.03 0.05 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.07 0.08 0.03 0.04 0.07 0.04 0.08 0.03 0.09 0.07 0.09 0.08 0.10 0.08 0.06 0.03 0.08 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.06 0.15 0.08 0.07 0.12 0.02 0.16 0.03 0.18 0.14 0.17 0.12 0.21 0.18 0.10 0.07 0.08 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.08 0.03 0.04 0.06 0.01 0.09 0.01 0.10 0.08 0.10 0.07 0.12 0.10 0.05 0.03 0.06 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.10 0.08 0.08 0.10 0.10 0.10 0.10 0.09 0.08 0.11 0.13 0.11 0.09 0.11 0.08 0.13 0.12 0.11 0.11
C2 0.08 0.09 0.09 0.08 0.11 0.10 0.12 0.11 0.11 0.09 0.10 0.13 0.12 0.09 0.11 0.10 0.14 0.13 0.14 0.13
C2' 0.08 0.12 0.09 0.10 0.13 0.11 0.12 0.11 0.11 0.10 0.13 0.14 0.11 0.10 0.13 0.09 0.14 0.13 0.12 0.12
C3' 0.08 0.12 0.09 0.09 0.12 0.09 0.10 0.09 0.10 0.09 0.13 0.15 0.11 0.10 0.13 0.07 0.12 0.10 0.11 0.10
C4 0.06 0.10 0.07 0.07 0.10 0.09 0.10 0.09 0.09 0.07 0.11 0.14 0.10 0.08 0.10 0.07 0.13 0.12 0.12 0.11
C4' 0.06 0.10 0.08 0.07 0.10 0.08 0.09 0.08 0.08 0.07 0.11 0.14 0.10 0.09 0.10 0.06 0.11 0.09 0.09 0.09
C5 0.07 0.12 0.08 0.07 0.11 0.08 0.10 0.08 0.09 0.08 0.13 0.17 0.11 0.08 0.11 0.06 0.13 0.11 0.11 0.11
C5' 0.06 0.10 0.07 0.07 0.09 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.11 0.14 0.10 0.09 0.09 0.06 0.10 0.08 0.08 0.08
C6 0.07 0.13 0.09 0.07 0.11 0.08 0.10 0.08 0.09 0.09 0.13 0.18 0.13 0.08 0.11 0.06 0.12 0.11 0.11 0.11
C8 0.07 0.12 0.08 0.08 0.12 0.09 0.11 0.09 0.09 0.08 0.14 0.16 0.11 0.09 0.13 0.07 0.13 0.11 0.11 0.11
N1 0.07 0.10 0.09 0.08 0.10 0.09 0.11 0.10 0.10 0.07 0.10 0.16 0.13 0.09 0.10 0.09 0.13 0.12 0.13 0.12
N3 0.07 0.09 0.08 0.08 0.10 0.10 0.11 0.11 0.10 0.08 0.10 0.13 0.11 0.09 0.11 0.09 0.14 0.13 0.13 0.12
N6 0.11 0.17 0.12 0.09 0.14 0.08 0.13 0.07 0.12 0.12 0.17 0.20 0.15 0.10 0.14 0.07 0.12 0.10 0.11 0.10
N7 0.08 0.14 0.09 0.08 0.14 0.09 0.12 0.09 0.10 0.10 0.15 0.17 0.12 0.09 0.14 0.07 0.13 0.11 0.11 0.11
N9 0.07 0.10 0.08 0.08 0.10 0.09 0.10 0.09 0.09 0.07 0.12 0.14 0.10 0.08 0.11 0.07 0.13 0.11 0.11 0.11
O2' 0.10 0.13 0.11 0.12 0.15 0.13 0.14 0.13 0.13 0.11 0.15 0.15 0.14 0.13 0.16 0.11 0.15 0.14 0.14 0.13
O3' 0.09 0.14 0.10 0.10 0.13 0.11 0.12 0.10 0.11 0.11 0.15 0.16 0.12 0.12 0.14 0.08 0.13 0.11 0.12 0.11
O4' 0.06 0.10 0.08 0.08 0.09 0.09 0.09 0.09 0.08 0.07 0.10 0.13 0.10 0.09 0.10 0.07 0.12 0.11 0.10 0.10
O5' 0.08 0.12 0.08 0.08 0.11 0.08 0.10 0.09 0.09 0.09 0.13 0.16 0.11 0.10 0.12 0.08 0.11 0.09 0.10 0.09
OP1 0.09 0.14 0.09 0.09 0.14 0.09 0.12 0.09 0.10 0.10 0.15 0.17 0.11 0.11 0.14 0.08 0.11 0.10 0.10 0.10
OP2 0.16 0.17 0.16 0.15 0.17 0.16 0.17 0.17 0.16 0.16 0.17 0.19 0.17 0.16 0.16 0.18 0.17 0.17 0.16 0.16
P 0.08 0.13 0.09 0.08 0.12 0.09 0.10 0.09 0.09 0.09 0.13 0.16 0.11 0.10 0.12 0.09 0.11 0.10 0.10 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.06 0.08 0.06
C2 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.05 0.01 0.02 0.05 0.07 0.08 0.06
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.01 0.03 0.06 0.00 0.02 0.03 0.01 0.05 0.08 0.09 0.06
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.05 0.00 0.07 0.03 0.07 0.03 0.04 0.05 0.02 0.00 0.05 0.01 0.04 0.09 0.08 0.06
C4 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.06 0.00 0.02 0.08 0.09 0.10 0.08
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.06 0.03 0.04 0.03 0.04 0.01 0.06 0.00 0.02 0.05 0.03 0.02
C5 0.01 0.00 0.03 0.07 0.00 0.07 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.08 0.01 0.02 0.08 0.09 0.10 0.08
C5' 0.02 0.03 0.02 0.03 0.08 0.01 0.09 0.00 0.07 0.04 0.05 0.02 0.05 0.03 0.08 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.07 0.01 0.06 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.07 0.01 0.02 0.07 0.07 0.08 0.06
N1 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.05 0.06 0.08 0.06
N3 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.05 0.01 0.02 0.06 0.08 0.09 0.07
O2 0.02 0.00 0.06 0.05 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.07 0.01 0.03 0.05 0.07 0.08 0.06
O2' 0.01 0.05 0.00 0.02 0.03 0.04 0.03 0.05 0.03 0.02 0.04 0.08 0.00 0.03 0.04 0.03 0.05 0.09 0.08 0.06
O3' 0.01 0.05 0.02 0.00 0.06 0.01 0.08 0.03 0.07 0.03 0.05 0.07 0.03 0.00 0.06 0.01 0.04 0.12 0.10 0.08
O4 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.06 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.06 0.00 0.02 0.08 0.10 0.11 0.09
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.07 0.06 0.08 0.07
O5' 0.06 0.05 0.05 0.04 0.08 0.02 0.08 0.01 0.07 0.05 0.06 0.05 0.05 0.04 0.08 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.06 0.07 0.08 0.09 0.09 0.05 0.09 0.04 0.07 0.06 0.08 0.07 0.09 0.12 0.10 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.08 0.08 0.09 0.08 0.10 0.03 0.10 0.01 0.08 0.08 0.09 0.08 0.08 0.10 0.11 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.06 0.06 0.06 0.08 0.02 0.08 0.01 0.06 0.06 0.07 0.06 0.06 0.08 0.09 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00