Doublet Group distance statistics: 49349

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 3, 3, 6, 6, 2, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.002, 0.007, 0.013, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.007 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.006, 0.012, 0.019, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.012 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.004, 0.012, 0.021, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.012 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.005, 0.016, 0.026, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.010
C6 A 0, -0.002, 0.010, 0.022, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.010 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.002, 0.014, 0.027, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.014 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.005, 0.019, 0.034, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.019 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.015 std_dev=0.015
N7 A 0, 0.007, 0.025, 0.042, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.025 std_dev=0.018
C8 A 0, 0.008, 0.028, 0.048, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.028 std_dev=0.020
N6 A 0, 0.002, 0.029, 0.057, 0.123 max_d=0.123 avg_d=0.029 std_dev=0.027
C2' B 0, 0.160, 0.401, 0.643, 1.184 max_d=1.184 avg_d=0.401 std_dev=0.242
O2' B 0, 0.153, 0.396, 0.639, 1.292 max_d=1.292 avg_d=0.396 std_dev=0.243
C3' B 0, -0.011, 0.547, 1.104, 3.020 max_d=3.020 avg_d=0.547 std_dev=0.557
C1' B 0, 0.015, 0.611, 1.207, 3.075 max_d=3.075 avg_d=0.611 std_dev=0.596
O3' B 0, -0.099, 0.686, 1.471, 4.304 max_d=4.304 avg_d=0.686 std_dev=0.785
C4' B 0, -0.114, 0.722, 1.559, 4.300 max_d=4.300 avg_d=0.722 std_dev=0.836
N1 B 0, -0.035, 0.819, 1.674, 4.032 max_d=4.032 avg_d=0.819 std_dev=0.855
O4' A 0, -0.217, 0.650, 1.518, 2.304 max_d=2.304 avg_d=0.650 std_dev=0.868
O4' B 0, -0.144, 0.732, 1.608, 4.437 max_d=4.437 avg_d=0.732 std_dev=0.876
C2' A 0, -0.220, 0.678, 1.577, 2.502 max_d=2.502 avg_d=0.678 std_dev=0.898
C6 B 0, -0.126, 0.889, 1.904, 5.085 max_d=5.085 avg_d=0.889 std_dev=1.015
O2' A 0, -0.261, 0.784, 1.830, 3.079 max_d=3.079 avg_d=0.784 std_dev=1.045
C5 B 0, -0.145, 1.067, 2.279, 5.869 max_d=5.869 avg_d=1.067 std_dev=1.212
C2 B 0, -0.126, 1.136, 2.397, 4.798 max_d=4.798 avg_d=1.136 std_dev=1.261
C4' A 0, -0.306, 0.991, 2.288, 3.340 max_d=3.340 avg_d=0.991 std_dev=1.297
C5' B 0, -0.323, 1.022, 2.368, 6.718 max_d=6.718 avg_d=1.022 std_dev=1.346
C3' A 0, -0.341, 1.056, 2.453, 3.835 max_d=3.835 avg_d=1.056 std_dev=1.397
C4 B 0, -0.133, 1.270, 2.673, 5.978 max_d=5.978 avg_d=1.270 std_dev=1.403
O5' B 0, -0.284, 1.143, 2.570, 6.951 max_d=6.951 avg_d=1.143 std_dev=1.427
N3 B 0, -0.194, 1.335, 2.864, 5.803 max_d=5.803 avg_d=1.335 std_dev=1.529
O2 B 0, -0.195, 1.336, 2.868, 5.308 max_d=5.308 avg_d=1.336 std_dev=1.532
O4 B 0, -0.165, 1.494, 3.152, 6.796 max_d=6.796 avg_d=1.494 std_dev=1.659
P B 0, -0.590, 1.354, 3.298, 9.630 max_d=9.630 avg_d=1.354 std_dev=1.944
O3' A 0, -0.486, 1.490, 3.466, 5.351 max_d=5.351 avg_d=1.490 std_dev=1.976
OP2 B 0, -0.452, 1.630, 3.712, 9.506 max_d=9.506 avg_d=1.630 std_dev=2.082
C5' A 0, -0.523, 1.663, 3.848, 5.931 max_d=5.931 avg_d=1.663 std_dev=2.186
OP1 B 0, -0.938, 1.263, 3.464, 11.198 max_d=11.198 avg_d=1.263 std_dev=2.201
O5' A 0, -0.770, 2.133, 5.037, 7.017 max_d=7.017 avg_d=2.133 std_dev=2.903
OP1 A 0, -0.899, 2.731, 6.360, 10.947 max_d=10.947 avg_d=2.731 std_dev=3.629
P A 0, -1.069, 2.644, 6.357, 10.113 max_d=10.113 avg_d=2.644 std_dev=3.713
OP2 A 0, -1.108, 2.975, 7.057, 11.416 max_d=11.416 avg_d=2.975 std_dev=4.083

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.01 0.01 0.01 0.16 0.01 0.26 0.41 0.93 0.23
C2 0.02 0.00 0.55 0.50 0.01 0.34 0.00 0.62 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.53 0.62 0.43 0.29 0.71 1.92 0.89
C2' 0.00 0.55 0.00 0.01 0.29 0.02 0.14 0.07 0.26 0.27 0.43 0.54 0.18 0.13 0.02 0.00 0.02 0.02 0.37 0.53 0.59 0.25
C3' 0.02 0.50 0.01 0.00 0.27 0.01 0.22 0.02 0.30 0.25 0.42 0.47 0.27 0.21 0.11 0.01 0.00 0.02 0.39 0.52 0.21 0.24
C4 0.01 0.01 0.29 0.27 0.00 0.16 0.01 0.28 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.25 0.31 0.23 0.26 0.35 1.36 0.40
C4' 0.01 0.34 0.02 0.01 0.16 0.00 0.07 0.00 0.13 0.20 0.25 0.34 0.08 0.14 0.04 0.13 0.01 0.00 0.01 0.26 0.45 0.13
C5 0.02 0.00 0.14 0.22 0.01 0.07 0.00 0.16 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.19 0.22 0.11 0.54 0.57 1.12 0.46
C5' 0.02 0.62 0.07 0.02 0.28 0.00 0.16 0.00 0.29 0.31 0.49 0.57 0.21 0.22 0.06 0.07 0.10 0.01 0.00 0.13 0.18 0.01
C6 0.03 0.00 0.26 0.30 0.02 0.13 0.01 0.29 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.27 0.36 0.20 0.40 0.48 1.32 0.45
C8 0.01 0.01 0.27 0.25 0.00 0.20 0.01 0.31 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.31 0.25 0.24 1.01 1.18 0.71 0.93
N1 0.03 0.01 0.43 0.42 0.02 0.25 0.02 0.49 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.42 0.53 0.34 0.19 0.55 1.70 0.66
N3 0.02 0.01 0.54 0.47 0.00 0.34 0.01 0.57 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.50 0.56 0.43 0.25 0.58 1.81 0.80
N6 0.04 0.01 0.18 0.27 0.03 0.08 0.02 0.21 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.04 0.24 0.31 0.14 0.56 0.61 1.12 0.52
N7 0.01 0.01 0.13 0.21 0.01 0.14 0.00 0.22 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.25 0.17 0.12 0.96 1.10 0.76 0.90
N9 0.01 0.01 0.02 0.11 0.00 0.04 0.01 0.06 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.10 0.09 0.01 0.52 0.57 0.97 0.37
O2' 0.01 0.53 0.00 0.01 0.25 0.13 0.19 0.07 0.27 0.31 0.42 0.50 0.24 0.25 0.10 0.00 0.06 0.09 0.17 0.54 0.62 0.24
O3' 0.16 0.62 0.02 0.00 0.31 0.01 0.22 0.10 0.36 0.25 0.53 0.56 0.31 0.17 0.09 0.06 0.00 0.09 0.31 0.63 0.29 0.33
O4' 0.01 0.43 0.02 0.02 0.23 0.00 0.11 0.01 0.20 0.24 0.34 0.43 0.14 0.12 0.01 0.09 0.09 0.00 0.13 0.40 0.97 0.34
O5' 0.26 0.29 0.37 0.39 0.26 0.01 0.54 0.00 0.40 1.01 0.19 0.25 0.56 0.96 0.52 0.17 0.31 0.13 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.41 0.71 0.53 0.52 0.35 0.26 0.57 0.13 0.48 1.18 0.55 0.58 0.61 1.10 0.57 0.54 0.63 0.40 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.93 1.92 0.59 0.21 1.36 0.45 1.12 0.18 1.32 0.71 1.70 1.81 1.12 0.76 0.97 0.62 0.29 0.97 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.23 0.89 0.25 0.24 0.40 0.13 0.46 0.01 0.45 0.93 0.66 0.80 0.52 0.90 0.37 0.24 0.33 0.34 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.35 0.63 0.21 0.16 0.49 0.20 0.35 0.25 0.31 0.41 0.64 0.83 0.20 0.24 0.53 0.30 0.21 0.43 0.88 0.27
C2 0.54 0.77 0.27 0.26 0.69 0.43 0.60 0.49 0.57 0.62 0.78 0.90 0.17 0.21 0.72 0.64 0.48 0.51 1.09 0.56
C2' 0.40 0.64 0.30 0.32 0.53 0.41 0.50 0.52 0.50 0.45 0.66 0.88 0.33 0.42 0.57 0.44 0.50 0.97 0.43 0.42
C3' 0.47 0.69 0.33 0.21 0.67 0.30 0.68 0.40 0.62 0.56 0.72 0.87 0.38 0.24 0.72 0.47 0.44 0.89 0.34 0.40
C4 0.41 0.69 0.22 0.15 0.56 0.19 0.43 0.20 0.39 0.49 0.70 0.88 0.19 0.24 0.59 0.37 0.18 0.37 0.82 0.21
C4' 0.37 0.57 0.40 0.39 0.44 0.31 0.34 0.29 0.28 0.38 0.55 0.75 0.48 0.51 0.48 0.26 0.21 0.39 0.82 0.30
C5 0.39 0.70 0.20 0.13 0.55 0.13 0.41 0.21 0.37 0.47 0.70 0.91 0.19 0.31 0.58 0.29 0.17 0.46 0.65 0.18
C5' 0.49 0.57 0.69 0.74 0.44 0.61 0.31 0.58 0.27 0.42 0.55 0.75 0.85 0.96 0.50 0.38 0.47 0.53 0.94 0.56
C6 0.47 0.77 0.22 0.11 0.62 0.15 0.49 0.16 0.46 0.56 0.76 0.96 0.17 0.31 0.65 0.40 0.15 0.38 0.62 0.09
C8 0.30 0.63 0.17 0.17 0.47 0.20 0.31 0.37 0.27 0.38 0.64 0.85 0.21 0.34 0.51 0.15 0.32 0.67 0.68 0.40
N1 0.56 0.80 0.27 0.20 0.70 0.36 0.61 0.37 0.58 0.64 0.80 0.94 0.16 0.22 0.72 0.62 0.36 0.42 0.90 0.40
N3 0.48 0.73 0.25 0.22 0.63 0.35 0.52 0.39 0.49 0.56 0.74 0.88 0.19 0.20 0.66 0.53 0.38 0.41 1.03 0.44
N6 0.47 0.80 0.20 0.17 0.63 0.23 0.49 0.33 0.46 0.56 0.78 1.02 0.17 0.44 0.65 0.37 0.29 0.51 0.40 0.25
N7 0.32 0.65 0.17 0.20 0.50 0.24 0.33 0.42 0.29 0.40 0.66 0.88 0.20 0.39 0.53 0.16 0.37 0.71 0.61 0.44
N9 0.35 0.65 0.20 0.14 0.50 0.16 0.35 0.23 0.31 0.42 0.65 0.85 0.20 0.27 0.53 0.26 0.18 0.47 0.79 0.24
O2' 0.30 0.58 0.28 0.41 0.42 0.46 0.36 0.57 0.39 0.33 0.61 0.84 0.35 0.60 0.47 0.38 0.53 1.04 0.57 0.46
O3' 0.41 0.56 0.24 0.30 0.65 0.45 0.76 0.65 0.71 0.51 0.61 0.73 0.27 0.37 0.70 0.56 0.70 1.20 0.29 0.70
O4' 0.42 0.57 0.41 0.49 0.41 0.50 0.27 0.55 0.26 0.41 0.54 0.73 0.42 0.56 0.43 0.41 0.48 0.36 1.14 0.61
O5' 0.50 0.82 0.45 0.45 0.99 0.36 0.87 0.37 0.71 0.67 0.96 0.83 0.58 0.72 1.10 0.39 0.28 0.47 0.61 0.31
OP1 0.97 1.23 1.13 1.19 1.25 1.04 1.02 1.01 0.91 1.01 1.34 1.33 1.31 1.54 1.38 0.82 0.87 0.67 1.12 0.86
OP2 1.63 1.36 1.98 2.16 1.11 2.07 1.07 2.05 1.21 1.37 1.24 1.49 2.22 2.53 1.09 1.64 1.84 1.69 2.18 1.88
P 0.89 1.08 1.08 1.18 1.13 1.07 0.92 1.06 0.81 0.90 1.18 1.16 1.27 1.53 1.26 0.79 0.88 0.70 1.21 0.90

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.07 0.05 0.27 0.09
C2 0.01 0.00 0.17 0.13 0.02 0.02 0.03 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.16 0.02 0.11 0.08 0.27 0.34 0.14
C2' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.02 0.01 0.14 0.01 0.18 0.01 0.11 0.31 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.10 0.09 0.05
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.13 0.02 0.10 0.21 0.02 0.00 0.05 0.01 0.06 0.19 0.11 0.08
C4 0.01 0.02 0.02 0.04 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.03 0.00 0.03 0.18 0.43 0.14 0.09
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.08 0.02 0.02 0.05 0.02 0.01 0.05 0.00 0.02 0.27 0.22 0.03
C5 0.01 0.03 0.14 0.09 0.00 0.08 0.00 0.17 0.00 0.01 0.01 0.04 0.12 0.14 0.01 0.12 0.24 0.36 0.25 0.18
C5' 0.02 0.05 0.01 0.01 0.09 0.01 0.17 0.00 0.17 0.05 0.05 0.11 0.03 0.02 0.10 0.01 0.01 0.36 0.24 0.01
C6 0.01 0.01 0.18 0.13 0.01 0.08 0.00 0.17 0.00 0.00 0.01 0.03 0.14 0.17 0.01 0.15 0.23 0.22 0.19 0.17
N1 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.12 0.18 0.22 0.10
N3 0.01 0.01 0.11 0.10 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.02 0.10 0.13 0.00 0.08 0.11 0.38 0.26 0.12
O2 0.03 0.01 0.31 0.21 0.03 0.05 0.04 0.11 0.03 0.02 0.02 0.00 0.30 0.29 0.02 0.19 0.05 0.23 0.47 0.21
O2' 0.01 0.15 0.00 0.02 0.02 0.02 0.12 0.03 0.14 0.01 0.10 0.30 0.00 0.02 0.03 0.03 0.04 0.20 0.12 0.04
O3' 0.01 0.16 0.01 0.00 0.03 0.01 0.14 0.02 0.17 0.02 0.13 0.29 0.02 0.00 0.04 0.01 0.09 0.35 0.25 0.14
O4 0.02 0.02 0.02 0.05 0.00 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.00 0.03 0.18 0.51 0.16 0.11
O4' 0.00 0.11 0.01 0.01 0.03 0.00 0.12 0.01 0.15 0.01 0.08 0.19 0.03 0.01 0.03 0.00 0.07 0.12 0.43 0.14
O5' 0.07 0.08 0.04 0.06 0.18 0.02 0.24 0.01 0.23 0.12 0.11 0.05 0.04 0.09 0.18 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.05 0.27 0.10 0.19 0.43 0.27 0.36 0.36 0.22 0.18 0.38 0.23 0.20 0.35 0.51 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.27 0.34 0.09 0.11 0.14 0.22 0.25 0.24 0.19 0.22 0.26 0.47 0.12 0.25 0.16 0.43 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.14 0.05 0.08 0.09 0.03 0.18 0.01 0.17 0.10 0.12 0.21 0.04 0.14 0.11 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00