ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49351

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 4, 1, 7, 1, 0, 0, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.016, 0.037, 0.058, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.037 std_dev=0.021
C1' A 0, 0.024, 0.048, 0.072, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.048 std_dev=0.024
C2 A 0, 0.004, 0.036, 0.067, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.036 std_dev=0.031
N1 A 0, 0.028, 0.060, 0.091, 0.128 max_d=0.128 avg_d=0.060 std_dev=0.032
C5 A 0, 0.022, 0.064, 0.106, 0.162 max_d=0.162 avg_d=0.064 std_dev=0.042
N3 A 0, 0.022, 0.067, 0.111, 0.162 max_d=0.162 avg_d=0.067 std_dev=0.044
N9 A 0, 0.046, 0.094, 0.141, 0.205 max_d=0.205 avg_d=0.094 std_dev=0.048
C4 A 0, 0.035, 0.086, 0.137, 0.210 max_d=0.210 avg_d=0.086 std_dev=0.051
N7 A 0, 0.060, 0.132, 0.204, 0.294 max_d=0.294 avg_d=0.132 std_dev=0.072
C8 A 0, 0.085, 0.167, 0.249, 0.327 max_d=0.327 avg_d=0.167 std_dev=0.082
N6 A 0, 0.008, 0.148, 0.288, 0.640 max_d=0.640 avg_d=0.148 std_dev=0.140
O2' B 0, 0.374, 0.630, 0.886, 1.267 max_d=1.267 avg_d=0.630 std_dev=0.256
C2' B 0, 0.363, 0.744, 1.124, 1.456 max_d=1.456 avg_d=0.744 std_dev=0.381
C3' B 0, 0.328, 0.709, 1.091, 1.290 max_d=1.290 avg_d=0.709 std_dev=0.381
C2' A 0, 0.202, 0.808, 1.414, 2.097 max_d=2.097 avg_d=0.808 std_dev=0.606
O4' A 0, -0.089, 0.556, 1.202, 2.400 max_d=2.400 avg_d=0.556 std_dev=0.646
C3' A 0, 0.329, 0.985, 1.642, 3.097 max_d=3.097 avg_d=0.985 std_dev=0.657
C4' A 0, 0.214, 0.906, 1.598, 3.338 max_d=3.338 avg_d=0.906 std_dev=0.692
O3' A 0, 0.654, 1.493, 2.332, 3.183 max_d=3.183 avg_d=1.493 std_dev=0.839
C4' B 0, 0.441, 1.281, 2.121, 3.364 max_d=3.364 avg_d=1.281 std_dev=0.840
O3' B 0, 0.278, 1.230, 2.182, 3.360 max_d=3.360 avg_d=1.230 std_dev=0.952
O2' A 0, 0.606, 1.564, 2.521, 3.273 max_d=3.273 avg_d=1.564 std_dev=0.958
C1' B 0, 0.290, 1.293, 2.295, 3.816 max_d=3.816 avg_d=1.293 std_dev=1.003
O5' B 0, 0.914, 2.009, 3.104, 4.667 max_d=4.667 avg_d=2.009 std_dev=1.095
O4' B 0, 0.307, 1.557, 2.807, 4.665 max_d=4.665 avg_d=1.557 std_dev=1.250
C5' A 0, 0.294, 1.551, 2.809, 6.167 max_d=6.167 avg_d=1.551 std_dev=1.258
C5' B 0, 0.523, 1.861, 3.200, 5.080 max_d=5.080 avg_d=1.861 std_dev=1.339
OP2 B 0, 1.289, 2.632, 3.974, 4.339 max_d=4.339 avg_d=2.632 std_dev=1.342
P B 0, 1.035, 2.500, 3.965, 5.017 max_d=5.017 avg_d=2.500 std_dev=1.465
O5' A 0, 0.348, 2.062, 3.776, 7.700 max_d=7.700 avg_d=2.062 std_dev=1.714
OP1 B 0, 1.076, 2.831, 4.585, 5.379 max_d=5.379 avg_d=2.831 std_dev=1.754
N1 B 0, 0.119, 1.896, 3.673, 6.108 max_d=6.108 avg_d=1.896 std_dev=1.777
C6 B 0, 0.284, 2.224, 4.165, 7.043 max_d=7.043 avg_d=2.224 std_dev=1.941
P A 0, 0.856, 2.972, 5.088, 10.114 max_d=10.114 avg_d=2.972 std_dev=2.116
OP2 A 0, 1.833, 3.977, 6.121, 9.975 max_d=9.975 avg_d=3.977 std_dev=2.144
OP1 A 0, 0.847, 3.053, 5.259, 11.304 max_d=11.304 avg_d=3.053 std_dev=2.206
O2 B 0, 0.243, 2.519, 4.795, 7.248 max_d=7.248 avg_d=2.519 std_dev=2.276
C2 B 0, 0.032, 2.437, 4.843, 7.722 max_d=7.722 avg_d=2.437 std_dev=2.406
C5 B 0, 0.213, 2.880, 5.548, 9.217 max_d=9.217 avg_d=2.880 std_dev=2.667
N3 B 0, -0.117, 3.097, 6.312, 10.159 max_d=10.159 avg_d=3.097 std_dev=3.214
C4 B 0, -0.109, 3.297, 6.703, 10.962 max_d=10.962 avg_d=3.297 std_dev=3.406
O4 B 0, -0.257, 3.919, 8.095, 13.186 max_d=13.186 avg_d=3.919 std_dev=4.176

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.01 0.02 0.04 0.03 0.02 0.13 0.03 0.02 0.04 0.07 0.04 0.01 0.01 0.03 0.34 0.01 0.29 0.26 0.86 0.44
C2 0.07 0.00 0.33 0.48 0.06 0.43 0.02 0.78 0.02 0.07 0.01 0.01 0.03 0.03 0.05 0.43 0.46 0.27 0.89 0.92 1.50 1.18
C2' 0.01 0.33 0.00 0.01 0.13 0.03 0.06 0.27 0.11 0.25 0.23 0.34 0.10 0.16 0.06 0.01 0.06 0.03 0.58 0.59 0.76 0.50
C3' 0.02 0.48 0.01 0.00 0.28 0.01 0.33 0.04 0.36 0.38 0.41 0.45 0.36 0.39 0.21 0.05 0.02 0.03 0.46 0.45 0.54 0.31
C4 0.04 0.06 0.13 0.28 0.00 0.22 0.01 0.41 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.31 0.23 0.16 0.62 0.53 1.22 0.86
C4' 0.03 0.43 0.03 0.01 0.22 0.00 0.18 0.01 0.24 0.28 0.35 0.41 0.22 0.24 0.09 0.27 0.05 0.01 0.04 0.24 0.53 0.17
C5 0.02 0.02 0.06 0.33 0.01 0.18 0.00 0.33 0.01 0.05 0.02 0.04 0.03 0.01 0.02 0.40 0.13 0.08 0.70 0.65 1.44 1.05
C5' 0.13 0.78 0.27 0.04 0.41 0.01 0.33 0.00 0.47 0.37 0.67 0.70 0.42 0.33 0.18 0.12 0.25 0.06 0.01 0.31 0.45 0.03
C6 0.03 0.02 0.11 0.36 0.02 0.24 0.01 0.47 0.00 0.04 0.02 0.05 0.01 0.01 0.02 0.43 0.17 0.13 0.80 0.80 1.54 1.17
C8 0.02 0.07 0.25 0.38 0.02 0.28 0.05 0.37 0.04 0.00 0.04 0.03 0.03 0.03 0.01 0.46 0.29 0.18 0.68 0.63 1.46 1.01
N1 0.04 0.01 0.23 0.41 0.03 0.35 0.02 0.67 0.02 0.04 0.00 0.04 0.03 0.01 0.03 0.41 0.32 0.22 0.88 0.92 1.56 1.23
N3 0.07 0.01 0.34 0.45 0.01 0.41 0.04 0.70 0.05 0.03 0.04 0.00 0.06 0.03 0.03 0.39 0.47 0.27 0.77 0.73 1.29 0.98
N6 0.04 0.03 0.10 0.36 0.02 0.22 0.03 0.42 0.01 0.03 0.03 0.06 0.00 0.03 0.03 0.51 0.17 0.10 0.82 0.86 1.66 1.26
N7 0.01 0.03 0.16 0.39 0.02 0.24 0.01 0.33 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.00 0.01 0.48 0.26 0.13 0.74 0.73 1.61 1.14
N9 0.01 0.05 0.06 0.21 0.01 0.09 0.02 0.18 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.00 0.26 0.17 0.03 0.49 0.38 1.12 0.71
O2' 0.03 0.43 0.01 0.05 0.31 0.27 0.40 0.12 0.43 0.46 0.41 0.39 0.51 0.48 0.26 0.00 0.16 0.20 0.44 0.54 0.86 0.50
O3' 0.34 0.46 0.06 0.02 0.23 0.05 0.13 0.25 0.17 0.29 0.32 0.47 0.17 0.26 0.17 0.16 0.00 0.21 0.30 0.43 0.47 0.25
O4' 0.01 0.27 0.03 0.03 0.16 0.01 0.08 0.06 0.13 0.18 0.22 0.27 0.10 0.13 0.03 0.20 0.21 0.00 0.30 0.41 0.84 0.49
O5' 0.29 0.89 0.58 0.46 0.62 0.04 0.70 0.01 0.80 0.68 0.88 0.77 0.82 0.74 0.49 0.44 0.30 0.30 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.26 0.92 0.59 0.45 0.53 0.24 0.65 0.31 0.80 0.63 0.92 0.73 0.86 0.73 0.38 0.54 0.43 0.41 0.02 0.00 0.03 0.01
OP2 0.86 1.50 0.76 0.54 1.22 0.53 1.44 0.45 1.54 1.46 1.56 1.29 1.66 1.61 1.12 0.86 0.47 0.84 0.03 0.03 0.00 0.01
P 0.44 1.18 0.50 0.31 0.86 0.17 1.05 0.03 1.17 1.01 1.23 0.98 1.26 1.14 0.71 0.50 0.25 0.49 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.26 0.60 0.20 0.16 1.05 0.41 0.88 0.48 0.61 0.45 0.91 0.52 0.18 0.29 1.29 0.41 0.38 0.45 0.71 0.51
C2 0.32 0.80 0.24 0.17 1.10 0.39 0.93 0.43 0.69 0.58 1.03 0.83 0.20 0.35 1.24 0.33 0.34 0.45 0.67 0.44
C2' 0.41 0.76 0.27 0.26 1.28 0.54 1.12 0.68 0.83 0.63 1.10 0.64 0.24 0.30 1.57 0.57 0.64 0.72 0.95 0.77
C3' 0.49 0.92 0.47 0.41 1.55 0.53 1.41 0.74 1.09 0.82 1.30 0.71 0.43 0.39 1.85 0.58 0.88 0.94 1.32 1.06
C4 0.27 0.54 0.17 0.14 0.94 0.36 0.81 0.40 0.59 0.44 0.82 0.40 0.16 0.24 1.10 0.40 0.36 0.37 0.67 0.46
C4' 0.38 0.82 0.45 0.39 1.42 0.36 1.31 0.58 1.00 0.74 1.17 0.63 0.40 0.40 1.68 0.40 0.80 0.87 1.28 0.97
C5 0.30 0.56 0.14 0.12 0.84 0.34 0.72 0.36 0.55 0.45 0.78 0.45 0.14 0.19 0.96 0.43 0.36 0.36 0.60 0.44
C5' 0.70 1.05 0.82 0.78 1.69 0.62 1.64 0.85 1.35 1.05 1.39 0.76 0.73 0.71 1.91 0.68 1.21 1.28 1.74 1.40
C6 0.32 0.59 0.15 0.13 0.77 0.33 0.67 0.33 0.53 0.47 0.75 0.52 0.15 0.19 0.86 0.42 0.34 0.34 0.55 0.40
C8 0.33 0.60 0.15 0.13 0.93 0.37 0.79 0.41 0.60 0.48 0.84 0.49 0.15 0.19 1.10 0.46 0.43 0.40 0.66 0.52
N1 0.27 0.51 0.17 0.13 0.78 0.31 0.69 0.31 0.54 0.43 0.70 0.38 0.17 0.23 0.85 0.35 0.29 0.30 0.57 0.36
N3 0.30 0.78 0.23 0.15 1.15 0.39 0.96 0.45 0.69 0.56 1.06 0.78 0.18 0.33 1.34 0.34 0.35 0.47 0.70 0.47
N6 0.47 0.96 0.24 0.19 0.99 0.42 0.80 0.46 0.66 0.69 1.07 1.07 0.18 0.30 1.08 0.49 0.42 0.49 0.52 0.46
N7 0.36 0.72 0.16 0.14 0.95 0.38 0.79 0.42 0.61 0.54 0.93 0.69 0.15 0.22 1.10 0.47 0.43 0.45 0.61 0.50
N9 0.27 0.52 0.16 0.12 0.94 0.36 0.81 0.41 0.59 0.43 0.81 0.37 0.15 0.22 1.14 0.42 0.38 0.38 0.68 0.49
O2' 0.51 0.55 0.43 0.60 1.02 0.93 0.82 1.06 0.56 0.41 0.88 0.56 0.51 0.74 1.33 0.82 0.79 1.02 0.77 0.86
O3' 0.45 0.92 0.39 0.38 1.58 0.65 1.40 0.88 1.04 0.76 1.33 0.81 0.31 0.40 1.92 0.62 0.90 1.07 1.30 1.09
O4' 0.28 0.65 0.31 0.24 1.14 0.28 1.01 0.38 0.75 0.54 0.96 0.54 0.30 0.34 1.37 0.34 0.52 0.55 0.94 0.67
O5' 0.98 1.18 1.05 1.05 1.70 0.95 1.71 1.15 1.49 1.22 1.44 0.93 0.98 0.95 1.88 1.00 1.46 1.49 1.91 1.63
OP1 1.09 1.19 1.22 1.29 1.69 1.18 1.77 1.44 1.59 1.30 1.40 0.89 1.16 1.20 1.84 1.17 1.77 1.90 2.26 1.99
OP2 1.78 1.78 1.89 1.94 2.26 1.86 2.38 2.06 2.22 1.93 1.95 1.49 1.79 1.83 2.37 1.85 2.39 2.48 2.93 2.62
P 1.40 1.45 1.52 1.57 1.93 1.47 2.03 1.69 1.86 1.58 1.64 1.16 1.45 1.47 2.06 1.47 2.01 2.09 2.49 2.22

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.02 0.02 0.05 0.01 0.03 0.04 0.04 0.02 0.04 0.06 0.07 0.13 0.06 0.01 0.16 0.27 0.35 0.15
C2 0.04 0.00 0.10 0.18 0.06 0.08 0.05 0.14 0.04 0.02 0.02 0.01 0.19 0.14 0.06 0.03 0.29 0.43 0.48 0.29
C2' 0.02 0.10 0.00 0.01 0.07 0.03 0.09 0.08 0.11 0.04 0.08 0.17 0.01 0.03 0.07 0.02 0.24 0.45 0.33 0.24
C3' 0.02 0.18 0.01 0.00 0.23 0.01 0.22 0.03 0.20 0.15 0.21 0.17 0.04 0.01 0.24 0.03 0.20 0.52 0.25 0.24
C4 0.05 0.06 0.07 0.23 0.00 0.14 0.02 0.25 0.02 0.04 0.03 0.06 0.24 0.19 0.01 0.07 0.40 0.53 0.57 0.41
C4' 0.01 0.08 0.03 0.01 0.14 0.00 0.15 0.02 0.15 0.08 0.10 0.07 0.20 0.03 0.15 0.01 0.03 0.29 0.25 0.06
C5 0.03 0.05 0.09 0.22 0.02 0.15 0.00 0.26 0.02 0.02 0.03 0.05 0.22 0.21 0.05 0.07 0.40 0.49 0.56 0.40
C5' 0.04 0.14 0.08 0.03 0.25 0.02 0.26 0.00 0.22 0.13 0.19 0.10 0.12 0.11 0.28 0.02 0.01 0.27 0.25 0.03
C6 0.04 0.04 0.11 0.20 0.02 0.15 0.02 0.22 0.00 0.02 0.02 0.05 0.19 0.18 0.03 0.08 0.36 0.41 0.49 0.31
N1 0.02 0.02 0.04 0.15 0.04 0.08 0.02 0.13 0.02 0.00 0.02 0.03 0.15 0.08 0.05 0.02 0.27 0.37 0.43 0.25
N3 0.04 0.02 0.08 0.21 0.03 0.10 0.03 0.19 0.02 0.02 0.00 0.03 0.23 0.15 0.02 0.03 0.34 0.49 0.53 0.36
O2 0.06 0.01 0.17 0.17 0.06 0.07 0.05 0.10 0.05 0.03 0.03 0.00 0.20 0.21 0.06 0.06 0.24 0.40 0.45 0.25
O2' 0.07 0.19 0.01 0.04 0.24 0.20 0.22 0.12 0.19 0.15 0.23 0.20 0.00 0.06 0.26 0.17 0.11 0.42 0.31 0.16
O3' 0.13 0.14 0.03 0.01 0.19 0.03 0.21 0.11 0.18 0.08 0.15 0.21 0.06 0.00 0.20 0.08 0.25 0.70 0.36 0.37
O4 0.06 0.06 0.07 0.24 0.01 0.15 0.05 0.28 0.03 0.05 0.02 0.06 0.26 0.20 0.00 0.09 0.43 0.58 0.61 0.46
O4' 0.01 0.03 0.02 0.03 0.07 0.01 0.07 0.02 0.08 0.02 0.03 0.06 0.17 0.08 0.09 0.00 0.11 0.16 0.36 0.15
O5' 0.16 0.29 0.24 0.20 0.40 0.03 0.40 0.01 0.36 0.27 0.34 0.24 0.11 0.25 0.43 0.11 0.00 0.04 0.03 0.01
OP1 0.27 0.43 0.45 0.52 0.53 0.29 0.49 0.27 0.41 0.37 0.49 0.40 0.42 0.70 0.58 0.16 0.04 0.00 0.02 0.01
OP2 0.35 0.48 0.33 0.25 0.57 0.25 0.56 0.25 0.49 0.43 0.53 0.45 0.31 0.36 0.61 0.36 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.15 0.29 0.24 0.24 0.41 0.06 0.40 0.03 0.31 0.25 0.36 0.25 0.16 0.37 0.46 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00